BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179I15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 91,469,348 - 91,631,287
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn3, LOC100039498
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039287, Dio2, LOC100039295, 4930544I03Rik, 4930534B04Rik, 5430427M07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179I15.bB6Ng01-179I15.g
ACCGA006231GA006232
length6721,134
definitionB6Ng01-179I15.b B6Ng01-179I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,630,618 - 91,631,287)(91,469,348 - 91,470,475)
sequence
gaattcacctggcctgtcaatctcatcacacacaagtgacctctccatat
gggtgggatttctgtggctggagtgttccaggcagatctgtgaccccata
agccctgctggatcatctaccttcaatagaacaatcaaagaagcacatga
taatcaaaagtagaaagaaatttgttcaatgttacaaagtcgggaagagg
aagaaagagctccaccagcctccccatctcccgagtccatatttaaggct
ttggtaagagggttagattgaaatagggggtagctctccagtcctccagc
aatgagtgatccctgccacctatcactactgtcttagctctagtctctcc
tacaagatgtgacatgcaactgtggactatctttcaggagaaaaaagtcc
caaccccacccctccatggcttgactaaggaccacaggcttttctttatc
cctgcataaacctggggagaaattctattttttaaatcatatttattatt
attgtggatttgtgtggggaggcacgtgtcatgatgtgtgtgtgtggagg
tcagaggatggttttgtggagttggttctgtcaacccatctttacatgga
ccctaagatcacacagggtcaccaggcttgtgtcacatgcgtctttatct
actgagatatcctcaatagctt

gaattctcatggaaacagatgacagtgtttttgccctcttcctcaccaaa
ggacctccctgtgtcttttctcaccttcaatccagtgatcaggtagagta
tataattttaaagaggctataaggttggactctggaccagaagtatggat
ccttactgcctactagcttgttcagatacagtgggcaaaaatcacctact
tctaggttgggctaagctaatcatgttagctctgatcacatctgacaact
cctctactggcttcaagtcaatgaacttaaagatcaagttgcagcaggta
tgttctgtgagtccagtggaacaattaaataagcatggttagtagccctg
tgctctcactgatggtctggcatgccttatgaagagacagcaccaggtct
tgtgactgtgtctcactcacaacatagttacaaagccatactccacggtt
gcttttgacagagatactggaaggggaaaatagtgaagttgtttgctaac
atctgcatgcacattgcacacatggtatatatagcccaagaggagaattg
ttccaagggagaaagcgagcctgattcatatctctacctttaggcactta
tagaaactgtcagatggtgtctacactgacagatttgagtcccagagagc
ttaaggatatggagtgtgcacacatttttgtaagaaatccctactatctt
ttatgagggataaactctcactatctattcttgtctatctgtctgtctgt
ctccctctctgtctctcactttccctctctccttctgcctctctcttcct
cctcccttttgcatttgcagttcaaaatcaagtcttaggatgagttttct
atttcttttttctttcttattatctcattgtttaagaaggcagattttat
gaccacttattcatatgatgtagaggctttagattatttgggttactgtg
aggattcgctttaaaatatttttttccttgacactcttttttgcctgagt
gagactccctcagatgaatagtggggcttctttcatcatgaaatggcatt
gttctcaatgccaaaggtgttaagctgcagatacctgccacattgacttt
tatcctgtgaatttattgaattggtgggaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_91630618_91631287
seq2: B6Ng01-179I15.b_43_714 (reverse)

seq1  AAGCTATTGA-GATATCTCAGTAGATAAAGACGCATGTGACACAAGCCTG  49
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATTGAGGATATCTCAGTAGATAAAGACGCATGTGACACAAGCCTG  50

seq1  GTGA-CCTGTGTGATCTTAGGGTCCATGTAAAGATGGGTTGACAGAACCA  98
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCTGTGTGATCTTAGGGTCCATGTAAAGATGGGTTGACAGAACCA  100

