BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219C09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 9,237,933 - 9,427,617
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1110057K04Rik, Gdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154, Pum2, F730043H23, Sdc1, Laptm4a, Matn3, Wdr35, Ttc32
Downstream geneLOC633030, LOC100042238, Osr1, LOC382567, Nt5c1b, Rdh14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219C09.bB6Ng01-219C09.g
ACCGA035079GA035080
length1,1381,102
definitionB6Ng01-219C09.b B6Ng01-219C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,426,475 - 9,427,617)(9,237,933 - 9,239,044)
sequence
gaattcagttctttgcaatccgttgagctttgttcaatggtcccaaagca
agttcatgtcagtgaagtctctgctcaggtttgagaagtcctgtgctcta
tgatggtaggtaaaggctctatagagtcaagtcactgatgttggttgctt
agatgccatgctgtttgccatgccgttctaggtgactctggccttgctaa
atttctgtctatgttcttttggttactgagtgagaagtgatgagagatgg
aattgtaagtttgtttctctgttcagtccattttttcatatattttaaaa
tcttactgttaatatgagctttcctaagtacattaaattcctaaaataaa
ttactttgtctctaaaagaaagccatattctactgccaaatgacaaaatt
taccaccagtcaaaatctgacatatgaatttcaaaaatgttttgcaaaat
gtatgtcatgtttcctcaaattctgtttctattaaaatgactatcaacag
acatagtttttaggaatctctctctctctctccctctctctctctctctc
tcttctctccctccctccttcccccctccccctccttataaaacaaacaa
ggttttatattaaacagtaaactcataagtattagcataaaactaaggtg
aaggtgattggatacaatacaaagaattaagacacaaattattgctggat
gttatggctcatgcctttagttccagctttcagggaacaaaataaagctc
tgtgagtttgagcctaacctggtctagatggcatgttccaggcagccaga
tctgcatggtgacaccctgactcagaacaaagacacagttcccaccaggc
ctgtggatttgggaatagcttaagttaaatttaaaatagtttacactcaa
tttgtacaactgactttcctcaaaggtaaaatggctgtggagggtggaag
cagaggaaccaaatctagtctaaatgaaaccctagctactttacttagat
atggaattgaacaaaagagttaggaaaaatgaagaaagatactgagagac
ccagaagaaaagaggagaaaggatgaattagtctagggtagatccaagaa
aacacagttgccgttctagtgtaatattctgccagctt
gaattcaataaaacagtatgtgttacatttttgttatagttcttggtaca
taataaatactcaaaaatgtcaacaatacccatctacaatacctggtatt
actaacacaaatagacatttcccagagcacggcatctctgagcacccagt
atccaggtggagatttggaacacaacacatggtcagttaaaggtcaatga
aaaatggaagtccatgacgtcacatggggtatctcaggggaattaacaaa
ggtcagttctctatgggtgagcctacaggtggagtctgaacttactcaga
gaaagccttccttaagctagttcaggaggaagatatataaccaagaagcc
agcagaagggctcttgctggtcacaccaatcgacaagtaggtttctagat
cttgaaactgttccatcctatagcagtgagcagcagagaatggaggaatc
ataggtccacttcatgggaagaggccccacatcttcatcctaggagaggt
cagcctcctggcaccactggatcaggacagctgtccaatcttaaggggta
tggtaggtgcataggattcaagatggcacctggtctccactcagagtcct
tttgtgtctagaaagcaactatttttagggggctaaaatgagatggtggg
gggatgtgagaccaagagataccttcttgatcatgggctggtaggtagta
tttgctgccaccacagttatgatttaggattttgaaggtatctgccttaa
cagttgatccacgggccactggggaggtcaatacgcatgtaccccagcct
tgggcaaaaaaaccaccagtcctaagtggctcaattagatgtccttggac
agttcgtttatgaggtgtgcatttggaaataacctttgttgaatatagat
gctgcaaaacatttttgcttaggaatcttctggcacaatggaccagcgct
ttcccaaactgaactgtggctcctgctcctagtaacttggattctttgta
ctgagctcagaaaccagttacttgtggcaaccagtcaccagctctcatcc
ctttctgcattgagcctgaactcatggaatctgctgcaagttcatctcat
cg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_9426475_9427617
seq2: B6Ng01-219C09.b_47_1184 (reverse)

seq1  AAGCT-GCAGAATATTTCACTAGAACCGC-ACT-TGTTTTCTTGGATCCT  47
      ||||| |||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||| ||
seq2  AAGCTGGCAGAATATTACACTAGAACGGCAACTGTGTTTTCTTGGAT-CT  49

seq1  ACCCTAGACCTTATTCATCCTTTCTCCTCTTTTCTCTTGGGTCCTCTCAG  97
      |||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||
seq2  ACCCTAGA-CTAATTCATCCTTTCTCCTCTTTTCTTCTGGGT-CTCTCAG  97

seq1  TATCTTTCTTCATTTTTCCTAACTTCTTTTGTTTCAATTCCATATCTAAG  147
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTCTTCATTTTTCCTAAC-TCTTTTG-TTCAATTCCATATCTAAG  145

seq1  TAAAGTAGCTTAGGGTTTCATTTTAGACTTAGATTTGGTTCCTCTGCTTC  197
      ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAGC-TAGGGTTTCA-TTTAGAC-TAGATTTGGTTCCTCTGCTTC  192

seq1  CACCCTCCACAGCCATTTTACCTTTGAGGAAAGTCAGTTGTACAAATTGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCCACAGCCATTTTACCTTTGAGGAAAGTCAGTTGTACAAATTGA  242

seq1  GTGTAAACTATTTTAAATTTAACTTAAGCTATTCCCAAATCCACAGGCCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAACTATTTTAAATTTAACTTAAGCTATTCCCAAATCCACAGGCCT  292

seq1  GGTGGGAACTGTGTCTTTGTTCTGAGTCAGGGTGTCACCATGCAGATCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAACTGTGTCTTTGTTCTGAGTCAGGGTGTCACCATGCAGATCTG  342

seq1  GCTGCCTGGAACATGCCATCTAGACCAGGTTAGGCTCAAACTCACAGAGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTGGAACATGCCATCTAGACCAGGTTAGGCTCAAACTCACAGAGC  392

seq1  TTTATTTTGTTCCCTGAAAGCTGGAACTAAAGGCATGAGCCATAACATCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTGTTCCCTGAAAGCTGGAACTAAAGGCATGAGCCATAACATCC  442

seq1  AGCAATAATTTGTGTCTTAATTCTTTGTATTGTATCCAATCACCTTCACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAATTTGTGTCTTAATTCTTTGTATTGTATCCAATCACCTTCACC  492

seq1  TTAGTTTTATGCTAATACTTATGAGTTTACTGTTTAATATAAAACCTTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTTATGCTAATACTTATGAGTTTACTGTTTAATATAAAACCTTGT  542

seq1  TTGTTTTATAAGGAGGGGGAGGGGGGAAGGAGGGAGGGAGAGAAGAGAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTATAAGGAGGGGGAGGGGGGAAGGAGGGAGGGAGAGAAGAGAGA  592

seq1  GAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGATTCCTAAAAACTATGTCTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGATTCCTAAAAACTATGTCTGT  642

seq1  TGATAGTCATTTTAATAGAAACAGAATTTGAGGAAACATGACATACATTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTCATTTTAATAGAAACAGAATTTGAGGAAACATGACATACATTT  692

seq1  TGCAAAACATTTTTGAAATTCATATGTCAGATTTTGACTGGTGGTAAATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAACATTTTTGAAATTCATATGTCAGATTTTGACTGGTGGTAAATT  742

seq1  TTGTCATTTGGCAGTAGAATATGGCTTTCTTTTAGAGACAAAGTAATTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATTTGGCAGTAGAATATGGCTTTCTTTTAGAGACAAAGTAATTTA  792

seq1  TTTTAGGAATTTAATGTACTTAGGAAAGCTCATATTAACAGTAAGATTTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGAATTTAATGTACTTAGGAAAGCTCATATTAACAGTAAGATTTT  842

seq1  AAAATATATGAAAAAATGGACTGAACAGAGAAACAAACTTACAATTCCAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATATGAAAAAATGGACTGAACAGAGAAACAAACTTACAATTCCAT  892

seq1  CTCTCATCACTTCTCACTCAGTAACCAAAAGAACATAGACAGAAATTTAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATCACTTCTCACTCAGTAACCAAAAGAACATAGACAGAAATTTAG  942

seq1  CAAGGCCAGAGTCACCTAGAACGGCATGGCAAACAGCATGGCATCTAAGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCAGAGTCACCTAGAACGGCATGGCAAACAGCATGGCATCTAAGC  992

seq1  AACCAACATCAGTGACTTGACTCTATAGAGCCTTTACCTACCATCATAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACATCAGTGACTTGACTCTATAGAGCCTTTACCTACCATCATAGA  1042

seq1  GCACAGGACTTCTCAAACCTGAGCAGAGACTTCACTGACATGAACTTGCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGACTTCTCAAACCTGAGCAGAGACTTCACTGACATGAACTTGCT  1092

seq1  TTGGGACCATTGAACAAAGCTCAACGGATTGCAAAGAACTGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACCATTGAACAAAGCTCAACGGATTGCAAAGAACTGAATTC  1138

seq1: chr12_9237933_9239044
seq2: B6Ng01-219C09.g_64_1165

seq1  GAATTCAATAAAACAGTATGTGTTACATTTTTGTTATAGTTCTTGGTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAACAGTATGTGTTACATTTTTGTTATAGTTCTTGGTACA  50

seq1  TAATAAATACTCAAAAATGTCAACAATACCCATCTACAATACCTGGTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATACTCAAAAATGTCAACAATACCCATCTACAATACCTGGTATT  100

seq1  ACTAACACAAATAGACATTTCCCAGAGCACGGCATCTCTGAGCACCCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACACAAATAGACATTTCCCAGAGCACGGCATCTCTGAGCACCCAGT  150

seq1  ATCCAGGTGGAGATTTGGAACACAACACATGGTCAGTTAAAGGTCAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGTGGAGATTTGGAACACAACACATGGTCAGTTAAAGGTCAATGA  200

seq1  AAAATGGAAGTCCATGACGTCACATGGGGTATCTCAGGGGAATTAACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAAGTCCATGACGTCACATGGGGTATCTCAGGGGAATTAACAAA  250

seq1  GGTCAGTTCTCTATGGGTGAGCCTACAGGTGGAGTCTGAACTTACTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGTTCTCTATGGGTGAGCCTACAGGTGGAGTCTGAACTTACTCAGA  300

seq1  GAAAGCCTTCCTTAAGCTAGTTCAGGAGGAAGATATATAACCAAGAAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCTTCCTTAAGCTAGTTCAGGAGGAAGATATATAACCAAGAAGCC  350

seq1  AGCAGAAGGGCTCTTGCTGGTCACACCAATCGACAAGTAGGTTTCTAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGGGCTCTTGCTGGTCACACCAATCGACAAGTAGGTTTCTAGAT  400

seq1  CTTGAAACTGTTCCATCCTATAGCAGTGAGCAGCAGAGAATGGAGGAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAACTGTTCCATCCTATAGCAGTGAGCAGCAGAGAATGGAGGAATC  450

seq1  ATAGGTCCACTTCATGGGAAGAGGCCCCACATCTTCATCCTAGGAGAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTCCACTTCATGGGAAGAGGCCCCACATCTTCATCCTAGGAGAGGT  500

seq1  CAGCCTCCTGGCACCACTGGATCAGGACAGCTGTCCAATCTTAAGGGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCCTGGCACCACTGGATCAGGACAGCTGTCCAATCTTAAGGGGTA  550

seq1  TGGTAGGTGCATAGGATTCAAGATGGCACCTGGTCTCCACTCAGAGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGTGCATAGGATTCAAGATGGCACCTGGTCTCCACTCAGAGTCCT  600

seq1  TTTGTGTCTAGAAAGCAACTATTTTTAGGGGGCTAAAATGAGATGGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTCTAGAAAGCAACTATTTTTAGGGGGCTAAAATGAGATGGTGGG  650

seq1  GGGATGTGAGACCAAGAGATACCTTCTTGATCATGGGCTGGTAGGTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTGAGACCAAGAGATACCTTCTTGATCATGGGCTGGTAGGTAGTA  700

seq1  TTTGCTGCCACCACAGTTATGATTTAGGATTTTGAAGGTATCTGCCTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGCCACCACAGTTATGATTTAGGATTTTGAAGGTATCTGCCTTAA  750

seq1  CAG-TGATCCACGGGCCACT-GGGAGGTCAATACGCATGTA-CCCAGCCT  797
      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGTTGATCCACGGGCCACTGGGGAGGTCAATACGCATGTACCCCAGCCT  800

seq1  TGGGCAAAAAAACCA-CAGTCCTAAGTGGCTTCAATTAGATGTCCTTGGA  846
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAAAAAACCACCAGTCCTAAGTGGC-TCAATTAGATGTCCTTGGA  849

seq1  CAGTTCGTTTATGAGGTGTGCATTTGGAAATAACCTTTGTTGAATATAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCGTTTATGAGGTGTGCATTTGGAAATAACCTTTGTTGAATATAGA  899

seq1  TGCTGCAAAAACCATTTTTGCCTAGGAATCTTTCCTGGCACAATGGACCA  946
      ||||||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAAAA--CATTTTTGCTTAGGAATCTT--CTGGCACAATGGACCA  945

seq1  GCGCTTTCCCAAACTGACCTTGTGGCTCCCTGCTCTCTAGTTACCTTGGA  996
      ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||| || ||||||
seq2  GCGCTTTCCCAAACTGAAC-TGTGGCT-CCTGCTC-CTAG-TAACTTGGA  991

seq1  -TCTTTGTACTGAGCTCAGAGAACCAGTTACTTGGTGGCAACACAGTCAC  1045
       ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TTCTTTGTACTGAGCTCAGA-AACCAGTTACTT-GTGGCAAC-CAGTCAC  1038

seq1  CAGCTCTCATCCCCTTCCTGCATGGAAGGCTGAGCCTCATGGATACTGCT  1095
      |||||||||| ||||| |||||| | || ||||  ||||||||  |||||
seq2  CAGCTCTCAT-CCCTTTCTGCATTG-AGCCTGA-ACTCATGGAATCTGCT  1085

seq1  GCATGTTCTACTCATCG  1112
      ||| ||||  |||||||
seq2  GCAAGTTCATCTCATCG  1102