BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187C04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 46,778,689 - 46,893,470
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStxbp6
Downstream geneLOC664952, Nova1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187C04.bB6Ng01-187C04.g
ACCGA011793GA011794
length1,1911,165
definitionB6Ng01-187C04.b B6Ng01-187C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,778,689 - 46,779,885)(46,892,302 - 46,893,470)
sequence
gaattcctaccgttcttttgtacattttactctcccatctcaatgtttta
tttaaattaatctacctgttatttataaaattttatgcactattatatca
aaaagggataaatgaagttgatttgcatacaaagaacaatgcctactaaa
gcaagatggctcctgtgctaatgatcttgggcattgtgttcagagtacta
ggatagtctggcagttgagaacaaagaacagagagctggggcagcacagg
ctctcagttactgtatatgtggtttggagtaagtcattgacatccatgtg
ccttaattttatcagctgtcaagtactgcttacctcatagaatatgggag
taagtgagttcatgtacagaaggtgtggagaataactgagcattaagtgg
tactgaataaatgagtgtaaaatgtttagattcattctctcactgaagtc
tcactatattgtacaatgaaagtcatgttgtatttattaaatagattact
agatgagcctcagatcaactgacttgttgataatcaatcagcttgcaagt
actcaaacttcaatggtcaggatgtcaagtcaagttggtatacgaatcta
gaatctggaatatattagtttaaatctagataagacctttgaaagagtta
gtttccacactctaaagaaagtccaatataaatttcattatcatctggaa
ttcaatgcttaatttatttcagtagtaaggctttcatctatggctacctg
atgttccattcctgacaaacagtaattccctcatcccagccttccatctg
tgcacacatacaaaccaactatgcaaatatctaaccatgataatatctat
agcatgaaagtaatctttgccttttgttgtcgctgctaatttgaataaaa
tatccttggaggtttcatactcatacatatgaagataatcttagaaactt
taagattcttgtcctcttactttgactggatttataaacttaatctacaa
acctcatcacttcatgtagatattacttagtattccactaatagatgaga
atttcttcagtagttactatcattccttataccaaatgccagggactatt
gtgaaggagaaattgggttcagccagtatgggtgaagtatgcaaggtata
catgtcaaattggatgtggtgattcacatatatggttaata

gaattctgtcttcaaagttagccagatgactgaagcacagaataaaggag
aactacagccctgaattgtgaggctcagcgttacaccctcaacccaggcc
cagaacacccagacagacaggcttgggttccagggagaagggaagagagt
gatggaaatgttagagtagtacaagaaaatggctagtaaatattcaatag
taattaaggaataatgcagataccttgtgccttgctcccatataaattaa
aatgaaatgaacttaaaatttgtattttatttaaaattatcatattaaag
gactagaccactgtctgagcaaggtttactgtatttgccattatcattaa
atatcatgccacacctatttttgtagcccttccttcattcatttattcaa
atattttactgagtgatactgagagtcataatctacattctgtcttgggt
gcaacaatggaccatgcagactgtttcttgtgcttatggatgttatattc
cacttaagagagaaaatccaaagatcattatcataaatttattttattca
tagttttatatgtacacacgtcatctgaaacatgcttaattcttaaaaga
ctgaagagagctgtgactgtcaactgctttatcagtaagaagactgaagc
atacacactgaactgatggagtctagctctcagcatttcccagcagtttg
ttgtcatccagaccagttgttcctgtatctctgtagacagaggaagagtt
aacaaagagcaacaaaatgagccctccctagatgtctcagttctactgag
aggtgtacacaactgagcacacagccactcattttggtcttcttagaatc
tgtaatgtagtttcgaagataagatcgcctttccatcacctgtgaaaact
agtgcctaggagaaacatgaatgctaagtgctaaatagatcagcaagata
ataaagagcatgaaattttcagcgtagcagcagtctcctccttcctgtgc
aattcagcttttctgtagagcagactcagatgttccttgtatttgaatct
gacagctgttttcacccatactatatggttacaagaatccctgatgcagc
atagaagtacaggagtcctcaatgatatcctggctttctgataccctctc
cattcctttgagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_46778689_46779885
seq2: B6Ng01-187C04.b_44_1234

seq1  GAATTCCTACCGTTCTTTTGTACATTTTACTCTCCCATCTCAATGTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCGTTCTTTTGTACATTTTACTCTCCCATCTCAATGTTTTA  50

seq1  TTTAAATTAATCTACCTGTTATTTATAAAATTTTATGCACTATTATATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTAATCTACCTGTTATTTATAAAATTTTATGCACTATTATATCA  100

seq1  AAAAGGGATAAATGAAGTTGATTTGCATACAAAGAACAATGCCTACTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGATAAATGAAGTTGATTTGCATACAAAGAACAATGCCTACTAAA  150

seq1  GCAAGATGGCTCCTGTGCTAATGATCTTGGGCATTGTGTTCAGAGTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATGGCTCCTGTGCTAATGATCTTGGGCATTGTGTTCAGAGTACTA  200

seq1  GGATAGTCTGGCAGTTGAGAACAAAGAACAGAGAGCTGGGGCAGCACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGTCTGGCAGTTGAGAACAAAGAACAGAGAGCTGGGGCAGCACAGG  250

seq1  CTCTCAGTTACTGTATATGTGGTTTGGAGTAAGTCATTGACATCCATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGTTACTGTATATGTGGTTTGGAGTAAGTCATTGACATCCATGTG  300

seq1  CCTTAATTTTATCAGCTGTCAAGTACTGCTTACCTCATAGAATATGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATTTTATCAGCTGTCAAGTACTGCTTACCTCATAGAATATGGGAG  350

seq1  TAAGTGAGTTCATGTACAGAAGGTGTGGAGAATAACTGAGCATTAAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGAGTTCATGTACAGAAGGTGTGGAGAATAACTGAGCATTAAGTGG  400

seq1  TACTGAATAAATGAGTGTAAAATGTTTAGATTCATTCTCTCACTGAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAATAAATGAGTGTAAAATGTTTAGATTCATTCTCTCACTGAAGTC  450

seq1  TCACTATATTGTACAATGAAAGTCATGTTGTATTTATTAAATAGATTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATATTGTACAATGAAAGTCATGTTGTATTTATTAAATAGATTACT  500

seq1  AGATGAGCCTCAGATCAACTGACTTGTTGATAATCAATCAGCTTGCAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGCCTCAGATCAACTGACTTGTTGATAATCAATCAGCTTGCAAGT  550

seq1  ACTCAAACTTCAATGGTCAGGATGTCAAGTCAAGTTGGTATACGAATCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAACTTCAATGGTCAGGATGTCAAGTCAAGTTGGTATACGAATCTA  600

seq1  GAATCTGGAATATATTAGTTTAAATCTAGATAAGACCTTTGAAAGAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGGAATATATTAGTTTAAATCTAGATAAGACCTTTGAAAGAGTTA  650

seq1  GTTTCCACACTCTAAAGAAAGTCCAATATAAATTTCATTATCATCTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCACACTCTAAAGAAAGTCCAATATAAATTTCATTATCATCTGGAA  700

seq1  TTCAATGCTTAATTTATTTCAGTAGTAAGGCTTTCATCTATGGCTACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGCTTAATTTATTTCAGTAGTAAGGCTTTCATCTATGGCTACCTG  750

seq1  ATGTTCCATTCCTGACAAACAGTAATTCCCTCATCCCAGCCTTCCATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCATTCCTGACAAACAGTAATTCCCTCATCCCAGCCTTCCATCTG  800

seq1  TGCACACATACAAACCAACTATGCAAATATCTAACCATGATAATATCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACATACAAACCAACTATGCAAATATCTAACCATGATAATATCTAT  850

seq1  AGCATGAAAGTAATCTTTGCCTTTTGTTGTCGCTGCTAATTTGAATAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAAAGTAATCTTTGCCTTTTGTTGTCGCTGCTAATTTGAATAAAA  900

seq1  TATCCTTGGAGGTTTCATACTCATACATATGAAGATAATCTTAGAAACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTGGAGGTTTCATACTCATACATATGAAGATAATCTTAGAAACTT  950

seq1  TAAGATTCTTGTCCTCTTACTTTGACTGGATTTATAAACTTAATCTACAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTCTTGTCCTCTTACTTTGACTGGATTTATAAACTTAATCTACAA  1000

seq1  ACCTCATCACTTCATGTAGATATTACTTAGTATTCCCACTAATAGATGAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACCTCATCACTTCATGTAGATATTACTTAGTATT-CCACTAATAGATGAG  1049

seq1  AATTTCTTCCAGTTAGGTACTATCAATTTCCTATACCAAATGCAAGGGAC  1100
      |||||||| ||| ||| ||||||| ||| | |||||||||||| ||||||
seq2  AATTTCTT-CAG-TAGTTACTATC-ATTCCTTATACCAAATGCCAGGGAC  1096

seq1  TATTTGTGAA-GAGAAAATGGG-TCAGCAAGGAATGGGTGAAAGGTAATG  1148
      || ||||||| |||||| |||| ||||| | | |||||||||  |||   
seq2  TA-TTGTGAAGGAGAAATTGGGTTCAGCCA-GTATGGGTGAA--GTATGC  1142

seq1  GAGGTGAATACATGTCAATATGTATGTGTGTATTCACATATATG--TAAT  1196
       ||||  |||||||||||  || |||||   |||||||||||||  ||||
seq2  AAGGT--ATACATGTCAAATTGGATGTGGTGATTCACATATATGGTTAAT  1190

seq1  A  1197
      |
seq2  A  1191


seq1: chr12_46892302_46893470
seq2: B6Ng01-187C04.g_63_1227 (reverse)

seq1  GAGCTCAAA-GAATGGAGAGGGGTATTTAGAAAGCCAGG--ATCATGAAG  47
      ||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||  ||
seq2  GAGCTCAAAGGAATGGAGA-GGGTA-TCAGAAAGCCAGGATATCATTGAG  48

seq1  GGCTCCTGTACTCCTATGCTGCATCAGGGATTCTTTGTACCATATAGTAA  97
      | |||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||| |
seq2  GACTCCTGTACTTCTATGCTGCATCAGGGATTCTTGTAACCATATAGT-A  97

seq1  TGGGTTGAAAACAGCTGTCAGATTTCAAATACAAGGAACATCTTGAGTCT  147
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TGGG-TGAAAACAGCTGTCAGA-TTCAAATACAAGGAACATC-TGAGTC-  143

seq1  TGCTCTACAGAAAAGCTGAATTGCACAGGAAGGA-GAGACTGCTGCTACG  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCTCTACAGAAAAGCTGAATTGCACAGGAAGGAGGAGACTGCTGCTACG  193

seq1  CCTGAAAATTTCATGCTCTTTATTATCTTGCTGATCTTATTTAGCACTTA  246
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  -CTGAAAATTTCATGCTCTTTATTATCTTGCTGATC-TATTTAGCACTTA  241

seq1  GCATTCATG-TTCTCCTAGGCACTAGTTTTCACAGGTGATGGAAAGGCGA  295
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCATGTTTCTCCTAGGCACTAGTTTTCACAGGTGATGGAAAGGCGA  291

seq1  TCTTATCTTCGAAACTACATTACAGATTCTAAGAAGACCAAAATGAGTGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCTTCGAAACTACATTACAGATTCTAAGAAGACCAAAATGAGTGG  341

seq1  CTGTGTGCTCAGTTGTGTACACCTCTCAGTAGAACTGAGACATCTAGGGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGCTCAGTTGTGTACACCTCTCAGTAGAACTGAGACATCTAGGGA  391

seq1  GGGCTCATTTTGTTGCTCTTTGTTAACTCTTCCTCTGTCTACAGAGATAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCATTTTGTTGCTCTTTGTTAACTCTTCCTCTGTCTACAGAGATAC  441

seq1  AGGAACAACTGGTCTGGATGACAACAAACTGCTGGGAAATGCTGAGAGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAACTGGTCTGGATGACAACAAACTGCTGGGAAATGCTGAGAGCT  491

seq1  AGACTCCATCAGTTCAGTGTGTATGCTTCAGTCTTCTTACTGATAAAGCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCATCAGTTCAGTGTGTATGCTTCAGTCTTCTTACTGATAAAGCA  541

seq1  GTTGACAGTCACAGCTCTCTTCAGTCTTTTAAGAATTAAGCATGTTTCAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACAGTCACAGCTCTCTTCAGTCTTTTAAGAATTAAGCATGTTTCAG  591

seq1  ATGACGTGTGTACATATAAAACTATGAATAAAATAAATTTATGATAATGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGTGTGTACATATAAAACTATGAATAAAATAAATTTATGATAATGA  641

seq1  TCTTTGGATTTTCTCTCTTAAGTGGAATATAACATCCATAAGCACAAGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGATTTTCTCTCTTAAGTGGAATATAACATCCATAAGCACAAGAA  691

seq1  ACAGTCTGCATGGTCCATTGTTGCACCCAAGACAGAATGTAGATTATGAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTGCATGGTCCATTGTTGCACCCAAGACAGAATGTAGATTATGAC  741

seq1  TCTCAGTATCACTCAGTAAAATATTTGAATAAATGAATGAAGGAAGGGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTATCACTCAGTAAAATATTTGAATAAATGAATGAAGGAAGGGCT  791

seq1  ACAAAAATAGGTGTGGCATGATATTTAATGATAATGGCAAATACAGTAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATAGGTGTGGCATGATATTTAATGATAATGGCAAATACAGTAAA  841

seq1  CCTTGCTCAGACAGTGGTCTAGTCCTTTAATATGATAATTTTAAATAAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTCAGACAGTGGTCTAGTCCTTTAATATGATAATTTTAAATAAAA  891

seq1  TACAAATTTTAAGTTCATTTCATTTTAATTTATATGGGAGCAAGGCACAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATTTTAAGTTCATTTCATTTTAATTTATATGGGAGCAAGGCACAA  941

seq1  GGTATCTGCATTATTCCTTAATTACTATTGAATATTTACTAGCCATTTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTGCATTATTCCTTAATTACTATTGAATATTTACTAGCCATTTTC  991

seq1  TTGTACTACTCTAACATTTCCATCACTCTCTTCCCTTCTCCCTGGAACCC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTACTCTAACATTTCCATCACTCTCTTCCCTTCTCCCTGGAACCC  1041

seq1  AAGCCTGTCTGTCTGGGTGTTCTGGGCCTGGGTTGAGGGTGTAACGCTGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTCTGTCTGGGTGTTCTGGGCCTGGGTTGAGGGTGTAACGCTGA  1091

seq1  GCCTCACAATTCAGGGCTGTAGTTCTCCTTTATTCTGTGCTTCAGTCATC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACAATTCAGGGCTGTAGTTCTCCTTTATTCTGTGCTTCAGTCATC  1141

seq1  TGGCTAACTTTGAAGACAGAATTC  1169
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAACTTTGAAGACAGAATTC  1165


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |