BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173M13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 98,788,637 - 98,933,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382626, LOC100039743, LOC667732
Upstream geneEG628277
Downstream geneLOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc, Gpr65, Kcnk10, Spata7, Ptpn21
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173M13.bB6Ng01-173M13.g
ACCGA002039GA002040
length1,1101,159
definitionB6Ng01-173M13.b B6Ng01-173M13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,788,637 - 98,789,746)(98,932,603 - 98,933,751)
sequence
gaattctttcttccttaaatcacttcatatgtggtatcttatcacagtta
ccaagcaaagcagtgaatacaacgatctgtctggatcagcgttcatatag
cgaacctgaagacatagtctagacagtaaagtcttgtcatgcaagcctaa
gaatgaacagcagttcaattcccagaaacacatttttaaaaaaatccagt
caaggtagtgagcattcatcatccctttatcaggaggcagaattggggag
accccaggtctcactggcccagcaacctagccccattgaatgagccccag
gctaacgggagacacgggttcaacaaaactggtggggacagcactcaaag
tttccctctgtcttccacatacaagtacacatgaaacttcatcaacatcc
acatacatgaacacagacacatagatacaaggaaccatacaaattagtta
caagaaaattatcctaaaacttttgagatatgatacagatcttaccaacc
atgacttcagggtatgagataccaataattatgttttaaagagaaatggg
ctttagagatggttctgtgggtaaaatgctttccatacatttatcacaac
tgtagttctgtccctagctgccatagaaaaaccaggtaggtatggtgctc
tacttgtaattccagtattcagaggctaagatgaagataggtggtcagga
attaagctagttagcttgactatcagtattgacaaactgtggggcactct
caaaagatcccaattcaatgagtaaggtggaaacttagagaagaaggcac
ccaaggtcaactgtagggcttctacatgtacatgccacacacatataccc
atgcccacacaactcaacatgaatatacatacatgtacataccgtataca
catacacaggcaaaatggaattatacaaagaaaacaatctcattataata
gggagtctaaagaaactaccagtaatcatatatatatatatacatatata
tatatatacacatatatatacacaccatatgtgtatgttttatatacaca
catatatacatatacacatactatataactattatatatatacatttgta
tatacgtgta

gaattcatcctaattttagttccaactgctggtcacagacgttttacaag
atttaggtacctcagctcactgccgagctgaacatccgctcgcttcccat
gtattataaatgttgcattaatcagaggcaccaaagagggaagaacggat
gttggttctgaaaaggagcaaggtaatacgggtcactgttaaatttaatg
acttaatttattggtggctatttttagagtactttctttactcttcgaat
taatttttacaatgcagacagtttgacaccggtatattctttattctcct
tctcaaatgtagtgttctctttcctccccatccttgcttgagagtatcct
catttagttgtgttaataaataagtttaattataatagtttgctttgttt
ctcccttctgttaaaaaaaaaaaaggccacgaagggagaaacctgtttta
cttccctatgaaacatagttttctttttacatttatgttattctttttct
agtgttatatcaactactcttgtcatagttatcccatgggcttctttaac
ctcatacatttctttgaatatatgctaggagatttccacagatcagttat
tctgtcagcatatctaaacctggtgacctttgtcattgttatctcacagc
attgatgtttaagttcttattattaataaggaccaatctatacgatgatt
aatactgttaacgatttgggtcaatgactctgtacccaaataaaaaagct
ttgatgatacttatgaaaataacatcaatagaatggctgtgcctcctttg
atttacgtgccatacactccttccgtctctcagaagggtttgctgggaag
gctgtagggaacctctcagagacctcagatctcattctaacagcacagtg
tcctttatgaatatgactagagacaacgattatgaacgaaggcaaatgcc
caaaggttttgtcaataaatttacctctattttttatgccatccttgtca
cgacctccaagtgacactagcttcagaatgaagtggaatttccgtacacc
tatgctgaagtatctctcagttgtgtggcacgttggtgtctcgtgaaact
gtgcaatgattactttgtggctgaataagaacctgcaagaagatactttg
ctccctcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_98788637_98789746
seq2: B6Ng01-173M13.b_39_1148

seq1  GAATTCTTTCTTCCTTAAATCACTTCATATGTGGTATCTTATCACAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTCCTTAAATCACTTCATATGTGGTATCTTATCACAGTTA  50

seq1  CCAAGCAAAGCAGTGAATACAACGATCTGTCTGGATCAGCGTTCATATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAAAGCAGTGAATACAACGATCTGTCTGGATCAGCGTTCATATAG  100

seq1  CGAACCTGAAGACATAGTCTAGACAGTAAAGTCTTGTCATGCAAGCCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACCTGAAGACATAGTCTAGACAGTAAAGTCTTGTCATGCAAGCCTAA  150

seq1  GAATGAACAGCAGTTCAATTCCCAGAAACACATTTTTAAAAAAATCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAACAGCAGTTCAATTCCCAGAAACACATTTTTAAAAAAATCCAGT  200

seq1  CAAGGTAGTGAGCATTCATCATCCCTTTATCAGGAGGCAGAATTGGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAGTGAGCATTCATCATCCCTTTATCAGGAGGCAGAATTGGGGAG  250

seq1  ACCCCAGGTCTCACTGGCCCAGCAACCTAGCCCCATTGAATGAGCCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGGTCTCACTGGCCCAGCAACCTAGCCCCATTGAATGAGCCCCAG  300

seq1  GCTAACGGGAGACACGGGTTCAACAAAACTGGTGGGGACAGCACTCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACGGGAGACACGGGTTCAACAAAACTGGTGGGGACAGCACTCAAAG  350

seq1  TTTCCCTCTGTCTTCCACATACAAGTACACATGAAACTTCATCAACATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTCTGTCTTCCACATACAAGTACACATGAAACTTCATCAACATCC  400

seq1  ACATACATGAACACAGACACATAGATACAAGGAACCATACAAATTAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGAACACAGACACATAGATACAAGGAACCATACAAATTAGTTA  450

seq1  CAAGAAAATTATCCTAAAACTTTTGAGATATGATACAGATCTTACCAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAATTATCCTAAAACTTTTGAGATATGATACAGATCTTACCAACC  500

seq1  ATGACTTCAGGGTATGAGATACCAATAATTATGTTTTAAAGAGAAATGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTCAGGGTATGAGATACCAATAATTATGTTTTAAAGAGAAATGGG  550

seq1  CTTTAGAGATGGTTCTGTGGGTAAAATGCTTTCCATACATTTATCACAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAGATGGTTCTGTGGGTAAAATGCTTTCCATACATTTATCACAAC  600

seq1  TGTAGTTCTGTCCCTAGCTGCCATAGAAAAACCAGGTAGGTATGGTGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTCTGTCCCTAGCTGCCATAGAAAAACCAGGTAGGTATGGTGCTC  650

seq1  TACTTGTAATTCCAGTATTCAGAGGCTAAGATGAAGATAGGTGGTCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTAATTCCAGTATTCAGAGGCTAAGATGAAGATAGGTGGTCAGGA  700

seq1  ATTAAGCTAGTTAGCTTGACTATCAGTATTGACAAACTGT-GGGCACTCT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTAAGCTAGTTAGCTTGACTATCAGTATTGACAAACTGTGGGGCACTCT  750

seq1  CAAAAGATCCCAATTCAATGAGTAAGGTGGAAACTTAGAGAAGAAGGCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGATCCCAATTCAATGAGTAAGGTGGAAACTTAGAGAAGAAGGCAC  800

seq1  CCAAGGTCAACTGTAGGGCTTCTACATGTACATGCCACACACATATACCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTCAACTGTAGGGCTTCTACATGTACATGCCACACACATATACCC  850

seq1  ATGCCCACACAACTCAACATGAATATACATACATGTACATACCGTATACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCACACAACTCAACATGAATATACATACATGTACATACCGTATACA  900

seq1  CATACACAGGCAAAATGGAATTATACAAAGAAAACAATCTCATTATAATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACAGGCAAAATGGAATTATACAAAGAAAACAATCTCATTATAATA  950

seq1  GGGAGTCTAAAGAAACTACCAGTAATCATATATATATATATACATATATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCTAAAGAAACTACCAGTAATCATATATATATATATACATATATA  1000

seq1  TATATATACACATATATATACACACACATATGTGTATG-TATATATACAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||
seq2  TATATATACACATATATATACACAC-CATATGTGTATGTTTTATATACAC  1049

seq1  ACATATATACATATACACATACATATTATACATA-TATATATATACATAT  1097
      |||||||||||||||||||||| || ||||  || ||||||||||||| |
seq2  ACATATATACATATACACATAC-TA-TATAACTATTATATATATACATTT  1097

seq1  GTATATACGTGTA  1110
      |||||||||||||
seq2  GTATATACGTGTA  1110


seq1: chr12_98932603_98933751
seq2: B6Ng01-173M13.g_64_1222 (reverse)

seq1  CTGA-GGAGC-AAGTA--CTCTTGCAGGTCCT--ATCAG-CACAAAGTTT  43
      |||| ||||| |||||   |||||||||| ||   |||| |||||||  |
seq2  CTGAGGGAGCAAAGTATCTTCTTGCAGGTTCTTATTCAGCCACAAAG--T  48

seq1  AAACAATGCACAGTTCCACGAGACACAAACGTG-CACACAACTGAAGAGA  92
      || || ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||
seq2  AATCATTGCACAGTTTCACGAGACACCAACGTGCCACACAACTG-AGAGA  97

