BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175N19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 90,782,508 - 90,933,612
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn3
Upstream geneLOC100039261, EG666915
Downstream geneLOC100039498, LOC100039287
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175N19.bB6Ng01-175N19.g
ACCGA003554GA003555
length1,032349
definitionB6Ng01-175N19.b B6Ng01-175N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,932,592 - 90,933,612)(90,782,508 - 90,782,856)
sequence
gaattcaaacactggcaaagaaatctttcaagttttccgaccactgtaag
tatatttaaattcaaacgtgtatgaagttctcttctatgtagagtactgc
gaacctgggagttctatgtgacgagtagaatagactcagcaggctttgtc
ctccagggacttaaagctgaggatggtaagaaactcctccaagacaattc
agaagaggaacagaactacatttgcatgaaaacacacattgtactgtaat
aaagagacggatgaatagatgggattcttctactaaatctcatctacatt
caagagtctaatttacttacatgtcttagtgatagctctacttatcaaca
catttgtctaagctaatttcctttctcttccatctcagccttctgtaggt
tttatcatctgctatgccctgacaattgttcctttctcacctcagtggtc
acttccttagtgtcaatattcatcctaaaatcaaggacaggcttgacagc
caccacagttcttatcactggtttaacacattgctgccagaattgtcctt
ctatatcatgaatctggtcataacatggttctaataattcgtaaatagta
tcaaattcttttgaaactgcttaccctggcctgcaagctatgtcttgggt
tgacaacaacagctacttttgtgccacagctcagtctgactattttggat
tattcaatatttatttagtatctttgctcaaatgtatccttcatcctgaa
catcccccatattacctatcaccttttattgacccttctctggacacgtg
actacccatcactttctactagattcaaacaacaccatcaagggaagtag
ttcttcctatctgtttcatgaagtttctttaatgtgttttctcaccgagg
agtggtatagattagggttaattgccaagatttctcaacagattgctgat
tgatagccgaaaatcaagtcagtaatgattgattttgttatgtgacacct
tcatatgattgttagctaatgaaatatactga

tttgctcttatgagattgattctgatagtcctctggaaatccactgagac
agtggaacatttccatttgaacagtgtcagcttctcctgtgttttacgtt
gaacaaaccaatatgatgcaattcaacaagttagatggtctgtagactga
aaaacacagaccataaaggctcgttgattcttgcacaccttggctataaa
aattttatgtctccgcaggacaatccatccaaatctaccaagaccttagt
aacagcgcccaggattctgggtagggaatgagcatatctgactacaaggc
atcatttctttgttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_90932592_90933612
seq2: B6Ng01-175N19.b_45_1076 (reverse)

seq1  TCAGTATATTTCATTAGCT-ACAATCATATGAAGGTGTCACATAAC-AAA  48
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAGTATATTTCATTAGCTAACAATCATATGAAGGTGTCACATAACAAAA  50

seq1  TCAATCATTACTGACTTGATTTTCGGCTATC-ATCAGC-ATCTGTTGAG-  95
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| 
seq2  TCAATCATTACTGACTTGATTTTCGGCTATCAATCAGCAATCTGTTGAGA  100

seq1  AATCTTGGCAATTAACC--TATCTATACCACTCCTCGGTGAG-AAACACA  142
      |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AATCTTGGCAATTAACCCTAATCTATACCACTCCTCGGTGAGAAAACACA  150

seq1  TTAA--GAACTTCATG-AACAGATAGGAAGAACTACTTCCCTTGATGGTG  189
      ||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAACTTCATGAAACAGATAGGAAGAACTACTTCCCTTGATGGTG  200

seq1  TTGTTTGAATCTAGTAGAAAGTGATGGGTAGTCACGTGTCCAGAGAAGGG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGAATCTAGTAGAAAGTGATGGGTAGTCACGTGTCCAGAGAAGGG  250

seq1  TCAATAAAAGGTGATAGGTAATATGGGGGATGTTCAGGATGAAGGATACA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAAAGGTGATAGGTAATATGGGGGATGTTCAGGATGAAGGATACA  300

seq1  TTTGAGCAAAGATACTAAATAAATATTGAATAATCCAAAATAGTCAGACT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCAAAGATACTAAATAAATATTGAATAATCCAAAATAGTCAGACT  350

seq1  GAGCTGTGGCACAAAAGTAGCTGTTGTTGTCAACCCAAGACATAGCTTGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTGGCACAAAAGTAGCTGTTGTTGTCAACCCAAGACATAGCTTGC  400

seq1  AGGCCAGGGTAAGCAGTTTCAAAAGAATTTGATACTATTTACGAATTATT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGGGTAAGCAGTTTCAAAAGAATTTGATACTATTTACGAATTATT  450

seq1  AGAACCATGTTATGACCAGATTCATGATATAGAAGGACAATTCTGGCAGC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCATGTTATGACCAGATTCATGATATAGAAGGACAATTCTGGCAGC  500

seq1  AATGTGTTAAACCAGTGATAAGAACTGTGGTGGCTGTCAAGCCTGTCCTT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTTAAACCAGTGATAAGAACTGTGGTGGCTGTCAAGCCTGTCCTT  550

seq1  GATTTTAGGATGAATATTGACACTAAGGAAGTGACCACTGAGGTGAGAAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAGGATGAATATTGACACTAAGGAAGTGACCACTGAGGTGAGAAA  600

seq1  GGAACAATTGTCAGGGCATAGCAGATGATAAAACCTACAGAAGGCTGAGA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAATTGTCAGGGCATAGCAGATGATAAAACCTACAGAAGGCTGAGA  650

seq1  TGGAAGAGAAAGGAAATTAGCTTAGACAAATGTGTTGATAAGTAGAGCTA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGAAAGGAAATTAGCTTAGACAAATGTGTTGATAAGTAGAGCTA  700

seq1  TCACTAAGACATGTAAGTAAATTAGACTCTTGAATGTAGATGAGATTTAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAAGACATGTAAGTAAATTAGACTCTTGAATGTAGATGAGATTTAG  750

seq1  TAGAAGAATCCCATCTATTCATCCGTCTCTTTATTACAGTACAATGTGTG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAATCCCATCTATTCATCCGTCTCTTTATTACAGTACAATGTGTG  800

seq1  TTTTCATGCAAATGTAGTTCTGTTCCTCTTCTGAATTGTCTTGGAGGAGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGCAAATGTAGTTCTGTTCCTCTTCTGAATTGTCTTGGAGGAGT  850

seq1  TTCTTACCATCCTCAGCTTTAAGTCCCTGGAGGACAAAGCCTGCTGAGTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACCATCCTCAGCTTTAAGTCCCTGGAGGACAAAGCCTGCTGAGTC  900

seq1  TATTCTACTCGTCACATAGAACTCCCAGGTTCGCAGTACTCTACATAGAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTACTCGTCACATAGAACTCCCAGGTTCGCAGTACTCTACATAGAA  950

seq1  GAGAACTTCATACACGTTTGAATTTAAATATACTTACAGTGGTCGGAAAA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTCATACACGTTTGAATTTAAATATACTTACAGTGGTCGGAAAA  1000

seq1  CTTGAAAGATTTCTTTGCCAGTGTTTGAATTC  1021
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGATTTCTTTGCCAGTGTTTGAATTC  1032


seq1: chr12_90782508_90782856
seq2: B6Ng01-175N19.g_75_423

seq1  TTTGCTCTTATGAGATTGATTCTGATAGTCCTCTGGAAATCCACTGAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTTATGAGATTGATTCTGATAGTCCTCTGGAAATCCACTGAGAC  50

seq1  AGTGGAACATTTCCATTTGAACAGTGTCAGCTTCTCCTGTGTTTTACGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAACATTTCCATTTGAACAGTGTCAGCTTCTCCTGTGTTTTACGTT  100

seq1  GAACAAACCAATATGATGCAATTCAACAAGTTAGATGGTCTGTAGACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACCAATATGATGCAATTCAACAAGTTAGATGGTCTGTAGACTGA  150

seq1  AAAACACAGACCATAAAGGCTCGTTGATTCTTGCACACCTTGGCTATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAGACCATAAAGGCTCGTTGATTCTTGCACACCTTGGCTATAAA  200

seq1  AATTTTATGTCTCCGCAGGACAATCCATCCAAATCTACCAAGACCTTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATGTCTCCGCAGGACAATCCATCCAAATCTACCAAGACCTTAGT  250

seq1  AACAGCGCCCAGGATTCTGGGTAGGGAATGAGCATATCTGACTACAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCGCCCAGGATTCTGGGTAGGGAATGAGCATATCTGACTACAAGGC  300

seq1  ATCATTTCTTTGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCTTTGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  349


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |