BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160D04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,749,113 - 27,924,719
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160D04.bB6Ng01-160D04.g
ACCDH953640DH953641
length1,1381,087
definitionDH953640|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160D04, 5' end.DH953641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,749,113 - 27,750,346)(27,923,607 - 27,924,719)
sequence
gaattctgttcagaagatgtttcctctattcaagacatggaaggaataga
aaatacagtttaaggaattgcactgagtagatggctattctcttgggagg
cgtacaaaagctatataatcaaaacagcagcaacttcaacttattcttta
tttctaggaaaggacttgtgttgaagtcttgcatacatacataagtgcat
acatacatatacatgcatacatctatacatatacacatatacatatacag
acatatacaaacacatatacatacacagacatacatacatattcacatat
acatacacgtacatacatacacacatatacacatgcacacatcgtataca
atacacacacacacacacacacagtgggagggggagagcagcaagcagat
tagctgatcctaacaatatcaacatttcttgaaagtagatatccagactc
tgtcgaggctctgtgaaatgaaattttacatatctcacctaaatacacac
caagctctaattttccctcacatcacatgactcaatgatagagtatccct
aaacagatccaaaacgaagcttttgattctgactcaatgcactaaagcat
gtgtgtgatcagagaggaagtctagaaatagtgaccaggctgcttctcta
gtttaacaaggcttctgctgacgacggatcgatggagccaagccaccaaa
gaacatctcagccttataccgtcgatgctttggacttaccatcgcatcag
agacttctctgtgaagatcaatcttggttttgaattcagtgtgggtgagg
gggggctgctgactcagggagcctgagggaaccagggcctgctgctaaac
aacagcccgtccccagcaggacaaacacacagaaggcagaatgaatggcc
tcatctacacgccagctatttgatatgcagatcgggccgcagcctcttca
atagctgagcactccatagcagcagtgcagcccaagtgagtggcttccct
ccttgaagagctgggctgctcctccctcctccagccctaactgtttggag
cgctatgatctcaccccttttaagtgaacgatccttttacaagctgatag
acccttctactttcactctgccctatccgagagctggg
gaattcactcactatttgcctattatctgggatcaaccaagaatccttgt
tgactctgcgtatgaagttcctttagataacagaacagagatttaggaac
agaacttagcccagctcaggccatcagaatagacattcgtggtgcctgtg
ttccaactttcccagagtagggtcattactgatagatttgagtcaaacag
tgtctcatagtggacccatttgtggccgtgaaaagcagtatgtgactctg
ctggagatggccattcccaaatgaaggctgagaattctaccaatgagggt
tcctctcccagagcaggggctgtgtctgagagctacttttgtggcttacc
atctgcagacatgatgtcctgttaagggatcaggcaatagaacaaggttc
tgtctttgtgtctaagatgaagaacttggggagagatagtcaggaacgct
gaagtctgcaagtgagatgaccaagccctaagtcatagcacaggacatta
caggtgcttcacagatggtgatgggtttacacaggactttctaggaatgc
tggaacaagaatatcttcagaaaggacagtgcaaatgaaatcacaaaata
ctaatatccctgaacattcagagaaccttgagaaattttatggaactgag
gtagagaagactgtggctgaaggctgctagaggaatcttcagtaccaagg
tcaagatgtcctagcactcatgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctg
tgctgtgctgtgagcagtagtggtcagctttcagaagcatcttgtgctcc
cgcaaaatttcaggggactgtgatgtgtaattaccaggagacagttttta
tgatagccaaggcttttaaggagaaaataaaagtagccagattagagctt
taaattcagctctcacactggttcagtctggctgagtaacatgcatcaac
agagtcttgatgatagtgatttttgtacagctctgttgtcacactactta
gtaattgggtattttgtcaagtctttagtggtcataagtaaaaggtgaaa
aacagatcaactaaattgcctcaggaatacaggtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27749113_27750346
seq2: B6Ng01-160D04.b_45_1182

seq1  GAATTCTGTTCAGAAGATGTTTCCTCTATTCAAGACATGGAAGGAATAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCAGAAGATGTTTCCTCTATTCAAGACATGGAAGGAATAGA  50

seq1  AAATACAGTTTAAGGAATTGCACTGAGTAGATGGCTATTCTCTTGGGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGTTTAAGGAATTGCACTGAGTAGATGGCTATTCTCTTGGGAGG  100

seq1  CGTACAAAAGCTATATAATCAAAACAGCAGCAACTTCAACTTATTCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACAAAAGCTATATAATCAAAACAGCAGCAACTTCAACTTATTCTTTA  150

seq1  TTTCTAGGAAAGGACTTGTGTTGAAGTCTTGCATACATACATAAGTGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGGAAAGGACTTGTGTTGAAGTCTTGCATACATACATAAGTGCAT  200

seq1  ACATACATATACATGCATACATCTATACATATACACATATACATATACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATATACATGCATACATCTATACATATACACATATACATATACAG  250

seq1  ACATATACAAACACATATACATACACAGACATACATACATATTCACATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACAAACACATATACATACACAGACATACATACATATTCACATAT  300

seq1  ACATACACGTACATACATACACACATATACACATGCACACATCGTATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACGTACATACATACACACATATACACATGCACACATCGTATACA  350

seq1  ATACACACACACACACACACACAGTGGGAGGGGGAGAGCAGCAAGCAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACACACACACACACAGTGGGAGGGGGAGAGCAGCAAGCAGAT  400

seq1  TAGCTGATCCTAACAATATCAACATTTCTTGAAAGTAGATATCCAGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGATCCTAACAATATCAACATTTCTTGAAAGTAGATATCCAGACTC  450

seq1  TGTCGAGGCTCTGTGAAATGAAATTTTACATATCTCACCTAAATACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGAGGCTCTGTGAAATGAAATTTTACATATCTCACCTAAATACACAC  500

seq1  CAAGCTCTAATTTTCCCTCACATCACATGACTCAATGATAGAGTATCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTAATTTTCCCTCACATCACATGACTCAATGATAGAGTATCCCT  550

seq1  AAACAGATCCAAAACGAAGCTTTTGATTCTGACTCAATGCACTAAAGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATCCAAAACGAAGCTTTTGATTCTGACTCAATGCACTAAAGCAT  600

seq1  GTGTGTGATCAGAGAGGAAGTCTAGAAATAGTGACCAGGCTGCTTCTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGATCAGAGAGGAAGTCTAGAAATAGTGACCAGGCTGCTTCTCTA  650

seq1  GTTTAACAAGGCTTCTGCTGACGACGGATCGATGGAGCCAAGCCACCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACAAGGCTTCTGCTGACGACGGATCGATGGAGCCAAGCCACCAAA  700

seq1  GAACATCTCAGCCTTATACCGTCGATGCTTTGGACTTACCATCGCATCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCTCAGCCTTATACCGTCGATGCTTTGGACTTACCATCGCATCAG  750

seq1  AGACTTCTCTGTGAAGATCAATCTTGGTTTTGAATTCAGTGTGGGTGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCTCTGTGAAGATCAATCTTGGTTTTGAATTCAGTGTGGGTGAGG  800

seq1  GGGGGCTGCTGACTCAGGGAGCCTGAGGGAACCAGGGCCTGCTGCTAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCTGCTGACTCAGGGAGCCTGAGGGAACCAGGGCCTGCTGCTAAAC  850

seq1  AACAGCCCGTCCCCAGCAGGACAAACACACAGAAGGCAGAATGAATGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCCGTCCCCAGCAGGACAAACACACAGAAGGCAGAATGAATGGCC  900

seq1  TCATCTACACGCCAGCTATTTGATATGCAGATCGGGCCGCAGGCCTCTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCATCTACACGCCAGCTATTTGATATGCAGATCGGGCCGCA-GCCTCTTC  949

seq1  AATAGCTGAGCACTCCATAGGCAGCAGGTGCAGCCCAAGTGAGTGGCCTT  1000
      ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  AATAGCTGAGCACTCCATA-GCAGCA-GTGCAGCCCAAGTGAGTGG-CTT  996

seq1  CCCTCCTTGAAAGAGCTGGGCTGCCTCCCTCTCTCCCTCCAGCCCTTAAC  1050
      ||||||||| ||||||||||||||   |||| || |||||||||| ||||
seq2  CCCTCCTTG-AAGAGCTGGGCTGC--TCCTCCCT-CCTCCAGCCC-TAAC  1041

seq1  TGTTTCTGGAGCGCTATGATCTTCACCCCTTTTAAATGTAGACGATCCTT  1100
      ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||  ||  |||||||||
seq2  TGTT--TGGAGCGCTATGATC-TCACCCCTTTTAA--GTGAACGATCCTT  1086

seq1  TTACAGGCTGGATAGA-CCTTCTACTTTTCACTCTGCCCCTATCCGTAAG  1149
      ||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||  ||
seq2  TTACAAGCT-GATAGACCCTTCTAC-TTTCACTCTG-CCCTATCCGAGAG  1133

seq1  CCTGGGCATGAAGCCACGGAGCGACAAAGGAAGAAAATCTGCCAGGCTCT  1199
      |  ||                                             
seq2  CTGGG---------------------------------------------  1138

seq1  TGTTAATGATGGTACAGCAAGGCAGGAGAGCTGGG  1234
                                         
seq2  -----------------------------------  1138

seq1: chr12_27923607_27924719
seq2: B6Ng01-160D04.g_67_1153 (reverse)

seq1  CCCACCTGTATTCTCTGAGCCATTTTTATGTTTGGTCTTGTTTTTTACTT  50
      ||||||||||||| ||||| || ||   |  ||| || ||||||| || |
seq2  CCCACCTGTATTC-CTGAGGCAATT---TAGTTGATC-TGTTTTTCACCT  45

seq1  TTTACTTTATTGACCACTAAAGGACTTGACAAAATACCCAATTACTAAGT  100
      |||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTT--ATGACCACTAAA-GACTTGACAAAATACCCAATTACTAAGT  92

seq1  AGTGTTGACAACCAGAGCTGGTACAAAAATCACCTATCATTCAAGGACTC  150
      |||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||
seq2  AGTG-TGACAA-CAGAGCT-GTACAAAAATCA-CTATCA-TCAA-GACTC  136

seq1  CTTGTTTGATGCATGTTTACTCAGCCCAAGACTTGAACCAGGTGTTGAGA  200
        || |||||||||| ||||||||||  |||| ||||||| ||| |||||
seq2  --TG-TTGATGCATG-TTACTCAGCC--AGAC-TGAACCA-GTG-TGAGA  177

seq1  GCTGAATTTTAAAGCTCTAATCTGGCTACTTTTTATTTTTCTCCTTAAAA  250
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  GCTGAA-TTTAAAGCTCTAATCTGGCTACTTTT--ATTTTCTCCTTAAAA  224

seq1  GCCTTGGCTATCATAAAAACTGTCTCCTGGTAATTACACATCACAGTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGCTATCATAAAAACTGTCTCCTGGTAATTACACATCACAGTCCC  274

seq1  CTGAAATTTTGCGGGAGCACAAGATGCTTCTGAAAGCTGACCACTACTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTTTGCGGGAGCACAAGATGCTTCTGAAAGCTGACCACTACTGC  324

seq1  TCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCATGAGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCATGAGTGC  374

seq1  TAGGACATCTTGACCTTGGTACTGAAGATTCCTCTAGCAGCCTTCAGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACATCTTGACCTTGGTACTGAAGATTCCTCTAGCAGCCTTCAGCCA  424

seq1  CAGTCTTCTCTACCTCAGTTCCATAAAATTTCTCAAGGTTCTCTGAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTCTCTACCTCAGTTCCATAAAATTTCTCAAGGTTCTCTGAATGT  474

seq1  TCAGGGATATTAGTATTTTGTGATTTCATTTGCACTGTCCTTTCTGAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGATATTAGTATTTTGTGATTTCATTTGCACTGTCCTTTCTGAAGA  524

seq1  TATTCTTGTTCCAGCATTCCTAGAAAGTCCTGTGTAAACCCATCACCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTGTTCCAGCATTCCTAGAAAGTCCTGTGTAAACCCATCACCATC  574

seq1  TGTGAAGCACCTGTAATGTCCTGTGCTATGACTTAGGGCTTGGTCATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGCACCTGTAATGTCCTGTGCTATGACTTAGGGCTTGGTCATCTC  624

seq1  ACTTGCAGACTTCAGCGTTCCTGACTATCTCTCCCCAAGTTCTTCATCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAGACTTCAGCGTTCCTGACTATCTCTCCCCAAGTTCTTCATCTT  674

seq1  AGACACAAAGACAGAACCTTGTTCTATTGCCTGATCCCTTAACAGGACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAAAGACAGAACCTTGTTCTATTGCCTGATCCCTTAACAGGACAT  724

seq1  CATGTCTGCAGATGGTAAGCCACAAAAGTAGCTCTCAGACACAGCCCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGCAGATGGTAAGCCACAAAAGTAGCTCTCAGACACAGCCCCTG  774

seq1  CTCTGGGAGAGGAACCCTCATTGGTAGAATTCTCAGCCTTCATTTGGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGAGAGGAACCCTCATTGGTAGAATTCTCAGCCTTCATTTGGGAA  824

seq1  TGGCCATCTCCAGCAGAGTCACATACTGCTTTTCACGGCCACAAATGGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATCTCCAGCAGAGTCACATACTGCTTTTCACGGCCACAAATGGGT  874

seq1  CCACTATGAGACACTGTTTGACTCAAATCTATCAGTAATGACCCTACTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATGAGACACTGTTTGACTCAAATCTATCAGTAATGACCCTACTCT  924

seq1  GGGAAAGTTGGAACACAGGCACCACGAATGTCTATTCTGATGGCCTGAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGTTGGAACACAGGCACCACGAATGTCTATTCTGATGGCCTGAGC  974

seq1  TGGGCTAAGTTCTGTTCCTAAATCTCTGTTCTGTTATCTAAAGGAACTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTAAGTTCTGTTCCTAAATCTCTGTTCTGTTATCTAAAGGAACTTC  1024

seq1  ATACGCAGAGTCAACAAGGATTCTTGGTTGATCCCAGATAATAGGCAAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGCAGAGTCAACAAGGATTCTTGGTTGATCCCAGATAATAGGCAAAT  1074

seq1  AGTGAGTGAATTC  1113
      |||||||||||||
seq2  AGTGAGTGAATTC  1087