BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158L19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 103,543,948 - 103,672,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRin3, Lgmn
Upstream gene4932415G16Rik, Mtac2d1, Fbln5, Trip11, Atxn3, LOC100040305, LOC100040297, Cpsf2, Slc24a4
Downstream geneGolga5, Chga, Itpk1, Moap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c, 9030205A07Rik, LOC667269, Prima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158L19.bB6Ng01-158L19.g
ACCDH952608DH952609
length1,185398
definitionDH952608|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158L19, 5' end.DH952609|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,670,820 - 103,672,007)(103,543,948 - 103,544,351)
sequence
gaattctaagtcattcttagctaggtagtcactttgaggccagcctgggc
tacctgagactgtctcaaaatacagcagaatacaatccattaatataaaa
cagaaagctaacacagcaaaagaaaattcgattaaggaaagagccttagc
tggccagaagtagttatgcacacctagaatcctagtagtttggagttgga
gcaggtggattgtgagttccaggtcagtctgctatataacgagaccctgt
gtcaacaaagcaataagacaagaggccagtccataccacgtctttgttcc
tctgacacgttgttagctggttacaggatgcctttacttttaacctccaa
agaacagagtatgatgaagacttgcctgtttggaaagttcttcagtgatg
ttgtcatctaaataactagcttcttggtgtggctttggcttgctgcacct
gacccagtggtagctggcaatgagaggtcggtctcacctgtggtgatgga
ggtgtcatacctggctttgaacttgactgggtgactttagatggccccat
gaccttgcctctgttacttatatgctttgtggtgacagtttagaatgtcc
cttttgtcccactgtccctggttgaattaagcccatttgatgatcttttt
ctctgatgtcaagtgaagtccttacgttgatcttctggcctaccttgtag
atgaacagtgtcaaggtggcaatggcaaacgataggacgaacctttggca
attggggaagttcatgaggtttgtcatgtgacttagggagtgtggttaaa
ggtctccatgataggggcacagaagagctcccgctagtaccttgagctag
catgtgagaggggtcatgggtgtcctgggggaaggactgaagatccactc
tgtgtttggaccccaaactggaattgtcagcgtctggtcatgggaccacc
aggatttcccaggagtggtctaggtgatgtagtgtgacaggcacagcccg
ctcagccagattcatgtcactggtctgcagtttcaccccttcctccagtc
tggattcctcctgtctgcaggagcgatgttgttgttccagggtcgtcttg
tgaactctacagctgtgaggatgagtgtgataaggatttgtctgctatcc
tcgcctagtcatactcgagaaccaccgtgtatgag
ttatggcagctcctctctcatcaacgtgaacactgtgtctcatgtgtctc
cctcctcctcctcctcccttcttctttctccctgactcagtagaacagag
tttcaggctttgtggtttttgtttttttgtttggttggttggttgggttt
tgttccgtgttgttttttccttatggtcctcaatgacttctcctcagagc
tgaggacttatgtcccttttgcctctgcccctggggtgaataagcaatga
atagcaatgctgtctttagggttttgagagtttctgcagtggctgatatc
agtgccttgtaacagctgtggcagccaagggttgactgcccaaaagctta
tctgaccatttcttagggatggacactgggcaggggaggtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_103670820_103672007
seq2: B6Ng01-158L19.b_47_1231 (reverse)

seq1  CTCATACACGTTG--TCTC-AGTACTGCTAGGC-AGGAGTAGCAGACAGA  46
      |||||||||| ||  |||| ||||   |||||| |||| ||||||||| |
seq2  CTCATACACGGTGGTTCTCGAGTATGACTAGGCGAGGA-TAGCAGACAAA  49

seq1  TCCCTTTACTCACTCATCCTCACAGCTGATGAGTTCAC-AGACGACCCCT  95
      | ||||  | ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||
seq2  T-CCTTATCACACTCATCCTCACAGCTGTAGAGTTCACAAGACGA-CCCT  97

seq1  GGGAACACAACATCGCTCCCTGCAGACAGGGAGGAAACCAAGACTGGGAG  145
      || |  ||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||  |
seq2  GGAACAACAACATCGCT-CCTGCAGACA-GGAGGAATCC-AGACTGGAGG  144

seq1  AAGGGGTGAAACTTGCAGACCAGTGACATGAATCTGGCTGAGCGGGCTGT  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTGAAAC-TGCAGACCAGTGACATGAATCTGGCTGAGCGGGCTGT  193

seq1  GCCTGTCACACTACATCACCTAGACCACTCCTGGGAAATCCTGGTGGGTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCCTGTCACACTACATCACCTAGACCACTCCTGGGAAATCCTGGT-GGTC  242

seq1  CCATGACCAGACGCTGACAATTCCAGTTTGGGGTCCAAACACAGAGTGGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACCAGACGCTGACAATTCCAGTTTGGGGTCCAAACACAGAGTGGA  292

seq1  TCTTCAGTCCTTCCCCCAGGACACCCATGACCCCTCTCACATGCTAGCTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGTCCTTCCCCCAGGACACCCATGACCCCTCTCACATGCTAGCTC  342

seq1  AAGGTACTAGCGGGAGCTCTTCTGTGCCCCTATCATGGAGACCTTTAACC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACTAGCGGGAGCTCTTCTGTGCCCCTATCATGGAGACCTTTAACC  392

seq1  ACACTCCCTAAGTCACATGACAAACCTCATGAACTTCCCCAATTGCCAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCCTAAGTCACATGACAAACCTCATGAACTTCCCCAATTGCCAAA  442

seq1  GGTTCGTCCTATCGTTTGCCATTGCCACCTTGACACTGTTCATCTACAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCGTCCTATCGTTTGCCATTGCCACCTTGACACTGTTCATCTACAAG  492

seq1  GTAGGCCAGAAGATCAACGTAAGGACTTCACTTGACATCAGAGAAAAAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCCAGAAGATCAACGTAAGGACTTCACTTGACATCAGAGAAAAAGA  542

seq1  TCATCAAATGGGCTTAATTCAACCAGGGACAGTGGGACAAAAGGGACATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAATGGGCTTAATTCAACCAGGGACAGTGGGACAAAAGGGACATT  592

seq1  CTAAACTGTCACCACAAAGCATATAAGTAACAGAGGCAAGGTCATGGGGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTGTCACCACAAAGCATATAAGTAACAGAGGCAAGGTCATGGGGC  642

seq1  CATCTAAAGTCACCCAGTCAAGTTCAAAGCCAGGTATGACACCTCCATCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAAGTCACCCAGTCAAGTTCAAAGCCAGGTATGACACCTCCATCA  692

seq1  CCACAGGTGAGACCGACCTCTCATTGCCAGCTACCACTGGGTCAGGTGCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGTGAGACCGACCTCTCATTGCCAGCTACCACTGGGTCAGGTGCA  742

seq1  GCAAGCCAAAGCCACACCAAGAAGCTAGTTATTTAGATGACAACATCACT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCAAAGCCACACCAAGAAGCTAGTTATTTAGATGACAACATCACT  792

seq1  GAAGAACTTTCCAAACAGGCAAGTCTTCATCATACTCTGTTCTTTGGAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACTTTCCAAACAGGCAAGTCTTCATCATACTCTGTTCTTTGGAGG  842

seq1  TTAAAAGTAAAGGCATCCTGTAACCAGCTAACAACGTGTCAGAGGAACAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTAAAGGCATCCTGTAACCAGCTAACAACGTGTCAGAGGAACAA  892

seq1  AGACGTGGTATGGACTGGCCTCTTGTCTTATTGCTTTGTTGACACAGGGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGGTATGGACTGGCCTCTTGTCTTATTGCTTTGTTGACACAGGGT  942

seq1  CTCGTTATATAGCAGACTGACCTGGAACTCACAATCCACCTGCTCCAACT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTTATATAGCAGACTGACCTGGAACTCACAATCCACCTGCTCCAACT  992

seq1  CCAAACTACTAGGATTCTAGGTGTGCATAACTACTTCTGGCCAGCTAAGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTACTAGGATTCTAGGTGTGCATAACTACTTCTGGCCAGCTAAGG  1042

seq1  CTCTTTCCTTAATCGAATTTTCTTTTGCTGTGTTAGCTTTCTGTTTTATA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCTTAATCGAATTTTCTTTTGCTGTGTTAGCTTTCTGTTTTATA  1092

seq1  TTAATGGATTGTATTCTGCTGTATTTTGAGACAGTCTCAGGTAGCCCAGG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGATTGTATTCTGCTGTATTTTGAGACAGTCTCAGGTAGCCCAGG  1142

seq1  CTGGCCTCAAAGTGACTACCTAGCTAAGAATGACTTAGAATTC  1188
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCAAAGTGACTACCTAGCTAAGAATGACTTAGAATTC  1185

seq1: chr12_103543948_103544351
seq2: B6Ng01-158L19.g_67_470

seq1  GAATTCTTATGGCAGCTCCTCTCTCATCAACGTGAACACTGTGTCTCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGGCAGCTCCTCTCTCATCAACGTGAACACTGTGTCTCATG  50

seq1  TGTCTCCCTCCTCCTCCTCCTCCCTTCTTCTTTCTCCCTGACTCAGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCTCCTCCTCCTCCTCCCTTCTTCTTTCTCCCTGACTCAGTAGA  100

seq1  ACAGAGTTTCAGGCTTTGTGGTTTTTGTTTTTTTGTTTGGTTGGTTGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTTTCAGGCTTTGTGGTTTTTGTTTTTTTGTTTGGTTGGTTGGTT  150

seq1  GGGTTTTGTTCCGTGTTGTTTTTTCCTTATGGTCCTCAATGACTTCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGTTCCGTGTTGTTTTTTCCTTATGGTCCTCAATGACTTCTCCT  200

seq1  CAGAGCTGAGGACTTATGTCCCTTTTGCCTCTGCCCCTGGGGTGAATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGAGGACTTATGTCCCTTTTGCCTCTGCCCCTGGGGTGAATAAG  250

seq1  CAATGAATAGCAATGCTGTCTTTAGGGTTTTGAGAGTTTCTGCAGTGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAATAGCAATGCTGTCTTTAGGGTTTTGAGAGTTTCTGCAGTGGCT  300

seq1  GATATCAGTGCCTTGTAACAGCTGTGGCAGCCAAGGGTTGACTGCCCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCAGTGCCTTGTAACAGCTGTGGCAGCCAAGGGTTGACTGCCCAAA  350

seq1  AGCTTATCTGACCATTTCTTAGGGATGGACACTGGGCAGGGGAGGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATCTGACCATTTCTTAGGGATGGACACTGGGCAGGGGAGGTGTGT  400

seq1  GTGT  404
      ||||
seq2  GTGT  404