BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171J16
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,597,532 - 105,736,987
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc
Upstream geneOtub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k
Downstream geneDicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1, LOC100040310, 2810011L19Rik, LOC100040339, EG668081, D430019H16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171J16.bB6Ng01-171J16.g
ACCGA000442GA000443
length9311,013
definitionB6Ng01-171J16.b B6Ng01-171J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,736,065 - 105,736,987)(105,597,532 - 105,598,525)
sequence
gaattctatgttcagccacatatgtctggaccaggatgggtgtctgttta
gggaagcatcgccctgcccccatacatatttgctacatgctatgaagcca
ttgactgtacaggttctcagacctgactgctggggtccccagagagatca
gggagaaattgagttatcggacagtaccttccagtattatttgttgtttt
gtttgtttggatttttgttttcttctcatgctgagattttcttctgatac
agagagtcagtactcctccactgagccttacctactctgcccataaacat
ttaaattggttttaggggttcattagtctcttagtacatgaaaaaaatac
agagaaaactattttcccacagtgagggcacccaaaataaggatgttggc
agaaccatgatccctctgcagcagagggttgtctgccactcccagagact
cctttcttcagaagatggtggccatgtcagaactggcccccagccccttc
ctttcctgctaatcctcctggtggctgattacacgtatgtgtgcttctgg
ctcctgtggcattggcaagcttatggcccttcccacctctgtctccatct
ccatgtagctacttctcctcctctggctttccatgtgtgtatgtgcatgt
atgtgtgtatgtccatgtttgttcatgtgtgtccatgtgtgtgcatgtgt
gtccatgtgtgtgcatgtgtatgcatgtgtccatgtgtgtgcaggtgtgt
ataagcttgaggtgtcatttctcaggtgtgtttcacaccatttaggggct
ggaattgctgatgttgtggttttgtggtttggggattcattttgtttttt
gagacagcgtcttctcccctagcctgggagctttccaagtctgtctaggc
taacctaggtaagtgaagaatctcctctact
gaattcccaagacacattcctggggcaactaatccactgtgacttgggac
aatgatagttgaagactcaactggagagattatgggtaagggtagttggg
ggtaatccaggagtccaccacccaatactttctgcttgatagggaccagg
gagcaagttgatagcccagatattgctgtgtgagagaagtcatgatgtat
ccagacatttgttggatttggtgctaattaaagtgatttcaagatacata
agggcaggcctgggctctaggcagaaaatcatggtgacaatggacagaaa
tattaggacaggatgtcagagaagagtaggacagaagacaggaggacagt
aggatagaggacaggaagacaggaggacagatgacagaggacaggatgat
agtaggacaggaggccagggagcaggatggctccaaagctgttgtggccg
gggggtggtagaagcagagtaacataatgggttaaactgcaggacatggc
tttctcaactctccccagaacacaggatcaagtgctgcgtgatatgaggt
gggatgtatgtttaacctgtgagatgccaagaataagaaattgtttcatc
accaagtcccagagtgtacattagttgagcagccataaactagaaattgg
ggcaaaagcctgagctgaacttgtgatttttcgtggtgaccattgcccat
gtgtgggatgaggactcatttacttagccacaatctatgggattatgaac
tgatcatggtgttggagaacttagtctgtgctgttctgtttccccaaaaa
cctatccccacaagccatttgatttctaggcaggatttccttgaggaaga
tggggatttcttcacctggtcccaaggctccagactcatcacctttcgct
cttcatctctcttacaccactggcacacagaatccatgacagtgttcagg
agcctcaagtagttaatctggagtttggaccgttccctttaccaaccaag
cccttgattcccg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105736065_105736987
seq2: B6Ng01-171J16.b_46_976 (reverse)

seq1  AGTAGA-GAGA-TCTTCACTTA-CTA-GCTAGCCTA-ACAGACTTGGAAA  45
      |||||| |||| |||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||
seq2  AGTAGAGGAGATTCTTCACTTACCTAGGTTAGCCTAGACAGACTTGGAAA  50

seq1  GCT-CCAGGCTAGGGGAG-AGACGCTGTCTCAAAAAACAAAATGAAATCC  93
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GCTCCCAGGCTAGGGGAGAAGACGCTGTCTCAAAAAACAAAATGAATCCC  100

seq1  CAAACCAC-AAACCACAACATCAGCAATTCCAGCCCCTAAATGGTGTGAA  142
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACAAAACCACAACATCAGCAATTCCAGCCCCTAAATGGTGTGAA  150

seq1  ACACACCTGAGAAATGACACCTCAAGCTTATACACACCTGCACACACATG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCTGAGAAATGACACCTCAAGCTTATACACACCTGCACACACATG  200

seq1  GACACATGCATACACATGCACACACATGGACACACATGCACACACATGGA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATGCATACACATGCACACACATGGACACACATGCACACACATGGA  250

seq1  CACACATGAACAAACATGGACATACACACATACATGCACATACACACATG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGAACAAACATGGACATACACACATACATGCACATACACACATG  300

seq1  GAAAGCCAGAGGAGGAGAAGTAGCTACATGGAGATGGAGACAGAGGTGGG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCAGAGGAGGAGAAGTAGCTACATGGAGATGGAGACAGAGGTGGG  350

seq1  AAGGGCCATAAGCTTGCCAATGCCACAGGAGCCAGAAGCACACATACGTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCATAAGCTTGCCAATGCCACAGGAGCCAGAAGCACACATACGTG  400

seq1  TAATCAGCCACCAGGAGGATTAGCAGGAAAGGAAGGGGCTGGGGGCCAGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGCCACCAGGAGGATTAGCAGGAAAGGAAGGGGCTGGGGGCCAGT  450

seq1  TCTGACATGGCCACCATCTTCTGAAGAAAGGAGTCTCTGGGAGTGGCAGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACATGGCCACCATCTTCTGAAGAAAGGAGTCTCTGGGAGTGGCAGA  500

seq1  CAACCCTCTGCTGCAGAGGGATCATGGTTCTGCCAACATCCTTATTTTGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTCTGCTGCAGAGGGATCATGGTTCTGCCAACATCCTTATTTTGG  550

seq1  GTGCCCTCACTGTGGGAAAATAGTTTTCTCTGTATTTTTTTCATGTACTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTCACTGTGGGAAAATAGTTTTCTCTGTATTTTTTTCATGTACTA  600

seq1  AGAGACTAATGAACCCCTAAAACCAATTTAAATGTTTATGGGCAGAGTAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTAATGAACCCCTAAAACCAATTTAAATGTTTATGGGCAGAGTAG  650

seq1  GTAAGGCTCAGTGGAGGAGTACTGACTCTCTGTATCAGAAGAAAATCTCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGCTCAGTGGAGGAGTACTGACTCTCTGTATCAGAAGAAAATCTCA  700

seq1  GCATGAGAAGAAAACAAAAATCCAAACAAACAAAACAACAAATAATACTG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGAAGAAAACAAAAATCCAAACAAACAAAACAACAAATAATACTG  750

seq1  GAAGGTACTGTCCGATAACTCAATTTCTCCCTGATCTCTCTGGGGACCCC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTACTGTCCGATAACTCAATTTCTCCCTGATCTCTCTGGGGACCCC  800

seq1  AGCAGTCAGGTCTGAGAACCTGTACAGTCAATGGCTTCATAGCATGTAGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCAGGTCTGAGAACCTGTACAGTCAATGGCTTCATAGCATGTAGC  850

seq1  AAATATGTATGGGGGCAGGGCGATGCTTCCCTAAACAGACACCCATCCTG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTATGGGGGCAGGGCGATGCTTCCCTAAACAGACACCCATCCTG  900

seq1  GTCCAGACATATGTGGCTGAACATAGAATTC  923
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGACATATGTGGCTGAACATAGAATTC  931

seq1: chr12_105597532_105598525
seq2: B6Ng01-171J16.g_66_1078

seq1  GAATTCCCAAGACACATTCCTGGGGCAACTAATCCACTGTGACTTGGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGACACATTCCTGGGGCAACTAATCCACTGTGACTTGGGAC  50

seq1  AATGATAGTTGAAGACTCAACTGGAGAGATTATGGGTAAGGGTAGTTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAGTTGAAGACTCAACTGGAGAGATTATGGGTAAGGGTAGTTGGG  100

seq1  GGTAATCCAGGAGTCCACCACCCAATACTTTCTGCTTGATAGGGACCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATCCAGGAGTCCACCACCCAATACTTTCTGCTTGATAGGGACCAGG  150

seq1  GAGCAAGTTGATAGCCCAGATATTGCTGTGTGAGAGAAGTCATGATGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGTTGATAGCCCAGATATTGCTGTGTGAGAGAAGTCATGATGTAT  200

seq1  CCAGACATTTGTTGGATTTGGTGCTAATTAAAGTGATTTCAAGATACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACATTTGTTGGATTTGGTGCTAATTAAAGTGATTTCAAGATACATA  250

seq1  AGGGCAGGCCTGGGCTCTAGGCAGAAAATCATGGTGACAATGGACAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGCCTGGGCTCTAGGCAGAAAATCATGGTGACAATGGACAGAAA  300

seq1  TATTAGGACAGGATGTCAGAGAAGAGTAGGACAGAAGACAGGAGGACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGACAGGATGTCAGAGAAGAGTAGGACAGAAGACAGGAGGACAGT  350

seq1  AGGATAGAGGACAGGAAGACAGGAGGACAGATGACAGAGGACAGGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGAGGACAGGAAGACAGGAGGACAGATGACAGAGGACAGGATGAT  400

seq1  AGTAGGACAGGAGGCCAGGGAGCAGGATGGCTCCAAAGCTGTTGTGGCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGACAGGAGGCCAGGGAGCAGGATGGCTCCAAAGCTGTTGTGGCCG  450

seq1  GGGGGTGGTAGAAGCAGAGTAACATAATGGGTTAAACTGCAGGACATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGTAGAAGCAGAGTAACATAATGGGTTAAACTGCAGGACATGGC  500

seq1  TTTCTCAACTCTCCCCAGAACACAGGATCAAGTGCTGCGTGATATGAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAACTCTCCCCAGAACACAGGATCAAGTGCTGCGTGATATGAGGT  550

seq1  GGGATGTATGTTTAACCTGTGAGATGCCAAGAATAAGAAATTGTTTCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTATGTTTAACCTGTGAGATGCCAAGAATAAGAAATTGTTTCATC  600

seq1  ACCAAGTCCCAGAGTGTACATTAGTTGAGCAGCCATAAACTAGAAATT-G  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACCAAGTCCCAGAGTGTACATTAGTTGAGCAGCCATAAACTAGAAATTGG  650

seq1  GGCAAAAGCCTGAGCTGAACTTGTGATTTTTCGTGGTGACCATTGCCCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAGCCTGAGCTGAACTTGTGATTTTTCGTGGTGACCATTGCCCAT  700

seq1  GTGTGGGATGAGGACTCA-TTACTTAGCCACAATCTATGGGATTATGAAC  748
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGATGAGGACTCATTTACTTAGCCACAATCTATGGGATTATGAAC  750

seq1  TGATCATGGTGTTGGAGAACTTAGTCTGTGCTGTTCTGTTTCCCCAAAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATGGTGTTGGAGAACTTAGTCTGTGCTGTTCTGTTTCCCCAAAAA  800

seq1  CCTAT-CCCACAAGCCA-TTGATTTCTAGGCAGGATTTCCTTGAGGAAGA  846
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCCCACAAGCCATTTGATTTCTAGGCAGGATTTCCTTGAGGAAGA  850

seq1  T-GGGATT--CTCACCT-GTCCCCAGGCTCCAGACTCACCACC-TTCGCT  891
      | ||||||   |||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TGGGGATTTCTTCACCTGGTCCCAAGGCTCCAGACTCATCACCTTTCGCT  900

seq1  C-TCATCTCTCTTACA-CACT-GCACACCAGATCCATGACAGTG-TCAAG  937
      | |||||||||||||| |||| ||||||   ||||||||||||| ||| |
seq2  CTTCATCTCTCTTACACCACTGGCACACAGAATCCATGACAGTGTTCAGG  950

seq1  AG-CTCAAGTAGTTAATCT-GTGTTTG--ACGTTCCCTTT-CCAACTAAG  982
      || |||||||||||||||| | |||||   |||||||||| ||||| |||
seq2  AGCCTCAAGTAGTTAATCTGGAGTTTGGACCGTTCCCTTTACCAACCAAG  1000

seq1  -CCTTGATCCCCG  994
       ||||||| ||||
seq2  CCCTTGATTCCCG  1013