BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213B05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 35,540,202 - 35,692,985
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4921508M14Rik, Prps1l1
Upstream geneFerd3l, Twist1, Hdac9
Downstream geneSnx13, Ahr, LOC100043575, LOC629758, LOC100043579, LOC669866, Agr3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213B05.bB6Ng01-213B05.g
ACCGA030707GA030708
length1,1131,176
definitionB6Ng01-213B05.b B6Ng01-213B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,691,869 - 35,692,985)(35,540,202 - 35,541,393)
sequence
gaattctccataaataggagatgataaagaaagccaatagttcttcttaa
tatttatttgaccttctgatatgtacatggaaatttctaaactaacactg
cataggaaaattactgcatctatggattttttacaatagttccaccagaa
aaagagaccctgaatcccaggaaaaaatcaagatgggagttagcccaacc
actaatgtaataattgcttatgcttggtagcttcctaagttgtcattgcc
tggggaaatgaaggtcataacaacattcaagtgattagatcatactttct
ccactcatgaatgaatgatactcaattttcattaattgctttgtgtttaa
tcctgcatgtgcaggaggattttgttaataaattttccctggcggtaagc
cttcattaatttgatcttccctgaaagcaaatctatccatgacagagatt
tttttttctcaccatttactttaagacttttagtcaaggcaaaccttatt
tgtttaatacctttaagttctttaaggacttgcaattttatttgatatga
cagcattgtactacctaaaactcatcagcaactaaacaattttaaagtaa
atagattttacattatcaaattattaagtatgtgtttaaacagatgaacc
aacaaggtaagtatattcaccatgattagatccactatggcagggaattc
agtatggtttggagtaaactgtccaatctttaactcacgtgtttcaacac
tcagtacccaggtggccatgttgttttgggaagctgtgaaaccttcagga
ggaggagctcttgctggaggaactacgtctctggaggagactggcaacca
aagtttggaccctgccccaccttctgtgctgttcttcttgaccttggaga
tgtgagcaagcagctgtcccaggctcctacagccatgggggccagggatt
tgattactgtgcagttttaaatgtcagtgccataacctagaatcacctga
gaagggagtcttaagtgggggatttatctagatcagctagtcctgtgtga
ttggcttcattgtaattgagggaggaagaccaagatgaacaagagcttgt
ctcattcatgggc

gaattccactctgaaaacagttttgcatagtagtatttttagcttctcaa
aactggcctgattctcctttcgctggatgaaaagaatcccctctgaaatt
tctaacgtagcaaacaaagttcggagaacatttctgattccagcaggtgg
tcacaggcatgaggttagggtgacagccagcagtgttgatgtcactcaga
atcctgccaagggcctagggatgggacactgttcgctgtgctgataactc
acaagtgatctttccttccttctgtgcagtccttgtagctaatttttacc
tctaacaattcatattcactttctattgcctcaaacagactgacacatgg
gtatccgatgctgtgttcaacccatgagttttgataatgtcaggcataag
tgcaactaaagtaggagttagaccctagctccaatagtcttggggtatca
gagacatagacaggtctttgtgggcacctaaaggctcatttatttcccta
gaagtcacttaataattttttatgaaaatatgcgtgatgctaataaataa
taattttctatccaactgaatcacacataatgtaggtaatactcagccac
ctcactgactaaaatggcaagcttcacagtaaagagtctgggacattatc
acagtcccacaccaaagacacaaagaagaacgtggtgcctgagagccagc
ccatccacaggaaacatctctgatgctcataagggtacaaggatccagaa
ccagggaggtgaacatcaaaatcaaagctaagtttcactctgggactgct
caagaagcagcacccaaggactttaaaaaagaagaagaactggatgacag
gagatatgcatatgtgcacagatatacacatatgtagatgcagctatctc
tttaaagaataacgtagcaagcaaacagagagcaaatgtaatgccacaaa
aattcagtgtgcttccatggcaacttccaaaagtcaaatggctcttccca
gcataagtggacatgaagcatttatggaaacatgttgccttctattttct
ctataaaaaaaatcattttcattttatgttttggttattctgtctcagtg
cattttaaacctcaaatacacaaaaaactgtattgggttaagtcatcaag
ggtttcaatatcctttgccaaataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_35691869_35692985
seq2: B6Ng01-213B05.b_44_1156 (reverse)

seq1  GCCCATGAAATGGGAC-AGCTCTTGTTCATCTTGTGTCTTCCTCCCTCAA  49
      ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCCCATG-AATGAGACAAGCTCTTGTTCATCTTG-GTCTTCCTCCCTCAA  48

seq1  TTACAATGAAGCCAATTCCCCACAGG-CTAGCCTGATCTAGAT-AATCCC  97
      ||||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||
seq2  TTACAATGAAGCCAAT--CACACAGGACTAG-CTGATCTAGATAAATCCC  95

seq1  CCACTTAAGACTCCCTTCTCAGGTGATTCTAGGTTATGGCAACTTGACAT  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  CCACTTAAGACTCCCTTCTCAGGTGATTCTAGGTTATGGCA--CTGACAT  143

seq1  TTAAAACTGCACAGTAATCAAATCCCTGGCCCCCATGGCTGTAGGAGCCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTGCACAGTAATCAAATCCCTGGCCCCCATGGCTGTAGGAGCCT  193

seq1  GGGACAGCTGCTTGCTCACATCTCCAAGGTCAAGAAGAACAGCACAGAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGCTGCTTGCTCACATCTCCAAGGTCAAGAAGAACAGCACAGAAG  243

seq1  GTGGGGCAGGGTCCAAACCTTGGTTGCCAGTCTCCTCCAGAGACGTAGTT  297
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCAGGGTCCAAACTTTGGTTGCCAGTCTCCTCCAGAGACGTAGTT  293

seq1  CCTCCAGCAAGAGCTCCTCCTCCTGAAGGTTTCACAGCTTCCCAAAACAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCAAGAGCTCCTCCTCCTGAAGGTTTCACAGCTTCCCAAAACAA  343

seq1  CATGGCCACCTGGGTACTGAGTGTTGAAACACGTGAGTTAAAGATTGGAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCACCTGGGTACTGAGTGTTGAAACACGTGAGTTAAAGATTGGAC  393

seq1  AGTTTACTCCAAACCATACTGAATTCCCTGCCATAGTGGATCTAATCATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACTCCAAACCATACTGAATTCCCTGCCATAGTGGATCTAATCATG  443

seq1  GTGAATATACTTACCTTGTTGGTTCATCTGTTTAAACACATACTTAATAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATACTTACCTTGTTGGTTCATCTGTTTAAACACATACTTAATAA  493

seq1  TTTGATAATGTAAAATCTATTTACTTTAAAATTGTTTAGTTGCTGATGAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAATGTAAAATCTATTTACTTTAAAATTGTTTAGTTGCTGATGAG  543

seq1  TTTTAGGTAGTACAATGCTGTCATATCAAATAAAATTGCAAGTCCTTAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGTAGTACAATGCTGTCATATCAAATAAAATTGCAAGTCCTTAAA  593

seq1  GAACTTAAAGGTATTAAACAAATAAGGTTTGCCTTGACTAAAAGTCTTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAAAGGTATTAAACAAATAAGGTTTGCCTTGACTAAAAGTCTTAA  643

seq1  AGTAAATGGTGAGAAAAAAAAATCTCTGTCATGGATAGATTTGCTTTCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATGGTGAGAAAAAAAAATCTCTGTCATGGATAGATTTGCTTTCAG  693

seq1  GGAAGATCAAATTAATGAAGGCTTACCGCCAGGGAAAATTTATTAACAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATCAAATTAATGAAGGCTTACCGCCAGGGAAAATTTATTAACAAA  743

seq1  ATCCTCCTGCACATGCAGGATTAAACACAAAGCAATTAATGAAAATTGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCTGCACATGCAGGATTAAACACAAAGCAATTAATGAAAATTGAG  793

seq1  TATCATTCATTCATGAGTGGAGAAAGTATGATCTAATCACTTGAATGTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTCATTCATGAGTGGAGAAAGTATGATCTAATCACTTGAATGTTG  843

seq1  TTATGACCTTCATTTCCCCAGGCAATGACAACTTAGGAAGCTACCAAGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACCTTCATTTCCCCAGGCAATGACAACTTAGGAAGCTACCAAGCA  893

seq1  TAAGCAATTATTACATTAGTGGTTGGGCTAACTCCCATCTTGATTTTTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAATTATTACATTAGTGGTTGGGCTAACTCCCATCTTGATTTTTTC  943

seq1  CTGGGATTCAGGGTCTCTTTTTCTGGTGGAACTATTGTAAAAAATCCATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTCAGGGTCTCTTTTTCTGGTGGAACTATTGTAAAAAATCCATA  993

seq1  GATGCAGTAATTTTCCTATGCAGTGTTAGTTTAGAAATTTCCATGTACAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGTAATTTTCCTATGCAGTGTTAGTTTAGAAATTTCCATGTACAT  1043

seq1  ATCAGAAGGTCAAATAAATATTAAGAAGAACTATTGGCTTTCTTTATCAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAGGTCAAATAAATATTAAGAAGAACTATTGGCTTTCTTTATCAT  1093

seq1  CTCCTATTTATGGAGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATTTATGGAGAATTC  1113


seq1: chr12_35540202_35541393
seq2: B6Ng01-213B05.g_67_1242

seq1  GAATTCCACTCTGAAAACAGTTTTGCATAGTAGTATTTTTAGCTTCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCTGAAAACAGTTTTGCATAGTAGTATTTTTAGCTTCTCAA  50

seq1  AACTGGCCTGATTCTCCTTTCGCTGGATGAAAAGAATCCCCTCTGAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCCTGATTCTCCTTTCGCTGGATGAAAAGAATCCCCTCTGAAATT  100

seq1  TCTAACGTAGCAAACAAAGTTCGGAGAACATTTCTGATTCCAGCAGGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACGTAGCAAACAAAGTTCGGAGAACATTTCTGATTCCAGCAGGTGG  150

seq1  TCACAGGCATGAGGTTAGGGTGACAGCCAGCAGTGTTGATGTCACTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGCATGAGGTTAGGGTGACAGCCAGCAGTGTTGATGTCACTCAGA  200

seq1  ATCCTGCCAAGGGCCTAGGGATGGGACACTGTTCGCTGTGCTGATAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCCAAGGGCCTAGGGATGGGACACTGTTCGCTGTGCTGATAACTC  250

seq1  ACAAGTGATCTTTCCTTCCTTCTGTGCAGTCCTTGTAGCTAATTTTTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGATCTTTCCTTCCTTCTGTGCAGTCCTTGTAGCTAATTTTTACC  300

seq1  TCTAACAATTCATATTCACTTTCTATTGCCTCAAACAGACTGACACATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACAATTCATATTCACTTTCTATTGCCTCAAACAGACTGACACATGG  350

seq1  GTATCCGATGCTGTGTTCAACCCATGAGTTTTGATAATGTCAGGCATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCGATGCTGTGTTCAACCCATGAGTTTTGATAATGTCAGGCATAAG  400

seq1  TGCAACTAAAGTAGGAGTTAGACCCTAGCTCCAATAGTCTTGGGGTATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTAAAGTAGGAGTTAGACCCTAGCTCCAATAGTCTTGGGGTATCA  450

seq1  GAGACATAGACAGGTCTTTGTGGGCACCTAAAGGCTCATTTATTTCCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATAGACAGGTCTTTGTGGGCACCTAAAGGCTCATTTATTTCCCTA  500

seq1  GAAGTCACTTAATAATTTTTTATGAAAATATGCGTGATGCTAATAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCACTTAATAATTTTTTATGAAAATATGCGTGATGCTAATAAATAA  550

seq1  TAATTTTCTATCCAACTGAATCACACATAATGTAGGTAATACTCAGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCTATCCAACTGAATCACACATAATGTAGGTAATACTCAGCCAC  600

seq1  CTCACTGACTAAAATGGCAAGCTTCACAGTAAAGAGTCTGGGACATTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGACTAAAATGGCAAGCTTCACAGTAAAGAGTCTGGGACATTATC  650

seq1  ACAGTCCCACACCAAAGACACAAAGAAGAACGTGGTGCCTGAGAGCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCCACACCAAAGACACAAAGAAGAACGTGGTGCCTGAGAGCCAGC  700

seq1  CCATCCACAGGAAACATCTCTGATGCTCATAAGGGTACAAGGATCCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACAGGAAACATCTCTGATGCTCATAAGGGTACAAGGATCCAGAA  750

seq1  CCAGGGAGGTGAACATCAAAATCAAAGCTAAGTTTCACTCTGGGACTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAGGTGAACATCAAAATCAAAGCTAAGTTTCACTCTGGGACTGCT  800

seq1  CAAGAAGCAGCACCCAAGGAC-TTAAAAAAGAAGAAGAACTGGATGACAG  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGCAGCACCCAAGGACTTTAAAAAAGAAGAAGAACTGGATGACAG  850

seq1  GAGATATGCATATGTGCACAGATATACACATATGTAGATGCAGCTATCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATGCATATGTGCACAGATATACACATATGTAGATGCAGCTATCTC  900

seq1  -TTAAAGAATAACGTAAGCAAGCAAACAAGAGAGCAAAATGTAATGCCAC  948
       |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAATAACGT-AGCAAGCAAAC-AGAGAGC-AAATGTAATGCCAC  947

seq1  AAAAATTCAGTGTGCTTCCCATGGCAACTTCCAAAAGTCAAATGGCTCTT  998
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCAGTGTGCTT-CCATGGCAACTTCCAAAAGTCAAATGGCTCTT  996

seq1  CCCAGCATAAGT-GACATGAAAGCATTTATGGAAACATGTTGCCTTCTAT  1047
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCATAAGTGGACATG-AAGCATTTATGGAAACATGTTGCCTTCTAT  1045

seq1  TTTCTCTATAAAAAAAAATCATTTTTTCCATTTTATGTTTTTGGTTA-TC  1096
      ||||||||| |||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| ||
seq2  TTTCTCTAT-AAAAAAAATCATTTT---CATTTTATG-TTTTGGTTATTC  1090

seq1  TGTCTCAAGTGCCATTTTAAACTCAAAATAACCAACAAAAAAACTGTATT  1146
      |||||| |||| ||||||||||   |||||  |    |||||||||||||
seq2  TGTCTC-AGTG-CATTTTAAACCTCAAATACAC----AAAAAACTGTATT  1134

seq1  -GGTTAAGTCATTCAAAGGGTGTTCACATATACTTTGCCAAAATAAA  1192
       |||||||||||   |||||| |||| |||| ||||||| |||||||
seq2  GGGTTAAGTCAT--CAAGGGT-TTCA-ATATCCTTTGCC-AAATAAA  1176


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |