BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189E03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,789,801 - 108,947,389
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040497, LOC668151
Upstream geneLOC673604, LOC100040484, LOC382635, LOC100041251
Downstream geneBcl11b, Setd3, Ccnk, EG668158, 1600002O04Rik, Cyp46a1, Eml1, Evl, Degs2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189E03.bB6Ng01-189E03.g
ACCGA013329GA013330
length878776
definitionB6Ng01-189E03.b B6Ng01-189E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,789,801 - 108,790,674)(108,946,618 - 108,947,389)
sequence
gaattcaatgcaaaaagataaaggtgtttggggcgcagggttgatggtat
gggagcgtacactttggacagtagagagggctgagcctggagctgacatt
ccagcagtaacactggaagaagaaaccccaaggcctttaggtccaggcct
cctagggtttccagtttaccaagcacaaaggccctggagtggaagcaagc
tggcacacttgaaggatgagcaaactgaatcctgaaagactgagatggtt
aaggatggtgatgaggctcagttaccaccaaagacggcaggctgctaaga
ccgggtcttcacgcctgctttggggcctggaggctataagccaggtaaga
tacaacatgggctctcaaagtcagggcagtggggtaaagtgagtattgat
gttggacaggacagatcctgagatctcaactgtgttactgtgatactgtg
tgggaaagttcagtctctaggggactatgagaatttagcacctaatgtca
cctagggtgtattgggctagtggaacgttccgagtaccaggttcttcctg
acagccctccgtgagcagtgtgaagagaaccagactctgcttctgatcag
aggcctcacgggatacactagtttatgtcctccgtccagctttgcaccgg
gaagactccatgtcctagataagtcctggtggaaactacccacacccacg
tctctggccataccatctctacctgccccaccaagagaccttaagcttaa
atttactaggaacaggtcaccggggtccaagtgaccatgttacccacaag
ccatcactgtgagccttgaaactttctttagctttctaacatgaattctt
catgacaagatgacctcttttcttgaca
gaattctttgctctctccagtgaaataccagacccagggctgatcggaag
ctaatcccagccttgagagtcgggatgcatagccttcattcagagcttcc
cacccttccaggtgctgtttgcagaggtgcccaccagcctgtagtgcaga
catgttgaccaccccgactgtgtgcgcatgaagacgatgtggctctgaca
gatcctgagctaggcagggtggagctgggacaggagtcagctttgtgagc
cagaggtaggaggggtttggatttggttgagttaatacagccagtcctag
ccagcagagctgagcacacccccatggaaggagcaaggaatcggcacaag
ggctgtacactagatgtggaggtggaaggagaccacttctctcaaaatgt
gaggttgaattaacttcaaattcatacccagtctcttcctagtcactcaa
caatgggtaggatggggcaggggttgatcagctatgacctgcaggccaca
ctcaagcccagcctgctctgtgctttggtgaataagatttctttggagta
tgtcctcatctactgcagttttgctccttattcgaaacttaggtgatttg
gttacttcaagcttgactctcccgggtaagatgtcccccgtgtttctctt
gtacatggctgactgtgaacagatgtatagggagggggtccccgagtttc
tggctctccactttgggcagtttgggcagtgggtgttcccgagatgcatg
ataggggaaagaccttgtgttacagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108789801_108790674
seq2: B6Ng01-189E03.b_45_922

seq1  GAATTCAATGCAAAAAGATAAAGGTGTTTGGGGCGCAGGG-TGATGGTAT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAATTCAATGCAAAAAGATAAAGGTGTTTGGGGCGCAGGGTTGATGGTAT  50

seq1  GGGAGCGTACACTTTGGACAGTAGAGAGGGCTGAGCCTGGAGCTGACATT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCGTACACTTTGGACAGTAGAGAGGGCTGAGCCTGGAGCTGACATT  100

seq1  CCAGCAGTAACACTGGAAGAAGAAACCCCAAGGCCTTTAGGTCCAGGCCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGTAACACTGGAAGAAGAAACCCCAAGGCCTTTAGGTCCAGGCCT  150

seq1  CCTAGGGTTTCCAGTTTACCAAGCACAAAGGCCCTGGAGTGGAAGCAAGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGTTTCCAGTTTACCAAGCACAAAGGCCCTGGAGTGGAAGCAAGC  200

seq1  TGGCACACTTGAAGGATGAGCAAACTGAATCCTGAAAGACTGAGATGGTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACACTTGAAGGATGAGCAAACTGAATCCTGAAAGACTGAGATGGTT  250

seq1  AAGGATGGTGATGAGGCTCAGTTACCACCAAAGACGGCAGGCTGCTAAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGGTGATGAGGCTCAGTTACCACCAAAGACGGCAGGCTGCTAAGA  300

seq1  CCGGGTCTTCACGCCTGCTTTGGGGCCTGGAGGCTATAAGCCAGGTAAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGTCTTCACGCCTGCTTTGGGGCCTGGAGGCTATAAGCCAGGTAAGA  350

seq1  TACAACATGGGCTCTCAAAGTCAGGGCAGTGGGGTAAAGTGAGTATTGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACATGGGCTCTCAAAGTCAGGGCAGTGGGGTAAAGTGAGTATTGAT  400

seq1  GTTGGACAGGACAGATCCTGAGATCTCAACTGTGTTACTGTGATACTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACAGGACAGATCCTGAGATCTCAACTGTGTTACTGTGATACTGTG  450

seq1  TGGGAAAGTTCAGTCTCTAGGGGACTATGAGAATTTAGCACCTAATGTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGTTCAGTCTCTAGGGGACTATGAGAATTTAGCACCTAATGTCA  500

seq1  CCTAGGGTGTATTGGGCTAGTGGAACGTTCCGAGTACCAGGTTCTTCCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGTGTATTGGGCTAGTGGAACGTTCCGAGTACCAGGTTCTTCCTG  550

seq1  ACAGCCCTCCGTGAGCAGTGTGAAGAGAACCAGACTCTGCTTCTGATCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCTCCGTGAGCAGTGTGAAGAGAACCAGACTCTGCTTCTGATCAG  600

seq1  AGGCCTCACGGGATACACTAGTTTATGTCCTCCGTCCAGC-TTGCACCGG  648
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGCCTCACGGGATACACTAGTTTATGTCCTCCGTCCAGCTTTGCACCGG  650

seq1  GAAGACTCCATGTCCTAGATAAGTCCTGGTGGAAACTACCCACACCCACG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTCCATGTCCTAGATAAGTCCTGGTGGAAACTACCCACACCCACG  700

seq1  TCTCTGGCCATACCATCTCTACCTGCCCCACCAAGAGACCCTAAGCTTAA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTCTGGCCATACCATCTCTACCTGCCCCACCAAGAGACCTTAAGCTTAA  750

seq1  TTTTACTAGGAACAGGTCACC-GGGTCCATGTGACCATGTTACCCACAAG  797
       |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTAGGAACAGGTCACCGGGGTCCAAGTGACCATGTTACCCACAAG  800

seq1  CCATCACTGTGAGCCCTGAAAC-TTCTTTAGCTTTCTACCATGAATTCTT  846
      ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCATCACTGTGAGCCTTGAAACTTTCTTTAGCTTTCTAACATGAATTCTT  850

seq1  CATGACAAGATGACCTCTTTTCTTGACA  874
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAAGATGACCTCTTTTCTTGACA  878

seq1: chr12_108946618_108947389
seq2: B6Ng01-189E03.g_69_844 (reverse)

seq1  CCTGTAACACGAGGTCTTT-CCCTATCATGCATCTCGGGAACACCCACTG  49
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACACAAGGTCTTTCCCCTATCATGCATCTCGGGAACACCCACTG  50

seq1  -CCAAACTGCCC-AAGTGGAGAGCCAGAAACTCGGGGACCCCCTCCCTAT  97
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACTGCCCAAAGTGGAGAGCCAGAAACTCGGGGACCCCCTCCCTAT  100

seq1  ACATCTGTTCACAGTCAGCCATGTACAAGAG-AACACGGGGGACATCTTA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGTTCACAGTCAGCCATGTACAAGAGAAACACGGGGGACATCTTA  150

seq1  CCCGGGAGAGTCAAGCTTGAAGTAACCAAATCACCTAAGTTTCGAATAAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGGAGAGTCAAGCTTGAAGTAACCAAATCACCTAAGTTTCGAATAAG  200

seq1  GAGCAAAACTGCAGTAGATGAGGACATACTCCAAAGAAATCTTATTCACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAACTGCAGTAGATGAGGACATACTCCAAAGAAATCTTATTCACC  250

seq1  AAAGCACAGAGCAGGCTGGGCTTGAGTGTGGCCTGCAGGTCATAGCTGAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACAGAGCAGGCTGGGCTTGAGTGTGGCCTGCAGGTCATAGCTGAT  300

seq1  CAACCCCTGCCCCATCCTACCCATTGTTGAGTGACTAGGAAGAGACTGGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCTGCCCCATCCTACCCATTGTTGAGTGACTAGGAAGAGACTGGG  350

seq1  TATGAATTTGAAGTTAATTCAACCTCACATTTTGAGAGAAGTGGTCTCCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTTGAAGTTAATTCAACCTCACATTTTGAGAGAAGTGGTCTCCT  400

seq1  TCCACCTCCACATCTAGTGTACAGCCCTTGTGCCGATTCCTTGCTCCTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCCACATCTAGTGTACAGCCCTTGTGCCGATTCCTTGCTCCTTC  450

seq1  CATGGGGGTGTGCTCAGCTCTGCTGGCTAGGACTGGCTGTATTAACTCAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGGTGTGCTCAGCTCTGCTGGCTAGGACTGGCTGTATTAACTCAA  500

seq1  CCAAATCCAAACCCCTCCTACCTCTGGCTCACAAAGCTGACTCCTGTCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCCAAACCCCTCCTACCTCTGGCTCACAAAGCTGACTCCTGTCCC  550

seq1  AGCTCCACCCTGCCTAGCTCAGGATCTGTCAGAGCCACATCGTCTTCATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCACCCTGCCTAGCTCAGGATCTGTCAGAGCCACATCGTCTTCATG  600

seq1  CGCACACAGTCGGGGTGGTCAACATGTCTGCACTACAGGCTGGTGGGCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACAGTCGGGGTGGTCAACATGTCTGCACTACAGGCTGGTGGGCAC  650

seq1  CTCTGCAAACAGCACCTGGAAGGGTGGGAAGCTCTGAATGAAGGCTATGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAAACAGCACCTGGAAGGGTGGGAAGCTCTGAATGAAGGCTATGC  700

seq1  ATCCCGACTCTCAAGGCTGGGATTAGCTTCCGATCAGCCCTGGGTCTGGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGACTCTCAAGGCTGGGATTAGCTTCCGATCAGCCCTGGGTCTGGT  750

seq1  ATTTCACTGGAGAGAGCAAAGAATTC  772
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTGGAGAGAGCAAAGAATTC  776