BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171C22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 100,194,821 - 100,320,012
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc8, EG667779
Upstream geneLOC667746, Galc, Gpr65, Kcnk10, Spata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5, LOC100039845
Downstream geneChes1, LOC100039892, 2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171C22.bB6Ng01-171C22.g
ACCGA000133GA000134
length1,0911,106
definitionB6Ng01-171C22.b B6Ng01-171C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,318,914 - 100,320,012)(100,194,821 - 100,195,922)
sequence
gaattccattaaaaaccattaagtgaatcttggttttggatagcacagga
cttccaaatcccaattttattctgaaatggccctgcacgtcattgtgtcg
tgtgcactacatattcatgtgaagcagcagttgcagcattgataatttta
aaatcaaaatttcactgaactctgagaagctttgaagaactatatcctgc
gctatcaagatttcattctttatataaaaataaccaagcatattcatctc
agtagggtgcaaaattgctttactgtttaataagtggcaaagctgcacat
acgtatctctcaaagcattgttttaaaatgaacctctctgtggtttattg
tcagtaaatgtttgatttatgcacctgtcttatatagctgcacacctagg
ctgtgtaaaattatcttaggttaaaaaaaaaaaaaggtcataagttactg
ctgaatacttgcggggaggctagcttttgagccacttcagctaatgctgt
tggggacggagctgggctctgcccacattgaaggttcagggtcagaatca
tttattaccaatgatttaagccactaagtttgggtggctctaatgactgt
gaacacttttattttactgttatcctctgttcttcagtgaagttcaggca
catccacttctaagcatacggaaagatttccccagggagagctttgaggc
agaatcactagacctaagtctcagtctcaaggagtggccctccaagaatg
gagactacaccttgaaaatagactaagcaaaccgtacagtgtcagcttcc
taaaattctaaggacactcatttaagaatggagtggtaagaaaggactgc
tgtgtgatgggaaaggacagatattcgaacggagtgatcatgttcttcaa
gggccaaaagcctgagattcaggcttcttcttggacaggatagctccagc
agcttcaactcacagacagaggtacttctggatatcctcctgagatgctg
tctatgatccctagctgactaacatcctggcaagatctctcactgggagt
gggctaacatcagtggggcaatgcaccaccacatctgttcc
gaattcacatctgtgctctttaacatggaggtcccaagtacatggtgcca
caccccgcttttcataggggctggggatctgaattcatgtcttcatgcct
gcacagccagccctttgcctactgaaggcctaagcatccagttcctcctt
ccatgtgactagaaactgaaccccgggttggtcatgcacgtgaggcaaat
actccgccctaagcaatggcccctgcccttccaaacccccttcctgtctc
attacctgctccttctctttctctacatctgggtttaaaatggagacttt
gagtggatctgtcttacatacagaaagctgaactccactgaattttgagg
cattatcaatctttagagagtagatacaaagtaggaagagagtaaaatcc
tagcattttaaatttcagttttgtgccttgtatattaaaattgtattctg
atatgctgtacatctgcttgctgtcagccccctggcctggaactgatcat
gtaggggaaattggtggggccatctggaaacttgggcaacatgagtttct
atctaatttctcatatctgttttgatggatgctaattatctggtttattt
cattaattcccctcctgcctgtttgctgttagagaagcaaatcataattg
aaaatgaattgttttcaaaggctttggatttggcgtccctttccacggag
tattctcagtacaaggactggtggtggaaggtacagattggaaaatgtta
ctacaggtaaagtcttcattatctgtgaaagtcttaaagtggaaatattt
tttgtcatcaaatatgagaatgaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaca
cctttcctcatgaagcagtgacgacttgggcttatttgatcagtttctga
acaatcgcgtgacagtgctgagttgccctgagaactcgtcataccaggaa
gcagagcccggagcttggttgtgattctccacagaactggttggtgaaca
gacttgggactagaacccaaggtgtgtttcaacacagtcgtgtcttcctg
gctttctagttcctcctttaacctaagctccaatctggaggcactcaacc
tgatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_100318914_100320012
seq2: B6Ng01-171C22.b_34_1124 (reverse)

seq1  GGAACAGGATGT-GTGGTGCCAATGCCCCCACTGATGTTAGCCCACTTCC  49
      |||||| ||||| |||||||  ||  |||||||||||||||||||||  |
seq2  GGAACA-GATGTGGTGGTGC--ATTGCCCCACTGATGTTAGCCCACT--C  45

seq1  CAAGTGAGAGATCCTGGCCCAGGATGTTAGTCAGCTAGGGATTCATAGAC  99
      | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAGTGAGAGATCTTG--CCAGGATGTTAGTCAGCTAGGGA-TCATAGAC  92

seq1  AGCATCTCAGGAGGATATCCAGAAGGTACCTCTGTCTGTGAGTTGAAGCT  149
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTCAGGAGGATATCCAGAA-GTACCTCTGTCTGTGAGTTGAAGCT  141

seq1  GCTGGAGCTATTCTGTCCCAAGAAGAAGCCTGAATCTCAGGCTTTTGGCC  199
      ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCTATCCTGT-CCAAGAAGAAGCCTGAATCTCAGGCTTTTGGCC  190

seq1  CTTGAAGAACATGATCACTCCGTTCGAATATCTGTCCTTTCCCATCACAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGAACATGATCACTCCGTTCGAATATCTGTCCTTTCCCATCACAC  240

seq1  AGCAGTCC-TTCTTACCACTCCATTCTTAAATGAGTGTCCTTAGAATTTT  298
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCCTTTCTTACCACTCCATTCTTAAATGAGTGTCCTTAGAATTTT  290

seq1  AGGAAGCTGACACTGTACGGTTTGCTTAGTCTATTTTCAAGGTGTAGTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTGACACTGTACGGTTTGCTTAGTCTATTTTCAAGGTGTAGTCT  340

seq1  CCATTCTTGGAGGGCCACTCCTTGAGACTGAGACTTAGGTCTAGTGATTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTGGAGGGCCACTCCTTGAGACTGAGACTTAGGTCTAGTGATTC  390

seq1  TGCCTCAAAGCTCTCCCTGGGGAAATCTTTCCGTATGCTTAGAAGTGGAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAAAGCTCTCCCTGGGGAAATCTTTCCGTATGCTTAGAAGTGGAT  440

seq1  GTGCCTGAACTTCACTGAAGAACAGAGGATAACAGTAAAATAAAAGTGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTGAACTTCACTGAAGAACAGAGGATAACAGTAAAATAAAAGTGTT  490

seq1  CACAGTCATTAGAGCCACCCAAACTTAGTGGCTTAAATCATTGGTAATAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCATTAGAGCCACCCAAACTTAGTGGCTTAAATCATTGGTAATAA  540

seq1  ATGATTCTGACCCTGAACCTTCAATGTGGGCAGAGCCCAGCTCCGTCCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCTGACCCTGAACCTTCAATGTGGGCAGAGCCCAGCTCCGTCCCC  590

seq1  AACAGCATTAGCTGAAGTGGCTCAAAAGCTAGCCTCCCCGCAAGTATTCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCATTAGCTGAAGTGGCTCAAAAGCTAGCCTCCCCGCAAGTATTCA  640

seq1  GCAGTAACTTATGACCTTTTTTTTTTTTTAACCTAAGATAATTTTACACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAACTTATGACCTTTTTTTTTTTTTAACCTAAGATAATTTTACACA  690

seq1  GCCTAGGTGTGCAGCTATATAAGACAGGTGCATAAATCAAACATTTACTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGTGTGCAGCTATATAAGACAGGTGCATAAATCAAACATTTACTG  740

seq1  ACAATAAACCACAGAGAGGTTCATTTTAAAACAATGCTTTGAGAGATACG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAACCACAGAGAGGTTCATTTTAAAACAATGCTTTGAGAGATACG  790

seq1  TATGTGCAGCTTTGCCACTTATTAAACAGTAAAGCAATTTTGCACCCTAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCAGCTTTGCCACTTATTAAACAGTAAAGCAATTTTGCACCCTAC  840

seq1  TGAGATGAATATGCTTGGTTATTTTTATATAAAGAATGAAATCTTGATAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGAATATGCTTGGTTATTTTTATATAAAGAATGAAATCTTGATAG  890

seq1  CGCAGGATATAGTTCTTCAAAGCTTCTCAGAGTTCAGTGAAATTTTGATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGATATAGTTCTTCAAAGCTTCTCAGAGTTCAGTGAAATTTTGATT  940

seq1  TTAAAATTATCAATGCTGCAACTGCTGCTTCACATGAATATGTAGTGCAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTATCAATGCTGCAACTGCTGCTTCACATGAATATGTAGTGCAC  990

seq1  ACGACACAATGACGTGCAGGGCCATTTCAGAATAAAATTGGGATTTGGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACACAATGACGTGCAGGGCCATTTCAGAATAAAATTGGGATTTGGAA  1040

seq1  GTCCTGTGCTATCCAAAACCAAGATTCACTTAATGGTTTTTAATGGAATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTGCTATCCAAAACCAAGATTCACTTAATGGTTTTTAATGGAATT  1090

seq1  C  1099
      |
seq2  C  1091

seq1: chr12_100194821_100195922
seq2: B6Ng01-171C22.g_66_1171

seq1  GAATTCACATCTGTGCTCTTTAACATGGAGGTCCCAAGTACATGGTGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCTGTGCTCTTTAACATGGAGGTCCCAAGTACATGGTGCCA  50

seq1  CACCCCGCTTTTCATAGGGGCTGGGGATCTGAATTCATGTCTTCATGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCGCTTTTCATAGGGGCTGGGGATCTGAATTCATGTCTTCATGCCT  100

seq1  GCACAGCCAGCCCTTTGCCTACTGAAGGCCTAAGCATCCAGTTCCTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCCAGCCCTTTGCCTACTGAAGGCCTAAGCATCCAGTTCCTCCTT  150

seq1  CCATGTGACTAGAAACTGAACCCCGGGTTGGTCATGCACGTGAGGCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGACTAGAAACTGAACCCCGGGTTGGTCATGCACGTGAGGCAAAT  200

seq1  ACTCCGCCCTAAGCAATGGCCCCTGCCCTTCCAAACCCCCTTCCTGTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGCCCTAAGCAATGGCCCCTGCCCTTCCAAACCCCCTTCCTGTCTC  250

seq1  ATTACCTGCTCCTTCTCTTTCTCTACATCTGGGTTTAAAATGGAGACTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTGCTCCTTCTCTTTCTCTACATCTGGGTTTAAAATGGAGACTTT  300

seq1  GAGTGGATCTGTCTTACATACAGAAAGCTGAACTCCACTGAATTTTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGATCTGTCTTACATACAGAAAGCTGAACTCCACTGAATTTTGAGG  350

seq1  CATTATCAATCTTTAGAGAGTAGATACAAAGTAGGAAGAGAGTAAAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCAATCTTTAGAGAGTAGATACAAAGTAGGAAGAGAGTAAAATCC  400

seq1  TAGCATTTTAAATTTCAGTTTTGTGCCTTGTATATTAAAATTGTATTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTTAAATTTCAGTTTTGTGCCTTGTATATTAAAATTGTATTCTG  450

seq1  ATATGCTGTACATCTGCTTGCTGTCAGCCCCCTGGCCTGGAACTGATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTGTACATCTGCTTGCTGTCAGCCCCCTGGCCTGGAACTGATCAT  500

seq1  GTAGGGGAAATTGGTGGGGCCATCTGGAAACTTGGGCAACATGAGTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGGAAATTGGTGGGGCCATCTGGAAACTTGGGCAACATGAGTTTCT  550

seq1  ATCTAATTTCTCATATCTGTTTTGATGGATGCTAATTATCTGGTTTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATTTCTCATATCTGTTTTGATGGATGCTAATTATCTGGTTTATTT  600

seq1  CATTAATTCCCCTCCTGCCTGTTTGCTGTTAGAGAAGCAAATCATAATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATTCCCCTCCTGCCTGTTTGCTGTTAGAGAAGCAAATCATAATTG  650

seq1  AAAATGAATTGTTTTCAAAGGCTTTGGATTTGGCGTCCCTTTCCACGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAATTGTTTTCAAAGGCTTTGGATTTGGCGTCCCTTTCCACGGAG  700

seq1  TATTCTCAGTACAAGGACTGGTGGTGGAAGGTACAGATTGGAAAATGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCAGTACAAGGACTGGTGGTGGAAGGTACAGATTGGAAAATGTTA  750

seq1  CTACAGGTAAAGTCTTCATTATCTGTGAAAGTCTTAAAGTGGAAATATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGTAAAGTCTTCATTATCTGTGAAAGTCTTAAAGTGGAAATATTT  800

seq1  TTTGTCATCAAATATGAGAATGAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATCAAATATGAGAATGAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACA  850

seq1  CCTTTCCTCATGAAGCAGTGACGACTTGGGCTTATTTGATCAGTTTCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCATGAAGCAGTGACGACTTGGGCTTATTTGATCAGTTTCTGA  900

seq1  ACAATCGCGTGACAGTGCTGAG-TGCCCTGAGAACTCGTCATACCAGGAA  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCGCGTGACAGTGCTGAGTTGCCCTGAGAACTCGTCATACCAGGAA  950

seq1  GCAGAGGCCGGAGCTTGGTTGTGATTCTCACCAGAAACTGGTTGGTG-AC  998
      |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||
seq2  GCAGAGCCCGGAGCTTGGTTGTGATTCTCCACAG-AACTGGTTGGTGAAC  999

seq1  AGACCTGGGACTAGAACCCA--GTGTG-TTCACAACAGTC-TGTCTTCCT  1044
      |||| |||||||||||||||  ||||| ||||  |||||| |||||||||
seq2  AGACTTGGGACTAGAACCCAAGGTGTGTTTCAACACAGTCGTGTCTTCCT  1049

seq1  GGCTCTC-AGTTCCTCCCTTACACCAAAGCCTCACATCTGGAGGGCACTC  1093
      |||| || ||||||||| ||| ||| ||| |||  ||||||| |||||||
seq2  GGCTTTCTAGTTCCTCCTTTA-ACCTAAG-CTCCAATCTGGA-GGCACTC  1096

seq1  AA-CTGATAG  1102
      || |||||||
seq2  AACCTGATAG  1106