BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206E14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 34,890,590 - 34,986,345
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAtxn7l4, Atxn7l1, 4930504H06Rik, Twistnb, LOC668801, LOC668806, Ferd3l, Twist1
Downstream geneHdac9, 4921508M14Rik, Prps1l1, Snx13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206E14.bB6Ng01-206E14.g
ACCGA025741GA025742
length9151,058
definitionB6Ng01-206E14.b B6Ng01-206E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,985,435 - 34,986,345)(34,890,590 - 34,891,626)
sequence
gaattcaaagccaggctggttgttgtaaatgaacacaccagagcagtgcc
aaggctgtaggtgtcccaagcttatatgtctatgatggaatccccaaaca
tctctcatatttaaagtttctacttttgattggatgtatccttcagctaa
gaagccccaggtgaaggaaaatgagccacactgactcctcctttcctggg
taaagggctcattcatctgttacaatggccatctacatgactgagcaaag
ggctttcatagtctctggttaattttagagttaaatatttcatggttttg
gaaaatgggatttgggggccaaaccagtcttttttgcaaatatcccttat
gggtttgcatgaaataggagaatggggagatataattttggtaggctgat
cttagtggacaaatgcatctttcctttgagcctccctgcctcacctttgc
acctgctgaaggtatcttcctgcttgccaatgtgttgttcctttgtcatc
tgaggcattgtttacattttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgatacgtgtctttgtcgtgccctgtaacagccagcttcttaaccagtt
gcattggcactggctgatcacagacttcaatgaattgttgggtagtgatg
ttactgaaatttatcacctgaagtctattttgtaaaagaagtgttttctg
acaggagcctgatatagctgtgtcctgagaagctctgccagaaactgaca
aatacagaggtagatgctcaaagagaagcattgtactgagcatgggcccc
caatggaggagtttagagaaaggattgaaggagcttgaaggggtttgcag
cccataaggaagaacaacaatatgagccaatcaggactcccccccatccc
ccgccccccatccct
gaattctagaaatagtcttctaaaatgaattataaaatgatgatgagttt
ggtagaacaacaacgagagttaataagatgtactcatttatgtatcttgc
tcaaaatgatctgctgttgatctgtggtaagagcatacatgcgaggctaa
acattatttagtagctgtcagatgagtgtgtatgctaagagcatggcagt
aaaatttattccatttttataaccagcagaggaatcatgggtagacatta
cttttattttgaagaccttgtctcagagacagtattgaaagtttgaatga
tgagctcagaacagaccgggtatctggtactgcagttttacaatactaaa
cgttaaacttgtttataaagtaagtaaataattaggtactgaagacataa
agcaagagacagagagtggtagaactactcttgcatcacccagtgtcttg
acaggtttaactaagaagcaagaagctgcccttttaatatctttaagctg
gttatttggccaatgatttttagtaaactacataacacagaatacatgac
aattatttttatgaaacagttacttcttaagtcaagaaatgggaaggtgg
tgtttataataatactatcaaggtttataagacaagtttttattccctag
agaagataactctagaatctcactttcagcatgctgaaaagagtcagtca
aatccagttattcttagctgggtttgtcttgagatgactttctttgtaca
gtttatgttacctgcatttgccttttggaaagtctcatcaatggccaaat
attcatgaaaggtagctacaagtatattgcattggaaagtttcatggatg
gcaaaataacctggtgaacgtagctactttcatgaataacaatgtggaat
ataaatatggtaaacaatgtggaataaaataagttttgtggaatacttct
aaaactaaagatatggttaatataagaatggaatgcctctgaggttcttg
cctcaggttagtgcttaagcaattggcccaatgagctaaattcaggggcg
tgggcata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_34985435_34986345
seq2: B6Ng01-206E14.b_43_957 (reverse)

seq1  AGGGGTGGGGGGCGGGGGATGGGGGGGAGT-CTGATTGGCTCATATTGTT  49
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGGGGGGCGGGGGATGGGGGGGAGTCCTGATTGGCTCATATTGTT  50

seq1  GTTCTTCC-TATGGGCTGCAAACCCCTTC-AGCTCCTTCAGTCCTTTCTC  97
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GTTCTTCCTTATGGGCTGCAAACCCCTTCAAGCTCCTTCAATCCTTTCTC  100

seq1  T-AACTCCTCCATTGGGGGCCCATTGCTCAGTACAATGCTTCTCTTTGAG  146
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCCTCCATTGGGGGCCCA-TGCTCAGTACAATGCTTCTCTTTGAG  149

seq1  CATCTACCTCTGTATTTGTCAGTTTCTGGCAGAGCTTCTCAGGACACAGC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACCTCTGTATTTGTCAGTTTCTGGCAGAGCTTCTCAGGACACAGC  199

seq1  TATATCAGGCTCCTGTCAGAAAACACTTCTTTTAC-AAATAGACTTCAGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATATCAGGCTCCTGTCAGAAAACACTTCTTTTACAAAATAGACTTCAGG  249

seq1  TGATAAATTTCAGTAACATCACTACCCAACAATTCATTGAAGTCTGTGAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATTTCAGTAACATCACTACCCAACAATTCATTGAAGTCTGTGAT  299

seq1  CAGCCAGTGCCAATGCAACTGGTTAAGAAGCTGGCTGTTACAGGGCACGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGTGCCAATGCAACTGGTTAAGAAGCTGGCTGTTACAGGGCACGA  349

seq1  CAAAGACACGTATCACACACACACACACACACACACACACACACACAAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACACGTATCACACACACACACACACACACACACACACACACAAAA  399

seq1  TGTAAACAATGCCTCAGATGACAAAGGAACAACACATTGGCAAGCAGGAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACAATGCCTCAGATGACAAAGGAACAACACATTGGCAAGCAGGAA  449

seq1  GATACCTTCAGCAGGTGCAAAGGTGAGGCAGGGAGGCTCAAAGGAAAGAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTTCAGCAGGTGCAAAGGTGAGGCAGGGAGGCTCAAAGGAAAGAT  499

seq1  GCATTTGTCCACTAAGATCAGCCTACCAAAATTATATCTCCCCATTCTCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGTCCACTAAGATCAGCCTACCAAAATTATATCTCCCCATTCTCC  549

seq1  TATTTCATGCAAACCCATAAGGGATATTTGCAAAAAAGACTGGTTTGGCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATGCAAACCCATAAGGGATATTTGCAAAAAAGACTGGTTTGGCC  599

seq1  CCCAAATCCCATTTTCCAAAACCATGAAATATTTAACTCTAAAATTAACC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCCCATTTTCCAAAACCATGAAATATTTAACTCTAAAATTAACC  649

seq1  AGAGACTATGAAAGCCCTTTGCTCAGTCATGTAGATGGCCATTGTAACAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTATGAAAGCCCTTTGCTCAGTCATGTAGATGGCCATTGTAACAG  699

seq1  ATGAATGAGCCCTTTACCCAGGAAAGGAGGAGTCAGTGTGGCTCATTTTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAGCCCTTTACCCAGGAAAGGAGGAGTCAGTGTGGCTCATTTTC  749

seq1  CTTCACCTGGGGCTTCTTAGCTGAAGGATACATCCAATCAAAAGTAGAAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCTGGGGCTTCTTAGCTGAAGGATACATCCAATCAAAAGTAGAAA  799

seq1  CTTTAAATATGAGAGATGTTTGGGGATTCCATCATAGACATATAAGCTTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAATATGAGAGATGTTTGGGGATTCCATCATAGACATATAAGCTTG  849

seq1  GGACACCTACAGCCTTGGCACTGCTCTGGTGTGTTCATTTACAACAACCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCTACAGCCTTGGCACTGCTCTGGTGTGTTCATTTACAACAACCA  899

seq1  GCCTGGCTTTGAATTC  911
      ||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTTTGAATTC  915

seq1: chr12_34890590_34891626
seq2: B6Ng01-206E14.g_69_1126

seq1  GAATTCTAGAAATAGTCTTCTAAAATGAATTATAAAATGATGATGAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAAATAGTCTTCTAAAATGAATTATAAAATGATGATGAGTTT  50

seq1  GGTAGAACAACAACGAGAGTTAATAAGATGTACTCATTTATGTATCTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAACAACAACGAGAGTTAATAAGATGTACTCATTTATGTATCTTGC  100

seq1  TCAAAATGATCTGCTGTTGATCTGTGGTAAGAGCATACATGCGAGGCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATGATCTGCTGTTGATCTGTGGTAAGAGCATACATGCGAGGCTAA  150

seq1  ACATTATTTAGTAGCTGTCAGATGAGTGTGTATGCTAAGAGCATGGCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTTAGTAGCTGTCAGATGAGTGTGTATGCTAAGAGCATGGCAGT  200

seq1  AAAATTTATTCCATTTTTATAACCAGCAGAGGAATCATGGGTAGACATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTATTCCATTTTTATAACCAGCAGAGGAATCATGGGTAGACATTA  250

seq1  CTTTTATTTTGAAGACCTTGTCTCAGAGACAGTATTGAAAGTTTGAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTTTGAAGACCTTGTCTCAGAGACAGTATTGAAAGTTTGAATGA  300

seq1  TGAGCTCAGAACAGACCGGGTATCTGGTACTGCAGTTTTACAATACTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCAGAACAGACCGGGTATCTGGTACTGCAGTTTTACAATACTAAA  350

seq1  CGTTAAACTTGTTTATAAAGTAAGTAAATAATTAGGTACTGAAGACATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAAACTTGTTTATAAAGTAAGTAAATAATTAGGTACTGAAGACATAA  400

seq1  AGCAAGAGACAGAGAGTGGTAGAACTACTCTTGCATCACCCAGTGTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGACAGAGAGTGGTAGAACTACTCTTGCATCACCCAGTGTCTTG  450

seq1  ACAGGTTTAACTAAGAAGCAAGAAGCTGCCCTTTTAATATCTTTAAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTAACTAAGAAGCAAGAAGCTGCCCTTTTAATATCTTTAAGCTG  500

seq1  GTTATTTGGCCAATGATTTTTAGTAAACTACATAACACAGAATACATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTGGCCAATGATTTTTAGTAAACTACATAACACAGAATACATGAC  550

seq1  AATTATTTTTATGAAACAGTTACTTCTTAAGTCAAGAAATGGGAAGGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTTTATGAAACAGTTACTTCTTAAGTCAAGAAATGGGAAGGTGG  600

seq1  TGTTTATAATAATACTATCAAGGTTTATAAGACAAGTTTTTATTCCCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATAATAATACTATCAAGGTTTATAAGACAAGTTTTTATTCCCTAG  650

seq1  AGAAGATAACTCTAGAATCTCACTTTCAGCATGCTGAAAAGAGTCAGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAACTCTAGAATCTCACTTTCAGCATGCTGAAAAGAGTCAGTCA  700

seq1  AATCCAGTTATTCTTAGCTGGGTTTGTCTTGAGATGACTTTCTTTGTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGTTATTCTTAGCTGGGTTTGTCTTGAGATGACTTTCTTTGTACA  750

seq1  GTTTATGTTACCTGCATTTGCCTTTTGGAAAGTCTCATCAATGG-CAAAT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTTATGTTACCTGCATTTGCCTTTTGGAAAGTCTCATCAATGGCCAAAT  800

seq1  ATTCATGAAA-GTAGCTACAAAGTATAATGCATTGGAAAGTTTCATTGAT  848
      |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  ATTCATGAAAGGTAGCTAC-AAGTATATTGCATTGGAAAGTTTCATGGAT  849

seq1  GGCAAA--TACCT-GTGAACGTAGCTACTTTCATGA--TACAATGT-GAA  892
      ||||||   |||| ||||||||||||||||||||||   ||||||| |||
seq2  GGCAAAATAACCTGGTGAACGTAGCTACTTTCATGAATAACAATGTGGAA  899

seq1  TAT-AATAT-GTTAACAATGT-GAATAATATA--GTTTGTTGAATACTCT  937
      ||| ||||| || |||||||| |||||| |||   ||||| |||||||  
seq2  TATAAATATGGTAAACAATGTGGAATAAAATAAGTTTTGTGGAATACTTC  949

seq1  TAAAACT-AAGATAT-GTTTATATA--GATGG-ATG-CTCTGAGTCCCTT  981
      ||||||| ||||||| ||| |||||   |||| ||| |||||||   |||
seq2  TAAAACTAAAGATATGGTTAATATAAGAATGGAATGCCTCTGAGGTTCTT  999

seq1  G-CTCA-GTTATGTCTTTAGC-ATATGCCCAATGAGCCCACATTTCAGGG  1028
      | |||| ||||   ||| ||| ||  ||||||||||  |  | |||||||
seq2  GCCTCAGGTTAGTGCTTAAGCAATTGGCCCAATGAG--CTAAATTCAGGG  1047

seq1  GC--TGGCATA  1037
      ||   ||||||
seq2  GCGTGGGCATA  1058