BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186F07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 101,600,900 - 101,788,747
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc7b, Rps6ka5
Upstream geneChes1, LOC100039892, 2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1
Downstream geneLOC100040123, 9030617O03Rik, EG667148, Gpr68, 0610010D24Rik, LOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps, 4932415G16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186F07.bB6Ng01-186F07.g
ACCGA011203GA011204
length1,1951,016
definitionB6Ng01-186F07.b B6Ng01-186F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,600,900 - 101,602,081)(101,787,729 - 101,788,747)
sequence
gaattctgcacacccaatcatattaagcctggaactgtgggtaccttagc
tgcggtatggaacacactatacctgtgagcactttctaagggctgatcga
gaactctgcccaatgttgcccacagagctatagtgagggtatgctaggtg
atcagtctctcagcctggggcaatgaatcacagtggctgtacctcatggt
ccgcccttgagtctggagagcactgagcaactgtccaggagcatatagac
atggtggggtcaagaatgagcatagtaagacatttcctcgggatgaagaa
gcaaatgcttttccagaatagacaaggaaataaaaggcgggtttaataac
cagctgggagagttttgcatcatgcctacctaaatgggcatcaaacttga
atgtttctgaaatgtgttcaagtccaaaaatctctgctgatacacaaaac
ctcacaggctttcaatgagaaacccgtactctcaggctttcaaggggtcc
ttctgggcaactggtcctgttaaacacccaaatgtgttctgcctcctggt
cagctgtcaacaggggggacgagggcctgagggcaaggctctcctcactg
tagcagcttctatggtgaagaacccacccagtggctcactgccagatgtg
agccactgaactgctaaggaagttctaaacacatggccattttaagaccc
tcagctgctccaggaaacagtgcaatgatccagcacatctggaagcatgt
tggccttcccccctctctggtcttaggtgtcagagggcgacgaggccaca
ctatctccccacactctcacatcagctgtcccagaaaacctagagcacac
tgatttggtgaaacaaagatttcttggtgccaaagaatatgtaagtagct
ggttttgcagggctttagcttgtctcttatcctgccccgggaagagcagg
gcccggggataagacgcaggcttgatgaatgtggcctgccctcttgcgat
cctagcctgcctcctcttttatgggaaccatattactacattttgctcct
cactttcaaaggagtcaataaaactgggacaataccttagctgttcagac
gtatgtttaggaacaaacaactggcacagtcacctcaaaggcactgcact
ctccatcaattctggactctgattcaggagctggtctcaggttga
gaattctattcaacactgtgcttcacatctgtacactgtgttgccctaca
gcgagccagctcctcctgtaggcagagattatgtacataatattttagaa
ccataacctatacttgttttgaaatgtttctgttaaattttaaatccaca
gagcattttataaacttatgcagagcacttttattgctcaaacgttctga
attcatacagacaagtgctatgccgtgaagatatttcattgaaagactgc
tgcattttaaagtacaaactaattaattccctatgcaaaaaaggaagtca
taggatttgtatgttgtttttttttctttaaagccattacatggaatgtc
aagactgagaaaaatgatcttcactatgtttacaagaactgtgcttaaaa
ggatagtgtctaacatgtttatttgacagttgtgttaatgataacctcgt
tagcattagtttggaatttggacactatacctatttatctctttcttaag
gtaatagcagcattaatttcaatctgtgatgaatactaaaaataactgca
ttctgtgtaatggtaatatatttattactaagtcaatgtacatattaata
gtataggcaacaaaatggcaaatattaaaatattttcaagatattatatt
atcctgttcactttttgttcacagtaattactggggatattttttgatac
tctgactggccaaatggctatataattcctcaatgagtcaataaaaattt
tatactactagctttgggtcatttctagtaatgataggaaactgtgtgaa
ttactaataaaatgtagctgtttcacaaaaatgtgatgcccttgggcaga
ggtttttaataagaatatgtccacttatttttacactgggtatatctagg
ttatatttggaaatgtataagttagttctgaagttatttgtaattgtgta
tcctgtagaaaatgaggttacaagtacaaacttatggagaactgttgcta
acagaagtatcagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_101600900_101602081
seq2: B6Ng01-186F07.b_44_1238

seq1  GAATTCTGCACACCCAATCATATTAAGCCTGGAACTGTGGGTACCTTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCACACCCAATCATATTAAGCCTGGAACTGTGGGTACCTTAGC  50

seq1  TGCGGTATGGAACACACTATACCTGTGAGCACTTTCTAAGGGCTGATCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGTATGGAACACACTATACCTGTGAGCACTTTCTAAGGGCTGATCGA  100

seq1  GAACTCTGCCCAATGTTGCCCACAGAGCTATAGTGAGGGTATGCTAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGCCCAATGTTGCCCACAGAGCTATAGTGAGGGTATGCTAGGTG  150

seq1  ATCAGTCTCTCAGCCTGGGGCAATGAATCACAGTGGCTGTACCTCATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTCTCAGCCTGGGGCAATGAATCACAGTGGCTGTACCTCATGGT  200

seq1  CCGCCCTTGAGTCTGGAGAGCACTGAGCAACTGTCCAGGAGCATATAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCCTTGAGTCTGGAGAGCACTGAGCAACTGTCCAGGAGCATATAGAC  250

seq1  ATGGTGGGGTCAAGAATGAGCATAGTAAGACATTTCCTCGGGATGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGGGTCAAGAATGAGCATAGTAAGACATTTCCTCGGGATGAAGAA  300

seq1  GCAAATGCTTTTCCAGAATAGACAAGGAAATAAAAGGCGGGTTTAATAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGCTTTTCCAGAATAGACAAGGAAATAAAAGGCGGGTTTAATAAC  350

seq1  CAGCTGGGAGAGTTTTGCATCATGCCTACCTAAATGGGCATCAAACTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGAGAGTTTTGCATCATGCCTACCTAAATGGGCATCAAACTTGA  400

seq1  ATGTTTCTGAAATGTGTTCAAGTCCAAAAATCTCTGCTGATACACAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTGAAATGTGTTCAAGTCCAAAAATCTCTGCTGATACACAAAAC  450

seq1  CTCACAGGCTTTCAATGAGAAACCCGTACTCTCAGGCTTTCAAGGGGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGCTTTCAATGAGAAACCCGTACTCTCAGGCTTTCAAGGGGTCC  500

seq1  TTCTGGGCAACTGGTCCTGTTAAACACCCAAATGTGTTCTGCCTCCTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCAACTGGTCCTGTTAAACACCCAAATGTGTTCTGCCTCCTGGT  550

seq1  CAGCTGTCAACAGGGGGGACGAGGGCCTGAGGGCAAGGCTCTCCTCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTCAACAGGGGGGACGAGGGCCTGAGGGCAAGGCTCTCCTCACTG  600

seq1  TAGCAGCTTCTATGGTGAAGAACCCACCCAGTGGCTCACTGCCAGATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCTTCTATGGTGAAGAACCCACCCAGTGGCTCACTGCCAGATGTG  650

seq1  AGCCACTGAACTGCTAAGGAAGTTCTAAACACATGGCCATTTTAAGACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTGAACTGCTAAGGAAGTTCTAAACACATGGCCATTTTAAGACCC  700

seq1  TCAGCTGCTCCAGGAAACAGTGCAATGATCCAGCACATCTGGAAGCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGCTCCAGGAAACAGTGCAATGATCCAGCACATCTGGAAGCATGT  750

seq1  TGGCCTTCCCCCCTCTCTGGTCTTAGGTGTCAGAGGGCGACGAGGCCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTCCCCCCTCTCTGGTCTTAGGTGTCAGAGGGCGACGAGGCCACA  800

seq1  CTATCTCCCCACACTCTCACATCAGCTGTCCCAGAAAACCTAGAGCACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCCCCACACTCTCACATCAGCTGTCCCAGAAAACCTAGAGCACAC  850

seq1  TGATTTGGTGAAACAAAGA-TTCTTGGTGCCAAAGAATATGTAAGTAGCT  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGGTGAAACAAAGATTTCTTGGTGCCAAAGAATATGTAAGTAGCT  900

seq1  GGTTTTGCAGGGC-TTAGC-TGTCTCTTATCCTGCCCCGGGAAGAGCAGG  947
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGCAGGGCTTTAGCTTGTCTCTTATCCTGCCCCGGGAAGAGCAGG  950

seq1  G-CCGGGGAT-AGACGCAGGCTTGATG-ATGTGG-CTGCCCTCTTGCGAT  993
      | |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GCCCGGGGATAAGACGCAGGCTTGATGAATGTGGCCTGCCCTCTTGCGAT  1000

seq1  CCTAAGCCTGCCTCCTC-TTTATGG--ACCATATTACTTACATTTTGCCT  1040
      ||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||  
seq2  CCT-AGCCTGCCTCCTCTTTTATGGGAACCATATTAC-TACATTTTGCTC  1048

seq1  CTCAC-TTCAAA-GAGTCAAT-AAACTGGAAC-ATACCTTAGCTGTCCAG  1086
      ||||| |||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||
seq2  CTCACTTTCAAAGGAGTCAATAAAACTGGGACAATACCTTAGCTGTTCAG  1098

seq1  ACGTATGTTTA-GAACAAACAACTGGCACATGTCACCTC-AAGGCACTGC  1134
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  ACGTATGTTTAGGAACAAACAACTGGCACA-GTCACCTCAAAGGCACTGC  1147

seq1  ACTCTCCCTC-ATTCTTGGCTCCTGTTTCAGGAGTTGGTCTCAGTTTGA  1182
      ||||||| || ||||| | || ||| |||||||| ||||||||| ||||
seq2  ACTCTCCATCAATTCTGGACT-CTGATTCAGGAGCTGGTCTCAGGTTGA  1195

seq1: chr12_101787729_101788747
seq2: B6Ng01-186F07.g_64_1079 (reverse)

seq1  TTTCTGGATACTTTCTGTTGGCAACAG-TCTCC-TTAGTTTGTACTTTGT  48
      ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||| ||||
seq2  TTTCT-GATAC-TTCTGTTAGCAACAGTTCTCCATAAGTTTGTAC-TTGT  47

seq1  AACTCATATTTCCTACAGGATACACATTTACAAATAACTTCAAGAACTAA  98
      ||| |  |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  AAC-CTCATTTTCTACAGGATACACAATTACAAATAACTTC-AGAACTAA  95

seq1  CTTATACATTTCCAAATATAACCTAGATATACCCAGTGTAAAAATAAGTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACATTTCCAAATATAACCTAGATATACCCAGTGTAAAAATAAGTG  145

seq1  GACATATTCTTATTAAAAACCTCTGCCCAAGGGCATCACATTTTTGTGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATTCTTATTAAAAACCTCTGCCCAAGGGCATCACATTTTTGTGAA  195

seq1  ACAGCTACATTTTATTAGTAATTCACACAGTTTCCTATCATTACTAGAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTACATTTTATTAGTAATTCACACAGTTTCCTATCATTACTAGAAA  245

seq1  TGACCCAAAGCTAGTAGTATAAAATTTTTATTGACTCATTGAGGAATTAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAAAGCTAGTAGTATAAAATTTTTATTGACTCATTGAGGAATTAT  295

seq1  ATAGCCATTTGGCCAGTCAGAGTATCAAAAAATATCCCCAGTAATTACTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCATTTGGCCAGTCAGAGTATCAAAAAATATCCCCAGTAATTACTG  345

seq1  TGAACAAAAAGTGAACAGGATAATATAATATCTTGAAAATATTTTAATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAAAAGTGAACAGGATAATATAATATCTTGAAAATATTTTAATAT  395

seq1  TTGCCATTTTGTTGCCTATACTATTAATATGTACATTGACTTAGTAATAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATTTTGTTGCCTATACTATTAATATGTACATTGACTTAGTAATAA  445

seq1  ATATATTACCATTACACAGAATGCAGTTATTTTTAGTATTCATCACAGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTACCATTACACAGAATGCAGTTATTTTTAGTATTCATCACAGAT  495

seq1  TGAAATTAATGCTGCTATTACCTTAAGAAAGAGATAAATAGGTATAGTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTAATGCTGCTATTACCTTAAGAAAGAGATAAATAGGTATAGTGT  545

seq1  CCAAATTCCAAACTAATGCTAACGAGGTTATCATTAACACAACTGTCAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTCCAAACTAATGCTAACGAGGTTATCATTAACACAACTGTCAAA  595

seq1  TAAACATGTTAGACACTATCCTTTTAAGCACAGTTCTTGTAAACATAGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGTTAGACACTATCCTTTTAAGCACAGTTCTTGTAAACATAGTG  645

seq1  AAGATCATTTTTCTCAGTCTTGACATTCCATGTAATGGCTTTAAAGAAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCATTTTTCTCAGTCTTGACATTCCATGTAATGGCTTTAAAGAAAA  695

seq1  AAAAACAACATACAAATCCTATGACTTCCTTTTTTGCATAGGGAATTAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAACATACAAATCCTATGACTTCCTTTTTTGCATAGGGAATTAAT  745

seq1  TAGTTTGTACTTTAAAATGCAGCAGTCTTTCAATGAAATATCTTCACGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGTACTTTAAAATGCAGCAGTCTTTCAATGAAATATCTTCACGGC  795

seq1  ATAGCACTTGTCTGTATGAATTCAGAACGTTTGAGCAATAAAAGTGCTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACTTGTCTGTATGAATTCAGAACGTTTGAGCAATAAAAGTGCTCT  845

seq1  GCATAAGTTTATAAAATGCTCTGTGGATTTAAAATTTAACAGAAACATTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGTTTATAAAATGCTCTGTGGATTTAAAATTTAACAGAAACATTT  895

seq1  CAAAACAAGTATAGGTTATGGTTCTAAAATATTATGTACATAATCTCTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAGTATAGGTTATGGTTCTAAAATATTATGTACATAATCTCTGC  945

seq1  CTACAGGAGGAGCTGGCTCGCTGTAGGGCAACACAGTGTACAGATGTGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGAGGAGCTGGCTCGCTGTAGGGCAACACAGTGTACAGATGTGAA  995

seq1  GCACAGTGTTGAATAGAATTC  1019
      |||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGTTGAATAGAATTC  1016