BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-144B13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 41,785,481 - 41,879,876
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043157, LOC100043162
Upstream geneScin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277, Dock4, LOC638487
Downstream geneLrrn3, Immp2l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-144B13.bB6Ng01-144B13.g
ACCDH941862DH941863
length1,1511,150
definitionDH941862|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144B13, 5' end.DH941863|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144B13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,785,481 - 41,786,663)(41,878,704 - 41,879,876)
sequence
gaattctggtggctgtacgaggagaggaagagagcttttaactccagggt
gcttctcagttgatgaggtttgcccctggcttttgagggtagagcctttc
cttgtggactcccttgattgatctgagcctcctgcagcctgcatcatttg
gtgtgtcaggatgcagacctcttgctctctccacagttgcctttctgaac
cttccttctgctgtggccaggttaaattgaggccccctgacctaagatgt
tccctgttgcgaggtcctcagagtagcccagtttttaacagtgggggtct
ctattaggacattgcccactcttagctcccagtcatcaagagtggtaaag
tgggctttctttctactgctgtcctgtctgttagagaaatcacagttttc
aagaaccctcagctggaattggggcttgggagggctgcagtcttgtcctg
agagtaggactgcctgaccgacttcctgcttcatttttctcactatggaa
ctgagtagctgaagctggggtcagctacttttttgggctagcctgtcctt
tcactgtaccttttacttcctttgtgcattccttacgctttttgaaatat
agtctattttattcttaatctatctcttttattggatcaccaaaggcagc
ctttagtatatatatatgggcacacatgcctttgtgtgtgtgtgcacgtg
tgtgttttgaatgattttggaattgcatggcagatattcatgtgtccctc
ttaagaaatgtctgatattgacaaaatttggagctgtgacgaaaggatgg
accatctagtgattgccatatccagggatccatcccataatcagcttcca
aacactgacaccattgcatacactagcaagattttgctgtaaggacccag
atatagctgtctcttgtgagcctatgccggggcctagcaaacacataagt
ggatgctcacagtcagctattggatgatctcaggctcacatggaggagct
agagaagtacccaggagctaaagggactgcaccctatatgtgacaacata
taactacagtaccccgagctccttgtctctagctgcaagtatcaagatgc
ctaatcgcctactgagagtcttgacttgcaactttatatgcctcagtcag
g
gaattcaggatactcaattcatcacaaagcttttagctccattctaaaca
aaatcaaaatcccatcgtgtggtaaactcatacaagcttgagatgccagg
tctcagagcttattgtgaaataacacagtgatcagagacaccgagttctc
agctgaccgtggtttttcttctgattttaccttataaatcataaagtctt
gcttgagagcctcatttcaactgggggagcaaaaaatgagtaacacagaa
gacaggaatattggaaattaataatgcggtaaggaagagcacttaatgtt
tccactccttctgccatgcgtcccctgggtaagctaaatggtctacatcc
acaaatcacggggatgcaatgtaaaatggcagaggtcataatgttattct
tcctttccttgctattagaagaaatgaaagaagaatttataaactttcct
taaggtttatttatttacttatttattggtgggtgttttatctgcacgta
attcttcataacaaagcctgacttaacacaaggaacctcaacctaagatg
cagaaacctacaattatctctctcctaaagaacattcacaaaaggatcct
catccctgggccacggaaacaaggaactgactccttttcaagaagtccag
caccagtcttgcacctgtcatcagagaagcatggcctgggtgacgtccac
acggccagacctggattggcagtttgaaccaccaagcttcgcatgcacat
gctcggaactgtccagagcttgtaaccaaacagcaggagccagtcactgc
ggctgaagtgagcagcaggatcactcatgcccaaggcaaataaagcactg
aaagatgactggtaaaacaaaacaaacaaaacaacagcagcatccatgat
ttcatgttatgaaaggccatcttttcacaatagagggagaatttagtgaa
ggatttaagagtcacgctaattgaactccacccaggtgcaccagtcagtg
tttctttgggacttcaatagtaaatgcgactcaaggtgacgaatttcaga
agtgaatacctcccaggatcatctgagcttctccaaacaatttatcatgt
ggccaaatactgctagctcttgattgtaccatcagctgcactttgagaag

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_41785481_41786663
seq2: B6Ng01-144B13.b_47_1197

seq1  GAATTCTGGTGGCTGTACGAGGAGAGGAAGAGAGCTTTTAACTCCAGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTGGCTGTACGAGGAGAGGAAGAGAGCTTTTAACTCCAGGGT  50

seq1  GCTTCTCAGTTGATGAGGTTTGCCCCTGGCTTTTGAGGGTAGAGCCTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCAGTTGATGAGGTTTGCCCCTGGCTTTTGAGGGTAGAGCCTTTC  100

seq1  CTTGTGGACTCCCTTGATTGATCTGAGCCTCCTGCAGCCTGCATCATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGACTCCCTTGATTGATCTGAGCCTCCTGCAGCCTGCATCATTTG  150

seq1  GTGTGTCAGGATGCAGACCTCTTGCTCTCTCCACAGTTGCCTTTCTGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCAGGATGCAGACCTCTTGCTCTCTCCACAGTTGCCTTTCTGAAC  200

seq1  CTTCCTTCTGCTGTGGCCAGGTTAAATTGAGGCCCCCTGACCTAAGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCTGCTGTGGCCAGGTTAAATTGAGGCCCCCTGACCTAAGATGT  250

seq1  TCCCTGTTGCGAGGTCCTCAGAGTAGCCCAGTTTTTAACAGTGGGGGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTTGCGAGGTCCTCAGAGTAGCCCAGTTTTTAACAGTGGGGGTCT  300

seq1  CTATTAGGACATTGCCCACTCTTAGCTCCCAGTCATCAAGAGTGGTAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGGACATTGCCCACTCTTAGCTCCCAGTCATCAAGAGTGGTAAAG  350

seq1  TGGGCTTTCTTTCTACTGCTGTCCTGTCTGTTAGAGAAATCACAGTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTTCTTTCTACTGCTGTCCTGTCTGTTAGAGAAATCACAGTTTTC  400

seq1  AAGAACCCTCAGCTGGAATTGGGGCTTGGGAGGGCTGCAGTCTTGTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCCTCAGCTGGAATTGGGGCTTGGGAGGGCTGCAGTCTTGTCCTG  450

seq1  AGAGTAGGACTGCCTGACCGACTTCCTGCTTCATTTTTCTCACTATGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGGACTGCCTGACCGACTTCCTGCTTCATTTTTCTCACTATGGAA  500

seq1  CTGAGTAGCTGAAGCTGGGGTCAGCTACTTTTTTGGGCTAGCCTGTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTAGCTGAAGCTGGGGTCAGCTACTTTTTTGGGCTAGCCTGTCCTT  550

seq1  TCACTGTACCTTTTACTTCCTTTGTGCATTCCTTACGCTTTTTGAAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTACCTTTTACTTCCTTTGTGCATTCCTTACGCTTTTTGAAATAT  600

seq1  AGTCTATTTTATTCTTAATCTATCTCTTTTATTGGATCACCAAAGGCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATTTTATTCTTAATCTATCTCTTTTATTGGATCACCAAAGGCAGC  650

seq1  CTTTAGTATATATATATGGGCACACATGCCTTTGTGTGTGTGTGCACGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTATATATATATGGGCACACATGCCTTTGTGTGTGTGTGCACGTG  700

seq1  TGTGTTTTGAATGATTTTGGAATTGCATGGCAGATATTCATGTGTCCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTGAATGATTTTGGAATTGCATGGCAGATATTCATGTGTCCCTC  750

seq1  TTAAGAAATGTCTGATATTGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAATGTCTGATATTGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGG  800

seq1  ACCATCTAGTGATTGCCATATCCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTAGTGATTGCCATATCCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCA  850

seq1  AACACTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGTAAGGACCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGTAAGGACCCAG  900

seq1  ATATAGCTGTCTCTTGTGAGCCTATGCCGGGGCCTAGCAAACACATAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCTGTCTCTTGTGAGCCTATGCCGGGGCCTAGCAAACACATAAGT  950

seq1  GGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCTCAGGGCCCACAATGGAGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||
seq2  GGATGCTCACAGTCAGCTATTGGAT-GATCTCA-GGCTCAC-ATGGAGGA  997

seq1  GCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATATGTGG  1050
      ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| 
seq2  GCTAGAG-AAGTACCC-AGGAGCTAAAGGG-ACTGC-ACCCTATATGTG-  1042

seq1  AACAACAATATAAACTAACCAGTACCCCGGAGCT-CTTGTCTCTAGCTGC  1099
       ||||| |||| |||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  -ACAAC-ATAT-AACTA--CAGTACCCC-GAGCTCCTTGTCTCTAGCTGC  1086

seq1  ATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCT  1149
        | |||||  ||||| ||||| ||| |    |||     |||||    |
seq2  --AAGTATC--AAGAT-GCCTAATCGCC---TACT-----GAGAG----T  1119

seq1  TTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGG  1183
       | ||||||| ||||||||||||| |||| ||||
seq2  CTTGACTTGC-AACTTTATATGCCTCAGT-CAGG  1151

seq1: chr12_41878704_41879876
seq2: B6Ng01-144B13.g_68_1217 (reverse)

seq1  CTTCTTCAAAGTGCAAGCTGATGGGTACAATCAAGAAGCTTATGCAGTTA  50
      |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||   |||| ||
seq2  CTTC-TCAAAGTGC-AGCTGAT-GGTACAATCAAG-AGCT--AGCAG-TA  43

seq1  TTTTGCCACCATGATAAA-TGTTTGTGAGAAGCTCAGAGTGATCCTTGGG  99
      ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  ||
seq2  TTTGGCCA-CATGATAAATTGTTTG-GAGAAGCTCAGA-TGATCCT--GG  88

seq1  GAGGTA-TCAACTCTGAAATTCTGTCACCTTTTGAAGTCGCATTTAACTA  148
      |||||| |||  |||||||||| ||||||||    |||||||||| ||||
seq2  GAGGTATTCACTTCTGAAATTC-GTCACCTT---GAGTCGCATTT-ACTA  133

seq1  TTGAAGTCTCAAAGAAACACTGACTGGTGCACCTGGGTTGGAGTTCAATT  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGAAGTCCCAAAGAAACACTGACTGGTGCACCTGGG-TGGAGTTCAATT  182

seq1  AAGCGTGACTCTTTAAATCCTTCACTAAATTCTCCCTCTATTGTGAAAGG  248
       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  -AGCGTGACTC-TTAAATCCTTCACTAAATTCTCCCTCTATTGTGAAAAG  230

seq1  ATGGCCTTTCATAAACATGAAATCATGGATGCTGCTGTTGTTTTGTTTTG  298
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGGCCTTTCAT-AACATGAAATCATGGATGCTGCTGTTGTTTTG-TTTG  278

seq1  TTTTGTTTTTACCAGTCATCTTTCAGTGCTTTTATTTTGCCTTGGGCATG  348
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  TTTTG-TTTTACCAGTCATCTTTCAGTGCTTT--ATTTGCCTTGGGCATG  325

seq1  AGTGATCCTGCTGCTCACTTCAGCCGCAGTGACTGGCTCCTGCTGTTTGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCCTGCTGCTCACTTCAGCCGCAGTGACTGGCTCCTGCTGTTTGG  375

seq1  TTACAAGCTCTGGACAGTTCCGAGCATGTGCATGCGAAGCTTGGTGGTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGCTCTGGACAGTTCCGAGCATGTGCATGCGAAGCTTGGTGGTTC  425

seq1  AAACTGCCAATCCAGGTCTGGCCGTGTGGACGTCACCCAGGCCATGCTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCCAATCCAGGTCTGGCCGTGTGGACGTCACCCAGGCCATGCTTC  475

seq1  TCTGATGACAGGTGCAAGACTGGTGCTGGACTTCTTGAAAAGGAGTCAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGACAGGTGCAAGACTGGTGCTGGACTTCTTGAAAAGGAGTCAGT  525

seq1  TCCTTGTTTCCGTGGCCCAGGGATGAGGATCCTTTTGTGAATGTTCTTTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTTCCGTGGCCCAGGGATGAGGATCCTTTTGTGAATGTTCTTTA  575

seq1  GGAGAGAGATAATTGTAGGTTTCTGCATCTTAGGTTGAGGTTCCTTGTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAGATAATTGTAGGTTTCTGCATCTTAGGTTGAGGTTCCTTGTGT  625

seq1  TAAGTCAGGCTTTGTTATGAAGAATTACGTGCAGATAAAACACCCACCAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAGGCTTTGTTATGAAGAATTACGTGCAGATAAAACACCCACCAA  675

seq1  TAAATAAGTAAATAAATAAACCTTAAGGAAAGTTTATAAATTCTTCTTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAGTAAATAAATAAACCTTAAGGAAAGTTTATAAATTCTTCTTTC  725

seq1  ATTTCTTCTAATAGCAAGGAAAGGAAGAATAACATTATGACCTCTGCCAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCTAATAGCAAGGAAAGGAAGAATAACATTATGACCTCTGCCAT  775

seq1  TTTACATTGCATCCCCGTGATTTGTGGATGTAGACCATTTAGCTTACCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTGCATCCCCGTGATTTGTGGATGTAGACCATTTAGCTTACCCA  825

seq1  GGGGACGCATGGCAGAAGGAGTGGAAACATTAAGTGCTCTTCCTTACCGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACGCATGGCAGAAGGAGTGGAAACATTAAGTGCTCTTCCTTACCGC  875

seq1  ATTATTAATTTCCAATATTCCTGTCTTCTGTGTTACTCATTTTTTGCTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAATTTCCAATATTCCTGTCTTCTGTGTTACTCATTTTTTGCTCC  925

seq1  CCCAGTTGAAATGAGGCTCTCAAGCAAGACTTTATGATTTATAAGGTAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTGAAATGAGGCTCTCAAGCAAGACTTTATGATTTATAAGGTAAA  975

seq1  ATCAGAAGAAAAACCACGGTCAGCTGAGAACTCGGTGTCTCTGATCACTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAGAAAAACCACGGTCAGCTGAGAACTCGGTGTCTCTGATCACTG  1025

seq1  TGTTATTTCACAATAAGCTCTGAGACCTGGCATCTCAAGCTTGTATGAGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTTCACAATAAGCTCTGAGACCTGGCATCTCAAGCTTGTATGAGT  1075

seq1  TTACCACACGATGGGATTTTGATTTTGTTTAGAATGGAGCTAAAAGCTTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACACGATGGGATTTTGATTTTGTTTAGAATGGAGCTAAAAGCTTT  1125

seq1  GTGATGAATTGAGTATCCTGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAATTGAGTATCCTGAATTC  1150