BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203D20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 53,850,779 - 54,006,226
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAkap6
Upstream geneHectd1, EG544864, LOC100039476, Heatr5a, LOC676784, 6530401N04Rik, Gpr33, LOC100039627, Nubpl, Arhgap5
Downstream geneNpas3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203D20.bB6Ng01-203D20.g
ACCGA023509GA023510
length1,086891
definitionB6Ng01-203D20.b B6Ng01-203D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,005,143 - 54,006,226)(53,850,779 - 53,851,667)
sequence
gaattcagtcgctccctatttgtgtagacaaagaaattatcaaagactct
aagagcaaaagaaaaacggaatacaaatcgtgaaaacctgatttaaaaag
cttaaaaatacttcagaataaaccgcaaggagtaataaacgattgctaat
taatacatatgaatgtagcacttacttgtcaatcctccttttaaccctca
caagcgccctgtaagattcccatacactctgcttcctagggaggaagctg
ccacacgcagactcggatgtgaggagtggagctgggggtgctcccaggtc
accttgccatgcccaaagatttacagccttcctctaagcaggactttgga
tggagtaccctcaaacctacagggaaactggagcagattgcttgatctct
atttgactataagtacaaaatatttgacatattcatccctctgaatttag
gatattaatacttcaaaagtttttctaaagacttacttttattgtatgtg
tgtaggtgctttgcctgcatgtgtgtctatttaccatgcatatgtagtgc
cccaagaagccagaaccctgcaactggagctacaaacagttgtgagctgc
catgtgatgctgggaattgaacctgggccctctggaaaagcagccagtgc
tcttaaccactgagccacctctctgtccctttaaatggtttaattgtagg
ttttccatgagcagtagtataactttaagtgcttaatatttcaattcttc
atcccggttattttaataattaacaatatttctgagtcatgacagatttc
ccaatgcacagatgaagacagtagggcacagaggtgttagacatttcact
taaagtcataaagctatgagatgattttttaggattctttttccaggttt
gaaccaccacaccagactacgtagacagactttccctcatgggtacagag
agagaaaagggctgtagtgtctctggtgggagcttcttattgccacacat
ctgctgcagcttagtgtttcccgcaccactcaacaaccgcgttccagatc
agagctttctttccaattctaacttctctcttttct
gaattctccagggtaaggctctgggttttgtgttgtccttgtttgcaaag
gattgggaattaaaaaaaaaatctctctgtatatttttatgggagagtag
agagtgaaatctagaagtcatgagtttcttgttcatggtttgctactaca
gtttaactacaggaggggaggagcaaggggtagcctatattagctgctca
ggggtcaacatcagaaggttttggtaatcaatgtgacattggacttccac
tgagttttaagggtgtgaaatgattcatttacgttgaaaaatatgtggta
aagaatttgggtttcctggcctcgggccgcattccttgtgctattacagt
gtctctgatgaactggttcatcggaactggttcggcatgttctgtggtag
ggcagccctgcctctcagcgagcttcccgaagcaaggagaacaaagaaca
cttattgttgctggctctgatctcagggagagtgactgccgccaccgaca
aagtgcccggagcctaagctctgcagacacccagcttgcatgtgtgggaa
tggggagggattcggatgagcaagttaggatggaggaagacatgtggggg
aagcttacggtgaaacctgcaattgtaaaaattgatctcattgatggtaa
tgatgacctataaaattagtgggagttttatgagtatcctagcccttgat
ctgattggcaccagggacaacaggcagtggatttgacatggcagtagttg
tagccatcggtccccacaagtgctgctctggtcttgtttgagctcacttg
tatcaagacactcccggagtctttcaccacatcccgcaaagaatcttggg
cctaagaaaagcattttttctctgtgtgtaacaatagcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_54005143_54006226
seq2: B6Ng01-203D20.b_46_1131 (reverse)

seq1  AGAAAAGAGAGAAGTTAGAA-TGGGAAGGAAGCTCTGATCTGGGACGCGG  49
      |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||
seq2  AGAAAAGAGAGAAGTTAGAATTGGAAAGAAAGCTCTGATCTGGAACGCGG  50

seq1  TTGGTTGAGTGGTGCGGGGAACACTAAGCTGCAGCAGATGTGTGGCAATA  99
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-GTTGAGTGGTGCGGGAAACACTAAGCTGCAGCAGATGTGTGGCAATA  99

seq1  AG-AGCTCCCACCAGAGACACTACAGCCCTTTTCTCTCTCTGTACCCATG  148
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTCCCACCAGAGACACTACAGCCCTTTTCTCTCTCTGTACCCATG  149

seq1  A-GGAAAGTCTGTCTACGTAGTCTGGTGTGGTGGTTCAAACCTGGAAAAA  197
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAGTCTGTCTACGTAGTCTGGTGTGGTGGTTCAAACCTGGAAAAA  199

seq1  GAATCCTAAAAAATCATCTCATAGCTTTATGACTTTAAGTGAAATGTCTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTAAAAAATCATCTCATAGCTTTATGACTTTAAGTGAAATGTCTA  249

seq1  ACACCTCTGTGCCCTACTGTCTTCATCTGTGCATTGGGAAATCTGTCATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCTGTGCCCTACTGTCTTCATCTGTGCATTGGGAAATCTGTCATG  299

seq1  ACTCAGAAATATTGTTAATTATTAAAATAACCGGGATGAAGAATTGAAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAAATATTGTTAATTATTAAAATAACCGGGATGAAGAATTGAAAT  349

seq1  ATTAAGCACTTAAAGTTATACTACTGCTCATGGAAAACCTACAATTAAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGCACTTAAAGTTATACTACTGCTCATGGAAAACCTACAATTAAAC  399

seq1  CATTTAAAGGGACAGAGAGGTGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAGGGACAGAGAGGTGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTT  449

seq1  TTCCAGAGGGCCCAGGTTCAATTCCCAGCATCACATGGCAGCTCACAACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGGGCCCAGGTTCAATTCCCAGCATCACATGGCAGCTCACAACT  499

seq1  GTTTGTAGCTCCAGTTGCAGGGTTCTGGCTTCTTGGGGCACTACATATGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAGCTCCAGTTGCAGGGTTCTGGCTTCTTGGGGCACTACATATGC  549

seq1  ATGGTAAATAGACACACATGCAGGCAAAGCACCTACACACATACAATAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAATAGACACACATGCAGGCAAAGCACCTACACACATACAATAAA  599

seq1  AGTAAGTCTTTAGAAAAACTTTTGAAGTATTAATATCCTAAATTCAGAGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTCTTTAGAAAAACTTTTGAAGTATTAATATCCTAAATTCAGAGG  649

seq1  GATGAATATGTCAAATATTTTGTACTTATAGTCAAATAGAGATCAAGCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATATGTCAAATATTTTGTACTTATAGTCAAATAGAGATCAAGCAA  699

seq1  TCTGCTCCAGTTTCCCTGTAGGTTTGAGGGTACTCCATCCAAAGTCCTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCCAGTTTCCCTGTAGGTTTGAGGGTACTCCATCCAAAGTCCTGC  749

seq1  TTAGAGGAAGGCTGTAAATCTTTGGGCATGGCAAGGTGACCTGGGAGCAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGAAGGCTGTAAATCTTTGGGCATGGCAAGGTGACCTGGGAGCAC  799

seq1  CCCCAGCTCCACTCCTCACATCCGAGTCTGCGTGTGGCAGCTTCCTCCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCTCCACTCCTCACATCCGAGTCTGCGTGTGGCAGCTTCCTCCCT  849

seq1  AGGAAGCAGAGTGTATGGGAATCTTACAGGGCGCTTGTGAGGGTTAAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAGAGTGTATGGGAATCTTACAGGGCGCTTGTGAGGGTTAAAAG  899

seq1  GAGGATTGACAAGTAAGTGCTACATTCATATGTATTAATTAGCAATCGTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTGACAAGTAAGTGCTACATTCATATGTATTAATTAGCAATCGTT  949

seq1  TATTACTCCTTGCGGTTTATTCTGAAGTATTTTTAAGCTTTTTAAATCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTCCTTGCGGTTTATTCTGAAGTATTTTTAAGCTTTTTAAATCAG  999

seq1  GTTTTCACGATTTGTATTCCGTTTTTCTTTTGCTCTTAGAGTCTTTGATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCACGATTTGTATTCCGTTTTTCTTTTGCTCTTAGAGTCTTTGATA  1049

seq1  ATTTCTTTGTCTACACAAATAGGGAGCGACTGAATTC  1084
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTGTCTACACAAATAGGGAGCGACTGAATTC  1086

seq1: chr12_53850779_53851667
seq2: B6Ng01-203D20.g_63_953

seq1  GAATTCTCCAGGGTAAGGCTCTGGGTTTTGTGTTGTCCTTGTTTGCAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGGGTAAGGCTCTGGGTTTTGTGTTGTCCTTGTTTGCAAAG  50

seq1  GATTGGGAATTAAAAAAAAAATCTCTCTGTATATTTTTATGGGAGAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGAATTAAAAAAAAAATCTCTCTGTATATTTTTATGGGAGAGTAG  100

seq1  AGAGTGAAATCTAGAAGTCATGAGTTTCTTGTTCATGGTTTGCTACTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAAATCTAGAAGTCATGAGTTTCTTGTTCATGGTTTGCTACTACA  150

seq1  GTTTAACTACAGGAGGGGAGGAGCAAGGGGTAGCCTATATTAGCTGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACTACAGGAGGGGAGGAGCAAGGGGTAGCCTATATTAGCTGCTCA  200

seq1  GGGGTCAACATCAGAAGGTTTTGGTAATCAATGTGACATTGGACTTCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCAACATCAGAAGGTTTTGGTAATCAATGTGACATTGGACTTCCAC  250

seq1  TGAGTTTTAAGGGTGTGAAATGATTCATTTACGTTGAAAAATATGTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTTAAGGGTGTGAAATGATTCATTTACGTTGAAAAATATGTGGTA  300

seq1  AAGAATTTGGGTTTCCTGGCCTCGGGCCGCATTCCTTGTGCTATTACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTGGGTTTCCTGGCCTCGGGCCGCATTCCTTGTGCTATTACAGT  350

seq1  GTCTCTGATGAACTGGTTCATCGGAACTGGTTCGGCATGTTCTGTGGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGATGAACTGGTTCATCGGAACTGGTTCGGCATGTTCTGTGGTAG  400

seq1  GGCAGCCCTGCCTCTCAGCGAGCTTCCCGAAGCAAGGAGAACAAAGAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCCTGCCTCTCAGCGAGCTTCCCGAAGCAAGGAGAACAAAGAACA  450

seq1  CTTATTGTTGCTGGCTCTGATCTCAGGGAGAGTGACTGCCGCCACCGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGTTGCTGGCTCTGATCTCAGGGAGAGTGACTGCCGCCACCGACA  500

seq1  AAGTGCCCGGAGCCTAAGCTCTGCAGACACCCAGCTTGCATGTGTGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCCCGGAGCCTAAGCTCTGCAGACACCCAGCTTGCATGTGTGGGAA  550

seq1  TGGGGAGGGATTCGGATGAGCAAGTTAGGATGGAGGAAGACATGTGGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGGATTCGGATGAGCAAGTTAGGATGGAGGAAGACATGTGGGGG  600

seq1  AAGCTTACGGTGAAACCTGCAATTGTAAAAATTGATCTCATTGATGGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTACGGTGAAACCTGCAATTGTAAAAATTGATCTCATTGATGGTAA  650

seq1  TGATGACCTATAAAATTAGTGGGAGTTTTATGAGTATCCTAGCCCTTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACCTATAAAATTAGTGGGAGTTTTATGAGTATCCTAGCCCTTGAT  700

seq1  CTGATTGGCACCAGGGACAACAGGCAGTGGATTTGACATGGCAGTAGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGGCACCAGGGACAACAGGCAGTGGATTTGACATGGCAGTAGTTG  750

seq1  TAGCCATCGGTCCCCACAAGTGCTGCTCTGGTCTTGCTTTGAGCTCACTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGCCATCGGTCCCCACAAGTGCTGCTCTGGTCTTG-TTTGAGCTCACTT  799

seq1  GTATCAAGACACT-CCGGAGGTCTTCACCACACCCCGCAAAGAAACTTGG  849
      ||||||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  GTATCAAGACACTCCCGGAGTCTTTCACCACATCCCGCAAAGAATCTTGG  849

seq1  GCCTAAG-AAAGCA-TTTTTCTCTGTGTGTAACAATAGCAGC  889
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGAAAAGCATTTTTTCTCTGTGTGTAACAATAGCAGC  891