BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214F12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 96,308,155 - 96,439,644
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039603
Upstream geneLOC217786
Downstream geneLOC667688, Flrt2, 1700019M22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214F12.bB6Ng01-214F12.g
ACCGA031618GA031619
length1,0701,065
definitionB6Ng01-214F12.b B6Ng01-214F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,308,155 - 96,309,223)(96,438,587 - 96,439,644)
sequence
gaattccattacagcagactataaatgcttaaagcagaataaggtgtaga
caaggtgttgtaagtgttgctattagagagcagatgggtaaaaaaagcac
tttcatgtaatatctgagcacagagctgaaggaagtgaggcagaagccct
gcaaaaggagcagaaagagctaatgccttcgggaagaactagcatcctgc
ttctgagagtttccaagggaagcactgactgtgacaaggacactgaaaag
agagtccaggaactctccttgtgggtgcatcagataggacatgaatggat
tgcatttaataaatagggaagtgaccagtgagcagtgatttaaaaagttc
ctgtgacagcatctgaccttcattttaaagagatggctgtggatcttttg
caactagattataaaattaaaggataaattagagacctgggaggtgcctc
taaaagtatccaaaggaactatgatgatacctcccttgttattttctgtt
gacacacaggataaatgtaaagtatgatcttggataatttcaaaatgaag
attagagatttttttttagagtagggtaagcagttaatatttctgttgcc
aaaaagtttgtaaaacttcttgaatttcatggaactacagcataattctt
aaagcttacaaaataatcaaatgtcttttgataaaaaatatggcaatcat
tttttgctacttagttgtttagaaattaaccatctggaattaactaaata
tccatataataaattaattttctcacactaaatatttttaaattgttatt
tttgttgaataagcttattggcttatatattattggtagtgatagatgta
ctagaaaaatagtgcctttaaaatttacataagtttttaaaataatgttt
aaatataaaacagtcaacatttttcttggaaaaagcaattgtagtgggca
actagcaaaatagtaagcctaagttaaatcctattttgtatttatataaa
taaagtgacatccagagacataccggtcttagttgcttagtgttaataac
tgcatgccaagtcgagtttg

gaattcacatgaaacaaaggggataatggattccaggtcctggatgaaag
ttacacaaatgataagtattctgccaccgccctgttctgctttgttttca
tgctcatctccctctgtcccctggaatctgggaccttatctttaggagtt
tagtggaggcattttctcaactgacgctcctttctctgtgataactccag
ctgtgtcaagttgacacaaaactagccagtacagattgtaaaagctagtg
gcagtggattgatgatgacaagaaagcaagttcttcaggacatatcagct
gaccgtatgaactctgtagctgtggcagcctgcacaagatccatactaga
ttaagactgttcatacctagaagaggggaggtaggcataaagttccctac
ctatactaggagtgattggcagttgatagctgctggaagaggaggtatca
gttgtctttaagagtttagactcttggctcaacttgactttggccaatag
gtagtctcagtcagtgattatgagttattgcctctgatagagctgaggca
gatatccagctccagccatggatccttttgtaccacagatgacccaatct
gagagatctcataccctagagctcaggaagtgaactaagaacacatgtcc
cctcaaagccagttcccccacgctggtacccggacatcttctcataagac
agctcacaatcgattctccacataattaccatcctggaaagctaacgtat
tacttccttgcctcattctgggtcactctgcaatgttgttgaagcttccc
tgtaggggaactaagtggcttgattctcataagctattgccctgccttct
tcccagccactgagtcacgacgtaacataagtttatcatggggccttcca
gtcaccaggacatgtctcatgtcttggagagactggttgaaattaaggag
gagtcattgaaccttgatccttgatattttagaatatgttgatatgcatg
ggaggtctttctcttgttttgaggagaaagaaagaaagggggaacgaggt
agaaaggggaggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_96308155_96309223
seq2: B6Ng01-214F12.b_45_1114

seq1  GAATTCCATTACAGCAGACTATAAATGCTTAAAGCAGAATAAGGTGTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTACAGCAGACTATAAATGCTTAAAGCAGAATAAGGTGTAGA  50

seq1  CAAGGTGTTGTAAGTGTTGCTATTAGAGAGCAGATGGGTAAAAAAAGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGTTGTAAGTGTTGCTATTAGAGAGCAGATGGGTAAAAAAAGCAC  100

seq1  TTTCATGTAATATCTGAGCACAGAGCTGAAGGAAGTGAGGCAGAAGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTAATATCTGAGCACAGAGCTGAAGGAAGTGAGGCAGAAGCCCT  150

seq1  GCAAAAGGAGCAGAAAGAGCTAATGCCTTCGGGAAGAACTAGCATCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGGAGCAGAAAGAGCTAATGCCTTCGGGAAGAACTAGCATCCTGC  200

seq1  TTCTGAGAGTTTCCAAGGGAAGCACTGACTGTGACAAGGACACTGAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGAGTTTCCAAGGGAAGCACTGACTGTGACAAGGACACTGAAAAG  250

seq1  AGAGTCCAGGAACTCTCCTTGTGGGTGCATCAGATAGGACATGAATGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCAGGAACTCTCCTTGTGGGTGCATCAGATAGGACATGAATGGAT  300

seq1  TGCATTTAATAAATAGGGAAGTGACCAGTGAGCAGTGATTTAAAAAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTAATAAATAGGGAAGTGACCAGTGAGCAGTGATTTAAAAAGTTC  350

seq1  CTGTGACAGCATCTGACCTTCATTTTAAAGAGATGGCTGTGGATCTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACAGCATCTGACCTTCATTTTAAAGAGATGGCTGTGGATCTTTTG  400

seq1  CAACTAGATTATAAAATTAAAGGATAAATTAGAGACCTGGGAGGTGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGATTATAAAATTAAAGGATAAATTAGAGACCTGGGAGGTGCCTC  450

seq1  TAAAAGTATCCAAAGGAACTATGATGATACCTCCCTTGTTATTTTCTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTATCCAAAGGAACTATGATGATACCTCCCTTGTTATTTTCTGTT  500

seq1  GACACACAGGATAAATGTAAAGTATGATCTTGGATAATTTCAAAATGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACAGGATAAATGTAAAGTATGATCTTGGATAATTTCAAAATGAAG  550

seq1  ATTAGAGATTTTTTTTTAGAGTAGGGTAAGCAGTTAATATTTCTGTTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGATTTTTTTTTAGAGTAGGGTAAGCAGTTAATATTTCTGTTGCC  600

seq1  AAAAAGTTTGTAAAACTTCTTGAATTTCATGGAACTACAGCATAATTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTTGTAAAACTTCTTGAATTTCATGGAACTACAGCATAATTCTT  650

seq1  AAAGCTTACAAAATAATCAAATGTCTTTTGATAAAAAATATGGCAATCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTACAAAATAATCAAATGTCTTTTGATAAAAAATATGGCAATCAT  700

seq1  TTTTTGCTACTTAGTTGTTTAGAAATTAACCATCTGGAATTAACTAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTACTTAGTTGTTTAGAAATTAACCATCTGGAATTAACTAAATA  750

seq1  TCCATATAATAAATTAATTTTCTCACACTAAATATTTTTAAATTGTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATAATAAATTAATTTTCTCACACTAAATATTTTTAAATTGTTATT  800

seq1  TTTGTTGAATAAGCTTATTGGCTTATATATTATTGGTAGTGATAGATGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGAATAAGCTTATTGGCTTATATATTATTGGTAGTGATAGATGTA  850

seq1  CTAGAAAAATAGTGCC-TTAAAATTTACATAAG-TTTTAAAATAATGTTT  898
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAATAGTGCCTTTAAAATTTACATAAGTTTTTAAAATAATGTTT  900

seq1  AAATATAAAACAGTCAACA-TTTTCTTGGAAAAAGCAAATGTAGT-GGCA  946
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AAATATAAAACAGTCAACATTTTTCTTGGAAAAAGCAATTGTAGTGGGCA  950

seq1  ACTAGCAAAATAGTAAAGCCTAAGTTAAATCCTA-TTTGTATTTATATAA  995
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTAGCAAAATAGT-AAGCCTAAGTTAAATCCTATTTTGTATTTATATAA  999

seq1  ATAAAGTGACATCCAGAGACATACCGGTCTTAGGTGCTAAGTGTTTAATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||
seq2  ATAAAGTGACATCCAGAGACATACCGGTCTTAGTTGCTTAGTG-TTAATA  1048

seq1  ACTGCATGCCAAAGTCGAAGTTTG  1069
      |||||||||| |||||| ||||||
seq2  ACTGCATGCC-AAGTCG-AGTTTG  1070


seq1: chr12_96438587_96439644
seq2: B6Ng01-214F12.g_66_1130 (reverse)

seq1  TCACCTCCCC-TTCT-CCTCGTTTCCCCCTTTCTTTCTTTTCTCCTCAAA  48
      |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCACCTCCCCTTTCTACCTCG-TTCCCCCTTTCTTTC-TTTCTCCTCAAA  48

