BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157A15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 96,272,579 - 96,419,417
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039603
Upstream geneLOC217786
Downstream geneLOC667688, Flrt2, 1700019M22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157A15.bB6Ng01-157A15.g
ACCDH951380DH951381
length1,0521,180
definitionDH951380|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157A15, 5' end.DH951381|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157A15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,418,357 - 96,419,417)(96,272,579 - 96,273,765)
sequence
gaattcactgttggtgctggctgctttctgtttttcctgtctgagataca
agtagggttgaaagcagaagtattgatggggaagagctatcaccattctc
agcctcatagggactgttggtgttagcacacacaaataacaaaagcctct
gcgtgaatgatggattaattattttttttttttggtctaatggcctctta
ttcatgttttttatgccctcgtttgttaacactactcgacacttctcttc
atttttaatgagtccttggaaaatggacacagtactcatcctaattgtta
gtactggaggattcattcacattttgttagccagaacaacatacaaaata
ggacactcattggactcaagggaaagagaaaattgtgcatcatttgaggt
taaaataagacaaagaacacacgaatgggcttgggagaccttgccatgaa
ttttgcaaatggacaagaaagcagcacatctcagtctttgtgagagcagg
ctcactattccttagagaggcaaccttatagatctattttgttgtcagcg
tataatcacaatgttgattttaggatgccaacaggggacatgaaagggta
attaatgcttgctaatgttaagtcaacttcatgtcatcatagactgtaat
attaaactctctggccaccatgactttaaagtctctgaggtcaatgatca
ttatgtcttaggcatgtttgttttgccagtacctaccaaaaccaatttgc
aaaaccagtaccgctatcttgtaggcaatatttatgatttgtttacagaa
tgtgtaactgtaatctccattacatattagctaatcaagtaaaatgagtc
ttcttgaaagaatacacctaaaaataggaatttaatattatgctggtggt
taagctaatattttatgtatgtaatgtggatttgtggtgatgtaaaagta
tcatgaaatagttgatttaaatcacctggggtaaattttaacgtgctgga
ggtcagtggaatcactgaagatcaggagctattggactattctagaatga
cg
gaattccagaaagctgctaaagaagattacttttgtttcacacgacttac
cttgatctatgggtttaagacttagctcagtggtaaagtactttcctaac
aaaagcaaggatccagatttgatacccaaaacttgaaaaaaaataagtaa
tttacatataattaaatgcacttgtataaaaatctattcatactccacat
ccaccaccaaaatcactacttctccaaaacagtgtaactctttccaatat
aggattatttatttctctttattgtcacaaaagcaagctctcagaggaga
taaccactcatctgttttctgtctataaatactagctttgtctcttctga
atttttaaatacaaccatccatgatgaaatttgcctctgatcttctattc
aggaaaattatttctagacagagcttcattgctgtttctatccatgttct
ttctatctctatctatctctatctctatctctatctctatcatctctatc
tctatctctatctctatctctatctctatctctatctctatctctatctc
tatctctatctctcttgttttataggaacacacatttttgaataaaatac
ttgctctctacatacctggtgaataatagattatctaagacttgtcaatt
ttctaaaaaaatctgctgggtctttatgtagaaattatctctagatgtat
attttgaaggagaaaatacagagctaaattatgatagtttacatggatac
tttgtgattagctttatttaaaaagccaaattgctatatttgtagatgat
acaataatatgcgtatgctaccttaaaattgcatcaggaaactactacag
ctgataaaactttcctgtaaagtgtttggatattaaataaccaacgaaac
atcagaaaccttcatctacataaatggcaaatggaccgaaaaaaaaatca
agtaaacaatacatactgcagaaaaatataactattctttagttgctttg
actttgcaaatgaaacacctggtatataacattagtcattgaagaagact
taaaaagaaaggagatctgctattctcaggcattagtaggatatatattg
gtaaaattggcattcctgtcaaaggtccacatagttttccgatattggaa
ggcatcttaggcttagtgtcggtattcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_96418357_96419417
seq2: B6Ng01-157A15.b_45_1096 (reverse)

seq1  CGTCATCCTAGAATAGTCTCAATAGCTCCTTGATACTTTCAGTTGATTCC  50
      |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||   ||||| |||||||
seq2  CGTCATTCTAGAATAGTC-CAATAGCTCC-TGAT--CTTCAG-TGATTCC  45

seq1  ACTGACCTCCAGCACGTTAAAAAAATTAACCCCAGGTGATTTAAATCAAC  100
      ||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCTCCAGCACGTT---AAAATTTACCCCAGGTGATTTAAATCAAC  92

seq1  TATTTCATGATAACTTTTACATCACCACAAATCCACATTACATACATAAA  150
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATGAT-ACTTTTACATCACCACAAATCCACATTACATACATAAA  141

seq1  ATATTAGCTTAACCACCAGCATAATATTAAATTCCTATTTTTAGGTGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGCTTAACCACCAGCATAATATTAAATTCCTATTTTTAGGTGTAT  191

seq1  TCTTTCAAGAAGACTCATTTTACTTGATTAGCTAATATGTAATGGAGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAAGAAGACTCATTTTACTTGATTAGCTAATATGTAATGGAGATT  241

seq1  ACAGTTACACATTCTGTAAACAAATCATAAATATTGCCTACAAGATAGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTACACATTCTGTAAACAAATCATAAATATTGCCTACAAGATAGCG  291

seq1  GTACTGGTTTTGCAAATTGGTTTTGGTAGGTACTGGCAAAACAAACATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGTTTTGCAAATTGGTTTTGGTAGGTACTGGCAAAACAAACATGC  341

seq1  CTAAGACATAATGATCATTGACCTCAGAGACTTTAAAGTCATGGTGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACATAATGATCATTGACCTCAGAGACTTTAAAGTCATGGTGGCCA  391

seq1  GAGAGTTTAATATTACAGTCTATGATGACATGAAGTTGACTTAACATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTTAATATTACAGTCTATGATGACATGAAGTTGACTTAACATTAG  441

seq1  CAAGCATTAATTACCCTTTCATGTCCCCTGTTGGCATCCTAAAATCAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATTAATTACCCTTTCATGTCCCCTGTTGGCATCCTAAAATCAACA  491

seq1  TTGTGATTATACGCTGACAACAAAATAGATCTATAAGGTTGCCTCTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATTATACGCTGACAACAAAATAGATCTATAAGGTTGCCTCTCTAA  541

seq1  GGAATAGTGAGCCTGCTCTCACAAAGACTGAGATGTGCTGCTTTCTTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGTGAGCCTGCTCTCACAAAGACTGAGATGTGCTGCTTTCTTGTC  591

seq1  CATTTGCAAAATTCATGGCAAGGTCTCCCAAGCCCATTCGTGTGTTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCAAAATTCATGGCAAGGTCTCCCAAGCCCATTCGTGTGTTCTTT  641

seq1  GTCTTATTTTAACCTCAAATGATGCACAATTTTCTCTTTCCCTTGAGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATTTTAACCTCAAATGATGCACAATTTTCTCTTTCCCTTGAGTCC  691

seq1  AATGAGTGTCCTATTTTGTATGTTGTTCTGGCTAACAAAATGTGAATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGTCCTATTTTGTATGTTGTTCTGGCTAACAAAATGTGAATGAA  741

seq1  TCCTCCAGTACTAACAATTAGGATGAGTACTGTGTCCATTTTCCAAGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAGTACTAACAATTAGGATGAGTACTGTGTCCATTTTCCAAGGAC  791

seq1  TCATTAAAAATGAAGAGAAGTGTCGAGTAGTGTTAACAAACGAGGGCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAAAATGAAGAGAAGTGTCGAGTAGTGTTAACAAACGAGGGCATA  841

seq1  AAAAACATGAATAAGAGGCCATTAGACCAAAAAAAAAAAATAATTAATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACATGAATAAGAGGCCATTAGACCAAAAAAAAAAAATAATTAATCC  891

seq1  ATCATTCACGCAGAGGCTTTTGTTATTTGTGTGTGCTAACACCAACAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCACGCAGAGGCTTTTGTTATTTGTGTGTGCTAACACCAACAGTC  941

seq1  CCTATGAGGCTGAGAATGGTGATAGCTCTTCCCCATCAATACTTCTGCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAGGCTGAGAATGGTGATAGCTCTTCCCCATCAATACTTCTGCTT  991

seq1  TCAACCCTACTTGTATCTCAGACAGGAAAAACAGAAAGCAGCCAGCACCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCTACTTGTATCTCAGACAGGAAAAACAGAAAGCAGCCAGCACCA  1041

seq1  ACAGTGAATTC  1061
      |||||||||||
seq2  ACAGTGAATTC  1052

seq1: chr12_96272579_96273765
seq2: B6Ng01-157A15.g_67_1246

seq1  GAATTCCAGAAAGCTGCTAAAGAAGATTACTTTTGTTTCACACGACTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAAGCTGCTAAAGAAGATTACTTTTGTTTCACACGACTTAC  50

seq1  CTTGATCTATGGGTTTAAGACTTAGCTCAGTGGTAAAGTACTTTCCTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTATGGGTTTAAGACTTAGCTCAGTGGTAAAGTACTTTCCTAAC  100

seq1  AAAAGCAAGGATCCAGATTTGATACCCAAAACTTGAAAAAAAATAAGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGGATCCAGATTTGATACCCAAAACTTGAAAAAAAATAAGTAA  150

seq1  TTTACATATAATTAAATGCACTTGTATAAAAATCTATTCATACTCCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATATAATTAAATGCACTTGTATAAAAATCTATTCATACTCCACAT  200

seq1  CCACCACCAAAATCACTACTTCTCCAAAACAGTGTAACTCTTTCCAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCAAAATCACTACTTCTCCAAAACAGTGTAACTCTTTCCAATAT  250

seq1  AGGATTATTTATTTCTCTTTATTGTCACAAAAGCAAGCTCTCAGAGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTATTTATTTCTCTTTATTGTCACAAAAGCAAGCTCTCAGAGGAGA  300

seq1  TAACCACTCATCTGTTTTCTGTCTATAAATACTAGCTTTGTCTCTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACTCATCTGTTTTCTGTCTATAAATACTAGCTTTGTCTCTTCTGA  350

seq1  ATTTTTAAATACAACCATCCATGATGAAATTTGCCTCTGATCTTCTATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAATACAACCATCCATGATGAAATTTGCCTCTGATCTTCTATTC  400

seq1  AGGAAAATTATTTCTAGACAGAGCTTCATTGCTGTTTCTATCCATGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAATTATTTCTAGACAGAGCTTCATTGCTGTTTCTATCCATGTTCT  450

seq1  TTCTATCTCTATCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCATCTCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTCTATCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCATCTCTATC  500

seq1  TCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTC  550

seq1  TATCTCTATCTCTCTTGTTTTATAGGAACACACATTTTTGAATAAAATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTATCTCTCTTGTTTTATAGGAACACACATTTTTGAATAAAATAC  600

seq1  TTGCTCTCTACATACCTGGTGAATAATAGATTATCTAAGACTTGTCAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTCTACATACCTGGTGAATAATAGATTATCTAAGACTTGTCAATT  650

seq1  TTCTAAAAAAATCTGCTGGGTCTTTATGTAGAAATTATCTCTAGATGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAAAAATCTGCTGGGTCTTTATGTAGAAATTATCTCTAGATGTAT  700

seq1  ATTTTGAAGGAGAAAATACAGAGCTAAATTATGATAGTTTACATGGATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAGGAGAAAATACAGAGCTAAATTATGATAGTTTACATGGATAC  750

seq1  TTTGTGATTAGCTTTATTTAAAAAGCCAAATTGCTATATTTGTAGATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGATTAGCTTTATTTAAAAAGCCAAATTGCTATATTTGTAGATGAT  800

seq1  ACAATAATATGCGTATGCTACCTTAAAATTGCATCAGGAAACTACTACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAATATGCGTATGCTACCTTAAAATTGCATCAGGAAACTACTACAG  850

seq1  CTGATAAAACTTTCCTGTAAAGTGTTTGGATATTAAATAACCAACGAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAAACTTTCCTGTAAAGTGTTTGGATATTAAATAACCAACGAAAC  900

seq1  ATCAGAAACCTTCATCTACATAAATGGCAAATGGACCGAAAAAAAAAATC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATCAGAAACCTTCATCTACATAAATGGCAAATGGACCG-AAAAAAAAATC  949

seq1  AAGTAAACAATACAATACTGCAGAAAAATATAAACTA-TCTTTAGTTGCT  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AAGTAAACAATAC-ATACTGCAGAAAAATAT-AACTATTCTTTAGTTGCT  997

seq1  CTGACTATGCAAATGAAACACCT-GTATATTAACATTAAGTCATTGAAGA  1048
       ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TTGACTTTGCAAATGAAACACCTGGTATA-TAACATT-AGTCATTGAAGA  1045

seq1  AGACCTTAGAAGATA-GAGATCTGCTATTCTCAGGCATTAGTAGGATTAA  1097
      |||| | | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  AGACTTAAAAAGAAAGGAGATCTGCTATTCTCAGGCATTAGTAGGATATA  1095

seq1  TATAGTAAAAATTGCCA-TCCTGTCAAAAGTCCACCATAGTTTTTCACAG  1146
      ||| |  ||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||   | |
seq2  TATTGGTAAAATTGGCATTCCTGTCAAAGGTCCA-CATAGTTTT---CCG  1141

seq1  ATATTGAAAAGGCAATCTTAAGCTTAGTGTCAGTATGCAAA  1187
      ||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||| ||||
seq2  ATATTG-GAAGGC-ATCTTAGGCTTAGTGTCGGTATTCAAA  1180