BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202J13
Chromosome12 (Build37)12 (Build37)
Map Location 21,906,918 - 21,907,85820,218,052 - 20,219,140
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668698, LOC546752, EG629257, Ddef2, Itgb1bp1, Cpsf3, Iah1, Adam17, Ywhaq, LOC100043407, LOC100042796, 6030426L16Rik, LOC434693
Downstream geneEG668645, EG668646, LOC100043416, LOC668650, EG668496, LOC668653, EG432637, LOC668656, EG629133, EG668660, EG668662, LOC668664
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202J13.bB6Ng01-202J13.g
ACCGA023048GA023049
length1,0481,105
definitionB6Ng01-202J13.b B6Ng01-202J13.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,906,918 - 21,907,858)(20,218,052 - 20,219,140)
sequence
gaattcttcctgggacagtttgtttgagggtcggaagagggcaacttagg
attagtcagtgctctggttaaagtctggaaccctctgaaaaatgggcaat
atccagtctctccctctctcctctctctctctctctctctctctctctct
ctcacacacacacacacacacacacacacgcacacacacacacacacgca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgggcacacatg
ccatgttgaggcacacaagtggtcatgggacaacttgtaagagctggttc
ttctttcatggtgtaggtcttggggattgagcacaagtcctgaggtttgg
taatgaactctgtggcctgaagtaagctgatagccccatctagaggcctg
gagagccaccatgatctggggcagctggggagacaggacaaattatggct
gcaggtcaaattacatttctgttactgtgataaaaatcccctgactaaaa
gcaacttaaggcaggaagttttctttggtttacttctaggttacaattca
tcacttcaggaagtcaaggctttaaaacctcacagggcagagagaataga
tgtatgagcacctggctcataatgatactctgcacttttttttctgatac
tcttcttttccctttattacactgttcaggccccctgtctagacaatagt
aatgggatttccgacatcaattaaccatcaacacaacccccaacaggcat
gctcatagactgccatgatctagatggatggttctcagccttcctaatgc
tgtgaccctttaatacagttccttgtgttgtagtgaccctcaaccataag
attattttcactgctacttcataactgtaattatgctactgttatgaatc
agaatgtgagtatctgtgttttctgttgggtcttagcaacccctaggaaa
atctcatttgatatctcaaaggggttgggacacataggttgaagaaccac
tgatttagataattctttattaagattctctgagctgagcagtgggtg
gaattcatcaggtagactgaagtggaagttagccctagtggataaaaggt
tggttggcttctgttaagcgcagaagaccatgtggtaatctgggttccag
gcattcgttttggttttctcgagacagagtctcactatgtagtcctggct
gacttggaactcattatggagatcaggctggcctcaaactcacagagatc
tacctgcctctgcctctttaaatgctgggattcaaggcatgtaccactat
gcctggatttcaaaatgttctttcattcccaatcagggagatactttgaa
aatgcagactttcttgaagtggtttggtgactttccatgagcagacaaca
ggagtttgatcctgtgacctaaatcatgggtagatagaacaaccaatttc
tgcaagttgccctctaacctcatgttagggcaaatgcacactcccttata
tgtatgctccagcccccgctcccaacactaattgtgtaatgataaataaa
gcaggaattggggcaggagagatggttcagtggttaagagcacagactgc
tcttccatggatcctgagttcaatttccagcaaccacatggtggctcaca
accatctgtaatgggatctgatgccctcacctagtgtgtctgaagacagc
tacagtgtactcatatacatacaatagatacacctttaaaaaaaaataaa
gcaggaactgaatgaggaaatgcctgagtcaatagactatggttcaatct
ctgggtacaagcaaggttggaggagaagtgaggcagcacagtcaggcatt
ctgggccatgaaggatcttttacaacatattgaagaatttagggttcatt
agtagactgtagggagaccctggaagattttgagccacttaaaactacat
ttgctttttagaaggatcacctatgggaaagagtctggcacccagtaaac
acggtgaattgggaaagtcattaaccccagagatggggaagaatttattt
atggaaataacacacttgcagatgaggagagacgttaaatgattatggtc
agagtgggtaaatgaagtgcttccatgacccatcagtgcctgtgaataat
aaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_21906918_21907858
seq2: B6Ng01-202J13.b_46_1008

seq1  GAATTCTTCCTGGGACAGTTTGTTTGAGGGTCGGAAGAGGGCAACTTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTGGGACAGTTTGTTTGAGGGTCGGAAGAGGGCAACTTAGG  50

seq1  ATTAGTCAGTGCTCTGGTTAAAGTCTGGAACCCTCTGAAAAATGGGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCAGTGCTCTGGTTAAAGTCTGGAACCCTCTGAAAAATGGGCAAT  100

seq1  ATCCAGTCTCTCCCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTCTCTCCCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  150

seq1  CT----------------CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  184
      ||                | | | | | | | | | | | | | | | | 
seq2  CTCACACACACACACACACACACACACACGCACACACACACACACACGCA  200

seq1  CACACACACACACACACACACACACACGCACACACACACGGGCACACATG  234
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGGGCACACATG  250

seq1  CCATGTTGAGGCACACAAGTGGTCATGGGACAACTTGTAAGAGCTGG---  281
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  CCATGTTGAGGCACACAAGTGGTCATGGGACAACTTGTAAGAGCTGGTTC  300

seq1  TTCTTTCATGGTGTAGGTCTTGGGGATTGAGCACAAGTCCTGAGGTTTGG  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCATGGTGTAGGTCTTGGGGATTGAGCACAAGTCCTGAGGTTTGG  350

seq1  TAATGAACTCTGTGGCCTGAAGTAAGCTGATAGCCCCATCTAGAGGCCTG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAACTCTGTGGCCTGAAGTAAGCTGATAGCCCCATCTAGAGGCCTG  400

seq1  GAGAGCCACCATGATCTGGGGCAGCTGGGGAGACAGGACAAATTATGGCT  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCACCATGATCTGGGGCAGCTGGGGAGACAGGACAAATTATGGCT  450

seq1  GCAGGTCAAATTACATTTCTGTTACTGTGATAAAAATCCCCTGACTAAAA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCAAATTACATTTCTGTTACTGTGATAAAAATCCCCTGACTAAAA  500

seq1  GCAACTTAAGGCAGGAAGTTTTCTTTGGTTTACTTCTAGGTTACAATTCA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTAAGGCAGGAAGTTTTCTTTGGTTTACTTCTAGGTTACAATTCA  550

seq1  TCACTTCAGGAAGTCAAGGCTTTAAAACCTCACAGGGC--AGAGAATAGA  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TCACTTCAGGAAGTCAAGGCTTTAAAACCTCACAGGGCAGAGAGAATAGA  600

seq1  GGTATGAGCACCTGGCTCATAATGAGACTCTGCAC-TTTTTTTCTGATAC  628
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTATGAGCACCTGGCTCATAATGATACTCTGCACTTTTTTTTCTGATAC  650

seq1  TCTTCTTTTCCCTTTATTACACTGTTCAGGCCCCCTGTCTAGACAATAGT  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTCCCTTTATTACACTGTTCAGGCCCCCTGTCTAGACAATAGT  700

seq1  AATGGGATTTCCCACATCAATTAACCATCAACACAACCCCCAACAGGCAT  728
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGATTTCCGACATCAATTAACCATCAACACAACCCCCAACAGGCAT  750

seq1  GCTCATAGACTGCCATGATCTAGATGGATGGTTCTCAGCCTTCCTAATGC  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATAGACTGCCATGATCTAGATGGATGGTTCTCAGCCTTCCTAATGC  800

seq1  TGTGACCCTTTAATACAGTTCCTTGTGTTGTAGTGACCCTCAACCATAAG  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCCTTTAATACAGTTCCTTGTGTTGTAGTGACCCTCAACCATAAG  850

seq1  ATTATTTTCACTGCTACTTCATAACTGTAATTATGCTACTGTTATGAATC  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTCACTGCTACTTCATAACTGTAATTATGCTACTGTTATGAATC  900

seq1  AGAATGTGAGTATCTGTGTTTTCTGTT-GGTCTTAGGCAACCCCTAGGAA  927
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAATGTGAGTATCTGTGTTTTCTGTTGGGTCTTA-GCAACCCCTAGGAA  949

seq1  AATCTCATTTGATA  941
      ||||||||||||||
seq2  AATCTCATTTGATA  963

seq1: chr12_20218052_20219140
seq2: B6Ng01-202J13.g_67_1171

seq1  GAATTCATCAGGTAGACTGAAGTGGAAGTTAGCCCTAGTGGATAAAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGGTAGACTGAAGTGGAAGTTAGCCCTAGTGGATAAAAGGT  50

seq1  TGGTTGGCTTCTGTTAAGCGCAGAAGACCATGTGGTAATCTGGGTTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGCTTCTGTTAAGCGCAGAAGACCATGTGGTAATCTGGGTTCCAG  100

seq1  GCATTCGTTTTGGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGTCCTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCGTTTTGGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGTCCTGGCT  150

seq1  GACTTGGAACTCATTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGAACTCATTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATC  200

seq1  TACCTGCCTCTGCCTCTTTAAATGCTGGGATTCAAGGCATGTACCACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCCTCTGCCTCTTTAAATGCTGGGATTCAAGGCATGTACCACTAT  250

seq1  GCCTGGATTTCAAAATGTTCTTTCATTCCCAATCAGGGAGATACTTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATTTCAAAATGTTCTTTCATTCCCAATCAGGGAGATACTTTGAA  300

seq1  AATGCAGACTTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGACAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGACTTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGACAACA  350

seq1  GGAGTTTGATCCTGTGACCTAAATCATGGGTAGATAGAACAACCAATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTGATCCTGTGACCTAAATCATGGGTAGATAGAACAACCAATTTC  400

seq1  TGCAAGTTGCCCTCTAACCTCATGTTAGGGCAAATGCACACTCCCTTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTTGCCCTCTAACCTCATGTTAGGGCAAATGCACACTCCCTTATA  450

seq1  TGTATGCTCCAGCCCCCGCTCCCAACACTAATTGTGTAATGATAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCTCCAGCCCCCGCTCCCAACACTAATTGTGTAATGATAAATAAA  500

seq1  GCAGGAATTGGGGCAGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGCACAGACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAATTGGGGCAGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGCACAGACTGC  550

seq1  TCTTCCATGGATCCTGAGTTCAATTTCCAGCAACCACATGGTGGCTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATGGATCCTGAGTTCAATTTCCAGCAACCACATGGTGGCTCACA  600

seq1  ACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCACCTAGTGTGTCTGAAGACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCACCTAGTGTGTCTGAAGACAGC  650

seq1  TACAGTGTACTCATATACATACAATAGATACACCTTTAAAAAAAAATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGTACTCATATACATACAATAGATACACCTTTAAAAAAAAATAAA  700

seq1  GCAGGAACTGAATGAGGAAATGCCTGAGTCAATAGACTATGGTTCAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACTGAATGAGGAAATGCCTGAGTCAATAGACTATGGTTCAATCT  750

seq1  CTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCAGCACAGTCAGGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCAGCACAGTCAGGCATT  800

seq1  CTGGGCCATGAAGGATCTTTTACAACATATTGAAGAATTTAGGGTTCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCATGAAGGATCTTTTACAACATATTGAAGAATTTAGGGTTCATT  850

seq1  AGTAGACTGTAGGGAGACCCTGGAAGATTTTGAGCCACTTAAAACTACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACTGTAGGGAGACCCTGGAAGATTTTGAGCCACTTAAAACTACAT  900

seq1  TTGCTTTTTAGAAGGATCA-CTATGGGAAAGAGTCTGGCACCCAGTAAAC  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTTAGAAGGATCACCTATGGGAAAGAGTCTGGCACCCAGTAAAC  950

seq1  ACGGTG-ATTGGAAAGTTCATTAA-CCCAGAGAT-GGGAAG-ATTTA-TT  994
      |||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||
seq2  ACGGTGAATTGGGAAAGTCATTAACCCCAGAGATGGGGAAGAATTTATTT  1000

seq1  AT-GAAATA--ACACTTGCAGATGAGGAGAGACG-TAAATGGATAAGGGC  1040
      || ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||  || || |
seq2  ATGGAAATAACACACTTGCAGATGAGGAGAGACGTTAAATGATTATGGTC  1050

seq1  AGAGTGGG-AAATG-AGTGCT--CAGGACC--ACAGTGCCCGTGGATAAT  1084
      |||||||| ||||| ||||||  || ||||   ||||||| ||| |||||
seq2  AGAGTGGGTAAATGAAGTGCTTCCATGACCCATCAGTGCCTGTGAATAAT  1100

seq1  AAACT  1089
      |||||
seq2  AAACT  1105