BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156C17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 9,186,566 - 9,300,641
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1110057K04Rik, Gdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154, Pum2, F730043H23, Sdc1, Laptm4a, Matn3, Wdr35, Ttc32
Downstream geneLOC633030, LOC100042238, Osr1, LOC382567
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156C17.bB6Ng01-156C17.g
ACCDH950744DH950745
length1,2191,018
definitionDH950744|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156C17, 5' end.DH950745|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,299,387 - 9,300,641)(9,186,566 - 9,187,595)
sequence
gaattccagagatcttaaaggaactgcatagacaagaggaataggaactt
ttattcaataggcagctccctgtccacgccatcctgtcccctggtgtgaa
acctaactgggaagtaggtggactgtcaccacactgttcctgtcccttcc
caggccttggttctctaatgtcttctagagtagaagaaggtctgcatatg
caaagaagtgcctagaaactggtggctttaagctgtatagcaaccccctt
gcaggtgaaatgacccttttataagagtcacctaaaaccatcagaaaaca
cagatatttaaactatgatttgtaacagtagcgaaattacacttatgaag
tagcaatgaaaataattttatggttgaggttcaccacaacataaggaact
gtattaaagggttacagctttaggaagattgagactcactgcagtacagg
ctgctatacagaacggggctgtactaatacatgccagccaactggagagg
agtggccatggagaacaacaactgagcacttagcagcttgccaagattgc
ccttaagcatacatgaaagttgttcccatacagatgaccattttgctctt
gcctctcatcagtcctgtcacaggacccatcagaagtgcaaatgaacaag
aacaaaagaagctctctgaagtctttcttctgagactgaaaggagtattt
cctctattggaaagaacactccaacccaagctcatacaaagttagaatct
cagaagagaagagctacctcttaagaagcaatcactccaaattctataca
gcctccactctgtgcttcaaacaaaggctgtgtagaagggaaattgtgaa
aagggaaatgagaatgcaggtccctttaaaagctgagctgcacccctggg
ggactagaatcagaagagcacacccagtgatgagatgctgagggcagtgg
tgtgagtgtggaggcagcagatgcctcaaggcagagctgcatgtgatgtg
ggagctgtgcttaaagcaagacagagaggatttcacagcatcctctcact
gaatacacccactgtacttgatttcacagcagatatgatctgggactctt
tgaagcagaactgttgactcaaatgctcaagtcagctcactgtgtgtgat
tctacatcctgacatatactgagtggaacatgaattcaaacttgggaggt
taagacgtaggtgagtcca
gaattcatagaagatttattgaagagcgcaagcttgtatgatataggcaa
aagatgagatggggatggggcacttcagcaggcagacagagagtggggag
gtgaggttgagaggtgccatgtgaaagaaggaacccacaggtcttgccac
tatgaggatttcatgtgtgataacacaaccttggctccctcggccttttg
ctgcctcactcccagttgtattgacagagcaaaggtagatgtattcagtt
ggagagggaaagggttgaggtatacataggtatgtgcatggcatatgaga
accttcagaagcacttaaaaatgtgagctttgggaggagagatgggaact
ctcattaatggagactattagttggtccatttactttttaaaaatataag
tattcatctacataaattcttcttatgacttgtccatgttttcccaaata
tatagttttggtaacctggtgcacagtggctattcagaagacttgctgac
tatgtgaggccaacacagggaacctcactgagtctttgggaatctcagca
ttggtggagaaggggaagaaactggaattgtacttgtacagaacctggac
agctccagtaggcatggcagatagcgtccctcccctctgactcttttgtt
tctctatctaaatctgggacagttggagccatttccagatgaagccagag
ctgcttggcttccttatcattaaatccatatggggacaaggcagggatat
aaggaacttctgggtgtggaagtgctttgagaaactgtaagagccaaccc
aatgtgcttatcctggggtatcaggaggggaaacatgggagtcacaaagg
gttaaacatcttggcagaaaggaggctcttcattttcctgattcctcagg
ttggctttcacttaaagaggactagagatttaacacaggatctgagcagg
ggactcctctcagcctcatgggaaattggcagcaggactaataaagcatc
ccttcgatgttaatacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_9299387_9300641
seq2: B6Ng01-156C17.b_49_1267 (reverse)

seq1  TGGACTCACCTTTCCTTATCTTATAACCTCCCCCAGTTTAGAATTTCAAG  50
      ||||||||||      ||  |  |||||| ||| ||||| |||||   | 
seq2  TGGACTCACC------TACGTCTTAACCT-CCCAAGTTT-GAATT--CAT  40

seq1  GTTCTCACTCCAGTGATATGTTCAGGATATGCTAGATGTCATCACCAGGT  100
      |||| |||| |||| ||||| |||||||    ||||  ||| |||   ||
seq2  GTTC-CACT-CAGT-ATATG-TCAGGAT---GTAGA-ATCA-CACACAGT  81

seq1  GAGCTGGCCCTTGAGCCTATTTTGAGTCACCAGTTTCTTGCTTCAAAAGA  150
      ||||||   |||||||    ||||||||| |||||   |||||| |||||
seq2  GAGCTG--ACTTGAGC---ATTTGAGTCAACAGTT--CTGCTTC-AAAGA  123

seq1  GTCCCAGATCATATCTGCTGTGAAATCAAGTACAGGTGGGTGTATTCAGT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTCCCAGATCATATCTGCTGTGAAATCAAGTACA-GTGGGTGTATTCAGT  172

seq1  GAGAGGATGCTGTGAAATCCTCTTCTGGTCTTGGCTTTAAGCACAGCTCC  250
      |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGAGGATGCTGTGAAATCCTC-TCT-GTCTT-GCTTTAAGCACAGCTCC  219

seq1  CACATCACATGCAGCTCTGCCTTGAGGCATCTGCCTGCCTCCACACTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACATCACATGCAGCTCTGCCTTGAGGCATCTG-CTGCCTCCACACTCAC  268

seq1  ACCCACCTGCCCCTCAGCATCTCATCACTGGGTGTTGCTCTTCTGATTCT  350
      |||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACC--ACTG-CCCTCAGCATCTCATCACTGGGTG-TGCTCTTCTGATTCT  314

seq1  AGTCCCCCAGGGGTGCAGCTCAGCTTTTAAAGGGACCTGCATTCTCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCCAGGGGTGCAGCTCAGCTTTTAAAGGGACCTGCATTCTCATTT  364

seq1  CCCTTTTCACAATTTCCCTTCTACACAGCCTTTGTTTGAAGCACAGAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTCACAATTTCCCTTCTACACAGCCTTTGTTTGAAGCACAGAGTG  414

seq1  GAGGCTGTATAGAATTTGGAGTGATTGCTTCTTAAGAGGTAGCTCTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTATAGAATTTGGAGTGATTGCTTCTTAAGAGGTAGCTCTTCTC  464

seq1  TTCTGAGATTCTAACTTTGTATGAGCTTGGGTTGGAGTGTTCTTTCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGATTCTAACTTTGTATGAGCTTGGGTTGGAGTGTTCTTTCCAAT  514

seq1  AGAGGAAATACTCCTTTCAGTCTCAGAAGAAAGACTTCAGAGAGCTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAATACTCCTTTCAGTCTCAGAAGAAAGACTTCAGAGAGCTTCTT  564

seq1  TTGTTCTTGTTCATTTGCACTTCTGATGGGTCCTGTGACAGGACTGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTGTTCATTTGCACTTCTGATGGGTCCTGTGACAGGACTGATGA  614

seq1  GAGGCAAGAGCAAAATGGTCATCTGTATGGGAACAACTTTCATGTATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAGAGCAAAATGGTCATCTGTATGGGAACAACTTTCATGTATGCT  664

seq1  TAAGGGCAATCTTGGCAAGCTGCTAAGTGCTCAGTTGTTGTTCTCCATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCAATCTTGGCAAGCTGCTAAGTGCTCAGTTGTTGTTCTCCATGG  714

seq1  CCACTCCTCTCCAGTTGGCTGGCATGTATTAGTACAGCCCCGTTCTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCTCTCCAGTTGGCTGGCATGTATTAGTACAGCCCCGTTCTGTAT  764

seq1  AGCAGCCTGTACTGCAGTGAGTCTCAATCTTCCTAAAGCTGTAACCCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCTGTACTGCAGTGAGTCTCAATCTTCCTAAAGCTGTAACCCTTT  814

seq1  AATACAGTTCCTTATGTTGTGGTGAACCTCAACCATAAAATTATTTTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGTTCCTTATGTTGTGGTGAACCTCAACCATAAAATTATTTTCAT  864

seq1  TGCTACTTCATAAGTGTAATTTCGCTACTGTTACAAATCATAGTTTAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTTCATAAGTGTAATTTCGCTACTGTTACAAATCATAGTTTAAAT  914

seq1  ATCTGTGTTTTCTGATGGTTTTAGGTGACTCTTATAAAAGGGTCATTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGTTTTCTGATGGTTTTAGGTGACTCTTATAAAAGGGTCATTTCA  964

seq1  CCTGCAAGGGGGTTGCTATACAGCTTAAAGCCACCAGTTTCTAGGCACTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAAGGGGGTTGCTATACAGCTTAAAGCCACCAGTTTCTAGGCACTT  1014

seq1  CTTTGCATATGCAGACCTTCTTCTACTCTAGAAGACATTAGAGAACCAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCATATGCAGACCTTCTTCTACTCTAGAAGACATTAGAGAACCAAG  1064

seq1  GCCTGGGAAGGGACAGGAACAGTGTGGTGACAGTCCACCTACTTCCCAGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGAAGGGACAGGAACAGTGTGGTGACAGTCCACCTACTTCCCAGT  1114

seq1  TAGGTTTCACACCAGGGGACAGGATGGCGTGGACAGGGAGCTGCCTATTG  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTCACACCAGGGGACAGGATGGCGTGGACAGGGAGCTGCCTATTG  1164

seq1  AATAAAAGTTCCTATTCCTCTTGTCTATGCAGTTCCTTTAAGATCTCTGG  1250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGTTCCTATTCCTCTTGTCTATGCAGTTCCTTTAAGATCTCTGG  1214

seq1  AATTC  1255
      |||||
seq2  AATTC  1219

seq1: chr12_9186566_9187595
seq2: B6Ng01-156C17.g_65_1082

seq1  GAATTCATAGAAGATTTATTGAAGAGCGCAAGCTTGTATGATATAGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGAAGATTTATTGAAGAGCGCAAGCTTGTATGATATAGGCAA  50

seq1  AAGATGAGATGGGGATGGGGCACTTCAGCAGGCAGACAGAGAGTGGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAGATGGGGATGGGGCACTTCAGCAGGCAGACAGAGAGTGGGGAG  100

seq1  GTGAGGTTGAGAGGTGCCATGTGAAAGAAGGAACCCACAGGTCTTGCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTTGAGAGGTGCCATGTGAAAGAAGGAACCCACAGGTCTTGCCAC  150

seq1  TATGAGGATTTCATGTGTGATAACACAACCTTGGCTCCCTCGGCCTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGATTTCATGTGTGATAACACAACCTTGGCTCCCTCGGCCTTTTG  200

seq1  CTGCCTCACTCCCAGTTGTATTGACAGAGCAAAGGTAGATGTATTCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCACTCCCAGTTGTATTGACAGAGCAAAGGTAGATGTATTCAGTT  250

seq1  GGAGAGGGAAAGGGTTGAGGTATACATAGGTATGTGCATGGCATATGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGGAAAGGGTTGAGGTATACATAGGTATGTGCATGGCATATGAGA  300

seq1  ACCTTCAGAAGCACTTAAAAATGTGAGCTTTGGGAGGAGAGATGGGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAGAAGCACTTAAAAATGTGAGCTTTGGGAGGAGAGATGGGAACT  350

seq1  CTCATTAATGGAGACTATTAGTTGGTCCATTTACTTTTTAAAAATATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAATGGAGACTATTAGTTGGTCCATTTACTTTTTAAAAATATAAG  400

seq1  TATTCATCTACATAAATTCTTCTTATGACTTGTCCATGTTTTCCCAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCTACATAAATTCTTCTTATGACTTGTCCATGTTTTCCCAAATA  450

seq1  TATAGTTTTGGTAACCTGGTGCACAGTGGCTATTCAGAAGACTTGCTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTTGGTAACCTGGTGCACAGTGGCTATTCAGAAGACTTGCTGAC  500

seq1  TATGTGAGGCCAACACAGGGAACCTCACTGAGTCTTTGGGAATCTCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAGGCCAACACAGGGAACCTCACTGAGTCTTTGGGAATCTCAGCA  550

seq1  TTGGTGGAGAAGGGGAAGAAACTGGAATTGTACTTGTACAGAACCTGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGAGAAGGGGAAGAAACTGGAATTGTACTTGTACAGAACCTGGAC  600

seq1  AGCTCCAGTAGGCATGGCAGATAGCGTCCCTCCCCTCTGACTCTTTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGTAGGCATGGCAGATAGCGTCCCTCCCCTCTGACTCTTTTGTT  650

seq1  TCTCTATCTAAATCTGGGACAGTTGGAGCCATTTCCAGATGAAGCCAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATCTAAATCTGGGACAGTTGGAGCCATTTCCAGATGAAGCCAGAG  700

seq1  CTGCTTGGCTTCCTTATCATTAAATCCATATGGGGACAAGGCAGGGATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGGCTTCCTTATCATTAAATCCATATGGGGACAAGGCAGGGATAT  750

seq1  AAGGAACTTCTGGGTGTGGAAGTGCTTTGAGAAACTGTAAGAGCCAACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACTTCTGGGTGTGGAAGTGCTTTGAGAAACTGTAAGAGCCAACCC  800

seq1  AATGTGCTTATCCTGGGGTATCAGGAGGGGAAACATGGGAGTCACAAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTTATCCTGGGGTATCAGGAGGGGAAACATGGGAGTCACAAAGG  850

seq1  GTTAAACATCTTGGCAGAAAGGAGGCTCTTCATTTTCCTGATTCCTCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACATCTTGGCAGAAAGGAGGCTCTTCATTTTCCTGATTCCTCAGG  900

seq1  TTGGC-TTCACTTAAAGAGGAACTAGAAGATTTTAACACAAGGATCTGAG  949
      ||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||
seq2  TTGGCTTTCACTTAAAGAGG-ACTAG-AGA-TTTAACAC-AGGATCTGAG  946

seq1  CAAGGGGACTCCTTCCTCAGGCCTCATGGGAAATTTGGCAGGCAGGACTA  999
      | |||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  C-AGGGGACTCCT--CTCA-GCCTCATGGGAAA-TTGGCA-GCAGGACTA  990

seq1  ATAAAAGCATCCCTTTCGATGTATAATACCA  1030
      || |||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AT-AAAGCATCCC-TTCGATGT-TAATACCA  1018