BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180D16
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,854,247 - 106,014,264
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDicer1, Clmn
Upstream geneSerpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc
Downstream gene4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1, LOC100040310, 2810011L19Rik, LOC100040339, EG668081, D430019H16Rik, Bdkrb2, Bdkrb1, 2410024A21Rik, 4933433P14Rik, Ak7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180D16.bB6Ng01-180D16.g
ACCGA006725GA006726
length914629
definitionB6Ng01-180D16.b B6Ng01-180D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,013,355 - 106,014,264)(105,854,247 - 105,854,874)
sequence
gaattcaggacctctggaagagcagtcaaccactgagccatctctccagc
actcccaggggttatttctgctgtattcttgtaccatagcatgatttgtt
tgttttttgtttgtttttcttcacagaacagtcattcctttcctttaaga
tttttggtagttctggggattgaaccacagcctcatgcatgctaggaggt
gagctaggtgagcagccggcactacttgccagctcccttttagcttttgc
ttttgagggcgtgtctcactaagttgtctaggctgactttgaactggctc
catagcccaggcccgggcaaggcatggagttgattccatcgtttagccgg
gctctgccttggagaggggcactcggttctttgggtagatgaacgcatgg
ttgactgtgcttgccagggggtcagggctcacacccattcgaaagtgcat
attgatacaatgtaacacaaacccatctatgaggaagtctgctgcagcga
agggaacagagagattattaccgcttaccaggaatgggcttttgagtttg
gaagtattacttacacataagggcaagaacagggctccagagctcctagc
tctgcaccgtgggggatcaagtcactctggaagctgctgaggccccagga
tcccttttgacccagaggttacattttgcttcattcctgtgcagtgtttg
cgaggtaacgttcattcctgtgcagtgtttgcgaggtaacgtagcgaaaa
cctagatttgagagatactgatgttgcctcacagcacctttctgagagtg
tgtacttaggccaagcgccaggctcctgggggccatggagggggcttgct
tagaggaacttgagatggcacagtgtccagggtacaatggtagtcacgaa
aattacctagttct
gaattctgggaaactcaactctggtcctcatgcggtccggcaagcactct
accaaatgaaccaggtccctagactcctaacttggcttcttaagaacaca
cagttcccagcaagccttctgagtcataggcagtcactttgtactgaagc
tgtaaaactgcagtgaaggccatcgcgaatgtgttgggggtttttgtgtc
caggttacaggtagatgacagtggccctgggcttggaggagagaggacga
tgctctacttccactgcgtagggcccaggccaggctgtacaccgatgttc
tggaatgaccccatcatagaggtgctgtgaattgcacgagcttggctctc
agaaagaaaactctgtcatcttgttctactcctcactgggcaactaaagc
tgtgacaggcaaaggagggagagagttttccttaaggggttggtccctac
tgggacaaccatgctccagtagatggtcctatatccacacatacatgcca
acacaaattggactgatttattcatgtatatatgaacatatgtatgtatg
catgcatgcatgtatgtatgtatgtatgacatgaaggaggtggaaaagtc
agatctgggaggaattaaggggtaggagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_106013355_106014264
seq2: B6Ng01-180D16.b_48_961 (reverse)

seq1  AGAACTAGGTA--TTTCGTGGCTGCCA-TGTA-CCTTGACACCTGTGCCA  46
      |||||||||||  ||||||| || ||| |||| ||| |||| ||||||||
seq2  AGAACTAGGTAATTTTCGTGACTACCATTGTACCCTGGACA-CTGTGCCA  49

seq1  TCTCAAGTTCCTCTAAGCAAGCCCCCTCCATGGCCCCCAGGAGCCTGGCG  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTTCCTCTAAGCAAGCCCCCTCCATGGCCCCCAGGAGCCTGGCG  99

seq1  CTTGGCCTAAGTACACACTCTCAGAAAGGTGCTGTGAGGCAACATCAGTA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCTAAGTACACACTCTCAGAAAGGTGCTGTGAGGCAACATCAGTA  149

seq1  TCTCTCAAATCTAGG-TTTCGCTACGTTACCTCGCAAACACTGCACAGGA  195
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAAATCTAGGTTTTCGCTACGTTACCTCGCAAACACTGCACAGGA  199

seq1  ATGAACGTTACCTCGCAAACACTGCACAGGAATGAAGCAAAATGTAACCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACGTTACCTCGCAAACACTGCACAGGAATGAAGCAAAATGTAACCT  249

seq1  CTGGGTCAAAAGGGATCCTGGGGCCTCAGCAGCTTCCAGAGTGACTTGAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCAAAAGGGATCCTGGGGCCTCAGCAGCTTCCAGAGTGACTTGAT  299

seq1  CCCCCACGGTGCAGAGCTAGGAGCTCTGGAGCCCTGTTCTTGCCCTTATG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACGGTGCAGAGCTAGGAGCTCTGGAGCCCTGTTCTTGCCCTTATG  349

seq1  TGTAAGTAATACTTCCAAACTCAAAAGCCCATTCCTGGTAAGCGGTAATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTAATACTTCCAAACTCAAAAGCCCATTCCTGGTAAGCGGTAATA  399

seq1  ATCTCTCTGTTCCCTTCGCTGCAGCAGACTTCCTCATAGATGGGTTTGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTGTTCCCTTCGCTGCAGCAGACTTCCTCATAGATGGGTTTGTG  449

seq1  TTACATTGTATCAATATGCACTTTCGAATGGGTGTGAGCCCTGACCCCCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTGTATCAATATGCACTTTCGAATGGGTGTGAGCCCTGACCCCCT  499

seq1  GGCAAGCACAGTCAACCATGCGTTCATCTACCCAAAGAACCGAGTGCCCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCACAGTCAACCATGCGTTCATCTACCCAAAGAACCGAGTGCCCC  549

seq1  TCTCCAAGGCAGAGCCCGGCTAAACGATGGAATCAACTCCATGCCTTGCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGGCAGAGCCCGGCTAAACGATGGAATCAACTCCATGCCTTGCC  599

seq1  CGGGCCTGGGCTATGGAGCCAGTTCAAAGTCAGCCTAGACAACTTAGTGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCCTGGGCTATGGAGCCAGTTCAAAGTCAGCCTAGACAACTTAGTGA  649

seq1  GACACGCCCTCAAAAGCAAAAGCTAAAAGGGAGCTGGCAAGTAGTGCCGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGCCCTCAAAAGCAAAAGCTAAAAGGGAGCTGGCAAGTAGTGCCGG  699

seq1  CTGCTCACCTAGCTCACCTCCTAGCATGCATGAGGCTGTGGTTCAATCCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACCTAGCTCACCTCCTAGCATGCATGAGGCTGTGGTTCAATCCC  749

seq1  CAGAACTACCAAAAATCTTAAAGGAAAGGAATGACTGTTCTGTGAAGAAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTACCAAAAATCTTAAAGGAAAGGAATGACTGTTCTGTGAAGAAA  799

seq1  AACAAACAAAAAACAAACAAATCATGCTATGGTACAAGAATACAGCAGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAAAACAAACAAATCATGCTATGGTACAAGAATACAGCAGAA  849

seq1  ATAACCCCTGGGAGTGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTGACTGCTCTTCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCCCTGGGAGTGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTGACTGCTCTTCC  899

seq1  AGAGGTCCTGAATTC  910
      |||||||||||||||
seq2  AGAGGTCCTGAATTC  914

seq1: chr12_105854247_105854874
seq2: B6Ng01-180D16.g_69_697

seq1  GAATTCTGGGAAACTCAACTCTGGTCCTCATGCGGTCCGGCAAGCACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAAACTCAACTCTGGTCCTCATGCGGTCCGGCAAGCACTCT  50

seq1  ACCAAATGAACCAGGTCCCTAGACTCCTAACTTGGCTTCTTAAGAACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATGAACCAGGTCCCTAGACTCCTAACTTGGCTTCTTAAGAACACA  100

seq1  CAGTTCCCAGCAAGCCTTCTGAGTCATAGGCAGTCACTTTGTACTGAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCCAGCAAGCCTTCTGAGTCATAGGCAGTCACTTTGTACTGAAGC  150

seq1  TGTAAAACTGCAGTGAAGGCCATCGCGAATGTGTTGGGGGTTTTTGTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAACTGCAGTGAAGGCCATCGCGAATGTGTTGGGGGTTTTTGTGTC  200

seq1  CAGGTTACAGGTAGATGACAGTGGCCCTGGGCTTGGAGGAGAGAGGACGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTACAGGTAGATGACAGTGGCCCTGGGCTTGGAGGAGAGAGGACGA  250

seq1  TGCTCTACTTCCACTGCGTAGGGCCCAGGCCAGGCTGTACACCGATGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTACTTCCACTGCGTAGGGCCCAGGCCAGGCTGTACACCGATGTTC  300

seq1  TGGAATGACCCCATCATAGAGGTGCTGTGAATTGCACGAGCTTGGCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGACCCCATCATAGAGGTGCTGTGAATTGCACGAGCTTGGCTCTC  350

seq1  AGAAAGAAAACTCTGTCATCTTGTTCTACTCCTCACTGGGCAACTAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAAACTCTGTCATCTTGTTCTACTCCTCACTGGGCAACTAAAGC  400

seq1  TGTGACAGGCAAAGGAGGGAGAGAGTTTTCCTTAAGGGGTTGGTCCCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGGCAAAGGAGGGAGAGAGTTTTCCTTAAGGGGTTGGTCCCTAC  450

seq1  TGGGACAACCATGCTCCAGTAGATGGTCCTATATCCACACATACATGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAACCATGCTCCAGTAGATGGTCCTATATCCACACATACATGCCA  500

seq1  ACACAAATTGGACTGATTTATTCATGTATATATGAACATATGTATGTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAATTGGACTGATTTATTCATGTATATATGAACATATGTATGTATG  550

seq1  CATGCATGCATGTATGTATGTATGTATGACATGAAGGAGGTGGAAAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGCATGTATGTATGTATGTATGACATGAAGGAGGTGGAAAAGTC  600

seq1  AGATCTGGGAGGAGTT-AGGGGTAGGAGT  628
      ||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  AGATCTGGGAGGAATTAAGGGGTAGGAGT  629