seq1  TACCTCAGCATAGTGTTACGGAAA-TCCACTTCA-TCTGAAGCTAGTGTC  140
      ||| |||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  TACTTCAGCATAGGTGTACGGAAATTCCACTTCATTCTGAAGCTAGTGTC  147

seq1  ACTTGGA-GTCGTGACAAGGATGGCATAAAAAATAGA-GTAAATTTATGA  188
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  
seq2  ACTTGGAGGTCGTGACAAGGATGGCATAAAAAATAGAGGTAAATTTATTG  197

seq1  ACAAAACCTTTGGGCATTTTGCCTTCGTTCAT-ATCGTTGTCTCTAGTCA  237
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCTTTGGGCA-TTTGCCTTCGTTCATAATCGTTGTCTCTAGTCA  246

seq1  TATTCATAAAGGACACTGTGCTG-TAGAATGAGATCTGAGGTCTCTGAGA  286
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATAAAGGACACTGTGCTGTTAGAATGAGATCTGAGGTCTCTGAGA  296

seq1  GGTTCCCTACAGCCTTCCCAGCAAACCCTTCTGAGAGACGGAAGGAGTGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCTACAGCCTTCCCAGCAAACCCTTCTGAGAGACGGAAGGAGTGT  346

seq1  ATGGCACGTAAATCAAAGGAGGCACAGCCATTCTATTGATGTTATTTTCA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACGTAAATCAAAGGAGGCACAGCCATTCTATTGATGTTATTTTCA  396

seq1  TAAGTATCATCAAAGCTTTTTTATTTGGGTACAGAGTCATTGACCCAAAT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATCATCAAAGCTTTTTTATTTGGGTACAGAGTCATTGACCCAAAT  446

seq1  CGTTAACAGTATTAATCATCGTATAGATTGGTCCTTATTAATAATAAGAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAACAGTATTAATCATCGTATAGATTGGTCCTTATTAATAATAAGAA  496

seq1  CTTAAACATCAATGCTGTGAGATAACAATGACAAAGGTCACCAGGTTTAG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACATCAATGCTGTGAGATAACAATGACAAAGGTCACCAGGTTTAG  546

seq1  ATATGCTGACAGAATAACTGATCTGTGGAAATCTCCTAGCATATATTCAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTGACAGAATAACTGATCTGTGGAAATCTCCTAGCATATATTCAA  596

seq1  AGAAATGTATGAGGTTAAAGAAGCCCATGGGATAACTATGACAAGAGTAG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTATGAGGTTAAAGAAGCCCATGGGATAACTATGACAAGAGTAG  646

seq1  TTGATATAACACTAGAAAAAGAATAACATAAATGTAAAAAGAAAACTATG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATAACACTAGAAAAAGAATAACATAAATGTAAAAAGAAAACTATG  696

seq1  TTTCATAGGGAAGTAAAACAGGTTTCTCCCTTCGTGGCCTTTTTTTTTTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGGGAAGTAAAACAGGTTTCTCCCTTCGTGGCCTTTTTTTTTTT  746

seq1  TAACAGAAGGGAGAAACAAAGCAAACTATTATAATTAAACTTATTTATTA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGAAGGGAGAAACAAAGCAAACTATTATAATTAAACTTATTTATTA  796

seq1  ACACAACTAAATGAGGATACTCTCAAGCAAGGATGGGGAGGAAAGAGAAC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACTAAATGAGGATACTCTCAAGCAAGGATGGGGAGGAAAGAGAAC  846

seq1  ACTACATTTGAGAAGGAGAATAAAGAATATACCGGTGTCAAACTGTCTGC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATTTGAGAAGGAGAATAAAGAATATACCGGTGTCAAACTGTCTGC  896

seq1  ATTGTAAAAATTAATTCGAAGAGTAAAGAAAGTACTCTAAAAATAGCCAC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAAAATTAATTCGAAGAGTAAAGAAAGTACTCTAAAAATAGCCAC  946

seq1  CAATAAATTAAGTCATTAAATTTAACAGTGACCCGTATTACCTTGCTCCT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAATTAAGTCATTAAATTTAACAGTGACCCGTATTACCTTGCTCCT  996

seq1  TTTCAGAACCAACATCCGTTCTTCCCTCTTTGGTGCCTCTGATTAATGCA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAACCAACATCCGTTCTTCCCTCTTTGGTGCCTCTGATTAATGCA  1046

seq1  ACATTTATAATACATGGGAAGCGAGCGGATGTTCAGCTCGGCAGTGAGCT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATAATACATGGGAAGCGAGCGGATGTTCAGCTCGGCAGTGAGCT  1096

seq1  GAGGTACCTAAATCTTGTAAAACGTCTGTGACCAGCAGTTGGAACTAAAA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACCTAAATCTTGTAAAACGTCTGTGACCAGCAGTTGGAACTAAAA  1146

seq1  TTAGGATGAATTC  1149
      |||||||||||||
seq2  TTAGGATGAATTC  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |