BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193L15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 39,357,364 - 39,465,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDgkb, LOC668824
Upstream geneLOC100043139
Downstream geneLOC100043142, Etv1, LOC100043145
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193L15.bB6Ng01-193L15.g
ACCGA016615GA016616
length1,1061,054
definitionB6Ng01-193L15.b B6Ng01-193L15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,464,081 - 39,465,202)(39,357,364 - 39,358,439)
sequence
gaattcatatctgaacattcatatcatcaccatcacatgcagcactagga
aataaaagaactgtatgttaccttggttatgtatcccttgaaacatttgc
ccagatctaactcagatgaaggataacctgtgattttcactggggcctat
catctgctcttacaccaaaattttggtagagaattgctagagaatctcta
agttatctattaaattaactaacaaactagctaatcaatcaaacaaacaa
atagtcaggaaaggaaaatttaattatttacttaggaacaaaaagctagg
actccagtatgttctcagactcggaatttgtcagtaaaatcatcacaaga
ggtttgacatggtcctacctcctgcccctttctctaagctctgcatacat
acttcactcacttttcttcttcttcttctagtggagtccaggattccttt
tgtcagcaacattatcagtaagatggagatcgccttaattttcttacttt
gtcttgtaataggtcagcatgttgacagtcttaatattaaatgctatgtg
tttcattcctttactattatcttaattgtccagccttaaatgctaaatac
ataatatacattattcatattactcagttagggccttatgtgtatccgtg
actggcctggtatttggtcctcagaccaggatagcctcaaatacagtcca
tattctatcatgatgtcatgtcttggcagctcttttgattttgtcagaat
gttagactattaacatattaaataacctgttgtattctgactatatcaat
ttaatttttcagaaggataagctgacaaactgagtcttaattctgaactt
catttcactcaataaataagctagctcaatgatagtaaatgatcatcatt
aaaacaatgagattcagaaacttaacaatctgagttccaaagaacattgc
tctgctcagagacagcacacatcatgattgtagagacatatacattcgag
tgctgatatttggctgactgctagactttgaaatagcatgaaagttatgg
gaagaatgggattggtgaagttgacctgtcctatagactgtctgcttcct
cctggc

gaattcacagtttttgttattgcaatgatgtaaaatttggctattagaaa
atttgttgtctctgtttttataggcctatttgcatgaaaaagtagaagtt
tatataatgtgatactgcatattttagttgcatgcactcccatagggttt
ctgtttcccaaatgcatcttatgccatttccacttactggctgtgagaaa
gaaaaaaaaaaactgcaaaagatcaaagaaatatgatgggaaaggatgcc
ttgtatagttgctgtcattggcaagcagtcataagtatggctgcaacaat
cccaagtgcaaactgccatcctttgcttattagagtcactgcatccctgg
tgttcgacccgtggcttaagaaaaaggtaaattcaaagattttattaaag
cattgtcaatgataacatgttctatctaaatactgtttttcagtaacttt
actcttcccagaagacactaaaagatcaggcataagatttttcttgagtt
aaaacactagaaaatgattttcagtttgcttagttttgttttaattccaa
aaacatgagagaaaatgtattactagaagtaattgtgattatatagcaag
ctttattcatttctacataagaatctagacacaaatgcataatcacagaa
gtagccaaatagatggtttaaactatgtgcctaatgaatctgtttcccac
caaagagtcagaaattagagttcttatgagtttgtgaaagtaaaatgtca
gaagagagtgagttacccatttattgagattaaaatgctcacccttcaaa
accagaaaatcatacagcataatcaaatctcaattgccaatttcatggct
atttggtccccctaccatatatgactgtgatttttaatggatctgttaag
tgcacttcaagaaggtaaatgacagcattggttcctcttgggtagatggt
acctgcatatactgagatcatgagcaatcatgcatgcaatagctctctac
tctcatctgcccatctctatgaactaatgttggaatatataggcctagct
actg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_39464081_39465202
seq2: B6Ng01-193L15.b_52_1157 (reverse)

seq1  GCCAGGAGGAAGCAGACAGATCTATAGGGCAGTTCAACTTTCAACCCAAT  50
      ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||  |||||
seq2  GCCAGGAGGAAGCAGACAG-TCTATAGGACAGGTCAAC-TTCA--CCAAT  46

seq1  CCCCATCTCCACATACACTTTCATGCTATTTCAAAGTTCTAAGCAGTTCA  100
      |||  ||| | |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||   
seq2  CCCATTCTTCCCATA-ACTTTCATGCTATTTCAAAG-TCT-AGCAGT--C  91

seq1  AGCCAAATTATCAGCACTCGAATGTATTATGTCTCTAACAATCAATGATG  150
      ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||
seq2  AGCCAAA-TATCAGCACTCGAATGTA-TATGTCTCT-ACAATC-ATGATG  137

seq1  TGGTGCTGTCTCTGAGCAGAGGCAATGTTCTTTGGAACTCAGATTGTTAA  200
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GTGCTGTCTCTGAGCAGA-GCAATGTTCTTTGGAACTCAGATTGTTAA  185

seq1  GTTTCTGAATCTCATTGTTTTAATGATGATCATTTACTATCATTGAGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGAATCTCATTGTTTTAATGATGATCATTTACTATCATTGAGCTA  235

seq1  GCCTTATTTATTGAGTGAAATGAAGTTCAGAATTAAGACTCAGTTTGTCA  300
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CTTATTTATTGAGTGAAATGAAGTTCAGAATTAAGACTCAGTTTGTCA  284

seq1  GCTTATCCTTCTGAAAAATTAAATTGATATAGTCAGAATACAACAGGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATCCTTCTGAAAAATTAAATTGATATAGTCAGAATACAACAGGTTA  334

seq1  TTTAATATGTTAATAGTCTAACATTCTGACAAAATCAAAAGAGCTGCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATGTTAATAGTCTAACATTCTGACAAAATCAAAAGAGCTGCCAA  384

seq1  GACATGACATCATGATAGAATATGGACTGTATTTGAGGCTATCCTGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGACATCATGATAGAATATGGACTGTATTTGAGGCTATCCTGGTCT  434

seq1  GAGGACCAAATACCAGGCCAGTCACGGATACACATAAGGCCCTAACTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACCAAATACCAGGCCAGTCACGGATACACATAAGGCCCTAACTGAG  484

seq1  TAATATGAATAATGTATATTATGTATTTAGCATTTAAGGCTGGACAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGAATAATGTATATTATGTATTTAGCATTTAAGGCTGGACAATTA  534

seq1  AGATAATAGTAAAGGAATGAAACACATAGCATTTAATATTAAGACTGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATAGTAAAGGAATGAAACACATAGCATTTAATATTAAGACTGTCA  584

seq1  ACATGCTGACCTATTACAAGACAAAGTAAGAAAATTAAGGCGATCTCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTGACCTATTACAAGACAAAGTAAGAAAATTAAGGCGATCTCCAT  634

seq1  CTTACTGATAATGTTGCTGACAAAAGGAATCCTGGACTCCACTAGAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGATAATGTTGCTGACAAAAGGAATCCTGGACTCCACTAGAAGAA  684

seq1  GAAGAAGAAAAGTGAGTGAAGTATGTATGCAGAGCTTAGAGAAAGGGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGAAAAGTGAGTGAAGTATGTATGCAGAGCTTAGAGAAAGGGGCA  734

seq1  GGAGGTAGGACCATGTCAAACCTCTTGTGATGATTTTACTGACAAATTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTAGGACCATGTCAAACCTCTTGTGATGATTTTACTGACAAATTCC  784

seq1  GAGTCTGAGAACATACTGGAGTCCTAGCTTTTTGTTCCTAAGTAAATAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGAGAACATACTGGAGTCCTAGCTTTTTGTTCCTAAGTAAATAAT  834

seq1  TAAATTTTCCTTTCCTGACTATTTGTTTGTTTGATTGATTAGCTAGTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTCCTTTCCTGACTATTTGTTTGTTTGATTGATTAGCTAGTTTG  884

seq1  TTAGTTAATTTAATAGATAACTTAGAGATTCTCTAGCAATTCTCTACCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTAATTTAATAGATAACTTAGAGATTCTCTAGCAATTCTCTACCAA  934

seq1  AATTTTGGTGTAAGAGCAGATGATAGGCCCCAGTGAAAATCACAGGTTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGGTGTAAGAGCAGATGATAGGCCCCAGTGAAAATCACAGGTTAT  984

seq1  CCTTCATCTGAGTTAGATCTGGGCAAATGTTTCAAGGGATACATAACCAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATCTGAGTTAGATCTGGGCAAATGTTTCAAGGGATACATAACCAA  1034

seq1  GGTAACATACAGTTCTTTTATTTCCTAGTGCTGCATGTGATGGTGATGAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACATACAGTTCTTTTATTTCCTAGTGCTGCATGTGATGGTGATGAT  1084

seq1  ATGAATGTTCAGATATGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGTTCAGATATGAATTC  1106


seq1: chr12_39357364_39358439
seq2: B6Ng01-193L15.g_66_1119

seq1  GAATTCACAGTTTTTGTTATTGCAATGATGTAAAATTTGGCTATTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTTTTTGTTATTGCAATGATGTAAAATTTGGCTATTAGAAA  50

seq1  ATTTGTTGTCTCTGTTTTTATAGGCCTATTTGCATGAAAAAGTAGAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTGTCTCTGTTTTTATAGGCCTATTTGCATGAAAAAGTAGAAGTT  100

seq1  TATATAATGTGATACTGCATATTTTAGTTGCATGCACTCCCATAGGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATGTGATACTGCATATTTTAGTTGCATGCACTCCCATAGGGTTT  150

seq1  CTGTTTCCCAAATGCATCTTATGCCATTTCCACTTACTGGCTGTGAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCCAAATGCATCTTATGCCATTTCCACTTACTGGCTGTGAGAAA  200

seq1  GAAAAAAAAAAACTGCAAAAGATCAAAGAAATATGATGGGAAAGGATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAACTGCAAAAGATCAAAGAAATATGATGGGAAAGGATGCC  250

seq1  TTGTATAGTTGCTGTCATTGGCAAGCAGTCATAAGTATGGCTGCAACAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGTTGCTGTCATTGGCAAGCAGTCATAAGTATGGCTGCAACAAT  300

seq1  CCCAAGTGCAAACTGCCATCCTTTGCTTATTAGAGTCACTGCATCCCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTGCAAACTGCCATCCTTTGCTTATTAGAGTCACTGCATCCCTGG  350

seq1  TGTTCGACCCGTGGCTTAAGAAAAAGGTAAATTCAAAGATTTTATTAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGACCCGTGGCTTAAGAAAAAGGTAAATTCAAAGATTTTATTAAAG  400

seq1  CATTGTCAATGATAACATGTTCTATCTAAATACTGTTTTTCAGTAACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCAATGATAACATGTTCTATCTAAATACTGTTTTTCAGTAACTTT  450

seq1  ACTCTTCCCAGAAGACACTAAAAGATCAGGCATAAGATTTTTCTTGAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCCCAGAAGACACTAAAAGATCAGGCATAAGATTTTTCTTGAGTT  500

seq1  AAAACACTAGAAAATGATTTTCAGTTTGCTTAGTTTTGTTTTAATTCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTAGAAAATGATTTTCAGTTTGCTTAGTTTTGTTTTAATTCCAA  550

seq1  AAACATGAGAGAAAATGTATTACTAGAAGTAATTGTGATTATATAGCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGAGAGAAAATGTATTACTAGAAGTAATTGTGATTATATAGCAAG  600

seq1  CTTTATTCATTTCTACATAAGAATCTAGACACAAATGCATAATCACAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTCATTTCTACATAAGAATCTAGACACAAATGCATAATCACAGAA  650

seq1  GTAGCCAAATAGATGGTTTAAACTATGTGCCTAATGAATCTGTTTCCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCAAATAGATGGTTTAAACTATGTGCCTAATGAATCTGTTTCCCAC  700

seq1  CAAAGAGTCAGAAATTAGAGTTCTTATGAGTTTGTGAAAGTAAAATGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTCAGAAATTAGAGTTCTTATGAGTTTGTGAAAGTAAAATGTCA  750

seq1  GAAGAGAGTGAGTTACCCATTTATTGAGATTAAAATGCTCACCCTTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGTGAGTTACCCATTTATTGAGATTAAAATGCTCACCCTTCAAA  800

seq1  ACCAGAAAATCATACAGCATAATCAAATCTCAATTGCCAATTTCATGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAAATCATACAGCATAATCAAATCTCAATTGCCAATTTCATGGCT  850

seq1  ATTTGGTCCCCCTACCATATATGACTGTGATTTTTAATGGATCTGTTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTCCCCCTACCATATATGACTGTGATTTTTAATGGATCTGTTAAG  900

seq1  TGCACTTCAAGAAGGTAAATGACAGCATTGGTTCCTCTTGGGTAGATTGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGCACTTCAAGAAGGTAAATGACAGCATTGGTTCCTCTTGGGTAGA-TGG  949

seq1  TACCTGCAATAATACTGAGATCATTGAAGCAAATCATGCATGCAATTAGC  1000
      ||||||||   |||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||| 
seq2  TACCTGCA--TATACTGAGATCAT--GAGC-AATCATGCATGCAA-TAG-  992

seq1  CTCTTCCTACTCCTTCATTCCTGCCCCATCTCTATGACATTAAAATGTTT  1050
      ||||  ||||||  ||||  ||| |||||||||||||  |   |||||| 
seq2  CTCT--CTACTC--TCAT--CTG-CCCATCTCTATGAACT---AATGTT-  1031

seq1  GGGAATATATAAGGCCTAGCTCACTG  1076
       ||||||||| |||||||||| ||||
seq2  -GGAATATAT-AGGCCTAGCT-ACTG  1054


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |