BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213E23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 83,155,506 - 83,233,747
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSmoc1, Slc8a3, LOC100042143, LOC100042148, EG214321, Hspe1-ps2, Adam4, 1810020G14Rik, Synj2bp, Adam21, Med6, Ttc9, LOC100041821, Map3k9, Pcnx
Downstream geneSipa1l1, LOC432675, EG666911, Rgs6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213E23.bB6Ng01-213E23.g
ACCGA030874GA030875
length1,119290
definitionB6Ng01-213E23.b B6Ng01-213E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,232,640 - 83,233,747)(83,155,506 - 83,155,795)
sequence
gaattcttgttagtcggcagccatgttacactatttcttcagtatgctct
gtaagggaaaccagcaagtctcctgtcatgttgctgctggccgatctctc
tcccatcttgtttttatgtaactactgtttcctcctgtcctttgttttat
ttttgggcctccagttatcgactctacttcagttcattattttaacttct
gtgtggacggcgaactattgatattttggataattgtctaatgcatcagc
aagtcctgatagcttcatgtcataagagcatcgtaaaatgggtttacctg
cctaacagcaatgattttggaagcctacagagcctatatttaagtctttg
cttaccaacttactggatgtatgatgctgtacatactaatttttccattg
tcagccctcattttctcatttaggaagtagtgataaaatttatccttact
agctgagcacatacctttcatgccaacacttggaagacagagctaggcag
acctctgtgacttagaggccagcctggtctacatattgacttccaggctg
tccaaggctacacagtcaaactctctcaataataatagtgataacaacaa
caacaataaggtgtatcttgcacagtacagaacatacgtcaataacttcc
ttaaaactagctattcaggttgtaagctggttcagtggttaagaacatac
actactgcccttgcagaggacccaagttcagttcccaacagttcacacca
ggttgctcacaactgcctataattccagctccaggggataccaaacttct
ggcttcttcaggcatccatccatgcataccacctcctacgcagtacataa
tttcaaatcataaaaagaaatcttgacaagatgggaagatggctcagtgg
tgaggggtatttgctgttcttgtgcaatatctagttcagttccctgcacc
cacatctgggggctcatggacacccatgagtccagttccaggagactcca
acatcgctgaccacatagttacctcaacacatgtacacacacatcacatc
acacacacatccacacacacacacgggcaggattcttgcttaggtcatgg
gacctctgaatgggcaata
tttgaaattctttttttgtttggattttttgtttgtttgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcaagatagggtttctctgtat
agccctggctgtcctgtaactcactttgtagaccaggctggcctcaaact
cagaaatctgcctgcctctgcctcctgaatgctgggattaaaggcgtatg
ccaccaccgcctggcttctttggaattcttatgtgagtttatttgtttat
ttgcttgcttgcttgcttacttacttgcttgcttgcttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_83232640_83233747
seq2: B6Ng01-213E23.b_45_1163 (reverse)

seq1  TATTGCC--ATCAGAG--TCCATGACCT-AGC-AGA--TCTG-CCGTGTG  41
      |||||||   ||||||   ||||||||| ||| |||   ||| |||||||
seq2  TATTGCCCATTCAGAGGTCCCATGACCTAAGCAAGAATCCTGCCCGTGTG  50

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTG-TGTGTGTGTACATGTG-TGAGGTA  88
      ||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGTGTGGATGTGTGTGTGATGTGATGTGTGTGTACATGTGTTGAGGTA  100

seq1  ACTATGGTGGTCAGCGATGTTGGAGTCTCCTGGAACTGGACTCATGGGTG  138
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAT-GTGGTCAGCGATGTTGGAGTCTCCTGGAACTGGACTCATGGGTG  149

seq1  TCCATGAGCCCCCAGATGTGGGTGCAGGGAACTGAACTAGATATTGCACA  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAGCCCCCAGATGTGGGTGCAGGGAACTGAACTAGATATTGCACA  199

seq1  AGAACAGCAAATACCCCTCACCACTGAGCCATCTTCCCATCTTGTCAAGA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGCAAATACCCCTCACCACTGAGCCATCTTCCCATCTTGTCAAGA  249

seq1  TTTCTTTTTATGATTTGAAATTATGTACTGCGTAGGAGGTGGTATGCATG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTATGATTTGAAATTATGTACTGCGTAGGAGGTGGTATGCATG  299

seq1  GATGGATGCCTGAAGAAGCCAGAAGTTTGGTATCCCCTGGAGCTGGAATT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGCCTGAAGAAGCCAGAAGTTTGGTATCCCCTGGAGCTGGAATT  349

seq1  ATAGGCAGTTGTGAGCAACCTGGTGTGAACTGTTGGGAACTGAACTTGGG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCAGTTGTGAGCAACCTGGTGTGAACTGTTGGGAACTGAACTTGGG  399

seq1  TCCTCTGCAAGGGCAGTAGTGTATGTTCTTAACCACTGAACCAGCTTACA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGCAAGGGCAGTAGTGTATGTTCTTAACCACTGAACCAGCTTACA  449

seq1  ACCTGAATAGCTAGTTTTAAGGAAGTTATTGACGTATGTTCTGTACTGTG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAATAGCTAGTTTTAAGGAAGTTATTGACGTATGTTCTGTACTGTG  499

seq1  CAAGATACACCTTATTGTTGTTGTTGTTATCACTATTATTATTGAGAGAG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATACACCTTATTGTTGTTGTTGTTATCACTATTATTATTGAGAGAG  549

seq1  TTTGACTGTGTAGCCTTGGACAGCCTGGAAGTCAATATGTAGACCAGGCT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGTGTAGCCTTGGACAGCCTGGAAGTCAATATGTAGACCAGGCT  599

seq1  GGCCTCTAAGTCACAGAGGTCTGCCTAGCTCTGTCTTCCAAGTGTTGGCA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTAAGTCACAGAGGTCTGCCTAGCTCTGTCTTCCAAGTGTTGGCA  649

seq1  TGAAAGGTATGTGCTCAGCTAGTAAGGATAAATTTTATCACTACTTCCTA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGTATGTGCTCAGCTAGTAAGGATAAATTTTATCACTACTTCCTA  699

seq1  AATGAGAAAATGAGGGCTGACAATGGAAAAATTAGTATGTACAGCATCAT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAAATGAGGGCTGACAATGGAAAAATTAGTATGTACAGCATCAT  749

seq1  ACATCCAGTAAGTTGGTAAGCAAAGACTTAAATATAGGCTCTGTAGGCTT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAGTAAGTTGGTAAGCAAAGACTTAAATATAGGCTCTGTAGGCTT  799

seq1  CCAAAATCATTGCTGTTAGGCAGGTAAACCCATTTTACGATGCTCTTATG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCATTGCTGTTAGGCAGGTAAACCCATTTTACGATGCTCTTATG  849

seq1  ACATGAAGCTATCAGGACTTGCTGATGCATTAGACAATTATCCAAAATAT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGCTATCAGGACTTGCTGATGCATTAGACAATTATCCAAAATAT  899

seq1  CAATAGTTCGCCGTCCACACAGAAGTTAAAATAATGAACTGAAGTAGAGT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTTCGCCGTCCACACAGAAGTTAAAATAATGAACTGAAGTAGAGT  949

seq1  CGATAACTGGAGGCCCAAAAATAAAACAAAGGACAGGAGGAAACAGTAGT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAACTGGAGGCCCAAAAATAAAACAAAGGACAGGAGGAAACAGTAGT  999

seq1  TACATAAAAACAAGATGGGAGAGAGATCGGCCAGCAGCAACATGACAGGA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAAAACAAGATGGGAGAGAGATCGGCCAGCAGCAACATGACAGGA  1049

seq1  GACTTGCTGGTTTCCCTTACAGAGCATACTGAAGAAATAGTGTAACATGG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGCTGGTTTCCCTTACAGAGCATACTGAAGAAATAGTGTAACATGG  1099

seq1  CTGCCGACTAACAAGAATTC  1108
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGACTAACAAGAATTC  1119

seq1: chr12_83155506_83155795
seq2: B6Ng01-213E23.g_72_361

seq1  TTTGAAATTCTTTTTTTGTTTGGATTTTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATTCTTTTTTTGTTTGGATTTTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGT  50

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTCAAGATAGGGTTTCTCTGTAT  100
      |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCAAGATAGGGTTTCTCTGTAT  100

seq1  AGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACT  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGCTGTCCTGTAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACT  150

seq1  CAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAATGCTGGGATTAAAGGCGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAATGCTGGGATTAAAGGCGTATG  200

seq1  CCACCACCGCCTGGCTTCTTTGGAATTCTTATGTGAGTTTATTTGTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCGCCTGGCTTCTTTGGAATTCTTATGTGAGTTTATTTGTTTAT  250

seq1  TTGCTTGCTTGCTTGCTTACTTACTTGCTTGCTTGCTTGC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGCTTGCTTGCTTACTTACTTGCTTGCTTGCTTGC  290