BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142G24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 52,172,671 - 52,294,979
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039517, LOC636070
Upstream genePrkcm
Downstream geneLOC100039525, 6030408C04Rik, Scfd1, LOC620390, LOC100039578, Coch, Strn3, Ap4s1, Hectd1, EG544864, LOC100039476, Heatr5a, LOC676784, 6530401N04Rik, Gpr33, LOC100039627, Nubpl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142G24.bB6Ng01-142G24.g
ACCDH940636DH940637
length1,0661,057
definitionDH940636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142G24, 5' end.DH940637|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142G24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,172,671 - 52,173,725)(52,293,918 - 52,294,979)
sequence
gaattcactttgttgaccaggctgatgtcaaactcagagatctgcctgcc
tctgcctcctgtgtgctaggattaaaagcaccatgcctggtgattgtata
ttttttaaattaatcttctttttcccaaaagtcactgttagtatttagtt
cataaccagtgccattctgatgggggattcagcaatcggctctgccggtc
cttgaatttgctatgtatgctatgtggctgacagtgtccttagaatgatc
ctcctgcctccacctccaagatgttgaagttacaggtgtttgccaccaca
cctggcctgaaatttcctccatcatccttttctgtttaaagtcagtatct
atgctcagttgtctactatgtgtactcattgctgaaccaaatatatctga
gagagatccagaattatctctgactacctgtactttaatcccagccctag
cccttagccagctgtgcaagtaatttttgcagcattctttcctcacttgt
agaatgaagatagaaattaggtagatagatagatagatagatagatagat
agatagatagatagatagatagacagataatgataatatatatgtgtgtc
tatattgataatatctatttcatggttcattggagaaataagttgattgg
agaatgctttgataaactccaaactcctcccatacactaaaatcccctca
ctaatatgagaagggagggaagatataaaggtaaatttcctaatcattca
aggttatctttatgtagagaatgtaaaaggttgctggaaaggaggtttct
gagagcatagttcttaaagggaccaccggcctcctgagaggagccaacaa
gggcacgaggtagcttcaaatacgcaaaacaagctgtctccaataaacgc
cagaaccaatgatgttcattttctgaaaaaaaccctttaatctgttatac
ctttggggtttttgttctgttagctctgttatgaaaacactgtttccttc
tgacagcccaggcttgtcttgacttcacaatctttatgcctccgctctac
ggggtgctgggactta
gaattctcaccaccaacataaaagccagacatggtaacacttgtgtgtag
cctcagcactggggagaggagtccagcagatgctggggccttgctggcca
cccagtttagctaaaatgccaggctccaggttcagtgagagactctgctt
aaaagaaacaagagaagaaaatatcaacagatggagaacaacagaggagg
atgcccaacatccatctctaaccttcacatccacatacaaaggcacatgt
gcatgtatatacatgtgtattacagaaacacacacacaatatatgcttaa
gatgcacattagatacattctgaaggagacagggtcacatgtcatggagt
gacttacatggctacttccctagctttgcagatgtactaataaaattgaa
tagaggttagaaaggattagagaaactagtgtcagactttttgcaaccag
atcttatctttgcacctggctggctgtttgacctcacctctctaatgctt
gatttccttgtatgattgctgagcagattctgaggtagcacataaaacag
tgcttgtatagaaaggaagggcttcatgtctatatcttctacaatgtgaa
ctaatacaagtgcctagacacaactctagaggtgagtagtggctctgcta
gtttaataatctgctatgtgagagcctgagctttcaagtcatcttgcggg
aactttgagagataatagcacgtggtttcacagtcatgcagacaggggtt
ggaggcactcatgctagagacacatcacttaaactctatcatcctctttt
atagtaagcttcacttcagagagtcttgtgcagttccaacaatcttgaca
tttggggacagtgtccaataatgagaagagaatttttttatcacaagcac
tgtgagcttgtcaggccattgtgtgcatcataggatgccaggagcctcca
tccaatcagatgctgaaagcatcatcaaactgagcatagctccagtattt
ccaatgtcttctgggaagaaggaaactttgacttgggctaagagtccatg
ctatcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_52172671_52173725
seq2: B6Ng01-142G24.b_47_1112

seq1  GAATTCACTTTGTTGACCAGGCTGATGTCAAACTCAGAGATCTGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTTGACCAGGCTGATGTCAAACTCAGAGATCTGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCTGTGTGCTAGGATTAAAAGCACCATGCCTGGTGATTGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCTGTGTGCTAGGATTAAAAGCACCATGCCTGGTGATTGTATA  100

seq1  TTTTTTAAATTAATCTTCTTTTTCCCAAAAGTCACTGTTAGTATTTAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAATTAATCTTCTTTTTCCCAAAAGTCACTGTTAGTATTTAGTT  150

seq1  CATAACCAGTGCCATTCTGATGGGGGATTCAGCAATCGGCTCTGCCGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACCAGTGCCATTCTGATGGGGGATTCAGCAATCGGCTCTGCCGGTC  200

seq1  CTTGAATTTGCTATGTATGCTATGTGGCTGACAGTGTCCTTAGAATGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATTTGCTATGTATGCTATGTGGCTGACAGTGTCCTTAGAATGATC  250

seq1  CTCCTGCCTCCACCTCCAAGATGTTGAAGTTACAGGTGTTTGCCACCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCTCCACCTCCAAGATGTTGAAGTTACAGGTGTTTGCCACCACA  300

seq1  CCTGGCCTGAAATTTCCTCCATCATCCTTTTCTGTTTAAAGTCAGTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCTGAAATTTCCTCCATCATCCTTTTCTGTTTAAAGTCAGTATCT  350

seq1  ATGCTCAGTTGTCTACTATGTGTACTCATTGCTGAACCAAATATATCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAGTTGTCTACTATGTGTACTCATTGCTGAACCAAATATATCTGA  400

seq1  GAGAGATCCAGAATTATCTCTGACTACCTGTACTTTAATCCCAGCCCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATCCAGAATTATCTCTGACTACCTGTACTTTAATCCCAGCCCTAG  450

seq1  CCCTTAGCCAGCTGTGCAAGTAATTTTTGCAGCATTCTTTCCTCACTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGCCAGCTGTGCAAGTAATTTTTGCAGCATTCTTTCCTCACTTGT  500

seq1  AGAATGAAGATAGAAATTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAAGATAGAAATTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  550

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAATGATAATATATATGTGTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAATGATAATATATATGTGTGTC  600

seq1  TATATTGATAATATCTATTTCATGGTTCATTGGAGAAATAAGTTGATTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGATAATATCTATTTCATGGTTCATTGGAGAAATAAGTTGATTGG  650

seq1  AGAATGCTTTGATAAACTCCAAACTCCTCCCATACACTAAAATCCCCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCTTTGATAAACTCCAAACTCCTCCCATACACTAAAATCCCCTCA  700

seq1  CTAATATGAGAAGGGAGGGAAGATAT-AAGGTAAATTTCCTAATCATTCA  749
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATGAGAAGGGAGGGAAGATATAAAGGTAAATTTCCTAATCATTCA  750

seq1  AGGTTATC-TTATGTAGAGAATGTAAAAGGTTGCTGGAAAGGA-GATTCT  797
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  AGGTTATCTTTATGTAGAGAATGTAAAAGGTTGCTGGAAAGGAGGTTTCT  800

seq1  GAGAGCATAGTTCTTAAAGGGA-CACC-GCCTCCTGAGAGGAGCTA--CA  843
      |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |   |
seq2  GAGAGCATAGTTCTTAAAGGGACCACCGGCCTCCTGAGAGGAGCCAACAA  850

seq1  GGGCACGAGGTAGCTTCAAATACGCAAAACAAGCTGTCTCCAATAAACGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACGAGGTAGCTTCAAATACGCAAAACAAGCTGTCTCCAATAAACGC  900

seq1  CAAGAGCAATGATGTGCATTTTCTGAAAAAAAACCTTTAATCTGTTATA-  942
      ||  | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  CAGAACCAATGATGTTCATTTTCTGAAAAAAACCCTTTAATCTGTTATAC  950

seq1  CATTGGGGTTTTTGTTCTGTTTAGCTCTGTTTATG-AGACACTGTTTCC-  990
      | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||| 
seq2  CTTTGGGGTTTTTGTTCTG-TTAGCTCTG-TTATGAAAACACTGTTTCCT  998

seq1  TCTGACAGCCCAGGCTGTCCTTGACTTCACAATC-TTATGCCTCCGC-CT  1038
      ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TCTGACAGCCCAGGCTTGTCTTGACTTCACAATCTTTATGCCTCCGCTCT  1048

seq1  CACGGGTGCT-GGACTTA  1055
         ||||||| |||||||
seq2  ACGGGGTGCTGGGACTTA  1066

seq1: chr12_52293918_52294979
seq2: B6Ng01-142G24.g_67_1123 (reverse)

seq1  AGGATAGCATTGACTCTTGGCCAAGGTCAAAGTTTCCTCTTCCCCAGAAG  50
      |||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||  | ||||||||
seq2  AGGATAGCATGGACTCTTAGCCCAAGTCAAAGTTTCCTTCTTCCCAGAAG  50

seq1  ACATTTGGAAATACTTGGAGCTATGCTCAGTTTGGATGATGCTTTCAGCA  100
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACA-TTGGAAATAC-TGGAGCTATGCTCAGTTT-GATGATGCTTTCAGCA  97

seq1  TCTGATTGGATGGAGGCTCCTGGGCATCCTATGATGCACACAATGGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTGATTGGATGGAGGCTCCT-GGCATCCTATGATGCACACAATGG-CCT  145

seq1  GACAAGCTCAACAGTGCTTGTGGATAAAAAATTCTCTTCTCATTATTGGA  200
      ||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCTC-ACAGTGCTTGTGATAAAAAAATTCTCTTCTCATTATTGGA  194

seq1  CACTGT-CCCAAATGTCAAGATTGTTGGAACTGCACAAGACTCTCTGAAG  249
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCCCAAATGTCAAGATTGTTGGAACTGCACAAGACTCTCTGAAG  244

seq1  TGAAGCTTACTATAAAAGAGGATGATAGAGTTTAAGTGATGTGTCTCTAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTTACTATAAAAGAGGATGATAGAGTTTAAGTGATGTGTCTCTAG  294

seq1  CATGAGTGCCTCCAACCCCTGTCTGCATGACTGTGAAACCACGTGCTATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTGCCTCCAACCCCTGTCTGCATGACTGTGAAACCACGTGCTATT  344

seq1  ATCTCTCAAGTTCCCCGCAAGATGACTTGAAAGCTCAGGCTCTCACATAG  399
      |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCAAAGTTCCCGCAAGATGACTTGAAAGCTCAGGCTCTCACATAG  394

seq1  CAGATTATTAAACTAGCAGAGCCACTACTCACCTCTAGAGTTGTGTCTAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTATTAAACTAGCAGAGCCACTACTCACCTCTAGAGTTGTGTCTAG  444

seq1  GCACTTGTATTAGTTCACATTGTAGAAGATATAGACATGAAGCCCTTCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGTATTAGTTCACATTGTAGAAGATATAGACATGAAGCCCTTCCT  494

seq1  TTCTATACAAGCACTGTTTTATGTGCTACCTCAGAATCTGCTCAGCAATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATACAAGCACTGTTTTATGTGCTACCTCAGAATCTGCTCAGCAATC  544

seq1  ATACAAGGAAATCAAGCATTAGAGAGGTGAGGTCAAACAGCCAGCCAGGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGGAAATCAAGCATTAGAGAGGTGAGGTCAAACAGCCAGCCAGGT  594

seq1  GCAAAGATAAGATCTGGTTGCAAAAAGTCTGACACTAGTTTCTCTAATCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGATAAGATCTGGTTGCAAAAAGTCTGACACTAGTTTCTCTAATCC  644

seq1  TTTCTAACCTCTATTCAATTTTATTAGTACATCTGCAAAGCTAGGGAAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAACCTCTATTCAATTTTATTAGTACATCTGCAAAGCTAGGGAAGT  694

seq1  AGCCATGTAAGTCACTCCATGACATGTGACCCTGTCTCCTTCAGAATGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTAAGTCACTCCATGACATGTGACCCTGTCTCCTTCAGAATGTA  744

seq1  TCTAATGTGCATCTTAAGCATATATTGTGTGTGTGTTTCTGTAATACACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGTGCATCTTAAGCATATATTGTGTGTGTGTTTCTGTAATACACA  794

seq1  TGTATATACATGCACATGTGCCTTTGTATGTGGATGTGAAGGTTAGAGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATACATGCACATGTGCCTTTGTATGTGGATGTGAAGGTTAGAGAT  844

seq1  GGATGTTGGGCATCCTCCTCTGTTGTTCTCCATCTGTTGATATTTTCTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTTGGGCATCCTCCTCTGTTGTTCTCCATCTGTTGATATTTTCTTC  894

seq1  TCTTGTTTCTTTTAAGCAGAGTCTCTCACTGAACCTGGAGCCTGGCATTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTCTTTTAAGCAGAGTCTCTCACTGAACCTGGAGCCTGGCATTT  944

seq1  TAGCTAAACTGGGTGGCCAGCAAGGCCCCAGCATCTGCTGGACTCCTCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAAACTGGGTGGCCAGCAAGGCCCCAGCATCTGCTGGACTCCTCTC  994

seq1  CCCAGTGCTGAGGCTACACACAAGTGTTACCATGTCTGGCTTTTATGTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGCTGAGGCTACACACAAGTGTTACCATGTCTGGCTTTTATGTTG  1044

seq1  GTGGTGAGAATTC  1062
      |||||||||||||
seq2  GTGGTGAGAATTC  1057