BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184J09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 9,996,803 - 10,163,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382567
Upstream geneWdr35, Ttc32, LOC633030, LOC100042238, Osr1
Downstream geneNt5c1b, Rdh14, LOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184J09.bB6Ng01-184J09.g
ACCGA009923GA009924
length1,0881,188
definitionB6Ng01-184J09.b B6Ng01-184J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,996,803 - 9,997,909)(10,162,562 - 10,163,741)
sequence
gaattcaataaaaagagtacttaaaaacttggaaagctgcccctaaaatt
aaatcaaaatcccaagaaaaaaaaattgaacctaaaatatcactaggcaa
acattatataaatggggacacaaaataaatccactttcaggtgtatacaa
catatacaatttatcaatcaagaatgataattaatattgttaccagacca
ttaactttggtttgaggtgacagacatctataccagagaatgaatatagg
ggtttcctatatatgcaatttgagtgtgctgatataggttctggttgttg
gtgagtttctcctaatatgcaaacatttactcatatcctatgcctctgta
ctgtagaagacagaaacaagcatgcatggtggcagcaggaaacacaggag
agatgcaggaaaaggggccagaggggttgttatgtgatttgtaaagtatt
ttggtgtctatataatttttagtacacaagggacagaacccaacttttgt
ttttacctggtgcgctggctagtcctatgtcaacttcacacaaactagtg
ttacctgagaggagggaaccttaattgagagtatgcctccataacatcca
gctgctaggcctttccctagttagtgattgatgtatgagggccaaactca
ctgtgggtggtacaatccctgggctggtggtcttgggctatcagaaagca
gactgagcaagccattagagaaagctgttaaggagcacacctccatggcc
taggcattaactcctctctccaggttcctgccctgtttgagttcctgtcc
taaatttgtttgatgaagatcacttctgtggaattgtaaagcaaataaac
tctttcctccccaagttgcttttggtcatgtttcatcacagcaacaaaaa
ccctagctaagaaccaagtattctgagtttgtttgggaaaagaccaaggg
taacagaaatgtaagatgtggtgtgtatagcagtttgtctgtgagtgtgc
aaaatgatgaccttattaagtcgttctcatctctatgctgagacctttat
tatggttcttgtgttctgttaccctacataagattatt

gaattcaggagaggaactgaactgtgtacgctcttcggcatgtatgacag
ccagtgtaagactgtgaagactccctcaaagtcatcacaaacagtggagt
gggtaaccccattgttgtgcataatctggatgcccccaagctggttgttg
gaggtgtataattcccgaccaaggactttgttgagggcaccagctcctgt
cagaattaagtgagaattctcaacctggatggttctttgtcccagccgga
caaggtaagccccaataccaatggcccggcatgtaaccaggctgatggtg
atgacctcatcgtaagccaatgaggattccccagcaatcattccagaacc
ccgaagattctctgctccaagtccttcttctttcccgataatatctgtta
tcttgtacctggattccccttcatcctccacatgttcacagtggacagaa
ttgagggcactgactctcttataatcctggggtgtcagatataaatactt
gtatcccttgtagggatcttcaggatctacccaggccacatggaacatat
ggcgtatttcttctgcaagtccaattctagctccactgttcgctgccacg
tagatgcgtgggatgccttctgctctggcaagttcagaagctctgagaaa
cagcaaatcctcctgaggcccaaaggaaccgatccgatatgtaatgtcat
tgccgatgacaatgatatcttggccatctggatattcagggcttttaagg
ctcattttccaggctaccatgccaatctcatttcctcctggaagtctgtt
catatggaccagctggccttgatcatccaacaccagtttcagtatacgtc
aggatgtcggaaggcaaaggaggcgaaaggaagaaatgcttgggtggaca
tggactcccagagtttgatgagtgactgccgaaacatctcttgggattat
catattatatattgttgttcctaaggactgtgcctgaaacctcttggatt
gaagaacgtcttttgtcacatttggagtattaacatttccatgcaatggt
cccttgctggtctcatatgcctgaaacatgatctgagcgttcctgaatca
gttcacttcctaattacaggctgattctcaagctagtagccagacctgat
ttgtcaggaatagccgatggaaatgcttttccagttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_9996803_9997909
seq2: B6Ng01-184J09.b_47_1134

seq1  GAATTCAATAAAAAGAGTACTTAAAAACTTGGAAAGCTGCCCCTAAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAAAGAGTACTTAAAAACTTGGAAAGCTGCCCCTAAAATT  50

seq1  AAATCAAAATCCCAAGAAAAAAAAATTGAACCTAAAATATCACTAGGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAAATCCCAAGAAAAAAAAATTGAACCTAAAATATCACTAGGCAA  100

seq1  ACATTATATAAATGGGGACACAAAATAAATCCACTTTCAGGTGTATACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATATAAATGGGGACACAAAATAAATCCACTTTCAGGTGTATACAA  150

seq1  CATATACAATTTATCAATCAAGAATGATAATTAATATTGTTACCAGACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACAATTTATCAATCAAGAATGATAATTAATATTGTTACCAGACCA  200

seq1  TTAACTTTGGTTTGAGGTGACAGACATCTATACCAGAGAATGAATATAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTTGGTTTGAGGTGACAGACATCTATACCAGAGAATGAATATAGG  250

seq1  GGTTTCCTATATATGCAATTTGAGTGTGCTGATATAGGTTCTGGTTGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCTATATATGCAATTTGAGTGTGCTGATATAGGTTCTGGTTGTTG  300

seq1  GTGAGTTTCTCCTAATATGCAAACATTTACTCATATCCTATGCCTCTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTCTCCTAATATGCAAACATTTACTCATATCCTATGCCTCTGTA  350

seq1  CTGTAGAAGACAGAAACAAGCATGCATGGTGGCAGCAGGAAACACAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAAGACAGAAACAAGCATGCATGGTGGCAGCAGGAAACACAGGAG  400

seq1  AGATGCAGGAAAAGGGGCCAGAGGGGTTGTTATGTGATTTGTAAAGTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGGAAAAGGGGCCAGAGGGGTTGTTATGTGATTTGTAAAGTATT  450

seq1  TTGGTGTCTATATAATTTTTAGTACACAAGGGACAGAACCCAACTTTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTCTATATAATTTTTAGTACACAAGGGACAGAACCCAACTTTTGT  500

seq1  TTTTACCTGGTGCGCTGGCTAGTCCTATGTCAACTTCACACAAACTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTGGTGCGCTGGCTAGTCCTATGTCAACTTCACACAAACTAGTG  550

seq1  TTACCTGAGAGGAGGGAACCTTAATTGAGAGTATGCCTCCATAACATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGAGAGGAGGGAACCTTAATTGAGAGTATGCCTCCATAACATCCA  600

seq1  GCTGCTAGGCCTTTCCCTAGTTAGTGATTGATGTATGAGGGCCAAACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTAGGCCTTTCCCTAGTTAGTGATTGATGTATGAGGGCCAAACTCA  650

seq1  CTGTGGGTGGTACAATCCCTGGGCTGGTGGTCTTGGGCTATCAGAAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTGGTACAATCCCTGGGCTGGTGGTCTTGGGCTATCAGAAAGCA  700

seq1  GACTGAGCAAGCCATTAGAGAAAGCTGTTAAGGAGCACACCTCCATGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGCAAGCCATTAGAGAAAGCTGTTAAGGAGCACACCTCCATGGCC  750

seq1  TAGGCATTAACTCCTCTCTCCAGGTTCCTGCCCTGTTTGAGTTCCTGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTAACTCCTCTCTCCAGGTTCCTGCCCTGTTTGAGTTCCTGTCC  800

seq1  TAAATTTGTTTGATGAAGATCACTTCTGTGGAATTGTAAAGCAAATAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTGTTTGATGAAGATCACTTCTGTGGAATTGTAAAGCAAATAAAC  850

seq1  TCTTTCCTCCCCAAGTTGCTTTTGGTCATGTTTCATCACAGCAACAAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTCCCCAAGTTGCTTTTGGTCATGTTTCATCACAGCAACAAAAA  900

seq1  CCCTAGCTAAGAACCAAGTATTCTGAAGTTTGTTTGGAAAAAGACCAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
seq2  CCCTAGCTAAGAACCAAGTATTCTG-AGTTTGTTTGGGAAAAGACC-AAG  948

seq1  GGTAACAAGAAATGTAAGATGTGGTGGTGTAATAGCAGTTTTGTCTGTGA  1000
      |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||
seq2  GGTAAC-AGAAATGTAAGATGTGGT-GTGT-ATAGCAG-TTTGTCTGTGA  994

seq1  GTTGTGGCAAAAATGAATGACC-TATTAAGGTCGTTCTCAATCTTCTTAA  1049
      | ||||   |||||| |||||| |||||| ||||||||||    |||  |
seq2  G-TGTG--CAAAATG-ATGACCTTATTAA-GTCGTTCTCA----TCTCTA  1035

seq1  TGCTGAGACCCTTTATTATGGTTTCTTGTGTTCTGGTAACCCCAACCATA  1099
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||  ||| | ||||
seq2  TGCTGAGA-CCTTTATTATGG-TTCTTGTGTTCTGTTA--CCCTA-CATA  1080

seq1  AGATTATT  1107
      ||||||||
seq2  AGATTATT  1088


seq1: chr12_10162562_10163741
seq2: B6Ng01-184J09.g_67_1254 (reverse)

seq1  ACAACTGGAAAAGCAATTCCCATCCGCCTCTTCCTGACAAA-CGAGTCTG  49
      |||||||||||||| ||| |||| || || ||||||||||| |  |||||
seq2  ACAACTGGAAAAGC-ATTTCCAT-CGGCTATTCCTGACAAATCAGGTCTG  48

seq1  GCTACTA-CTTGGACATCAGCCTGT-ATAAGGAAGTG-ACTGACTCCAGG  96
      ||||||| ||||   |||||||||| || |||||||| ||||| | ||||
seq2  GCTACTAGCTTGAGAATCAGCCTGTAATTAGGAAGTGAACTGA-TTCAGG  97

seq1  ACAGCACAGATCATGTTTCAGGCATATGGAGACAAGC-AGGGACCACTGC  145
      |  || ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||
seq2  AACGCTCAGATCATGTTTCAGGCATAT-GAGACCAGCAAGGGACCATTGC  146

seq1  ATGG-AATGTTAATACTCCATATGTGACCAAAGACCTTCTTCAATCAAAG  194
      |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||
seq2  ATGGAAATGTTAATACTCCAAATGTGACAAAAGACGTTCTTCAATCCAAG  196

seq1  AGGTTTCAGGCACAGTCCTTAGGAACAAC-ATATAT-ATATGAT-ATCCC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||
seq2  AGGTTTCAGGCACAGTCCTTAGGAACAACAATATATAATATGATAATCCC  246

seq1  -AGAGATGTTTCGGCAGTCACTCATCAAACTCTGGGAGTCCATGTCCACC  290
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGTTTCGGCAGTCACTCATCAAACTCTGGGAGTCCATGTCCACC  296

seq1  CAAGCATTTCTTCC-TTCGCCTCCTTTGCCTTCCGACATCCTGACGTATA  339
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATTTCTTCCTTTCGCCTCCTTTGCCTTCCGACATCCTGACGTATA  346

seq1  CTG-AACTGGTGTTGGATGATCAAGGCCAGCTGGTCCATATGAACAGACT  388
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACTGGTGTTGGATGATCAAGGCCAGCTGGTCCATATGAACAGACT  396

seq1  TCCAGGAGGAAATGAGATTGGCATGGTAGCCTGGAAAATGAGCCTTAAAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAGGAAATGAGATTGGCATGGTAGCCTGGAAAATGAGCCTTAAAA  446

seq1  GCCCTGAATATCCAGATGGCCAAGATATCATTGTCATCGGCAATGACATT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGAATATCCAGATGGCCAAGATATCATTGTCATCGGCAATGACATT  496

seq1  ACATATCGGATCGGTTCCTTTGGGCCTCAGGAGGATTTGCTGTTTCTCAG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCGGATCGGTTCCTTTGGGCCTCAGGAGGATTTGCTGTTTCTCAG  546

seq1  AGCTTCTGAACTTGCCAGAGCAGAAGGCATCCCACGCATCTACGTGGCAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTGAACTTGCCAGAGCAGAAGGCATCCCACGCATCTACGTGGCAG  596

seq1  CGAACAGTGGAGCTAGAATTGGACTTGCAGAAGAAATACGCCATATGTTC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACAGTGGAGCTAGAATTGGACTTGCAGAAGAAATACGCCATATGTTC  646

seq1  CATGTGGCCTGGGTAGATCCTGAAGATCCCTACAAGGGATACAAGTATTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGCCTGGGTAGATCCTGAAGATCCCTACAAGGGATACAAGTATTT  696

seq1  ATATCTGACACCCCAGGATTATAAGAGAGTCAGTGCCCTCAATTCTGTCC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGACACCCCAGGATTATAAGAGAGTCAGTGCCCTCAATTCTGTCC  746

seq1  ACTGTGAACATGTGGAGGATGAAGGGGAATCCAGGTACAAGATAACAGAT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAACATGTGGAGGATGAAGGGGAATCCAGGTACAAGATAACAGAT  796

seq1  ATTATCGGGAAAGAAGAAGGACTTGGAGCAGAGAATCTTCGGGGTTCTGG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCGGGAAAGAAGAAGGACTTGGAGCAGAGAATCTTCGGGGTTCTGG  846

seq1  AATGATTGCTGGGGAATCCTCATTGGCTTACGATGAGGTCATCACCATCA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTGCTGGGGAATCCTCATTGGCTTACGATGAGGTCATCACCATCA  896

seq1  GCCTGGTTACATGCCGGGCCATTGGTATTGGGGCTTACCTTGTCCGGCTG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTTACATGCCGGGCCATTGGTATTGGGGCTTACCTTGTCCGGCTG  946

seq1  GGACAAAGAACCATCCAGGTTGAGAATTCTCACTTAATTCTGACAGGAGC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAGAACCATCCAGGTTGAGAATTCTCACTTAATTCTGACAGGAGC  996

seq1  TGGTGCCCTCAACAAAGTCCTTGGTCGGGAATTATACACCTCCAACAACC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCCTCAACAAAGTCCTTGGTCGGGAATTATACACCTCCAACAACC  1046

seq1  AGCTTGGGGGCATCCAGATTATGCACAACAATGGGGTTACCCACTCCACT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGGGCATCCAGATTATGCACAACAATGGGGTTACCCACTCCACT  1096

seq1  GTTTGTGATGACTTTGAGGGAGTCTTCACAGTCTTACACTGGCTGTCATA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGATGACTTTGAGGGAGTCTTCACAGTCTTACACTGGCTGTCATA  1146

seq1  CATGCCGAAGAGCGTACACAGTTCAGTTCCTCTCCTGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCGAAGAGCGTACACAGTTCAGTTCCTCTCCTGAATTC  1188


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |