BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165J17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 12,173,507 - 12,359,037
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD12Ertd553e
Upstream geneMsgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390, LOC628327, LOC627110, LOC100043209
Downstream geneLOC100043215, Mycn, EG668473, LOC628449, Ddx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165J17.bB6Ng01-165J17.g
ACCDH957622DH957623
length907857
definitionDH957622|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165J17, 5' end.DH957623|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165J17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,173,507 - 12,174,414)(12,358,186 - 12,359,037)
sequence
gaattctctttgaaaactggacattaagtatctcaactcagaactaaata
taaactgtttcagtcaaacagaaaacctaaattcttttaaggatggagat
ctcactgtcatcttagccccatggggctacctgtaatgtgtaactgacac
tgccaggtgtcctgttgatgacttgaatcaattagcaatctttattgaag
ctgcatgaaattaattacataactctgagatgttcaagtctagtttgcag
aacttccaatagaagataagcaagcatgaatagttacccatcattacact
cgtggtgtgcagtcatccagcaaagcgagactcctttagcttgccattgt
tgatggtcaaagtgacctgaggctacatggcctgtggttattgaacagga
gtccagtatttaaaaaaaaatacctgctgctaatatgaaagtctatatta
gggattctctaagactatgtgcacagatagcaactccttaaatatttaag
ctaagtgaccataacccacttcaagtcagtgtgtgatgggtgatctgggg
tcacccatagtacagactgagtgtgagaggtgattctaggctccaaattg
atgtggcacatacagaaacagagtgcataagatactggggaaacaaaatt
gactcccttcctctattctctaagatgttattttacaatgcatctcaggc
aaaacactaaagatatccatgttctatttgaatattcagatgtttattct
ccacttggaataatcctacaggccatggaattagtaaaggattgtggcaa
taggattccaaaggacaaggatagaaggaagagagataaaggattaaagg
aatatagtggtacaggaagggttaaatgggatgaggatggaagggctggg
taatgaa
gaattccacgtgactgcaattttcaatagataaaccacccttttatcagt
taggatgcaggatattaattttgttcgcaggaagggaatatacgaacctc
tcctcctttggctgtaattgccagtgctgatagtgcatgctaactgccaa
tattttgggtgtcactagaggctgggtggaaggtatccctgtggaggact
ctgatactctgttcaaagccgcatgcttggcattcctctgtgctaatggg
gaaggaagtaggtgcctttgtttttcagagagattttcagtaaagctaca
gggaacaacagcaggcctcaaactagagagaggctgtcaaagcaaaagac
cttatctgtataaatcagccacggccttatcctgtcttcaaaggcagtag
ggacaggcaccccttttccccacagcctacttaggcctgtaaggacaatc
tgacggagaagcaaattaaactaaaataatctgaggagaagacacaattt
atgagatgtctttggtcttgaaggcatccctggcatttcatcatgaggat
gtatgactatctccgtgccccgatgactgctgggtaaacacttgagtgag
gaacagcagaaaggatttgcccaagcccataaattaaatctgcagcccct
ctccccacccacttccttactctcataactcctcctgccttctgaataaa
ctaagagacataaataattacctggtgttaactttgggaatgtttaatgg
taataaccctatagtaagatattggtttacggaagcaccatgaatattgc
aaaaagttcattggaaaatgtaagtgggaccagcctgaaacatttgtttg
gacagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_12173507_12174414
seq2: B6Ng01-165J17.b_40_946

seq1  GAATTCTCTTTGAAAACTGGACATTAAGTATCTCAACTCAGAACTAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTGAAAACTGGACATTAAGTATCTCAACTCAGAACTAAATA  50

seq1  TAAACTGTTTCAGTCAAACAGAAAACCTAAATTCTTTTAAGGATGGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGTTTCAGTCAAACAGAAAACCTAAATTCTTTTAAGGATGGAGAT  100

seq1  CTCACTGTCATCTTAGCCCCATGGGGCTACCTGTAATGTGTAACTGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTCATCTTAGCCCCATGGGGCTACCTGTAATGTGTAACTGACAC  150

seq1  TGCCAGGTGTCCTGTTGATGACTTGAATCAATTAGCAATCTTTATTGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGTGTCCTGTTGATGACTTGAATCAATTAGCAATCTTTATTGAAG  200

seq1  CTGCATGAAATTAATTACATAACTCTGAGATGTTCAAGTCTAGTTTGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGAAATTAATTACATAACTCTGAGATGTTCAAGTCTAGTTTGCAG  250

seq1  AACTTCCAATAGAAGATAAGCAAGCATGAATAGTTACCCATCATTACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCAATAGAAGATAAGCAAGCATGAATAGTTACCCATCATTACACT  300

seq1  CGTGGTGTGCAGTCATCCAGCAAAGCGAGACTCCTTTAGCTTGCCATTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTGTGCAGTCATCCAGCAAAGCGAGACTCCTTTAGCTTGCCATTGT  350

seq1  TGATGGTCAAAGTGACCTGAGGCTACATGGCCTGTGGTTATTGAACAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTCAAAGTGACCTGAGGCTACATGGCCTGTGGTTATTGAACAGGA  400

seq1  GTCCAGTATTTAAAAAAAAATACCTGCTGCTAATATGAAAGTCTATATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGTATTTAAAAAAAAATACCTGCTGCTAATATGAAAGTCTATATTA  450

seq1  GGGATTCTCTAAGACTATGTGCACAGATAGCAACTCCTTAAATATTTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCTCTAAGACTATGTGCACAGATAGCAACTCCTTAAATATTTAAG  500

seq1  CTAAGTGACCATAACCCACTTCAAGTCAGTGTGTGATGGGTGATCTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGACCATAACCCACTTCAAGTCAGTGTGTGATGGGTGATCTGGGG  550

seq1  TCACCCATAGTACAGACTGAGTGTGAGAGGTGATTCTAGGCTCCAAATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCATAGTACAGACTGAGTGTGAGAGGTGATTCTAGGCTCCAAATTG  600

seq1  ATGTGGCACATACAGAAACAGAGTGCATAAGATACTGGGGAAACAAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCACATACAGAAACAGAGTGCATAAGATACTGGGGAAACAAAATT  650

seq1  GACTCCCTTCCTCTATTCTCTAAGATGTTATTTTACAATGCATCTCAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCTTCCTCTATTCTCTAAGATGTTATTTTACAATGCATCTCAGGC  700

seq1  AAAACACTAAAGATATCCATGTTCTATTTGAATATTCAGATGTTTATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTAAAGATATCCATGTTCTATTTGAATATTCAGATGTTTATTCT  750

seq1  CCACTTGGAATAATCCTACAGGCCATGGAATTAGTAAAGGATTGTGGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTGGAATAATCCTACAGGCCATGGAATTAGTAAAGGATTGTGGCAA  800

seq1  TAGGATTCCAAAGGACAAGGATAGAAGGAAGAGAGATAAAGGATTAAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTCCAAAGGACAAGGATAGAAGGAAGAGAGATAAAGGATTAAAGG  850

seq1  AATATAGTGGTACAGGAAGGGTTAAATGGGATGAGGATGGAAGGGCTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTGGTACAGGAAGGGTTAAATGGGATGAGGATGGAAGGGCTGGG  900

seq1  TAAATGAA  908
      | ||||||
seq2  T-AATGAA  907

seq1: chr12_12358186_12359037
seq2: B6Ng01-165J17.g_67_923 (reverse)

seq1  TCCTGTCCAAACAAATGTGTCAGCCTGGTCCCACTTACATTTTCCAATGA  50
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCCAAACAAATGTTTCAGGCTGGTCCCACTTACATTTTCCAATGA  50

seq1  AC-TTTTGCAAT-TTCATGGTGCTTCCGTAAA-CAATATCTTACTATA-G  96
      || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  ACTTTTTGCAATATTCATGGTGCTTCCGTAAACCAATATCTTACTATAGG  100

seq1  GTTATTACCATTAAACATTCCCAAAGTTAACACCAGGTAATTATTTATGT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTACCATTAAACATTCCCAAAGTTAACACCAGGTAATTATTTATGT  150

seq1  CTCTTAGTTTATTCAGAAGGCAGGAGGAGTTATGAGAGTAAGGAAGTGGG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGTTTATTCAGAAGGCAGGAGGAGTTATGAGAGTAAGGAAGTGGG  200

seq1  TGGGGAGAGGGGCTGCAGATTTAATTTAT-GGCTTGGGCAAATCCTTTCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGAGGGGCTGCAGATTTAATTTATGGGCTTGGGCAAATCCTTTCT  250

seq1  GCTGTTCCTCACTCAAGTGTTTACCCAGCAGTCATCGGGGCACGGAGATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCCTCACTCAAGTGTTTACCCAGCAGTCATCGGGGCACGGAGATA  300

seq1  GTCATACATCCTCATGATGAAATGCCAGGGATGCCTTCAAGACCAAAGAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATACATCCTCATGATGAAATGCCAGGGATGCCTTCAAGACCAAAGAC  350

seq1  ATCTCATAAATTGTGTCTTCTCCTCAGATTATTTTAGTTTAATTTGCTTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATAAATTGTGTCTTCTCCTCAGATTATTTTAGTTTAATTTGCTTC  400

seq1  TCCGTCAGATTGTCCTTACAGGCCTAAGTAGGCTGTGGGGAAAAGGGGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCAGATTGTCCTTACAGGCCTAAGTAGGCTGTGGGGAAAAGGGGTG  450

seq1  CCTGTCCCTACTGCCTTTGAAGACAGGATAAGGCCGTGGCTGATTTATAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCCTACTGCCTTTGAAGACAGGATAAGGCCGTGGCTGATTTATAC  500

seq1  AGATAAGGTCTTTTGCTTTGACAGCCTCTCTCTAGTTTGAGGCCTGCTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGGTCTTTTGCTTTGACAGCCTCTCTCTAGTTTGAGGCCTGCTGT  550

seq1  TGTTCCCTGTAGCTTTACTGAAAATCTCTCTGAAAAACAAAGGCACCTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTGTAGCTTTACTGAAAATCTCTCTGAAAAACAAAGGCACCTAC  600

seq1  TTCCTTCCCCATTAGCACAGAGGAATGCCAAGCATGCGGCTTTGAACAGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCCCATTAGCACAGAGGAATGCCAAGCATGCGGCTTTGAACAGA  650

seq1  GTATCAGAGTCCTCCACAGGGATACCTTCCACCCAGCCTCTAGTGACACC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGAGTCCTCCACAGGGATACCTTCCACCCAGCCTCTAGTGACACC  700

seq1  CAAAATATTGGCAGTTAGCATGCACTATCAGCACTGGCAATTACAGCCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATTGGCAGTTAGCATGCACTATCAGCACTGGCAATTACAGCCAA  750

seq1  AGGAGGAGAGGTTCGTATATTCCCTTCCTGCGAACAAAATTAATATCCTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGAGGTTCGTATATTCCCTTCCTGCGAACAAAATTAATATCCTG  800

seq1  CATCCTAACTGATAAAAGGGTGGTTTATCTATTGAAAATTGCAGACACGT  845
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATCCTAACTGATAAAAGGGTGGTTTATCTATTGAAAATTGCAGTCACGT  850

seq1  GGAATTC  852
      |||||||
seq2  GGAATTC  857