BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210C09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 97,730,214 - 97,867,471
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667688, Flrt2, 1700019M22Rik, LOC100039664
Downstream geneEG628277, LOC382626
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210C09.bB6Ng01-210C09.g
ACCGA028567GA028568
length1,2141,167
definitionB6Ng01-210C09.b B6Ng01-210C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,866,263 - 97,867,471)(97,730,214 - 97,731,388)
sequence
gaattcatcaatcattagttttgttaatgttgataaagagcatgcctagt
atgacatgatagcattcacttgatatatactgatgaggatgtgccatgat
tctgcctagaactcctatgatttgtgaacttcaagaaaagttcttataga
gataataacaaagagtctggaagtcatttaatgaagattgatgacaggct
attgtgcttcatgtcattctagccagatttagattgccaatacacttgca
gcagtttttctttaagtttaattgtaagcttaacattttacatgtagtat
ttacaacttctaattgcagaaaatacagcttatgttggatttaggaaatg
ccaatttctttgaagtaataatgatattcagcacagctttgaagttcaat
tactgagtaattcactcaccttgtcattcagccatccaatactatatgcc
agaattatcaaacaaatgttaccaaaagaacaagttgcaacaaatagtat
cattacaattaaacagtacaataccttgattatttaaagtacacagtata
taatacatctttctgaaggtctttttgtctctggaatttcttgttgaatc
tgtaaagaccagatttcttgtaacagccaaaaagccatgcctagattgag
attacctgatacaaattgacatatggtagtttgattatcattaccaaaat
cataacgggtagatttttttttaatttcaggaatttaatattattaaatt
aaatccactgacatctaaaacagtctacagttaaaattttatgttgtgct
tatttgattgcatattcacattcttcctatatttatctggtatgatacaa
aatagtatagtttgtattaggtctgtatacacatttttggactgaataca
tacacatatctttccctttcaaattttctaattccattagaatagttaaa
aatcacatataattatttgatattgttttttctacataccactaagtccc
acatttataaacattgtgttgcctcataatgtcagcagatgatagttctg
aagcattgaaatgagttccaattatttctaacatattacctttacatatg
tagcatgtttatacctaacacattagaaaggaaggtgtcatcatctgttt
tccaaatatgatctttggctaataatccagtcacctcaatgattgatttg
tttaaccttatatt

gaattctttagaaagaattaggatatgtagctattttggagaaggtatgt
catagtgggttggctttgaaatttctaaagcatgtcccagacccaatttt
cttctctgccttcaaattgttgataatatggaagctctcagctactgctt
ccacacctaccttaccttcctgttgccatgctttcagcaatgatggtcat
agactgaccttctaaaactgtgaacacatacccaatcatgtgctttattc
aacatttttttttaaaaaaaggatttagcagcaaagtacagcattttaat
gtgggctctcagaattaaattatatcttccatccttgtacaaccggtgct
ttaacaaatttactctcatgataggtcttgtgttatgtttctaagtatgt
ataatcaatgtggctttgtcattatttttgtgtgtaataatgggtatctg
gggactgataggaccttacatatattgtaaaagcactatgtaactaacct
atggtgccagcctctaagatgcatattaaaaagcacatgtatctgaaatt
ttcctgttttgtatgctgttgtgatttaaatttctaagatacttgtttaa
ttgccatcaataatttcaatttcttgctttaggttttcagctctaaattt
agtgttcctttatccagattatgatcttggctccaaaatcactttaaaat
tttatacttatttactcacttcttccatgcctcagaatgcatttgtagtt
tgcatgtttggattaaaaatagaaaaattctcatgttgataatagccaag
gtcaatagcccaaagccctgatccttctcaactaacctgtttatttctaa
acagtaaatactttgcaatgtgacatctaatataaatatatatgtatata
tgtatatataattatcatgaatatatatgataacactcatatatatgata
agattttttgtaactatgaacattctgttcagtgttttcttatatctggg
aacagaggctgatatttggttatcagtaacaaagtgtgtccaattatgtc
ctatagaataataaaataatttctgagtcctctcttgatcagtaacattg
tgtaggctgaacttaattttagcaacagtgaacatgttagtgctttctat
catctcctacttattat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_97866263_97867471
seq2: B6Ng01-210C09.b_43_1256 (reverse)

seq1  AATATA--GGTAAACAAAATACAACTCATGAAGGTGAACTGATTATTCG-  47
      ||||||  | ||||||||   ||| ||||  ||||||   ||||||| | 
seq2  AATATAAGGTTAAACAAA--TCAA-TCATTGAGGTGACTGGATTATTAGC  47

seq1  CAAAGATCAATATTTG--AAACAGATGATGACAACCTCC-TTCTAATGTG  94
      |||||||| |||||||  ||||||||||||||| | ||| ||||||||||
seq2  CAAAGATC-ATATTTGGAAAACAGATGATGACACCTTCCTTTCTAATGTG  96

seq1  TTA-GTATAAACATGCTACATATGTAAA-GTAATATGTTAG-AATAATTG  141
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TTAGGTATAAACATGCTACATATGTAAAGGTAATATGTTAGAAATAATTG  146

seq1  GAACTCATTTCAATGCTTCAGAACTATCATCTGCTGACATTATGAGGCAA  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCATTTCAATGCTTCAGAACTATCATCTGCTGACATTATGAGGCAA  196

seq1  CACAATGTTTATAAATGTGGGACTTAGTGGTATGTAGAAAAAACAATATC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGTTTATAAATGTGGGACTTAGTGGTATGTAGAAAAAACAATATC  246

seq1  AAATAATTATATGTGATTTTTAACTATTCTAATGGAATTAGAAAATTTGA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTATATGTGATTTTTAACTATTCTAATGGAATTAGAAAATTTGA  296

seq1  AAGGGAAAGATATGTGTATGTATTCAGTCCAAAAATGTGTATACAGACCT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAAGATATGTGTATGTATTCAGTCCAAAAATGTGTATACAGACCT  346

seq1  AATACAAACTATACTATTTTGTATCATACCAGATAAATATAGGAAGAATG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAACTATACTATTTTGTATCATACCAGATAAATATAGGAAGAATG  396

seq1  TGAATATGCAATCAAATAAGCACAACATAAAATTTTAACTGTAGACTGTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATGCAATCAAATAAGCACAACATAAAATTTTAACTGTAGACTGTT  446

seq1  TTAGATGTCAGTGGATTTAATTTAATAATATTAAATTCCTGAAATTAAAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGTCAGTGGATTTAATTTAATAATATTAAATTCCTGAAATTAAAA  496

seq1  AAAAATCTACCCGTTATGATTTTGGTAATGATAATCAAACTACCATATGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTACCCGTTATGATTTTGGTAATGATAATCAAACTACCATATGT  546

seq1  CAATTTGTATCAGGTAATCTCAATCTAGGCATGGCTTTTTGGCTGTTACA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGTATCAGGTAATCTCAATCTAGGCATGGCTTTTTGGCTGTTACA  596

seq1  AGAAATCTGGTCTTTACAGATTCAACAAGAAATTCCAGAGACAAAAAGAC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTGGTCTTTACAGATTCAACAAGAAATTCCAGAGACAAAAAGAC  646

seq1  CTTCAGAAAGATGTATTATATACTGTGTACTTTAAATAATCAAGGTATTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAAAGATGTATTATATACTGTGTACTTTAAATAATCAAGGTATTG  696

seq1  TACTGTTTAATTGTAATGATACTATTTGTTGCAACTTGTTCTTTTGGTAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTTAATTGTAATGATACTATTTGTTGCAACTTGTTCTTTTGGTAA  746

seq1  CATTTGTTTGATAATTCTGGCATATAGTATTGGATGGCTGAATGACAAGG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTTTGATAATTCTGGCATATAGTATTGGATGGCTGAATGACAAGG  796

seq1  TGAGTGAATTACTCAGTAATTGAACTTCAAAGCTGTGCTGAATATCATTA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAATTACTCAGTAATTGAACTTCAAAGCTGTGCTGAATATCATTA  846

seq1  TTACTTCAAAGAAATTGGCATTTCCTAAATCCAACATAAGCTGTATTTTC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCAAAGAAATTGGCATTTCCTAAATCCAACATAAGCTGTATTTTC  896

seq1  TGCAATTAGAAGTTGTAAATACTACATGTAAAATGTTAAGCTTACAATTA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTAGAAGTTGTAAATACTACATGTAAAATGTTAAGCTTACAATTA  946

seq1  AACTTAAAGAAAAACTGCTGCAAGTGTATTGGCAATCTAAATCTGGCTAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAAAGAAAAACTGCTGCAAGTGTATTGGCAATCTAAATCTGGCTAG  996

seq1  AATGACATGAAGCACAATAGCCTGTCATCAATCTTCATTAAATGACTTCC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACATGAAGCACAATAGCCTGTCATCAATCTTCATTAAATGACTTCC  1046

seq1  AGACTCTTTGTTATTATCTCTATAAGAACTTTTCTTGAAGTTCACAAATC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTTGTTATTATCTCTATAAGAACTTTTCTTGAAGTTCACAAATC  1096

seq1  ATAGGAGTTCTAGGCAGAATCATGGCACATCCTCATCAGTATATATCAAG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGTTCTAGGCAGAATCATGGCACATCCTCATCAGTATATATCAAG  1146

seq1  TGAATGCTATCATGTCATACTAGGCATGCTCTTTATCAACATTAACAAAA  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTATCATGTCATACTAGGCATGCTCTTTATCAACATTAACAAAA  1196

seq1  CTAATGATTGATGAATTC  1209
      ||||||||||||||||||
seq2  CTAATGATTGATGAATTC  1214


seq1: chr12_97730214_97731388
seq2: B6Ng01-210C09.g_62_1228

seq1  GAATTCTTTAGAAAGAATTAGGATATGTAGCTATTTTGGAGAAGGTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGAAAGAATTAGGATATGTAGCTATTTTGGAGAAGGTATGT  50

seq1  CATAGTGGGTTGGCTTTGAAATTTCTAAAGCATGTCCCAGACCCAATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGGGTTGGCTTTGAAATTTCTAAAGCATGTCCCAGACCCAATTTT  100

seq1  CTTCTCTGCCTTCAAATTGTTGATAATATGGAAGCTCTCAGCTACTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTGCCTTCAAATTGTTGATAATATGGAAGCTCTCAGCTACTGCTT  150

seq1  CCACACCTACCTTACCTTCCTGTTGCCATGCTTTCAGCAATGATGGTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCTACCTTACCTTCCTGTTGCCATGCTTTCAGCAATGATGGTCAT  200

seq1  AGACTGACCTTCTAAAACTGTGAACACATACCCAATCATGTGCTTTATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGACCTTCTAAAACTGTGAACACATACCCAATCATGTGCTTTATTC  250

seq1  AACATTTTTTTTTAAAAAAAGGATTTAGCAGCAAAGTACAGCATTTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTTTTTTAAAAAAAGGATTTAGCAGCAAAGTACAGCATTTTAAT  300

seq1  GTGGGCTCTCAGAATTAAATTATATCTTCCATCCTTGTACAACCGGTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCTCAGAATTAAATTATATCTTCCATCCTTGTACAACCGGTGCT  350

seq1  TTAACAAATTTACTCTCATGATAGGTCTTGTGTTATGTTTCTAAGTATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAATTTACTCTCATGATAGGTCTTGTGTTATGTTTCTAAGTATGT  400

seq1  ATAATCAATGTGGCTTTGTCATTATTTTTGTGTGTAATAATGGGTATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCAATGTGGCTTTGTCATTATTTTTGTGTGTAATAATGGGTATCTG  450

seq1  GGGACTGATAGGACCTTACATATATTGTAAAAGCACTATGTAACTAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGATAGGACCTTACATATATTGTAAAAGCACTATGTAACTAACCT  500

seq1  ATGGTGCCAGCCTCTAAGATGCATATTAAAAAGCACATGTATCTGAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCCAGCCTCTAAGATGCATATTAAAAAGCACATGTATCTGAAATT  550

seq1  TTCCTGTTTTGTATGCTGTTGTGATTTAAATTTCTAAGATACTTGTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTTTGTATGCTGTTGTGATTTAAATTTCTAAGATACTTGTTTAA  600

seq1  TTGCCATCAATAATTTCAATTTCTTGCTTTAGGTTTTCAGCTCTAAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATCAATAATTTCAATTTCTTGCTTTAGGTTTTCAGCTCTAAATTT  650

seq1  AGTGTTCCTTTATCCAGATTATGATCTTGGCTCCAAAATCACTTTAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCCTTTATCCAGATTATGATCTTGGCTCCAAAATCACTTTAAAAT  700

seq1  TTTATACTTATTTACTCACTTCTTCCATGCCTCAGAATGCATTTGTAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACTTATTTACTCACTTCTTCCATGCCTCAGAATGCATTTGTAGTT  750

seq1  TGCATGTTTGGATTAAAAATAGAAAAATTCTCATGTTGATAATAGCCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTTTGGATTAAAAATAGAAAAATTCTCATGTTGATAATAGCCAAG  800

seq1  GTCAATAGCCCAAAGCCCTGATCCTTCTCAACTAACCTGTTTATTTCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATAGCCCAAAGCCCTGATCCTTCTCAACTAACCTGTTTATTTCTAA  850

seq1  ACAGTAAATACTTTGCAATGTGACATCTAATATAAATATATATGTATATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAATACTTTGCAATGTGACATCTAATATAAATATATATGTATATA  900

seq1  TGTATATATAATTATCATGAATATATATGATAACACTCATATATATGATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATAATTATCATGAATATATATGATAACACTCATATATATGATA  950

seq1  AGATTTTTTGTAACTATG-ACATTCTGTTCAGTGTTTTCTTATATCT-GG  998
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGATTTTTTGTAACTATGAACATTCTGTTCAGTGTTTTCTTATATCTGGG  1000

seq1  AACAGAAGCTGATATTTGGTTATCAGTAAACAAAAGTGTGTCC-ATTATG  1047
      |||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||
seq2  AACAGAGGCTGATATTTGGTTATCAGTAA--CAAAGTGTGTCCAATTATG  1048

seq1  TCCTATAAGAATTAATAAAATAAATTTCTGAGT-CTCTCTTGATCAGTTA  1096
      |||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TCCTAT-AGAA-TAATAAAAT-AATTTCTGAGTCCTCTCTTGATCAG-TA  1094

seq1  ACA-TGTGTAGGGCTGAACTTATTTTTAGCAAACCAGTGACCATGTAGTT  1145
      ||| |||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| |||||   |
seq2  ACATTGTGTA-GGCTGAACTTAATTTTAGCAA--CAGTGAACATGTTAGT  1141

seq1  GCTTTTCTTATCATCTCTCTACTTTATTAT  1175
      |||||   ||||||||| |||| |||||||
seq2  GCTTT--CTATCATCTC-CTAC-TTATTAT  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |