BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209D10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 99,908,184 - 100,058,309
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtpn21, Zc3h14, Eml5
Upstream geneLOC667732, LOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc, Gpr65, Kcnk10, Spata7
Downstream geneLOC100039845, Ttc8, EG667779, Ches1, LOC100039892, 2610021K21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209D10.bB6Ng01-209D10.g
ACCGA027889GA027890
length1,1481,104
definitionB6Ng01-209D10.b B6Ng01-209D10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,057,166 - 100,058,309)(99,908,184 - 99,909,278)
sequence
gaattcctcctttctgaattctctcatgtcttccttttttatcttctgat
ttctatgccattaatggaataattggaacttttcttacatacagtaataa
acaaaaaacaagtctttatagtttatctgcgctaaacctaacaatatttc
attatgaacgatactgttgtaatgtttgaaattctaatatatgtgataat
ccttctcctttttcctttgctgctgagaagaggatctaggtaaccctctc
tttgttgtttatgagactaaattttgtgttttgatcacctctcctacttg
ccattaatgagcagtgctgctttgtttctgcttttcctccctctgaaggc
gtcttcattatttggcttacataagtcactctattactaaaattttatcc
aagttgaatagttttcaagtcaaagttgtaaatgaaagttcattttaggc
agtaatataatttatgtaaatagcccttataaaaattaaagtatgcttaa
ttgctgtatgtgattatagataaaagttgcaaatggaattagaattaaag
ctatcagatacttaaaatttgaataaagtttaccaacaacattgacttgg
aaaaaaagtcaggttttctatcttctttgaattgctcttggtagggatat
tcttaaatgttaagtattataaatttaattctgtatttatggacattcaa
aaatatgaaggtttgcactttaaattcctatgagaacttagaaacttaca
tgttcttgacacttttatgacaccagtcagttttgctcgtccatattatt
cgtgctctgtgtgaatatatacatttatttaacactgttttacagtactc
gggataaaatataggctttgcttatgttaggccactatgctacctccagg
ccagctctccaacatcctgcatttatttagaatgcatgttccctatgcag
ccctggggctgaagagatggctcagtgtttaagagcactggctgctctta
cagaggaatcgctgctttcagtaccctgaactccatggttgcttcccaac
atccttgttttagttcttaggaacatctgacattctcttctgaccctctg
gctctacaatggcatgtgaatggccatacactgccactaagacatgta
gaattccttttcttgcaccatagatctgcgagtttcatctggtcttggct
ggctggcggacagatggctacttgccatctcctgccatgtgcatgctccc
taagcaggtcacagcttggcaaaggagaaccacagagactgctagcaagg
caggtaactcttggtgagaagcaggacagtcacgggtctcttgcagtctt
aggggtgaggggatgatacacaagagcgcagatgcaaggctggggacccc
tgtgttacctgaggcttcatccaccacttctaaagtcatttttcagaaca
tgtttggtctaacacagtgacctcatgggaactgacaatggtttataatc
tgggacggtgtttacatcttataacgtacaggggcttgagggttaggaga
ctcttgtctcaaacaaaaaccacaaaccacacaaaacaaaaccagtgttt
caagagactagcctctcttttgtcttttcaactatttacagtaatgtgat
tggctattcagccactgtaatgtgctaagttctcatgttgccggtgctgc
ccgagatagggtttgaggatgacaagctggcctgggagaaagcacagtgc
tgaggtggggtgtcctgctccagtgtctggtgtcccacagggcatccctt
cctccagcctctggaaatctctcaacttttaaggcagggtctcgtgactc
aggcttagctgaagccgctctgttggcagaggctgaccttgaacttctga
ccttcatgcttccacctccccagtggtggaactaaaggctatgctcattt
tagagggtgttgagcactgagcctgggtccttgtgcatgctaggcaagca
ctctaccaactgagccacatctccagcacctttcaaagcagcacctttat
gcgtctgagcctttgactaagatcaagtgttcatggcatcttttcccatg
cttccttcgtcttggcctcttggctagcttggacttcttgcatccaccca
cttttatttccattcctgaactcccacatttctcaggcagtagcttgtac
accagatcctttacttcattgctcctcagccagaacccccacgcttggct
gctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_100057166_100058309
seq2: B6Ng01-209D10.b_46_1193 (reverse)

seq1  TACATGTCTTAGT-GCA-TGTATGGGCA-TCACATGC--ATGTAGGAGCC  45
      ||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||   |||| ||| |
seq2  TACATGTCTTAGTGGCAGTGTATGGCCATTCACATGCCATTGTA-GAG-C  48

seq1  CAGAGGGGTCAGAAGAG-ATGTCAGATG-TCCT-AGAACTAAAAATTAAG  92
      |||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||   |||
seq2  CAGA-GGGTCAGAAGAGAATGTCAGATGTTCCTAAGAACTAAAA--CAAG  95

seq1  GATGTTTGGAAGCCACCATGGAGTTCA-GGTACTGAAAGCAGCGATTCCT  141
      |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGGGAAGCAACCATGGAGTTCAGGGTACTGAAAGCAGCGATTCCT  145

seq1  CTGTAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTTCAGCCCCA  191
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAAACACTGAGCCATCTCTTCAGCCCCA  195

seq1  GGGCTGCATAGGGAACATGCATTCTAAATAAATGCAGGATGTTGGAGAGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCATAGGGAACATGCATTCTAAATAAATGCAGGATGTTGGAGAGC  245

seq1  TGGCCTGGAGGTAGCATAGTGGCCTAACATAAGCAAAGCCTATATTTTAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGAGGTAGCATAGTGGCCTAACATAAGCAAAGCCTATATTTTAT  295

seq1  CCCGAGTACTGTAAAACAGTGTTAAATAAATGTATATATTCACACAGAGC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGTACTGTAAAACAGTGTTAAATAAATGTATATATTCACACAGAGC  345

seq1  ACGAATAATATGGACGAGCAAAACTGACTGGTGTCATAAAAGTGTCAAGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAATAATATGGACGAGCAAAACTGACTGGTGTCATAAAAGTGTCAAGA  395

seq1  ACATGTAAGTTTCTAAGTTCTCATAGGAATTTAAAGTGCAAACCTTCATA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAAGTTTCTAAGTTCTCATAGGAATTTAAAGTGCAAACCTTCATA  445

seq1  TTTTTGAATGTCCATAAATACAGAATTAAATTTATAATACTTAACATTTA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAATGTCCATAAATACAGAATTAAATTTATAATACTTAACATTTA  495

seq1  AGAATATCCCTACCAAGAGCAATTCAAAGAAGATAGAAAACCTGACTTTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATCCCTACCAAGAGCAATTCAAAGAAGATAGAAAACCTGACTTTT  545

seq1  TTTCCAAGTCAATGTTGTTGGTAAACTTTATTCAAATTTTAAGTATCTGA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGTCAATGTTGTTGGTAAACTTTATTCAAATTTTAAGTATCTGA  595

seq1  TAGCTTTAATTCTAATTCCATTTGCAACTTTTATCTATAATCACATACAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTAATTCTAATTCCATTTGCAACTTTTATCTATAATCACATACAG  645

seq1  CAATTAAGCATACTTTAATTTTTATAAGGGCTATTTACATAAATTATATT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAGCATACTTTAATTTTTATAAGGGCTATTTACATAAATTATATT  695

seq1  ACTGCCTAAAATGAACTTTCATTTACAACTTTGACTTGAAAACTATTCAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTAAAATGAACTTTCATTTACAACTTTGACTTGAAAACTATTCAA  745

seq1  CTTGGATAAAATTTTAGTAATAGAGTGACTTATGTAAGCCAAATAATGAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATAAAATTTTAGTAATAGAGTGACTTATGTAAGCCAAATAATGAA  795

seq1  GACGCCTTCAGAGGGAGGAAAAGCAGAAACAAAGCAGCACTGCTCATTAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGCCTTCAGAGGGAGGAAAAGCAGAAACAAAGCAGCACTGCTCATTAA  845

seq1  TGGCAAGTAGGAGAGGTGATCAAAACACAAAATTTAGTCTCATAAACAAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGTAGGAGAGGTGATCAAAACACAAAATTTAGTCTCATAAACAAC  895

seq1  AAAGAGAGGGTTACCTAGATCCTCTTCTCAGCAGCAAAGGAAAAAGGAGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGGGTTACCTAGATCCTCTTCTCAGCAGCAAAGGAAAAAGGAGA  945

seq1  AGGATTATCACATATATTAGAATTTCAAACATTACAACAGTATCGTTCAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTATCACATATATTAGAATTTCAAACATTACAACAGTATCGTTCAT  995

seq1  AATGAAATATTGTTAGGTTTAGCGCAGATAAACTATAAAGACTTGTTTTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATATTGTTAGGTTTAGCGCAGATAAACTATAAAGACTTGTTTTT  1045

seq1  TGTTTATTACTGTATGTAAGAAAAGTTCCAATTATTCCATTAATGGCATA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTACTGTATGTAAGAAAAGTTCCAATTATTCCATTAATGGCATA  1095

seq1  GAAATCAGAAGATAAAAAAGGAAGACATGAGAGAATTCAGAAAGGAGGAA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAGAAGATAAAAAAGGAAGACATGAGAGAATTCAGAAAGGAGGAA  1145

seq1  TTC  1144
      |||
seq2  TTC  1148

seq1: chr12_99908184_99909278
seq2: B6Ng01-209D10.g_66_1169

seq1  GAATTCCTTTTCTTGCACCATAGATCTGCGAGTTTCATCTGGTCTTGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTCTTGCACCATAGATCTGCGAGTTTCATCTGGTCTTGGCT  50

seq1  GGCTGGCGGACAGATGGCTACTTGCCATCTCCTGCCATGTGCATGCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCGGACAGATGGCTACTTGCCATCTCCTGCCATGTGCATGCTCCC  100

seq1  TAAGCAGGTCACAGCTTGGCAAAGGAGAACCACAGAGACTGCTAGCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGGTCACAGCTTGGCAAAGGAGAACCACAGAGACTGCTAGCAAGG  150

seq1  CAGGTAACTCTTGGTGAGAAGCAGGACAGTCACGGGTCTCTTGCAGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAACTCTTGGTGAGAAGCAGGACAGTCACGGGTCTCTTGCAGTCTT  200

seq1  AGGGGTGAGGGGATGATACACAAGAGCGCAGATGCAAGGCTGGGGACCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGAGGGGATGATACACAAGAGCGCAGATGCAAGGCTGGGGACCCC  250

seq1  TGTGTTACCTGAGGCTTCATCCACCACTTCTAAAGTCATTTTTCAGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTACCTGAGGCTTCATCCACCACTTCTAAAGTCATTTTTCAGAACA  300

seq1  TGTTTGGTCTAACACAGTGACCTCATGGGAACTGACAATGGTTTATAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTCTAACACAGTGACCTCATGGGAACTGACAATGGTTTATAATC  350

seq1  TGGGACGGTGTTTACATCTTATAACGTACAGGGGCTTGAGGGTTAGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACGGTGTTTACATCTTATAACGTACAGGGGCTTGAGGGTTAGGAGA  400

seq1  CTCTTGTCTCAAACAAAAACCACAAACCACACAAAACAAAACCAGTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTCTCAAACAAAAACCACAAACCACACAAAACAAAACCAGTGTTT  450

seq1  CAAGAGACTAGCCTCTCTTTTGTCTTTTCAACTATTTACAGTAATGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGACTAGCCTCTCTTTTGTCTTTTCAACTATTTACAGTAATGTGAT  500

seq1  TGGCTATTCAGCCACTGTAATGTGCTAAGTTCTCATGTTGCCGGTGCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATTCAGCCACTGTAATGTGCTAAGTTCTCATGTTGCCGGTGCTGC  550

seq1  CCGAGATAGGGTTTGAGGATGACAAGCTGGCCTGGGAGAAAGCACAGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGATAGGGTTTGAGGATGACAAGCTGGCCTGGGAGAAAGCACAGTGC  600

seq1  TGAGGTGGGGTGTCCTGCTCCAGTGTCTGGTGTCCCACAGGGCATCCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGGGGTGTCCTGCTCCAGTGTCTGGTGTCCCACAGGGCATCCCTT  650

seq1  CCTCCAGCCTCTGGAAATCTCTCAACTTTTAAGGCAGGGTCTCGTGACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCCTCTGGAAATCTCTCAACTTTTAAGGCAGGGTCTCGTGACTC  700

seq1  AGGCTTAGCTGAAGCCGCTCTGTTGGCAGAGGCTGACCTTGAACTTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTAGCTGAAGCCGCTCTGTTGGCAGAGGCTGACCTTGAACTTCTGA  750

seq1  CCTTCATGCTTCCACCTCCCCAGTGGTGGAACTAAAGGCTATGCTCATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGCTTCCACCTCCCCAGTGGTGGAACTAAAGGCTATGCTCATTT  800

seq1  TAGAGGGTGTTGAGCACTGAGCCTGGGTCCTTGTGCATGCTAGGCAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGTGTTGAGCACTGAGCCTGGGTCCTTGTGCATGCTAGGCAAGCA  850

seq1  CTCTACCAACTGAGCCACATCTCCAGCACCTTTCAAAGCAGCACCTTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCAACTGAGCCACATCTCCAGCACCTTTCAAAGCAGCACCTTTAT  900

seq1  GCGTCTGAGCCTTTGACTAAGATCAAGTGTTCATGGCATCTTTTCCCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTGAGCCTTTGACTAAGATCAAGTGTTCATGGCATCTTTTCCCATG  950

seq1  CTTCCTTCGTCTTGG-CTCTTGGGCTAGCCTTGGACT--CTGCATCCACC  997
      ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||   ||||||||||
seq2  CTTCCTTCGTCTTGGCCTCTT-GGCTAG-CTTGGACTTCTTGCATCCACC  998

seq1  CACTTTTA-TTCCATTCCTGAACTCCACCTTTTCTCA-GCAGTAGC-TGT  1044
      |||||||| |||||||||||||||||  | ||||||| |||||||| |||
seq2  CACTTTTATTTCCATTCCTGAACTCCCACATTTCTCAGGCAGTAGCTTGT  1048

seq1  ACAACAGATCC-TTAC-TCATTGCCCCTCAG-CAG-ACCCCCACGC-TGG  1089
      ||| ||||||| |||| ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||
seq2  ACACCAGATCCTTTACTTCATTGCTCCTCAGCCAGAACCCCCACGCTTGG  1098

seq1  CTGCTG  1095
      ||||||
seq2  CTGCTG  1104