BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-179E04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 94,228,211 - 94,349,591
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039387, LOC100039425, LOC628116
Downstream gene2610022K04Rik-ps, EG633639
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179E04.bB6Ng01-179E04.g
ACCGA006031GA006032
length1,134964
definitionB6Ng01-179E04.b B6Ng01-179E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,228,211 - 94,229,340)(94,348,628 - 94,349,591)
sequence
gaattctttgtttacctctgtaccccattttgtaatagggttatttgttt
ctctggcgtctaacttcttgagttctatgtgtatattggacattagccct
ctatcagatgtaagattgataaagatcttttccacctgcctctgcctccc
aagggctgggattaaaggcatgtgccaccaccgcccggctttaacagtgt
tctttgccttacagaagctttacaattttgaggtgcaaagtaagaataat
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agtccttgttcaaagaaaatcagaccagttgattatgcaataccacgtgg
tcagtcctgaaaaatattatatatatatatatatatataattaagaagag
taactaagcaggatgtgtgtgtgtctgtgtggatgatatatatatatata
tatatatatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_94228211_94229340
seq2: B6Ng01-179E04.b_41_1174

seq1  GAATTCTTTGTTTACCTCTGTACCCCATTTTGTAATAGGGTTATTTGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGATGTAAGATTGATAAAGATCTTTTCCACCTGCCTCTGCCTCCC  150

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCACCGCCCGGCTTTAACAGTGT  200

seq1  TCTTTGCCTTACAGAAGCTTTACAATTTTGAGGTGCAAAGTAAGAATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCCTTACAGAAGCTTTACAATTTTGAGGTGCAAAGTAAGAATAAT  250

seq1  ACTGAAAAAGTAATCTGTCATTACAATGTTGTCTCATGATATAATATACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATCTAAAATTCAGATTTCATTTCATTTGTGCATGATAAAGCTACCAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAATTCAGATTTCATTTCATTTGTGCATGATAAAGCTACCAGGGG  350

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTAGGATAGACCTATAAAATATAGAAAAATCTGTATACTCATTTT  500

seq1  TTGCAATATTTTTAATTTTATGACTATACCTTGTATTTCACATTTAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATATTTTTAATTTTATGACTATACCTTGTATTTCACATTTAATGT  550

seq1  AATCCTAACCATGAAACAATTTGAAGCAATCTTTCTACATGGGTGTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAACCATGAAACAATTTGAAGCAATCTTTCTACATGGGTGTAAAA  600

seq1  GTCAAACATAAGGACAGAAAATTTAAAATGCCAAGACAGATTCCTGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACATAAGGACAGAAAATTTAAAATGCCAAGACAGATTCCTGTGTT  650

seq1  ATTTGTGTAGGTTTTAATGAGGTAACATTGGGAAAAATTATTTAACCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTAGGTTTTAATGAGGTAACATTGGGAAAAATTATTTAACCTTT  700

seq1  CTCAAGTTAAAAGATTTCATTCTTCAAAATAACTCACACATTTGTAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTAAAAGATTTCATTCTTCAAAATAACTCACACATTTGTAGTAT  750

seq1  GATGAATGCTAATATGTAGTTTATATTGAAGACAGGAGCTCATAATTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATGCTAATATGTAGTTTATATTGAAGACAGGAGCTCATAATTATT  800

seq1  CAGATGGGCAATGGCAGAGTCTAAATCCTGATGAAATCGCTCATAGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGGCAATGGCAGAGTCTAAATCCTGATGAAATCGCTCATAGGCTG  850

seq1  TGAGTAAATATTGAAGCATCTTCTATGGTG-AAGGCAGAAATGAAAGGAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAAATATTGAAGCATCTTCTATGGTGAAAGGCAGAAATGAAAGGAG  900

seq1  ACTCTCCAATATGATGTAATGTGCTTTGTTAACATATCTCGAAAGCCATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCAATATGATGTAATGTGCTTTGTTAACATATCTCGAAAGCCATA  950

seq1  TGTAAATCCACAAACACATTCAAATACATGAAAATCATCA-TTAAAAATT  998
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTAAATCCAC-AACACATTCAAATACATGAAAATCATCATTTAAAAATT  999

seq1  ATTTGGTTTTATGTATAGATCATTGTATAGTTAATGTCTTTGTTATGATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTTTATGTATAGATCATTGTATAGTTAATGTCTTTGTTATGATT  1049

seq1  ATTTTTAGGTTCTAAATTTTA-TGTAATATAT-ATAGCCTCTTTGAAAAG  1096
      ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||| 
seq2  ATTTTTAGGTTCTAAATTTTATTGTATTATATAATAGCCTC-TTGAAAA-  1097

seq1  GTTTGTAATC-ACTC-TTAT-GAAAAAAAGAAACAGC  1130
      | |||||||| |||| |||| ||||||||  ||||||
seq2  GCTTGTAATCAACTCTTTATGGAAAAAAAAGAACAGC  1134


seq1: chr12_94348628_94349591
seq2: B6Ng01-179E04.g_64_1027 (reverse)

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATCATCCACACAGACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATCATCCACACAGACACACACAC  50

seq1  ATCCTGCTTAGTTACTCTTCTTAATTATATATATATATATATATATAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCTTAGTTACTCTTCTTAATTATATATATATATATATATATAATA  100

seq1  TTTTTCAGGACTGACCACGTGGTATTGCATAATCAACTGGTCTGATTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGGACTGACCACGTGGTATTGCATAATCAACTGGTCTGATTTTC  150

seq1  TTTGAACAAGGACTTCACCAACAGGTATGTTAAGGTGAACAAGAAAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACAAGGACTTCACCAACAGGTATGTTAAGGTGAACAAGAAAGTAA  200

seq1  GATCAGGAGACCTCAACCATATATAAGCAATGAAGGAATAACTACAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGAGACCTCAACCATATATAAGCAATGAAGGAATAACTACAAGCA  250

seq1  ATAACAACAAGCAATGAAGTAATGTTGACAAGGGGATATGTGCTTTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAACAAGCAATGAAGTAATGTTGACAAGGGGATATGTGCTTTCCCC  300

seq1  AGGGAAAAACCCCGAAGTTTACTTTTAATTTCAATATTCAAGCAAGCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAAACCCCGAAGTTTACTTTTAATTTCAATATTCAAGCAAGCCAA  350

seq1  TTAATTTATTCTCAATAGTATGAAGAATGGATATTTTATTTTGCACTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTATTCTCAATAGTATGAAGAATGGATATTTTATTTTGCACTTTA  400

seq1  CACTTTCAAATTATATTCCATTTTGTGTTGTTGTTTTATAGACTCAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCAAATTATATTCCATTTTGTGTTGTTGTTTTATAGACTCAAACA  450

seq1  CAAATAGTTGTTTGTTTTTTTCAAAAGACTACTTTTGCCATGTTTTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGTTGTTTGTTTTTTTCAAAAGACTACTTTTGCCATGTTTTATTT  500

seq1  AAGTTTCAAGGTTCTTTGCTTTAATTTATGAAGGGAAATGTAAGGAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCAAGGTTCTTTGCTTTAATTTATGAAGGGAAATGTAAGGAAAGG  550

seq1  TAGTTTTTCTCTTTGAACATATGGGATATCATATATTTAACTATAAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTTCTCTTTGAACATATGGGATATCATATATTTAACTATAAGTTA  600

seq1  CATGAAAATTGACATGAAAGCATCTATTCTTATATTCATGCATAAATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAATTGACATGAAAGCATCTATTCTTATATTCATGCATAAATATT  650

seq1  TAATCTTAATGTTGTAAATTATCTATATTTGCAATTACTTGGCAAGAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TAGTTTGACCTTCTTCTTGAAGTTTCCCTCTAAACAGCAAAGATAAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGACCTTCTTCTTGAAGTTTCCCTCTAAACAGCAAAGATAAAATT  750

seq1  CAATGTTCTCCTATATGTATATATATATATATATATATATAATGTCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTACAGATACCATATTCCTTTGTATATGGGTAAAATATCTATGTTTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTTATAGTAATATAATGCATGTAAGATATACATATAGAACATAT  900

seq1  ATGTTGTCATAGAATTTTATCCCCCAAATAATATCTTATTTCTAACACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTCATAGAATTTTATCCCCCAAATAATATCTTATTTCTAACACAC  950

seq1  TTCTTAAGGAATTC  964
      ||||||||||||||
seq2  TTCTTAAGGAATTC  964


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