BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164C21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 111,259,071 - 111,405,589
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040746, 3110009F21Rik
Upstream geneWdr25, BM948371, LOC668194, Dlk1, Gtl2, Rtl1, 6430411K18Rik, B830012L14Rik, LOC100040715, LOC100040724, LOC675987, LOC100041509
Downstream geneDio3as, Dio3, EG629595, EG668245, LOC100040799, Ppp2r5c, 9430024F10Rik, Dync1h1, 1700001K19Rik, Hsp90aa1, Wdr20a, Rage, 2810455K09Rik, LOC100041649, 2810452K22Rik, 4930573I19Rik, Ankrd9, 6030440G07Rik, Rcor1, 4930595D18Rik, Traf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164C21.bB6Ng01-164C21.g
ACCDH956571DH956572
length984934
definitionDH956571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164C21, 5' end.DH956572|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164C21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,259,071 - 111,260,053)(111,404,654 - 111,405,589)
sequence
gaattcacactggagcagaagtaccacaaatgtggtggctgtggttcaac
tcaccaaggggagtgaaaatggagacggcagcaaggcaccggcaagcaca
ggctatcaaaataccatctccctgcccggctgactaaatgggactttggg
aatgggaagcctcccacgagtaaacaaacacaagggttcctgcccgtgta
acaggataagatggaaaacacattaaatgatgaaaccctgtttaaaaggc
gcaagtcaaaacaaataaattagcttagcttgttatgaaacaacaatacc
cactgccctcaccccaccccacctccaactccaactcgaggtcttctttc
tggcataaaccccggggttttggcaaaatttaagatggcttgagagtaca
gtgcgtgcctttgggccggcctgccggctttattatgtgcgaggtctaca
tcagttccacatctggcaggcttccccctgaatcctctcttgctcccaaa
gagagccatgagttctctctgctcctgcagcctgctccccaaagccttcc
tggggccgggcctctggctggtgctgccctgactgcagggcatggtggga
gatggttggttattgcttttcaggttgagccctgctgggtctcctcttcc
ttccaaaaggaagtctcatttccagtcccgctcgcagcagccctccctgc
ccttccaaggggatgctgaagggatctgtttctgataagccttaacactc
tgatgacaccctagcctagagagctgctgaccacccttcaagactcggtg
acagtgtgggttctaaggaagccaccgtggagagattggtgacccgttct
aaaaatttctgccacagaatctctgagatcaacttgttgcttatgtgccc
caaagttaacataatattcgctggccttataatagatgatcctggatcgg
ccccggtgggggggaggtacgaggaggagtgtct
gaattctctgaacaaaagatactttaaggggactctaggttggaggaaca
cccagtagcacccagggtactgacgccagagagctgtggaacccagccac
ataatggctgctcacacgggaataagcacccatccttagtacggcccacc
tatggaggaacccctcgtcatgcaccacagaaacaccggcagggaagagg
ttaaaacgacaaggaactgactttatttagacgggagcatttttttggca
ttttttttcatggattttgatgtgacagcttttgtttgctcacacttgtc
tctctttgaaaattctcgtatcagcagcaaacgctatttctttttcccat
aacatcttgagcttggtatccaatgatgggggaactgttacttgaaatta
taatattatgcccaacttcggggtggtggtggcttatgatgacttagtaa
tgccggagacaaaagccaggtcatttgggtactgtcactgctgttagtca
ttggcgacagttccactggggacaggaagcctgtgccattatgagacgca
ctatagatgttctgggtggatgaccagtgtctgttctaaggcagtgggtc
catgtggacagtggaggatggttggccagcagtgtcttactaggagggcg
gaaacgagaacatggggagagcgctgatctgttacctctgagccctgtgc
ctatttgttggtcctggattcttctgtggttctgaaggttcataagctgg
agcagagaaccttctagaaagaggtagcatgctctggtctgagcatttgt
gcatactgggaaggtataggacatcgcccactctcttggctcttggaggt
cagtgacagactagggacaagctggagtcaagagctcatcctttttaaat
tctttttgtaggagtgtgtgtgtgtatgtgagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_111259071_111260053
seq2: B6Ng01-164C21.b_47_1030

seq1  GAATTCACACTGGAGCAGAAGTACCACAAATGTGGTGGCTGTGGTTCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTGGAGCAGAAGTACCACAAATGTGGTGGCTGTGGTTCAAC  50

seq1  TCACCAAGGGGAGTGAAAATGGAGACGGCAGCAAGGCACCGGCAAGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAGGGGAGTGAAAATGGAGACGGCAGCAAGGCACCGGCAAGCACA  100

seq1  GGCTATCAAAATACCATCTCCCTGCCCGGCTGACTAAATGGGACTTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCAAAATACCATCTCCCTGCCCGGCTGACTAAATGGGACTTTGGG  150

seq1  AATGGGAAGCCTCCCACGAGTAAACAAACACAAGGGTTCCTGCCCGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAAGCCTCCCACGAGTAAACAAACACAAGGGTTCCTGCCCGTGTA  200

seq1  ACAGGATAAGATGGAAAACACATTAAATGATGAAACCCTGTTTAAAAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATAAGATGGAAAACACATTAAATGATGAAACCCTGTTTAAAAGGC  250

seq1  GCAAGTCAAAACAAATAAATTAGCTTAGCTTGTTATGAAACAACAATACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCAAAACAAATAAATTAGCTTAGCTTGTTATGAAACAACAATACC  300

seq1  CACTGCCCTCACCCCACCCCACCTCCAACTCCAACTCGAGGTCTTCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCTCACCCCACCCCACCTCCAACTCCAACTCGAGGTCTTCTTTC  350

seq1  TGGCATAAACCCCGGGGTTTTGGCAAAATTTAAGATGGCTTGAGAGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAAACCCCGGGGTTTTGGCAAAATTTAAGATGGCTTGAGAGTACA  400

seq1  GTGCGTGCCTTTGGGCCGGCCTGCCGGCTTTATTATGTGCGAGGTCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTGCCTTTGGGCCGGCCTGCCGGCTTTATTATGTGCGAGGTCTACA  450

seq1  TCAGTTCCACATCTGGCAGGCTTCCCCCTGAATCCTCTCTTGCTCCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCCACATCTGGCAGGCTTCCCCCTGAATCCTCTCTTGCTCCCAAA  500

seq1  GAGAGCCATGAGTTCTCTCTGCTCCTGCAGCCTGCTCCCCAAAGCCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCATGAGTTCTCTCTGCTCCTGCAGCCTGCTCCCCAAAGCCTTCC  550

seq1  TGGGGCCGGGCCTCTGGCTGGTGCTGCCCTGACTGCAGGGCATGGTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCGGGCCTCTGGCTGGTGCTGCCCTGACTGCAGGGCATGGTGGGA  600

seq1  GATGGTTGGTTATTGCTTTTCAGGTTGAGCCCTGCTGGGTCTCCTCTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGGTTATTGCTTTTCAGGTTGAGCCCTGCTGGGTCTCCTCTTCC  650

seq1  TTCCAAAAGGAAGTCTCATTTCCAGTCCCGCTCGCAGCAGCCCTCCCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAAGGAAGTCTCATTTCCAGTCCCGCTCGCAGCAGCCCTCCCTGC  700

seq1  CCTTCCAAGGGGATGCTGAAGGGATCTGTTTCTGATAAGCCTTAACACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAAGGGGATGCTGAAGGGATCTGTTTCTGATAAGCCTTAACACTC  750

seq1  TGATGACACCCTAGCCTAGAGAGCTGCTGACCACCCTTCAAGACTCGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACACCCTAGCCTAGAGAGCTGCTGACCACCCTTCAAGACTCGGTG  800

seq1  ACAGTGTGGGTTCTAAGGAAGCCACCGTGGAGAGATTGGTGACCCGTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGGGTTCTAAGGAAGCCACCGTGGAGAGATTGGTGACCCGTTCT  850

seq1  AAAAATTTCTGCCACAGAATCTCTGAGATCAACTTGTTGCTTATGTGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTTCTGCCACAGAATCTCTGAGATCAACTTGTTGCTTATGTGCCC  900

seq1  CAAAGTTAACATAATATTCGCTGGCCTTATAATAGATGATCCTGGATCGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTAACATAATATTCGCTGGCCTTATAATAGATGATCCTGGATCGG  950

seq1  CCCCGGT-GGGGGGAGGTACGAGGAGGAGTGTCT  983
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGTGGGGGGGAGGTACGAGGAGGAGTGTCT  984

seq1: chr12_111404654_111405589
seq2: B6Ng01-164C21.g_64_997 (reverse)

seq1  CACTCACATACACACACACACTCCTACAAAAAGAATTTTAAAAAGGATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACTCACATACACACACACACTCCTACAAAAAGAA-TTTAAAAAGGATGA  49

seq1  GCTCTTGGACTCCAGCTTGTCCCTAGTCTGTCACTGACCTCCAAGAGCCA  100
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTT-GACTCCAGCTTGTCCCTAGTCTGTCACTGACCTCCAAGAGCCA  98

seq1  AGAGAGTGGGCGATGTCCTATACCTTCCCAGTATGCACAAATGCTCAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTGGGCGATGTCCTATACCTTCCCAGTATGCACAAATGCTCAGAC  148

seq1  CAGAGCATGCTACCTCTTTCTAGAAGGTTCTCTGCTCCAGCTTATGAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCATGCTACCTCTTTCTAGAAGGTTCTCTGCTCCAGCTTATGAACC  198

seq1  TTCAGAACCACAGAAGAATCCAGGACCAACAAATAGGCACAGGGCTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACCACAGAAGAATCCAGGACCAACAAATAGGCACAGGGCTCAGA  248

seq1  GGTAACAGATCAGCGCTCTCCCCATGTTCTCGTTTCCGCCCTCCTAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACAGATCAGCGCTCTCCCCATGTTCTCGTTTCCGCCCTCCTAGTAA  298

seq1  GACACTGCTGGCCAACCATCCTCCACTGTCCACATGGACCCACTGCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGCTGGCCAACCATCCTCCACTGTCCACATGGACCCACTGCCTTA  348

seq1  GAACAGACACTGGTCATCCACCCAGAACATCTATAGTGCGTCTCATAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGACACTGGTCATCCACCCAGAACATCTATAGTGCGTCTCATAATG  398

seq1  GCACAGGCTTCCTGTCCCCAGTGGAACTGTCGCCAATGACTAACAGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGCTTCCTGTCCCCAGTGGAACTGTCGCCAATGACTAACAGCAGT  448

seq1  GACAGTACCCAAATGACCTGGCTTTTGTCTCCGGCATTACTAAGTCATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTACCCAAATGACCTGGCTTTTGTCTCCGGCATTACTAAGTCATCA  498

seq1  TAAGCCACCACCACCCCGAAGTTGGGCATAATATTATAATTTCAAGTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCACCACCACCCCGAAGTTGGGCATAATATTATAATTTCAAGTAAC  548

seq1  AGTTCCCCCATCATTGGATACCAAGCTCAAGATGTTATGGGAAAAAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCCCATCATTGGATACCAAGCTCAAGATGTTATGGGAAAAAGAAA  598

seq1  TAGCGTTTGCTGCTGATACGAGAATTTTCAAAGAGAGACAAGTGTGAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGTTTGCTGCTGATACGAGAATTTTCAAAGAGAGACAAGTGTGAGCA  648

seq1  AACAAAAGCTGTCACATCAAAATCCATGAAAAAAAATGCCAAAAAAATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGCTGTCACATCAAAATCCATGAAAAAAAATGCCAAAAAAATGC  698

seq1  TCCCGTCTAAATAAAGTCAGTTCCTTGTCGTTTTAACCTCTTCCCTGCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTCTAAATAAAGTCAGTTCCTTGTCGTTTTAACCTCTTCCCTGCCG  748

seq1  GTGTTTCTGTGGTGCATGACGAGGGGTTCCTCCATAGGTGGGCCGTACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTGTGGTGCATGACGAGGGGTTCCTCCATAGGTGGGCCGTACTA  798

seq1  AGGATGGGTGCTTATTCCCGTGTGAGCAGCCATTATGTGGCTGGGTTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGTGCTTATTCCCGTGTGAGCAGCCATTATGTGGCTGGGTTCCA  848

seq1  CAGCTCTCTGGCGTCAGTACCCTGGGTGCTACTGGGTGTTCCTCCAACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTCTGGCGTCAGTACCCTGGGTGCTACTGGGTGTTCCTCCAACCT  898

seq1  AGAGTCCCCTTAAAGTATCTTTTGTTCAGAGAATTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCCCTTAAAGTATCTTTTGTTCAGAGAATTC  934