seq1  ACTCCACAAAACCATCCTCTGACCTCCACACACACACATCATGACACGTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACAAAACCATCCTCTGACCTCCACACACACACATCATGACACGTG  150

seq1  CCTCCCCACACAAATCCACAATAATAATAAATATGATTTAAAAAATAGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCACACAAATCCACAATAATAATAAATATGATTTAAAAAATAGAA  200

seq1  TTTCTCCCCAGGTTTATGCAGGGATAAAGAAAAGCCTGTGGTCCTTAGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCCCAGGTTTATGCAGGGATAAAGAAAAGCCTGTGGTCCTTAGTC  250

seq1  AAGCCATGGAGGGGTGGGGTTGGGACTTTTTTCTCCTGAAAGATAGTCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATGGAGGGGTGGGGTTGGGACTTTTTTCTCCTGAAAGATAGTCCA  300

seq1  CAGTTGCATGTCACATCTTGTAGGAGAGACTAGAGCTAAGACAGTAGTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCATGTCACATCTTGTAGGAGAGACTAGAGCTAAGACAGTAGTGA  350

seq1  TAGGTGGCAGGGATCACTCATTGCTGGAGGACTGGAGAGCTACCCCCTAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGCAGGGATCACTCATTGCTGGAGGACTGGAGAGCTACCCCCTAT  400

seq1  TTCAATCTAACCCTCTTACCAAAGCCTTAAATATGGACTCGGGAGATGGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATCTAACCCTCTTACCAAAGCCTTAAATATGGACTCGGGAGATGGG  450

seq1  GAGGCTGGTGGAGCTCTTTCTTCCTCTTCCCGACTTTGTAACATTGAACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGTGGAGCTCTTTCTTCCTCTTCCCGACTTTGTAACATTGAACA  500

seq1  AATTTCTTTCTACTTTTGATTATCATGTGCTTCTTTGATTGTTCTATTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTTTCTACTTTTGATTATCATGTGCTTCTTTGATTGTTCTATTGA  550

seq1  AGGTAGATGATCCAGCAGGGCTTATGGGGTCACAGATCTGCCTGGAACAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGATGATCCAGCAGGGCTTATGGGGTCACAGATCTGCCTGGAACAC  600

seq1  TCCAGCCACAGAAATCCCACCCATATGGAGAGGTCACTTGTGTGTGATGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCACAGAAATCCCACCCATATGGAGAGGTCACTTGTGTGTGATGA  650

seq1  GATTGACAGGCCAGGTGAATTC  670
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGACAGGCCAGGTGAATTC  672


seq1: chr12_91469348_91470475
seq2: B6Ng01-179I15.g_67_1200

seq1  GAATTCTCATGGAAACAGATGACAGTGTTTTTGCCCTCTTCCTCACCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGGAAACAGATGACAGTGTTTTTGCCCTCTTCCTCACCAAA  50

seq1  GGACCTCCCTGTGTCTTTTCTCACCTTCAATCCAGTGATCAGGTAGAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCCCTGTGTCTTTTCTCACCTTCAATCCAGTGATCAGGTAGAGTA  100

seq1  TATAATTTTAAAGAGGCTATAAGGTTGGACTCTGGACCAGAAGTATGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTTAAAGAGGCTATAAGGTTGGACTCTGGACCAGAAGTATGGAT  150

seq1  CCTTACTGCCTACTAGCTTGTTCAGATACAGTGGGCAAAAATCACCTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTGCCTACTAGCTTGTTCAGATACAGTGGGCAAAAATCACCTACT  200

seq1  TCTAGGTTGGGCTAAGCTAATCATGTTAGCTCTGATCACATCTGACAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGTTGGGCTAAGCTAATCATGTTAGCTCTGATCACATCTGACAACT  250

seq1  CCTCTACTGGCTTCAAGTCAATGAACTTAAAGATCAAGTTGCAGCAGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACTGGCTTCAAGTCAATGAACTTAAAGATCAAGTTGCAGCAGGTA  300

seq1  TGTTCTGTGAGTCCAGTGGAACAATTAAATAAGCATGGTTAGTAGCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGTGAGTCCAGTGGAACAATTAAATAAGCATGGTTAGTAGCCCTG  350

seq1  TGCTCTCACTGATGGTCTGGCATGCCTTATGAAGAGACAGCACCAGGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCACTGATGGTCTGGCATGCCTTATGAAGAGACAGCACCAGGTCT  400

seq1  TGTGACTGTGTCTCACTCACAACATAGTTACAAAGCCATACTCCACGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTGTGTCTCACTCACAACATAGTTACAAAGCCATACTCCACGGTT  450

seq1  GCTTTTGACAGAGATACTGGAAGGGGAAAATAGTGAAGTTGTTTGCTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGACAGAGATACTGGAAGGGGAAAATAGTGAAGTTGTTTGCTAAC  500

seq1  ATCTGCATGCACATTGCACACATGGTATATATAGCCCAAGAGGAGAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATGCACATTGCACACATGGTATATATAGCCCAAGAGGAGAATTG  550

seq1  TTCCAAGGGAGAAAGCGAGCCTGATTCATATCTCTACCTTTAGGCACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGGGAGAAAGCGAGCCTGATTCATATCTCTACCTTTAGGCACTTA  600

seq1  TAGAAACTGTCAGATGGTGTCTACACTGACAGATTTGAGTCCCAGAGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACTGTCAGATGGTGTCTACACTGACAGATTTGAGTCCCAGAGAGC  650

seq1  TTAAGGATATGGAGTGTGCACACA-TTTTGTAAGAAATCCCTACTATC-T  698
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAAGGATATGGAGTGTGCACACATTTTTGTAAGAAATCCCTACTATCTT  700

seq1  TTATGAGGGATAAACTCTCACTATCTATTCTTGTCTATCTGTCTGTCTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGGGATAAACTCTCACTATCTATTCTTGTCTATCTGTCTGTCTGT  750

seq1  CTCCCTCTCTGTCTCTCACTTTCCCTCTCTCCTTCTGCCTCTCTCTTCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCTCTGTCTCTCACTTTCCCTCTCTCCTTCTGCCTCTCTCTTCCT  800

seq1  CCTCCCTTTTGCATTTGCAGTTCAAAATCAAGTCTTAGGATGAGTTTTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTTTGCATTTGCAGTTCAAAATCAAGTCTTAGGATGAGTTTTCT  850

seq1  ATTTCTTTTTTCTTTCTTATTATCTCATTGTTTAAGAAGGCAGATTTTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTTTCTTTCTTATTATCTCATTGTTTAAGAAGGCAGATTTTAT  900

seq1  GACCACTTATTCATATGATGTAGAGGC-TTAGA-TATTT-GGTTACTGTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
seq2  GACCACTTATTCATATGATGTAGAGGCTTTAGATTATTTGGGTTACTGTG  950

seq1  AGGATTCGCTTTAAAATA--TTTTTCCTTGACACTC-TTTTTGCCTGAGT  992
      ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGATTCGCTTTAAAATATTTTTTTCCTTGACACTCTTTTTTGCCTGAGT  1000

seq1  GAGGACTCCCTCAGATGAATAGTGGGGCTTC-TTCATCATGAAATTGGCA  1041
      || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  GA-GACTCCCTCAGATGAATAGTGGGGCTTCTTTCATCATGAAA-TGGCA  1048

seq1  -TGTTCTC-ATGCCAAAGGTGTTTAGCTGCCAAGATA-CTGCCACA-TGA  1087
       ||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||| |||
seq2  TTGTTCTCAATGCCAAAGGTGTTAAGCTGC--AGATACCTGCCACATTGA  1096

seq1  TTTTATTCCCTTGTGATATTTATTTGAAAT-GTGGGAAAAAA  1128
       |||  |||  ||||| ||||| ||||| | |||||||||||
seq2  CTTTTATCC--TGTGA-ATTTA-TTGAATTGGTGGGAAAAAA  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |