BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204L24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 93,820,608 - 93,961,436
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGtf2a1, Ston2, EG666955, LOC100039631, Sel1l, LOC100039367, EG432681, LOC667589, LOC100039387, LOC100039425, LOC628116
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204L24.bB6Ng01-204L24.g
ACCGA024608GA024609
length1,1561,182
definitionB6Ng01-204L24.b B6Ng01-204L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,960,290 - 93,961,436)(93,820,608 - 93,821,748)
sequence
gaattccttcagtggaattaactactcattgagttacctaattaataatc
agtattgattatttttcttttcttcccaatgtttccccacttccctaccc
ttgggcaggttcctttgtcttccatatccttataaaaatattaagtgtta
tggggcacatttaactcatcagaataagatgaattggaaattgcaaggaa
catgggggacttcttattggtcacttattgttaatgccattttgtaaagc
ttattttagaagtaatactccataaagtctaagagcattaataacaaaag
cttgctgagataactctgccagcaatttgcaagtttcatcttgcttagcc
ttttcagtaattttatgaattggtttctattattaaacatcattaagtgg
aaaccgaagtacaaaagcagtgaaataaattggtgaggtggtatcaacac
aggaagtaactgattagactgaaagtacatgataaattcctaactctacc
atctggcagcagagcaattcttaaacttcaaatgaaacgattagctgtta
tattttcaatacatctctgtagcagtataaaacaaaaaacattttgaggg
gtcaatagacatttattattgaatatttatccagggatttttttttataa
atccaattgtgttctttacctttctcattgccatgacaaaagccaatatt
aggaagaaacggttgacctgggctcacattcatcacggtatagaagttgt
ataaacaagtccataagatagttgcttgcatctggagtcaggaagaagac
agaggtgaaagctgatgtccatccttcaattttcttttgattcagtcagg
gaacccatggataagtactacccatgttagtaataggtcctccctaccat
ggcatgataaccctcaggttgtaatagtggtactcataacttggcagcaa
gcaaaatctatgtagttgacctcaacactctctcaacagaaaggaatttg
gggcttgtatgggaacctagaatagctacatggtactacatcacgggata
ttagatcataacctacttacagctacttattaaggccagcatgggtttcc
tacagccattgttaaaggttatttcctaatgtcagagtcccaccaatggt
agtccc

gaattcttttacccattgcaggccatagaaaatggtatgccctctctaga
aaattcacttgcatgattagcctttcctagatggttcctaatagggctgg
acctaggcccccagcacatatgtaacagacgtgcagctcaggctttatgt
ggttacgccaacaactggagtggcagttattcctaaagctgatgcctgtc
tatggaatgcattcccctcaatggtctgccttatcaggcttcattgggaa
aggatgtgtctagctctgcagagacttgatatcctagggtcgggggacac
acatggggggcctccacccacttagaagagaggaggagaggaatggaaga
agggaattgtattcaggggattggaacagtggggcatctatcaagaagta
aactgaattaaaaagaaataatgaccatcaacatacacacatatttactt
gtactgtgtataatttcgatatcacaattattgtacattaagaataatat
gtcaggaaataaatagaaaaattaggctataagaaggagaaaactatact
ggttaaacatgtggaggctggtgacagacacataactccaaactacaggt
ggcttctgagctacacgacttcagcatgtttcttaaaatgatgctcttgt
tatcaatttcttcctatgattaaaatgaggatgataatattttcctttgg
aactgtcatcagggtaatacaaagattaagtataaaagtcctgtagctca
cctggcatataataaagtcaataatgttcacttactgttaatttgtatct
ttatcaccatcattgacataagaataattataataaattatcagacaaaa
atttacttaatcttaatgtcagtgtgggaaagctgctgggtaataagagt
ggagtctctccactgggaagttagaaataattttcaagattcatgaaaaa
gaagttattatttcattttacataggaataagaacattaggaacaaagtt
tcaagttatcctcatactattttaatttgccacctgttaaaaatacattc
agaggaatttctttactttatatttggactgtctttgtctcctaaggatt
tagttcataaatccatgttaatccaatattctcattggttaaataaacac
actttatggattcatttgtgtgccatcatcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_93960290_93961436
seq2: B6Ng01-204L24.b_44_1199 (reverse)

seq1  GTGACTAC--ATGGTGG--CTCTGACTATA-GAAATAAACCTTTACAAT-  44
      | ||||||   ||||||  |||||||  || ||||||| | || ||||| 
seq2  GGGACTACCATTGGTGGGACTCTGACATTAGGAAATAACCTTTAACAATG  50

seq1  GCTGTAAGAAA-CCATGCTGG-CTTAATAAAGTAGCTGT-AGTAGGTTAT  91
      |||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GCTGTAGGAAACCCATGCTGGCCTTAAT-AAGTAGCTGTAAGTAGGTTAT  99

seq1  GATCTAATAT-CCGTGATGTAGTACCATGTAGCTA-TCTAGGTTTCCCAT  139
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  GATCTAATATCCCGTGATGTAGTACCATGTAGCTATTCTAGG-TTCCCAT  148

seq1  ACAAGCCCCAATTTCCTTTCTGTTGAGAGAGTGTTGAGGTCAACTACATA  189
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCCCAAATTCCTTTCTGTTGAGAGAGTGTTGAGGTCAACTACATA  198

seq1  GATTTTGCTTGCTGCCAAGTTATGAGTACCACTATTACACCCTGAGGGTT  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATTTTGCTTGCTGCCAAGTTATGAGTACCACTATTACAACCTGAGGGTT  248

seq1  ATCATGCCATGGTAGGGAGGACCTATTACTAACATGGGTAGTACTTATCC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCCATGGTAGGGAGGACCTATTACTAACATGGGTAGTACTTATCC  298

seq1  ATGGGTTCCCTGACTGAATCAAAAGAAAATTGAAGGATGGACATCAGCTT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTCCCTGACTGAATCAAAAGAAAATTGAAGGATGGACATCAGCTT  348

seq1  TCACCTCTGTCTTCTTCCTGACTCCAGATGCAAGCAACTATCTTATGGAC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCTGTCTTCTTCCTGACTCCAGATGCAAGCAACTATCTTATGGAC  398

seq1  TTGTTTATACAACTTCTATACCGTGATGAATGTGAGCCCAGGTCAACCGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATACAACTTCTATACCGTGATGAATGTGAGCCCAGGTCAACCGT  448

seq1  TTCTTCCTAATATTGGCTTTTGTCATGGCAATGAGAAAGGTAAAGAACAC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTAATATTGGCTTTTGTCATGGCAATGAGAAAGGTAAAGAACAC  498

seq1  AATTGGATTTATAAAAAAAAATCCCTGGATAAATATTCAATAATAAATGT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGATTTATAAAAAAAAATCCCTGGATAAATATTCAATAATAAATGT  548

seq1  CTATTGACCCCTCAAAATGTTTTTTGTTTTATACTGCTACAGAGATGTAT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGACCCCTCAAAATGTTTTTTGTTTTATACTGCTACAGAGATGTAT  598

seq1  TGAAAATATAACAGCTAATCGTTTCATTTGAAGTTTAAGAATTGCTCTGC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATATAACAGCTAATCGTTTCATTTGAAGTTTAAGAATTGCTCTGC  648

seq1  TGCCAGATGGTAGAGTTAGGAATTTATCATGTACTTTCAGTCTAATCAGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGATGGTAGAGTTAGGAATTTATCATGTACTTTCAGTCTAATCAGT  698

seq1  TACTTCCTGTGTTGATACCACCTCACCAATTTATTTCACTGCTTTTGTAC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTGTGTTGATACCACCTCACCAATTTATTTCACTGCTTTTGTAC  748

seq1  TTCGGTTTCCACTTAATGATGTTTAATAATAGAAACCAATTCATAAAATT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGTTTCCACTTAATGATGTTTAATAATAGAAACCAATTCATAAAATT  798

seq1  ACTGAAAAGGCTAAGCAAGATGAAACTTGCAAATTGCTGGCAGAGTTATC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAGGCTAAGCAAGATGAAACTTGCAAATTGCTGGCAGAGTTATC  848

seq1  TCAGCAAGCTTTTGTTATTAATGCTCTTAGACTTTATGGAGTATTACTTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAGCTTTTGTTATTAATGCTCTTAGACTTTATGGAGTATTACTTC  898

seq1  TAAAATAAGCTTTACAAAATGGCATTAACAATAAGTGACCAATAAGAAGT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAGCTTTACAAAATGGCATTAACAATAAGTGACCAATAAGAAGT  948

seq1  CCCCCATGTTCCTTGCAATTTCCAATTCATCTTATTCTGATGAGTTAAAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATGTTCCTTGCAATTTCCAATTCATCTTATTCTGATGAGTTAAAT  998

seq1  GTGCCCCATAACACTTAATATTTTTATAAGGATATGGAAGACAAAGGAAC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCATAACACTTAATATTTTTATAAGGATATGGAAGACAAAGGAAC  1048

seq1  CTGCCCAAGGGTAGGGAAGTGGGGAAACATTGGGAAGAAAAGAAAAATAA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCAAGGGTAGGGAAGTGGGGAAACATTGGGAAGAAAAGAAAAATAA  1098

seq1  TCAATACTGATTATTAATTAGGTAACTCAATGAGTAGTTAATTCCACTGA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACTGATTATTAATTAGGTAACTCAATGAGTAGTTAATTCCACTGA  1148

seq1  AGGAATTC  1147
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  1156


seq1: chr12_93820608_93821748
seq2: B6Ng01-204L24.g_66_1247

seq1  GAATTCTTTTACCCATTGCAGGCCATAGAAAATGGTATGCCCTCTCTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTACCCATTGCAGGCCATAGAAAATGGTATGCCCTCTCTAGA  50

seq1  AAATTCACTTGCATGATTAGCCTTTCCTAGATGGTTCCTAATAGGGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACTTGCATGATTAGCCTTTCCTAGATGGTTCCTAATAGGGCTGG  100

seq1  ACCTAGGCCCCCAGCACATATGTAACAGACGTGCAGCTCAGGCTTTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGCCCCCAGCACATATGTAACAGACGTGCAGCTCAGGCTTTATGT  150

seq1  GGTTACGCCAACAACTGGAGTGGCAGTTATTCCTAAAGCTGATGCCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACGCCAACAACTGGAGTGGCAGTTATTCCTAAAGCTGATGCCTGTC  200

seq1  TATGGAATGCATTCCCCTCAATGGTCTGCCTTATCAGGCTTCATTGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATGCATTCCCCTCAATGGTCTGCCTTATCAGGCTTCATTGGGAA  250

seq1  AGGATGTGTCTAGCTCTGCAGAGACTTGATATCCTAGGGTCGGGGGACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTGTCTAGCTCTGCAGAGACTTGATATCCTAGGGTCGGGGGACAC  300

seq1  ACATGGGGGGCCTCCACCCACTTAGAAGAGAGGAGGAGAGGAATGGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGGGGCCTCCACCCACTTAGAAGAGAGGAGGAGAGGAATGGAAGA  350

seq1  AGGGAATTGTATTCAGGGGATTGGAACAGTGGGGCATCTATCAAGAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTGTATTCAGGGGATTGGAACAGTGGGGCATCTATCAAGAAGTA  400

seq1  AACTGAATTAAAAAGAAATAATGACCATCAACATACACACATATTTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATTAAAAAGAAATAATGACCATCAACATACACACATATTTACTT  450

seq1  GTACTGTGTATAATTTCGATATCACAATTATTGTACATTAAGAATAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTGTATAATTTCGATATCACAATTATTGTACATTAAGAATAATAT  500

seq1  GTCAGGAAATAAATAGAAAAATTAGGCTATAAGAAGGAGAAAACTATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAAATAAATAGAAAAATTAGGCTATAAGAAGGAGAAAACTATACT  550

seq1  GGTTAAACATGTGGAGGCTGGTGACAGACACATAACTCCAAACTACAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAACATGTGGAGGCTGGTGACAGACACATAACTCCAAACTACAGGT  600

seq1  GGCTTCTGAGCTACACGACTTCAGCATGTTTCTTAAAATGATGCTCTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGAGCTACACGACTTCAGCATGTTTCTTAAAATGATGCTCTTGT  650

seq1  TATCAATTTCTTCCTATGATTAAAATGAGGATGATAATATTTTCCTTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATTTCTTCCTATGATTAAAATGAGGATGATAATATTTTCCTTTGG  700

seq1  AACTGTCATCAGGGTAATACAAAGATTAAGTATAAAAGTCCTGTAGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCATCAGGGTAATACAAAGATTAAGTATAAAAGTCCTGTAGCTCA  750

seq1  CCTGGCATATAATAAAGTCAATAATGTTCACTTACTGTTAA-TTGTATCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCTGGCATATAATAAAGTCAATAATGTTCACTTACTGTTAATTTGTATCT  800

seq1  TTATCACCATCATTGACATAAGAATAATTATAATAAATTATCAGACAAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACCATCATTGACATAAGAATAATTATAATAAATTATCAGACAAAA  850

seq1  ATTTAC-TAATCTTAATGTCAGTGTGGG-AAGCTGCTGGGTAAATAAGAG  897
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  ATTTACTTAATCTTAATGTCAGTGTGGGAAAGCTGCTGGGT-AATAAGAG  899

seq1  TGGAGTCTCT-CACT-GGAAGTTAGAAATAA-TTTCAAGA-TCATG-AAA  942
      |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||
seq2  TGGAGTCTCTCCACTGGGAAGTTAGAAATAATTTTCAAGATTCATGAAAA  949

seq1  AGAAGTTAT--ATTCA-TTTACATAGGAA-AAGAACA-TAGGAACAA--G  985
      |||||||||   |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||   
seq2  AGAAGTTATTATTTCATTTTACATAGGAATAAGAACATTAGGAACAAAGT  999

seq1  TTCAAGTTAT-CTCATACTATTT--AATTGCCA-CTGTT-AAAATACA-T  1029
      |||||||||| ||||||||||||  | |||||| ||||| |||||||| |
seq2  TTCAAGTTATCCTCATACTATTTTAATTTGCCACCTGTTAAAAATACATT  1049

seq1  CAGAGGA--TTC-TTAC-TTATATTT-GACTGTCT---TGTCCTAAG--A  1069
      |||||||  ||| |||| |||||||| ||||||||   | |||||||   
seq2  CAGAGGAATTTCTTTACTTTATATTTGGACTGTCTTTGTCTCCTAAGGAT  1099

seq1  TAAGTTCATAAATCCATG-TAATCCAATATTTTCATT-GTTAAATAAACA  1117
      | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TTAGTTCATAAATCCATGTTAATCCAATATTCTCATTGGTTAAATAAACA  1149

seq1  CA-ATTATG--ATCATTTGTG------CATCCA  1141
      ||  |||||   |||||||||      ||||||
seq2  CACTTTATGGATTCATTTGTGTGCCATCATCCA  1182


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |