BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209P12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 111,259,071 - 111,405,589
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040746, 3110009F21Rik
Upstream geneWdr25, BM948371, LOC668194, Dlk1, Gtl2, Rtl1, 6430411K18Rik, B830012L14Rik, LOC100040715, LOC100040724, LOC675987, LOC100041509
Downstream geneDio3as, Dio3, EG629595, EG668245, LOC100040799, Ppp2r5c, 9430024F10Rik, Dync1h1, 1700001K19Rik, Hsp90aa1, Wdr20a, Rage, 2810455K09Rik, LOC100041649, 2810452K22Rik, 4930573I19Rik, Ankrd9, 6030440G07Rik, Rcor1, 4930595D18Rik, Traf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209P12.bB6Ng01-209P12.g
ACCGA028437GA028438
length985931
definitionB6Ng01-209P12.b B6Ng01-209P12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,259,071 - 111,260,054)(111,404,665 - 111,405,589)
sequence
gaattcacactggagcagaagtaccacaaatgtggtggctgtggttcaac
tcaccaaggggagtgaaaatggagacggcagcaaggcaccggcaagcaca
ggctatcaaaataccatctccctgcccggctgactaaatgggactttggg
aatgggaagcctcccacgagtaaacaaacacaagggttcctgcccgtgta
acaggataagatggaaaacacattaaatgatgaaaccctgtttaaaaggc
gcaagtcaaaacaaataaattagcttagcttgttatgaaacaacaatacc
cactgccctcaccccaccccacctccaactccaactcgaggtcttctttc
tggcataaaccccggggttttggcaaaatttaagatggcttgagagtaca
gtgcgtgcctttgggccggcctgccggctttattatgtgcgaggtctaca
tcagttccacatctggcaggcttccccctgaatcctctcttgctcccaaa
gagagccatgagttctctctgctcctgcagcctgctccccaaagccttcc
tggggccgggcctctggctggtgctgccctgactgcagggcatggtggga
gatggttggttattgcttttcaggtttgagccctgctgggtctcctcttc
cttccaaaaggaagtctcatttccagtcccgctcgcagcagccctccctg
cccttccaaggggatgctgaagggatctgtttctgataagccttaacact
ctgatgacaccctagcctagagagctgctgaccacccttcaagactcggt
gacagtgtgggttctaaggaagccaccgtggagagattggtgacccgttc
ttaaaatttctgccacagaatctctgagatcaactgttgcttatgtgccc
caagtagacataatattcgctgggccttataatagatgatcctggatcag
ccccggtgggggggaggtacgaggaggagtgtcac
gaattctctgaacaaaagatactttaaggggactctaggttggaggaaca
cccagtagcacccagggtactgacgccagagagctgtggaacccagccac
ataatggctgctcacacgggaataagcacccatccttagtacggcccacc
tatggaggaacccctcgtcatgcaccacagaaacaccggcagggaagagg
ttaaaacgacaaggaactgactttatttagacgggagcatttttttggca
ttttttttcatggattttgatgtgacagcttttgtttgctcacacttgtc
tctctttgaaaattctcgtatcagcagcaaacgctatttctttttcccat
aacatcttgagcttggtatccaatgatgggggaactgttacttgaaatta
taatattatgcccaacttcggggtggtggtggcttatgatgacttagtaa
tgccggagacaaaagccaggtcatttgggtactgtcactgctgttagtca
ttggcgacagttccactggggacaggaagcctgtgccattatgagacgca
ctatagatgttctgggtggatgaccagtgtctgttctaaggcagtgggtc
catgtggacagtggaggatggttggccagcagtgtcttactaggagggcg
gaaacgagaacatggggagagcgctgatctgttacctctgagccctgtgc
ctattttgttggtcctggattcttctgtggttctgaaggttcataaagct
ggagcagagaaccttctagaaagaggtagcatgctctggtctgagcattt
gtgcatactgggaaggtataggacatcgcccactctcttgggctcttgga
ggtcagtgacagactagggacaagctggagtccaagagcctcattccttt
ttaaaattcctttttgtaggagtgtgtgcgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_111259071_111260054
seq2: B6Ng01-209P12.b_44_1028

seq1  GAATTCACACTGGAGCAGAAGTACCACAAATGTGGTGGCTGTGGTTCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTGGAGCAGAAGTACCACAAATGTGGTGGCTGTGGTTCAAC  50

seq1  TCACCAAGGGGAGTGAAAATGGAGACGGCAGCAAGGCACCGGCAAGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAGGGGAGTGAAAATGGAGACGGCAGCAAGGCACCGGCAAGCACA  100

seq1  GGCTATCAAAATACCATCTCCCTGCCCGGCTGACTAAATGGGACTTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCAAAATACCATCTCCCTGCCCGGCTGACTAAATGGGACTTTGGG  150

seq1  AATGGGAAGCCTCCCACGAGTAAACAAACACAAGGGTTCCTGCCCGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAAGCCTCCCACGAGTAAACAAACACAAGGGTTCCTGCCCGTGTA  200

seq1  ACAGGATAAGATGGAAAACACATTAAATGATGAAACCCTGTTTAAAAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATAAGATGGAAAACACATTAAATGATGAAACCCTGTTTAAAAGGC  250

seq1  GCAAGTCAAAACAAATAAATTAGCTTAGCTTGTTATGAAACAACAATACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCAAAACAAATAAATTAGCTTAGCTTGTTATGAAACAACAATACC  300

seq1  CACTGCCCTCACCCCACCCCACCTCCAACTCCAACTCGAGGTCTTCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCTCACCCCACCCCACCTCCAACTCCAACTCGAGGTCTTCTTTC  350

seq1  TGGCATAAACCCCGGGGTTTTGGCAAAATTTAAGATGGCTTGAGAGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAAACCCCGGGGTTTTGGCAAAATTTAAGATGGCTTGAGAGTACA  400

seq1  GTGCGTGCCTTTGGGCCGGCCTGCCGGCTTTATTATGTGCGAGGTCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTGCCTTTGGGCCGGCCTGCCGGCTTTATTATGTGCGAGGTCTACA  450

seq1  TCAGTTCCACATCTGGCAGGCTTCCCCCTGAATCCTCTCTTGCTCCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCCACATCTGGCAGGCTTCCCCCTGAATCCTCTCTTGCTCCCAAA  500

seq1  GAGAGCCATGAGTTCTCTCTGCTCCTGCAGCCTGCTCCCCAAAGCCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCATGAGTTCTCTCTGCTCCTGCAGCCTGCTCCCCAAAGCCTTCC  550

seq1  TGGGGCCGGGCCTCTGGCTGGTGCTGCCCTGACTGCAGGGCATGGTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCGGGCCTCTGGCTGGTGCTGCCCTGACTGCAGGGCATGGTGGGA  600

seq1  GATGGTTGGTTATTGCTTTTCAGG-TTGAGCCCTGCTGGGTCTCCTCTTC  649
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGGTTATTGCTTTTCAGGTTTGAGCCCTGCTGGGTCTCCTCTTC  650

seq1  CTTCCAAAAGGAAGTCTCATTTCCAGTCCCGCTCGCAGCAGCCCTCCCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAAAGGAAGTCTCATTTCCAGTCCCGCTCGCAGCAGCCCTCCCTG  700

seq1  CCCTTCCAAGGGGATGCTGAAGGGATCTGTTTCTGATAAGCCTTAACACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCAAGGGGATGCTGAAGGGATCTGTTTCTGATAAGCCTTAACACT  750

seq1  CTGATGACACCCTAGCCTAGAGAGCTGCTGACCACCCTTCAAGACTCGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGACACCCTAGCCTAGAGAGCTGCTGACCACCCTTCAAGACTCGGT  800

seq1  GACAGTGTGGGTTCTAAGGAAGCCACCGTGGAGAGATTGGTGACCCGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGTGGGTTCTAAGGAAGCCACCGTGGAGAGATTGGTGACCCGTTC  850

seq1  TAAAAATTTCTGCCACAGAATCTCTGAGATCAACTTGTTGCTTATGTGCC  899
      | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTAAAATTTCTGCCACAGAATCTCTGAGATCAAC-TGTTGCTTATGTGCC  899

seq1  CCAAAGTTAACATAATATTCGCT-GGCCTTATAATAGATGATCCTGGATC  948
      || ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-AAGTAGACATAATATTCGCTGGGCCTTATAATAGATGATCCTGGATC  948

seq1  GGCCCCGGT-GGGGGGAGGTACGAGGAGGAGTGTCTC  984
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCCCCGGTGGGGGGGAGGTACGAGGAGGAGTGTCAC  985

seq1: chr12_111404665_111405589
seq2: B6Ng01-209P12.g_71_1001 (reverse)

seq1  ACACACACACTCCTACAAAAA-GAATTTTAAAAAGG-ATGA-GCTCTTGG  47
      || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  ACGCACACACTCCTACAAAAAGGAATTTTAAAAAGGAATGAGGCTCTTGG  50

seq1  ACTCCAGCTTGTCCCTAGTCTGTCACTGACCTCCAAGAG-CCAAGAGAGT  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTCCAGCTTGTCCCTAGTCTGTCACTGACCTCCAAGAGCCCAAGAGAGT  100

seq1  GGGCGATGTCCTATACCTTCCCAGTATGCACAAATGCTCAGACCAGAGCA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGATGTCCTATACCTTCCCAGTATGCACAAATGCTCAGACCAGAGCA  150

seq1  TGCTACCTCTTTCTAGAAGGTTCTCTGCTCCAGC-TTATGAACCTTCAGA  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCTACCTCTTTCTAGAAGGTTCTCTGCTCCAGCTTTATGAACCTTCAGA  200

seq1  ACCACAGAAGAATCCAGGACCAAC-AAATAGGCACAGGGCTCAGAGGTAA  244
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGAAGAATCCAGGACCAACAAAATAGGCACAGGGCTCAGAGGTAA  250

seq1  CAGATCAGCGCTCTCCCCATGTTCTCGTTTCCGCCCTCCTAGTAAGACAC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAGCGCTCTCCCCATGTTCTCGTTTCCGCCCTCCTAGTAAGACAC  300

seq1  TGCTGGCCAACCATCCTCCACTGTCCACATGGACCCACTGCCTTAGAACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCCAACCATCCTCCACTGTCCACATGGACCCACTGCCTTAGAACA  350

seq1  GACACTGGTCATCCACCCAGAACATCTATAGTGCGTCTCATAATGGCACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGGTCATCCACCCAGAACATCTATAGTGCGTCTCATAATGGCACA  400

seq1  GGCTTCCTGTCCCCAGTGGAACTGTCGCCAATGACTAACAGCAGTGACAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCTGTCCCCAGTGGAACTGTCGCCAATGACTAACAGCAGTGACAG  450

seq1  TACCCAAATGACCTGGCTTTTGTCTCCGGCATTACTAAGTCATCATAAGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAAATGACCTGGCTTTTGTCTCCGGCATTACTAAGTCATCATAAGC  500

seq1  CACCACCACCCCGAAGTTGGGCATAATATTATAATTTCAAGTAACAGTTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCACCCCGAAGTTGGGCATAATATTATAATTTCAAGTAACAGTTC  550

seq1  CCCCATCATTGGATACCAAGCTCAAGATGTTATGGGAAAAAGAAATAGCG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCATTGGATACCAAGCTCAAGATGTTATGGGAAAAAGAAATAGCG  600

seq1  TTTGCTGCTGATACGAGAATTTTCAAAGAGAGACAAGTGTGAGCAAACAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGCTGATACGAGAATTTTCAAAGAGAGACAAGTGTGAGCAAACAA  650

seq1  AAGCTGTCACATCAAAATCCATGAAAAAAAATGCCAAAAAAATGCTCCCG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTCACATCAAAATCCATGAAAAAAAATGCCAAAAAAATGCTCCCG  700

seq1  TCTAAATAAAGTCAGTTCCTTGTCGTTTTAACCTCTTCCCTGCCGGTGTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATAAAGTCAGTTCCTTGTCGTTTTAACCTCTTCCCTGCCGGTGTT  750

seq1  TCTGTGGTGCATGACGAGGGGTTCCTCCATAGGTGGGCCGTACTAAGGAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTGCATGACGAGGGGTTCCTCCATAGGTGGGCCGTACTAAGGAT  800

seq1  GGGTGCTTATTCCCGTGTGAGCAGCCATTATGTGGCTGGGTTCCACAGCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTTATTCCCGTGTGAGCAGCCATTATGTGGCTGGGTTCCACAGCT  850

seq1  CTCTGGCGTCAGTACCCTGGGTGCTACTGGGTGTTCCTCCAACCTAGAGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCGTCAGTACCCTGGGTGCTACTGGGTGTTCCTCCAACCTAGAGT  900

seq1  CCCCTTAAAGTATCTTTTGTTCAGAGAATTC  925
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTAAAGTATCTTTTGTTCAGAGAATTC  931