BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187O11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 83,356,204 - 83,490,715
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSipa1l1
Upstream geneSlc8a3, LOC100042148, EG214321, Hspe1-ps2, Adam4, 1810020G14Rik, Synj2bp, Adam21, Med6, Ttc9, LOC100041821, Map3k9, Pcnx
Downstream geneLOC432675, EG666911, Rgs6, Dpf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187O11.bB6Ng01-187O11.g
ACCGA012352GA012353
length952601
definitionB6Ng01-187O11.b B6Ng01-187O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,356,204 - 83,357,153)(83,490,115 - 83,490,715)
sequence
gaattccaggctgaatgagaacatctatctaggtctgttcaaaccttaat
catgtatggtcttagtagtgacaatcacttaacagagggacccacatgat
tctgaggtgccgtgagatgtggataattccagttctctggaagggagtct
gaggaagggttggaaagaaagggcagtcacacacaggtctggcctgctta
gagcctctgctcttgtagcccgtgtaagatcatgaaaaaaattaaaggca
aatatattgtaaatggtgatagagatgctttaatgatgtggtttgaatat
gcttggcccaggacttggcacttttaggaggtgtggccctgttggaatag
gtgcggccttgttgaaggaagtgtgtcactgtgggggtagactttgagac
cctcctcctggctgcctgagaacattttgcccctgccttcccttgaatga
ggatgtagaactctcagctcctcctgcaccaggcctgcctggatgctgct
gagctcctgtcttgatgataatggactgaacctctgaacctgtaagccag
ccccaagtaaatgttgtccttacaagagttgccttggtcatggtgtctgt
tcacagcagtaaaactcaaactaagacaaatgaagtggtggtaactgcaa
ggccaagtgaccttcacaagggatattctagaagccaagtagaggagctg
acagccatggggggtgtagtagtctgtttgttcataggcatttgcagatt
agtcattagtatttgaatggaatcttctaaataagctacatttttaccaa
gtgttgacccttgtttcttagcctcagaactttttaacttctctggcttt
tatttgccagggaaccttacagaatgtctaccaggctgtgcagggtgacc
tccaaggaggtgttaccatagagaaggactttgtgtccctgagaatttgc
at

gaattccatgcatctgtgtttatagcacacactatggtgaatcctatttt
cttgattaaatatccttataacttatccttctactgacccatcctccaaa
tcattacagcaactccagtttcaggggatctggtctctaatggcaacagc
cacacacttggtgtatagacataaatgtaatcaaaacactcatatacaaa
atataaaattaaattaaacaagaaaagatgggctccttaagcaagaattt
cagagagtgacagaaaacccaccatttcatagccttatgtatctgtgtat
gtaactgtaaacaaaagagaactgcacacggccatgaccctgcccagaca
gtgatgcaggttagtggctatcaggcaagagcagctactgagcatatgaa
atgtggatagtgtgtagaggaacatcaaattagattaaaatttagttagt
ataaaacttaaagactgacacaagatgcagacaaagttttcacaaaatgt
cctggaacgatctggtatgtaactccatttttcatttgtgtcacgaagtc
ataacggagaccaagttcactcagggaaaagttaggaaacccaaaagggt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_83356204_83357153
seq2: B6Ng01-187O11.b_45_996

seq1  GAATTCCAGGCTGAATGAGAACATCTATCTAGGTCTGTTCAAACCTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTGAATGAGAACATCTATCTAGGTCTGTTCAAACCTTAAT  50

seq1  CATGTATGGTCTTAGTAGTGACAATCACTTAACAGAGGGACCCACATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGGTCTTAGTAGTGACAATCACTTAACAGAGGGACCCACATGAT  100

seq1  TCTGAGGTGCCGTGAGATGTGGATAATTCCAGTTCTCTGGAAGGGAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGTGCCGTGAGATGTGGATAATTCCAGTTCTCTGGAAGGGAGTCT  150

seq1  GAGGAAGGGTTGGAAAGAAAGGGCAGTCACACACAGGTCTGGCCTGCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGGTTGGAAAGAAAGGGCAGTCACACACAGGTCTGGCCTGCTTA  200

seq1  GAGCCTCTGCTCTTGTAGCCCGTGTAAGATCATGAAAAAAATTAAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCTGCTCTTGTAGCCCGTGTAAGATCATGAAAAAAATTAAAGGCA  250

seq1  AATATATTGTAAATGGTGATAGAGATGCTTTAATGATGTGGTTTGAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTGTAAATGGTGATAGAGATGCTTTAATGATGTGGTTTGAATAT  300

seq1  GCTTGGCCCAGGACTTGGCACTTTTAGGAGGTGTGGCCCTGTTGGAATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCCCAGGACTTGGCACTTTTAGGAGGTGTGGCCCTGTTGGAATAG  350

seq1  GTGCGGCCTTGTTGAAGGAAGTGTGTCACTGTGGGGGTAGACTTTGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGGCCTTGTTGAAGGAAGTGTGTCACTGTGGGGGTAGACTTTGAGAC  400

seq1  CCTCCTCCTGGCTGCCTGAGAACATTTTGCCCCTGCCTTCCCTTGAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTGGCTGCCTGAGAACATTTTGCCCCTGCCTTCCCTTGAATGA  450

seq1  GGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCAGGCCTGCCTGGATGCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCAGGCCTGCCTGGATGCTGCT  500

seq1  GAGCTCCTGTCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCTGTCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAG  550

seq1  CCCCAAGTAAATGTTGTCCTTACAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGTAAATGTTGTCCTTACAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGT  600

seq1  TCACAGCAGTAAAACTCAAACTAAGACAAATGAAGTGGTGGTAACTGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCAGTAAAACTCAAACTAAGACAAATGAAGTGGTGGTAACTGCAA  650

seq1  GGCCAAGTGACCTTCACAAGGGATATTCTAGAAGCCAAGTAGAGGAGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTGACCTTCACAAGGGATATTCTAGAAGCCAAGTAGAGGAGCTG  700

seq1  ACAGCCATGGGGGGTGTAGTAGTCTGTTTGTTCATAGGCATTTGCAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATGGGGGGTGTAGTAGTCTGTTTGTTCATAGGCATTTGCAGATT  750

seq1  AGTCATTAGTATTTGAATGGAATCTTCTAAATAAGCTACA-TTTTACCAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTCATTAGTATTTGAATGGAATCTTCTAAATAAGCTACATTTTTACCAA  800

seq1  GTGTTGACCCTTGTTTCTTAGCCTCAGAACTTTTTAACTTCTCTGGCTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGACCCTTGTTTCTTAGCCTCAGAACTTTTTAACTTCTCTGGCTTT  850

seq1  TATTTGCCAGGGAACCTTACAGAATGTCTACCAGGGCTGTGCAGGGTGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TATTTGCCAGGGAACCTTACAGAATGTCTACCA-GGCTGTGCAGGGTGAC  899

seq1  CTCCAAGGAGGTGTTACCATAGAGAAGGACTTTG-GTCCCTGAG-ACTTG  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||
seq2  CTCCAAGGAGGTGTTACCATAGAGAAGGACTTTGTGTCCCTGAGAATTTG  949

seq1  CAT  950
      |||
seq2  CAT  952


seq1: chr12_83490115_83490715
seq2: B6Ng01-187O11.g_65_665 (reverse)

seq1  CACCCTTTTGGGTTTCCTAACTTTTCCCTGAGTGAACTTGGTCTCCGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTTTGGGTTTCCTAACTTTTCCCTGAGTGAACTTGGTCTCCGTTA  50

seq1  TGACTTCGTGACACAAATGAAAAATGGAGTTACATACCAGATCGTTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCGTGACACAAATGAAAAATGGAGTTACATACCAGATCGTTCCAG  100

seq1  GACATTTTGTGAAAACTTTGTCTGCATCTTGTGTCAGTCTTTAAGTTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTTGTGAAAACTTTGTCTGCATCTTGTGTCAGTCTTTAAGTTTTA  150

seq1  TACTAACTAAATTTTAATCTAATTTGATGTTCCTCTACACACTATCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACTAAATTTTAATCTAATTTGATGTTCCTCTACACACTATCCACA  200

seq1  TTTCATATGCTCAGTAGCTGCTCTTGCCTGATAGCCACTAACCTGCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATATGCTCAGTAGCTGCTCTTGCCTGATAGCCACTAACCTGCATCA  250

seq1  CTGTCTGGGCAGGGTCATGGCCGTGTGCAGTTCTCTTTTGTTTACAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGGGCAGGGTCATGGCCGTGTGCAGTTCTCTTTTGTTTACAGTTA  300

seq1  CATACACAGATACATAAGGCTATGAAATGGTGGGTTTTCTGTCACTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACAGATACATAAGGCTATGAAATGGTGGGTTTTCTGTCACTCTCT  350

seq1  GAAATTCTTGCTTAAGGAGCCCATCTTTTCTTGTTTAATTTAATTTTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTTGCTTAAGGAGCCCATCTTTTCTTGTTTAATTTAATTTTATA  400

seq1  TTTTGTATATGAGTGTTTTGATTACATTTATGTCTATACACCAAGTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATATGAGTGTTTTGATTACATTTATGTCTATACACCAAGTGTGT  450

seq1  GGCTGTTGCCATTAGAGACCAGATCCCCTGAAACTGGAGTTGCTGTAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTGCCATTAGAGACCAGATCCCCTGAAACTGGAGTTGCTGTAATG  500

seq1  ATTTGGAGGATGGGTCAGTAGAAGGATAAGTTATAAGGATATTTAATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAGGATGGGTCAGTAGAAGGATAAGTTATAAGGATATTTAATCAA  550

seq1  GAAAATAGGATTCACCATAGTGTGTGCTATAAACACAGATGCATGGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAGGATTCACCATAGTGTGTGCTATAAACACAGATGCATGGAATT  600

seq1  C  601
      |
seq2  C  601


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |