BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145B16
Chromosome12 (Build37)
Map Location 17,613,483 - 17,743,726
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHpcal1
Upstream geneNtsr2, Greb1, E2f6, Rock2, Pqlc3, 2410004P03Rik, EG668514, Kcnf1, LOC100043299, Pdia6, Atp6v1c2, Nol10, LOC672501, Odc1, LOC100042522, LOC100042528
Downstream geneEG668525, LOC673341, EG245297, LOC100042573, LOC668539, LOC100043324, LOC636282, EG632781, LOC668541, LOC673160, 5730507C01Rik, EG668553, LOC668558
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145B16.bB6Ng01-145B16.g
ACCDH942604DH942605
length1,154621
definitionDH942604|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145B16, 5' end.DH942605|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145B16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,613,483 - 17,614,630)(17,743,112 - 17,743,726)
sequence
gaattccacacccctaagtcccttaccccataaaaacccctagcttttga
gcctcgtggccgacatctgttatctcctgtgtggcatgcatgtcggtccg
gagctccgtcattaaacaacctcatgtaattacatcagggtggtctattc
atgattctttgggtgcacgccgaattgggaattgagtgggggtttcccca
ctaggttctatcactagttcctccatcctctcttttctctttgctcaaca
atagactttgatctgaaggtgtgtgttggggaaattctaggtttttactc
ctctagctttaacttctcagggagtaaagagggaagcaaggaacgtgact
aagacaaaccttcacctcttgcgcgggctcgactggccaggaagaacgat
gctgcaacaggatccttctgcacacgtttattgggagagcttgattgtag
aggcgaaaagaccccaagcccagaactggtgctgcttttataggcctagg
agaggcgtgtcttacacctggattggttatgcactatgcctcatttgcat
gttcctcatctgattggctactctctctcagtacctcacagagcctcatt
atcatacctcatttgcatgtctcacatctgattggttatactctcagtac
cttacagaacctcattatcatgcccgggccaggcagtgtctttgcaaaaa
cctttactgcatatgtacacattggttgtttgtccaaacttatgcgtggt
ggccagcagtagtcagtgccactctgcaacggcacatgtgggctcccaca
ttcacccttcaactcttttattttttaagatttattttttttattatgta
tacaatgttctgcttgcataatgtgcctgcaggccagaagaggtacccag
atctcattatagatggttatgagccaccatgtggttgctgggaactgaac
tcaggatctcggaggagcggccagtactcataatctctgagcatctctcc
agccccacctggcaactcttttaaccttgggttgcagtaaacacaccaca
tttttgactgcctggaagagcttcagcccgaaattgctgtgatgtgcatg
gcagggcaaggtcaggaccaatttatgaggttaaacatgttcggacatat
gccc
gaattcaaagccagcctgggccacaggagaccctgtcaagaaaccaaaaa
caaaaacaaaaggtgggggaagaaaggaggagagagtgggtcccactcct
cagtggcttctaactaggtggtagactccgagtgatagccacttggtttc
tatgttagacccaccatctcctgaccagcccctatacagtcactaaccaa
ggtctccctatgagctggctacccttaacgacctatggaaagccctgagc
caccatattgtgtcagtgtgccatgtcctgaggtagtcccaccccccccc
atcccccagtcatccttccggtcccgtgtggaggacaccaagctgacagg
ctggcaggctccgtggtagcaggacccacatctggcagctgctgcaatgg
agattctaccaatgagaggcaaagcctggcatcctggaggtgcccggtac
cctctactgctggtcataaagactgtccatagatagatagatagatagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataaggag
agagcaggaggagataggccatgagccaggcacctaaagacacttttttt
tgtctctacggaataaactgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_17613483_17614630
seq2: B6Ng01-145B16.b_46_1199

seq1  GAATTCCACACCCCTAAGTCCCTTACCCCATAAAAACCCCTAGCTTTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACCCCTAAGTCCCTTACCCCATAAAAACCCCTAGCTTTTGA  50

seq1  GCCTCGTGGCCGACATCTGTTATCTCCTGTGTGGCATGCATGTCGGTCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCGTGGCCGACATCTGTTATCTCCTGTGTGGCATGCATGTCGGTCCG  100

seq1  GAGCTCCGTCATTAAACAACCTCATGTAATTACATCAGGGTGGTCTATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCGTCATTAAACAACCTCATGTAATTACATCAGGGTGGTCTATTC  150

seq1  ATGATTCTTTGGGTGCACGCCGAATTGGGAATTGAGTGGGGGTTTCCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCTTTGGGTGCACGCCGAATTGGGAATTGAGTGGGGGTTTCCCCA  200

seq1  CTAGGTTCTATCACTAGTTCCTCCATCCTCTCTTTTCTCTTTGCTCAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTTCTATCACTAGTTCCTCCATCCTCTCTTTTCTCTTTGCTCAACA  250

seq1  ATAGACTTTGATCTGAAGGTGTGTGTTGGGGAAATTCTAGGTTTTTACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTTGATCTGAAGGTGTGTGTTGGGGAAATTCTAGGTTTTTACTC  300

seq1  CTCTAGCTTTAACTTCTCAGGGAGTAAAGAGGGAAGCAAGGAACGTGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCTTTAACTTCTCAGGGAGTAAAGAGGGAAGCAAGGAACGTGACT  350

seq1  AAGACAAACCTTCACCTCTTGCGCGGGCTCGACTGGCCAGGAAGAACGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAACCTTCACCTCTTGCGCGGGCTCGACTGGCCAGGAAGAACGAT  400

seq1  GCTGCAACAGGATCCTTCTGCACACGTTTATTGGGAGAGCTTGATTGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAACAGGATCCTTCTGCACACGTTTATTGGGAGAGCTTGATTGTAG  450

seq1  AGGCGAAAAGACCCCAAGCCCAGAACTGGTGCTGCTTTTATAGGCCTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGAAAAGACCCCAAGCCCAGAACTGGTGCTGCTTTTATAGGCCTAGG  500

seq1  AGAGGCGTGTCTTACACCTGGATTGGTTATGCACTATGCCTCATTTGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCGTGTCTTACACCTGGATTGGTTATGCACTATGCCTCATTTGCAT  550

seq1  GTTCCTCATCTGATTGGCTACTCTCTCTCAGTACCTCACAGAGCCTCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCATCTGATTGGCTACTCTCTCTCAGTACCTCACAGAGCCTCATT  600

seq1  ATCATACCTCATTTGCATGTCTCACATCTGATTGGTTATACTCTCAGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACCTCATTTGCATGTCTCACATCTGATTGGTTATACTCTCAGTAC  650

seq1  CTTACAGAACCTCATTATCATGCCCGGGCCAGGCAGTGTCTTTGCAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGAACCTCATTATCATGCCCGGGCCAGGCAGTGTCTTTGCAAAAA  700

seq1  CCTTTACTGCATATGTACACATTGGTTGTTTGTCCAAACTTATGCGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACTGCATATGTACACATTGGTTGTTTGTCCAAACTTATGCGTGGT  750

seq1  GGCCAGCAGTAGTCAGTGCCACTCTGCAACGGCACATGTGGCTTCCCACA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  GGCCAGCAGTAGTCAGTGCCACTCTGCAACGGCACATGTGGGCTCCCACA  800

seq1  TTCACCCTTCAACTCTTTTATTTTTTAAGATTTA-TTTTTTTATTATGTA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCACCCTTCAACTCTTTTATTTTTTAAGATTTATTTTTTTTATTATGTA  850

seq1  TACAATGTTCTGCTTGCAT-ATGTGCCTGCAGGCCAGAAGAGGGTACCAG  898
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TACAATGTTCTGCTTGCATAATGTGCCTGCAGGCCAGAAGAGGTACCCAG  900

seq1  ATCTCATTATAGATGGTTATGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAACTGAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTATAGATGGTTATGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAACTGAAC  950

seq1  TCAGGATCTTCGGAGGAGCGGCCAGTACTCATAATCTCTGAGCATCTCTC  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATC-TCGGAGGAGCGGCCAGTACTCATAATCTCTGAGCATCTCTC  999

seq1  CAGCCCCACCTGCCAACTC-TCTAACCTTGTGTTGCAGTAATACACA-CA  1046
      |||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||| ||||| ||
seq2  CAGCCCCACCTGGCAACTCTTTTAACCTTGGGTTGCAGTAA-ACACACCA  1048

seq1  CA-TTTTGACTGCCTGGAAGA-CTTCAGCCAG-AATTGCTG-GATG-CCA  1091
      || |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||  ||
seq2  CATTTTTGACTGCCTGGAAGAGCTTCAGCCCGAAATTGCTGTGATGTGCA  1098

seq1  T-GCAGGCAATGGTCAAGGACAATTTTATGAGGTTAAACATGTGTCTGAC  1140
      | |||||  | |||| ||||| | ||||||||||||||||||| || |||
seq2  TGGCAGGGCAAGGTC-AGGACCAATTTATGAGGTTAAACATGT-TCGGAC  1146

seq1  ATATGCCC  1148
      ||||||||
seq2  ATATGCCC  1154

seq1: chr12_17743112_17743726
seq2: B6Ng01-145B16.g_68_688 (reverse)

seq1  CCAG-TTCTTCCGTAGAGAC-AGAGAAAGTGTCTTTAGGTGCCTGGCTCA  48
      |||| || |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTATTCCGTAGAGACAAAAAAAAGTGTCTTTAGGTGCCTGGCTCA  50

seq1  TGGGCTATCTCCTCCTGCTTTCTCCT----TATCTATCTATCTATCTATC  94
      ||| ||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTATCTCCTCCTGCTCTCTCCTTATCTATCTATCTATCTATCTATC  100

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGACAGT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGACAGT  150

seq1  CTTTATGACCAGCAGTAGAGGGTACCGGGCACCTCCAGGATGCCAGGCTT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGACCAGCAGTAGAGGGTACCGGGCACCTCCAGGATGCCAGGCTT  200

seq1  TGCCTCTCATTGGTAGAATCTCCATTGCAGCAGCTGCCAGATGTGGGTCC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCATTGGTAGAATCTCCATTGCAGCAGCTGCCAGATGTGGGTCC  250

seq1  TGCTACCACGGAGCCTGCCAGCCTGTCAGCTTGGTGTCCTCCACACGGGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCACGGAGCCTGCCAGCCTGTCAGCTTGGTGTCCTCCACACGGGA  300

seq1  CCGGAAGGATGACTGGGGGATGGGGGGGGGTGGGACTACCTCAGGACATG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAAGGATGACTGGGGGATGGGGGGGGGTGGGACTACCTCAGGACATG  350

seq1  GCACACTGACACAATATGGTGGCTCAGGGCTTTCCATAGGTCGTTAAGGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTGACACAATATGGTGGCTCAGGGCTTTCCATAGGTCGTTAAGGG  400

seq1  TAGCCAGCTCATAGGGAGACCTTGGTTAGTGACTGTATAGGGGCTGGTCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGCTCATAGGGAGACCTTGGTTAGTGACTGTATAGGGGCTGGTCA  450

seq1  GGAGATGGTGGGTCTAACATAGAAACCAAGTGGCTATCACTCGGAGTCTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGTGGGTCTAACATAGAAACCAAGTGGCTATCACTCGGAGTCTA  500

seq1  CCACCTAGTTAGAAGCCACTGAGGAGTGGGACCCACTCTCTCCTCCTTTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAGTTAGAAGCCACTGAGGAGTGGGACCCACTCTCTCCTCCTTTC  550

seq1  TTCCCCCACCTTTTGTTTTTGTTTTTGGTTTCTTGACAGGGTCTCCTGTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCACCTTTTGTTTTTGTTTTTGGTTTCTTGACAGGGTCTCCTGTG  600

seq1  GCCCAGGCTGGCTTTGAATTC  615
      |||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGCTGGCTTTGAATTC  621