BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170N22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 10,615,187 - 10,744,870
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC238074
Upstream geneLOC382567, Nt5c1b, Rdh14
Downstream geneLOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170N22.bB6Ng01-170N22.g
ACCDH961475DH961476
length1,198800
definitionDH961475|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170N22, 5' end.DH961476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170N22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,743,667 - 10,744,870)(10,615,187 - 10,615,986)
sequence
gaattcagcacagcgacacactattggcttattcaaacattaacagaaag
aacatagggcatcaggactttcttcctgtgggcttatctttgttcacata
gcaaccagttgatgtatgactttacccggcgccaaggggcaatagacaga
ggggagattctggccagatggtgttgacttagataatatagccctgctgg
tccttgcatacctttttatctttacagtcaagatgttcttaggaatgcct
taacaatagccctgccctggcacgcctgggggctgttctgctttgttctc
agtccaaggccggggccatggactcctaaactcacaagttacaatatttt
atcttccttcagcatctctatggtttggttagtgtgattccatttgttca
ggaatacattatctatttcccctgttaatgttctctcttctcacttgttt
atttgtatcactgagctttttatttctttcggtcctctctgtggtccaaa
gaagaggaatgtacttagcctaaccctggtccttctctggacttttgttt
ggcttccagtaggattgttatattaccaaaagcacagtgatgtaaagatt
atagatttttctcaagtccaaggggttatctgagaaagttactagatgca
aagaaatgcacttgataccactgagaaggggatttaggatgacatgtaat
tttagtcactttaaatttctagtgaatggccagacaaataatgactaaat
gtaataacaaaacaaaacaaaagtcccccagaaaagaaataaacaagcaa
atagtgtcctaatttatagtttctagaaatatataaaaatttgttaaaca
aaaggccacggttagctagtaacattgtggaagtcatgcttttgggtcct
gatagtatgctgaccccatttttattgagtttacatttattaacactgag
tatgcacaataaacgtacagattcttctcttctctaccatgtagatggtc
atacttgtagcatttccgaggaccagaaggcagctaaatgtgtgggtgtc
gtgagggaagttctagaggaactgtatcgtcttaagtcggtctgttcctc
gagataggaggcgagattagcccgccaaaaattggaaaccaacttgtatt
agaagttacgggtgaaccgaaccacttctcttcctgggtttatttcta
gaattccatatgcataaataatggtttattaaaaccttacttataaagta
ttcttctgtaagctttcccaggatgaaccaggctccctaagccagattaa
ctatgagaccctgaccttgaagggctgaggacctgacacatatgctggta
gcaccttttcctaaggttgtgtccaagtgtccaaatgatgcaaggactac
acattcacatctctccaaatatccaaatatcctttgtcaggcaggtccac
tgtcaccaccacagcctttctgctttcctcacaaaaagagaggaaagtag
aaaaaatactaaagagatatgggctttaccttctaagccacaactaaaat
gacttggaagatgcatgcctactttagcaatgggagctttaagtcaagtg
gtaggttcagaatagtgacccagcttctgcatagagagagtgcaaagttg
cacatgtacagtggattagctgcagatgttgggccacagtcataactgac
atgttctgatgacatttgtcttaatggaaaagttcagagcaccaagtagg
tgttttcaaatagacagagaagacaactgaacaagccagagcttaaccaa
catttcagaaacaaaacagccagtaagaaacagaggtaggaaacagatgc
aggcagtttggcttcaagccttacaatatttccctatgttctctctgtta
tcctcttgctaaaatgggtctattgattggttatagggactacttcagaa
aatagaattcattctctctctctctctctctctctctctctctctctctc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_10743667_10744870
seq2: B6Ng01-170N22.b_48_1245 (reverse)

seq1  TAGAAATAAAACCAAGGAAG-GAAGTGGTTCGGGTTCCACCTGTAACTTC  49
      ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||  | |||| ||||||||
seq2  TAGAAAT-AAACCCAGGAAGAGAAGTGGTTCGG--TTCACCCGTAACTTC  47

seq1  -ATTACAAGTCTGGTTTCCAATTTTTGTGCTGGCTTAATCTCTGCCTCCT  98
       | ||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||
seq2  TAATACAAGT-TGGTTTCCAATTTTTG-GCGGGC-TAATCTC-GCCTCCT  93

seq1  ATCTCTGGAGGAACAGCCTGGC-TAAGACGAT-CAGTTCCTTCTAGGACT  146
      |||||  ||||||||| | | | ||||||||| ||||||| ||||| |||
seq2  ATCTC--GAGGAACAGACCGACTTAAGACGATACAGTTCC-TCTAGAACT  140

seq1  T-TCTCACTGAC-CCCAC-CACTTAGCTG-CTTCTGGTCCTCGGGAAATG  192
      |  ||||| ||| ||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TCCCTCAC-GACACCCACACATTTAGCTGCCTTCTGGTCCTC-GGAAATG  188

seq1  CTAC-AGTATGACCATCTACATGGTAGAGAAGAGAAGAATTCTGTACGTT  241
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTACAAGTATGACCATCTACATGGTAGAGAAGAGAAGAA-TCTGTACGTT  237

seq1  TATTGTGCATACTCAGTTGTTAATAAATGTAAACTCAATAAATATGGGGT  291
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATTGTGCATACTCAG-TGTTAATAAATGTAAACTCAATAAAAATGGGGT  286

seq1  CAGCATACTATCAGGACCCAAAAGCATGACTTCCACAATGTTACTAGCTA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATACTATCAGGACCCAAAAGCATGACTTCCACAATGTTACTAGCTA  336

seq1  ACCGTGGCCTTTTGTTTAACAAATTTTTATATATTTCTAGAAACTATAAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGGCCTTTTGTTTAACAAATTTTTATATATTTCTAGAAACTATAAA  386

seq1  TTAGGACACTATTTTGCTTGTTTATTTCTTTTCTGGGGGACTTTTGTTTT  441
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACACTA-TTTGCTTGTTTATTTCTTTTCTGGGGGACTTTTGTTTT  435

seq1  GTTTTGTTATTACATTTAGTCATTATTTGTCTGGCCATTCACTAGAAATT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTATTACATTTAGTCATTATTTGTCTGGCCATTCACTAGAAATT  485

seq1  TAAAGTGACTAAAATTACATGTCATCCTAAATCCCCTTCTCAGTGGTATC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGACTAAAATTACATGTCATCCTAAATCCCCTTCTCAGTGGTATC  535

seq1  AAGTGCATTTCTTTGCATCTAGTAACTTTCTCAGATAACCCCTTGGACTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCATTTCTTTGCATCTAGTAACTTTCTCAGATAACCCCTTGGACTT  585

seq1  GAGAAAAATCTATAATCTTTACATCACTGTGCTTTTGGTAATATAACAAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAATCTATAATCTTTACATCACTGTGCTTTTGGTAATATAACAAT  635

seq1  CCTACTGGAAGCCAAACAAAAGTCCAGAGAAGGACCAGGGTTAGGCTAAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGGAAGCCAAACAAAAGTCCAGAGAAGGACCAGGGTTAGGCTAAG  685

seq1  TACATTCCTCTTCTTTGGACCACAGAGAGGACCGAAAGAAATAAAAAGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCCTCTTCTTTGGACCACAGAGAGGACCGAAAGAAATAAAAAGCT  735

seq1  CAGTGATACAAATAAACAAGTGAGAAGAGAGAACATTAACAGGGGAAATA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATACAAATAAACAAGTGAGAAGAGAGAACATTAACAGGGGAAATA  785

seq1  GATAATGTATTCCTGAACAAATGGAATCACACTAACCAAACCATAGAGAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGTATTCCTGAACAAATGGAATCACACTAACCAAACCATAGAGAT  835

seq1  GCTGAAGGAAGATAAAATATTGTAACTTGTGAGTTTAGGAGTCCATGGCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGGAAGATAAAATATTGTAACTTGTGAGTTTAGGAGTCCATGGCC  885

seq1  CCGGCCTTGGACTGAGAACAAAGCAGAACAGCCCCCAGGCGTGCCAGGGC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCCTTGGACTGAGAACAAAGCAGAACAGCCCCCAGGCGTGCCAGGGC  935

seq1  AGGGCTATTGTTAAGGCATTCCTAAGAACATCTTGACTGTAAAGATAAAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTATTGTTAAGGCATTCCTAAGAACATCTTGACTGTAAAGATAAAA  985

seq1  AGGTATGCAAGGACCAGCAGGGCTATATTATCTAAGTCAACACCATCTGG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGCAAGGACCAGCAGGGCTATATTATCTAAGTCAACACCATCTGG  1035

seq1  CCAGAATCTCCCCTCTGTCTATTGCCCCTTGGCGCCGGGTAAAGTCATAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATCTCCCCTCTGTCTATTGCCCCTTGGCGCCGGGTAAAGTCATAC  1085

seq1  ATCAACTGGTTGCTATGTGAACAAAGATAAGCCCACAGGAAGAAAGTCCT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTGGTTGCTATGTGAACAAAGATAAGCCCACAGGAAGAAAGTCCT  1135

seq1  GATGCCCTATGTTCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCCAATAGTGTGTCG  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCTATGTTCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCCAATAGTGTGTCG  1185

seq1  CTGTGCTGAATTC  1204
      |||||||||||||
seq2  CTGTGCTGAATTC  1198

seq1: chr12_10615187_10615986
seq2: B6Ng01-170N22.g_69_868

seq1  GAATTCCATATGCATAAATAATGGTTTATTAAAACCTTACTTATAAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATGCATAAATAATGGTTTATTAAAACCTTACTTATAAAGTA  50

seq1  TTCTTCTGTAAGCTTTCCCAGGATGAACCAGGCTCCCTAAGCCAGATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGTAAGCTTTCCCAGGATGAACCAGGCTCCCTAAGCCAGATTAA  100

seq1  CTATGAGACCCTGACCTTGAAGGGCTGAGGACCTGACACATATGCTGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGACCCTGACCTTGAAGGGCTGAGGACCTGACACATATGCTGGTA  150

seq1  GCACCTTTTCCTAAGGTTGTGTCCAAGTGTCCAAATGATGCAAGGACTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTTTCCTAAGGTTGTGTCCAAGTGTCCAAATGATGCAAGGACTAC  200

seq1  ACATTCACATCTCTCCAAATATCCAAATATCCTTTGTCAGGCAGGTCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACATCTCTCCAAATATCCAAATATCCTTTGTCAGGCAGGTCCAC  250

seq1  TGTCACCACCACAGCCTTTCTGCTTTCCTCACAAAAAGAGAGGAAAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCACCACAGCCTTTCTGCTTTCCTCACAAAAAGAGAGGAAAGTAG  300

seq1  AAAAAATACTAAAGAGATATGGGCTTTACCTTCTAAGCCACAACTAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATACTAAAGAGATATGGGCTTTACCTTCTAAGCCACAACTAAAAT  350

seq1  GACTTGGAAGATGCATGCCTACTTTAGCAATGGGAGCTTTAAGTCAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGAAGATGCATGCCTACTTTAGCAATGGGAGCTTTAAGTCAAGTG  400

seq1  GTAGGTTCAGAATAGTGACCCAGCTTCTGCATAGAGAGAGTGCAAAGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTCAGAATAGTGACCCAGCTTCTGCATAGAGAGAGTGCAAAGTTG  450

seq1  CACATGTACAGTGGATTAGCTGCAGATGTTGGGCCACAGTCATAACTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTACAGTGGATTAGCTGCAGATGTTGGGCCACAGTCATAACTGAC  500

seq1  ATGTTCTGATGACATTTGTCTTAATGGAAAAGTTCAGAGCACCAAGTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTGATGACATTTGTCTTAATGGAAAAGTTCAGAGCACCAAGTAGG  550

seq1  TGTTTTCAAATAGACAGAGAAGACAACTGAACAAGCCAGAGCTTAACCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCAAATAGACAGAGAAGACAACTGAACAAGCCAGAGCTTAACCAA  600

seq1  CATTTCAGAAACAAAACAGCCAGTAAGAAACAGAGGTAGGAAACAGATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGAAACAAAACAGCCAGTAAGAAACAGAGGTAGGAAACAGATGC  650

seq1  AGGCAGTTTGGCTTCAAGCCTTACAATATTTCCCTATGTTCTCTCTGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTTTGGCTTCAAGCCTTACAATATTTCCCTATGTTCTCTCTGTTA  700

seq1  TCCTCTTGCTAAAATGGGTCTATTGATTGGTTATAGGGACTACTTCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTGCTAAAATGGGTCTATTGATTGGTTATAGGGACTACTTCAGAA  750

seq1  AATAGAATTCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATTCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  800