BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177K04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 77,655,671 - 77,787,665
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlekhg3, Spnb1
Upstream genePpp2r5e, Wdr89, LOC665931, Sgpp1, Syne2, Esr2, LOC665957, Tex21, Mthfd1, Akap5, Zbtb25, Zbtb1, Hspa2, Gm70, LOC100041694
Downstream geneChurc1, Gpx2, Rab15, Fntb, Max, LOC100041765, LOC100041772, Fut8, LOC230765
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177K04.bB6Ng01-177K04.g
ACCGA004850GA004851
length681614
definitionB6Ng01-177K04.b B6Ng01-177K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,786,985 - 77,787,665)(77,655,671 - 77,656,284)
sequence
gaattcactatgtaatccaggctattccaagttcaagatggtcctgctgc
tctctgcttccacagtactggaattacaggtgtgagccaccacacccagc
actaatttgtaatacagagagagatcggtttttcctttcagacccagtgg
ctcccagagtctgagttagcttttttggtgtttgtttccttgcgtctcct
ctacagtccaacagttgttagaagatgttctttgtgacttaattgtgggc
actaatgtgcaccccagatcttgtaagccaagactttgccctgtctctcc
agggtttctcataaattactatggcatcgtttgtgtatgctggttgcttg
caaggatcacgctgcatgctggggttttgtgctggttgacctggagtttc
ttggttggaggtccagtatttgtttactggcttcacaaatgaagaactct
gttccctacacacagtggtcaacatgtcaacagcagctgcagcttgcatg
tcatgttttggtcagtgactcctgagagtagctctgcactacttaaagct
gagttacccctgctctgtatgtgtatgcatgagtgtgtggcatgtgtatg
catgtatgtgtgatgtgtgtgcatgtgtatgagtgtgtgtgcataaatgt
ggtatgtgtgcttgtatgtggtatgtgtgtg
gaattctttccccacagggacccatgaactttggatcccccccccactcc
cccactccccacccccactccttttcttggtgctgctgaggtaggtgtgg
cacgtggggcttcctgggtagggtgaagggtagtaggtgaaagattgatt
ggaacccaaatttttactgggagtctccaaactccccacctgccagactt
ggggttcgccaagtctacaattcctctaactctcctgccttctcctgaga
agggacagttagaggaagtgtagacaattctcaggggtctccccaggatc
agcaacaagttccagaaggctccagtgggttcttctgtgagaggatcttt
tgtgaagggaagagtgtctgaatgacaagaggcccgaggacagtacagag
cctctgtggatttgggggtatcccccttttgggtcaaattgagggcacgc
tattgagacatagttggaagagaaaggtgcaggcttggctccagtctact
actaggaatcccaggggcctgttgcagcctgcctgtctccctgcctgggg
agactcagggaaggtccttgtggggtggagccatacactttagatgggtg
tgggtggaggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_77786985_77787665
seq2: B6Ng01-177K04.b_42_722 (reverse)

seq1  CACACACATACCACATACAAGCACACATACCACATTTATGCACACACACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATACCACATACAAGCACACATACCACATTTATGCACACACACT  50

seq1  CATACACATGCACACACATCACACATACATGCATACACATGCCACACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACATGCACACACATCACACATACATGCATACACATGCCACACACT  100

seq1  CATGCATACACATACAGAGCAGGGGTAACTCAGCTTTAAGTAGTGCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATACACATACAGAGCAGGGGTAACTCAGCTTTAAGTAGTGCAGAG  150

seq1  CTACTCTCAGGAGTCACTGACCAAAACATGACATGCAAGCTGCAGCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTCAGGAGTCACTGACCAAAACATGACATGCAAGCTGCAGCTGCT  200

seq1  GTTGACATGTTGACCACTGTGTGTAGGGAACAGAGTTCTTCATTTGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACATGTTGACCACTGTGTGTAGGGAACAGAGTTCTTCATTTGTGAA  250

seq1  GCCAGTAAACAAATACTGGACCTCCAACCAAGAAACTCCAGGTCAACCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAAACAAATACTGGACCTCCAACCAAGAAACTCCAGGTCAACCAG  300

seq1  CACAAAACCCCAGCATGCAGCGTGATCCTTGCAAGCAACCAGCATACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACCCCAGCATGCAGCGTGATCCTTGCAAGCAACCAGCATACACA  350

seq1  AACGATGCCATAGTAATTTATGAGAAACCCTGGAGAGACAGGGCAAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATGCCATAGTAATTTATGAGAAACCCTGGAGAGACAGGGCAAAGTC  400

seq1  TTGGCTTACAAGATCTGGGGTGCACATTAGTGCCCACAATTAAGTCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTACAAGATCTGGGGTGCACATTAGTGCCCACAATTAAGTCACAA  450

seq1  AGAACATCTTCTAACAACTGTTGGACTGTAGAGGAGACGCAAGGAAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATCTTCTAACAACTGTTGGACTGTAGAGGAGACGCAAGGAAACAA  500

seq1  ACACCAAAAAAGCTAACTCAGACTCTGGGAGCCACTGGGTCTGAAAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAAAAAGCTAACTCAGACTCTGGGAGCCACTGGGTCTGAAAGGAA  550

seq1  AAACCGATCTCTCTCTGTATTACAAATTAGTGCTGGGTGTGGTGGCTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGATCTCTCTCTGTATTACAAATTAGTGCTGGGTGTGGTGGCTCAC  600

seq1  ACCTGTAATTCCAGTACTGTGGAAGCAGAGAGCAGCAGGACCATCTTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTAATTCCAGTACTGTGGAAGCAGAGAGCAGCAGGACCATCTTGAA  650

seq1  CTTGGAATAGCCTGGATTACATAGTGAATTC  681
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAATAGCCTGGATTACATAGTGAATTC  681

seq1: chr12_77655671_77656284
seq2: B6Ng01-177K04.g_60_673

seq1  GAATTCTTTCCCCACAGGGACCCATGAACTTTGGATCCCCCCCCCACTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCCACAGGGACCCATGAACTTTGGATCCCCCCCCCACTCC  50

seq1  CCCACTCCCCACCCCCACTCCTTTTCTTGGTGCTGCTGAGGTAGGTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCCCCACCCCCACTCCTTTTCTTGGTGCTGCTGAGGTAGGTGTGG  100

seq1  CACGTGGGGCTTCCTGGGTAGGGTGAAGGGTAGTAGGTGAAAGATTGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGGGGCTTCCTGGGTAGGGTGAAGGGTAGTAGGTGAAAGATTGATT  150

seq1  GGAACCCAAATTTTTACTGGGAGTCTCCAAACTCCCCACCTGCCAGACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCAAATTTTTACTGGGAGTCTCCAAACTCCCCACCTGCCAGACTT  200

seq1  GGGGTTCGCCAAGTCTACAATTCCTCTAACTCTCCTGCCTTCTCCTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTCGCCAAGTCTACAATTCCTCTAACTCTCCTGCCTTCTCCTGAGA  250

seq1  AGGGACAGTTAGAGGAAGTGTAGACAATTCTCAGGGGTCTCCCCAGGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAGTTAGAGGAAGTGTAGACAATTCTCAGGGGTCTCCCCAGGATC  300

seq1  AGCAACAAGTTCCAGAAGGCTCCAGTGGGTTCTTCTGTGAGAGGATCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAAGTTCCAGAAGGCTCCAGTGGGTTCTTCTGTGAGAGGATCTTT  350

seq1  TGTGAAGGGAAGAGTGTCTGAATGACAAGAGGCCCGAGGACAGTACAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGGGAAGAGTGTCTGAATGACAAGAGGCCCGAGGACAGTACAGAG  400

seq1  CCTCTGTGGATTTGGGGGTATCCCCCTTTTGGGTCAAATTGAGGGCACGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTGGATTTGGGGGTATCCCCCTTTTGGGTCAAATTGAGGGCACGC  450

seq1  TATTGAGACATAGTTGGAAGAGAAAGGTGCAGGCTTGGCTCCAGTCTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGACATAGTTGGAAGAGAAAGGTGCAGGCTTGGCTCCAGTCTACT  500

seq1  ACTAGGAATCCCAGGGGCCTGTTGCAGCCTGCCTGTCTCCCTGCCTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGAATCCCAGGGGCCTGTTGCAGCCTGCCTGTCTCCCTGCCTGGGG  550

seq1  AGACTCAGGGAAGGTCCTTGTGGGGTGGAGCCATACACTTTAGATGGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGGGAAGGTCCTTGTGGGGTGGAGCCATACACTTTAGATGGGTG  600

seq1  TGGGTGGAGGAAGG  614
      ||||||||||||||
seq2  TGGGTGGAGGAAGG  614