seq1  AC-AGAG-AAGACCTCCCATGCATATCAACATA-TCT-AAATATCAAGGA  94
      || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  ACAAGAGAAAGACCTCCCATGCATATCAACATATTCTAAAATATCAAGGA  98

seq1  TCAAGGTTCAATGACTCCTCCTTAATTTC-ACCAGTCTCTCC-AGACATG  142
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TCAAGGTTCAATGACTCCTCCTTAATTTCAACCAGTCTCTCCAAGACATG  148

seq1  AGACATGTCCTGGTGACTGGAAGGCCCCATGAT-AACTTATGTTACGTCG  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGACATGTCCTGGTGACTGGAAGGCCCCATGATAAACTTATGTTACGTCG  198

seq1  TGACTCAGTGGCTGGGAAGAAGGCAGGGCAATAGCTTATGAGAATCAAGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAGTGGCTGGGAAGAAGGCAGGGCAATAGCTTATGAGAATCAAGC  248

seq1  CACTTAGTTCCCCTACAGGGAAGCTTCAACAACATTGCAGAGTGACCCAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGTTCCCCTACAGGGAAGCTTCAACAACATTGCAGAGTGACCCAG  298

seq1  AATGAGGCAAGGAAGTAATACGTTAGCTTTCCAGGATGGTAATTATGTGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGCAAGGAAGTAATACGTTAGCTTTCCAGGATGGTAATTATGTGG  348

seq1  AGAATCGATTGTGAGCTGTCTTATGAGAAGATGTCCGGGTACCAGCGTGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCGATTGTGAGCTGTCTTATGAGAAGATGTCCGGGTACCAGCGTGG  398

seq1  GGGAACTGGCTTTGAGGGGACATGTGTTCTTAGTTCACTTCCTGAGCTCT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTGGCTTTGAGGGGACATGTGTTCTTAGTTCACTTCCTGAGCTCT  448

seq1  AGGGTATGAGATCTCTCAGATTGGGTCATCTGTGGTACAAAAGGATCCAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATGAGATCTCTCAGATTGGGTCATCTGTGGTACAAAAGGATCCAT  498

seq1  GGCTGGAGCTGGATATCTGCCTCAGCTCTATCAGAGGCAATAACTCATAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAGCTGGATATCTGCCTCAGCTCTATCAGAGGCAATAACTCATAA  548

seq1  TCACTGACTGAGACTACCTATTGGCCAAAGTCAAGTTGAGCCAAGAGTCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACTGAGACTACCTATTGGCCAAAGTCAAGTTGAGCCAAGAGTCT  598

seq1  AAACTCTTAAAGACAACTGATACCTCCTCTTCCAGCAGCTATCAACTGCC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTTAAAGACAACTGATACCTCCTCTTCCAGCAGCTATCAACTGCC  648

seq1  AATCACTCCTAGTATAGGTAGGGAACTTTATGCCTACCTCCCCTCTTCTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTCCTAGTATAGGTAGGGAACTTTATGCCTACCTCCCCTCTTCTA  698

seq1  GGTATGAACAGTCTTAATCTAGTATGGATCTTGTGCAGGCTGCCACAGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGAACAGTCTTAATCTAGTATGGATCTTGTGCAGGCTGCCACAGCT  748

seq1  ACAGAGTTCATACGGTCAGCTGATATGTCCTGAAGAACTTGCTTTCTTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTTCATACGGTCAGCTGATATGTCCTGAAGAACTTGCTTTCTTGT  798

seq1  CATCATCAATCCACTGCCACTAGCTTTTACAATCTGTACTGGCTAGTTTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCAATCCACTGCCACTAGCTTTTACAATCTGTACTGGCTAGTTTT  848

seq1  GTGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCGTCAGTTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCGTCAGTTG  898

seq1  AGAAAATGCCTCCACTAAACTCCTAAAGATAAGGTCCCAGATTCCAGGGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGCCTCCACTAAACTCCTAAAGATAAGGTCCCAGATTCCAGGGG  948

seq1  ACAGAGGGAGATGAGCATGAAAACAAAGCAGAACAGGGCGGTGGCAGAAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGGAGATGAGCATGAAAACAAAGCAGAACAGGGCGGTGGCAGAAT  998

seq1  ACTTATCATTTGTGTAACTTTCATCCAGGACCTGGAATCCATTATCCCCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCATTTGTGTAACTTTCATCCAGGACCTGGAATCCATTATCCCCT  1048

seq1  TTGTTTCATGTGAATTC  1058
      |||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCATGTGAATTC  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |