BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219H15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 95,177,259 - 95,202,948
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene2610022K04Rik-ps
Downstream geneEG633639, LOC217786
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219H15.bB6Ng01-219H15.g
ACCGA035302GA035303
length1,151518
definitionB6Ng01-219H15.b B6Ng01-219H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,177,259 - 95,178,426)(95,202,425 - 95,202,948)
sequence
gaattcatttatcatttatttgaaagtgctgtagtacattataaatgatt
ttttggatgcaataatacagagttgtgtttctccctgtatatgaagaggc
tgttgaatgtttaggtagattctagacagtgggaagtgcagaaatttaga
aacatgtttattccacacatacgttttagctgtctctcagatgagtacta
agtgcgattattaaaagtatgagtacatttttaagccttgtgaaaattga
atcttcattaatgatccttgcatgcctcaatatgaagtcagtgaaacatg
tcattgtagaaaaaaatggctttgaatattttagtcaaatttctggcaaa
acaattgggtgtgttatctaacttcacatgaagaggttaagtccgatgat
tttaatattattgcatatattttaagcataagtagaaacccatgaatcta
tactaaagagcatgtttatcctactaatgaatgcacaagaatttccactg
ttaatgtggtcattgtttattttaaatctgcaaagtttaacagttaaaca
ttataaatcccttttattttcaaaaaaaaaaaaggtacaagtgaatgttt
tcttatgtggttggtaaacttcccctattatagcaacttatgaggaaata
gaagaattttcattttaaaatattttatcatgctataggattaatattga
aatatctatagaattacaaaaaagtggcacttctcctactttacctctat
gaatctaatttgagacaataggaccaaaattatgaagccaaattggcagc
ttggtagaacattccaaacaatgtacagatgaccttaaaaagatattttg
atttgggagctctctattatggtagtattatttattttaaaaatagcagc
tttctatatatctagagttctctttggaataaatattaaagaataatgta
tatattgcaaggatagggaaaagacgccactgctaaattttcaacatgtg
tatttactatcatgtgtttggatatagcccaaagctcagactacccacaa
tataacccaaaacatatggactttagagagagacttctatagtgtaacac
cacccacaccactccggcttcaatgctacatccctatacctggtgcattg
a

caggcaactagagtgaggatcttaagcccacacccacagtgacacaccta
ctccaaccaggtcacacctattccaacaaggccacacctccaaatggtgc
cactccctggtccaaggatatacaaaccatcacagtattagattaaagtc
tatgtatactacagcaaaagtcttagatataagtaagtatctaagcatct
ctaatgagtgcattaaaagaagggataagtttaacccaagatttacagca
tcttatttttcaacctgcctataaacttctgtaaaataattgtgcagata
taattaagactttatatttaattactctttggtaaacttgaacatgagac
tcctgtcttgggttgtaaggatgggccaaatataaacactgagtagctta
ttataaatgggatagtagaacataaaactcaaagacctgaaacttacatg
aaatatcaagatttcagagtaattcgaacagggcaagagagagcagggag
aggggggagaggagagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_95177259_95178426
seq2: B6Ng01-219H15.b_43_1193

seq1  GAATTCATTTATCATTTATTTGAAAGTGCTGTAGTACATTATAAATGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTATCATTTATTTGAAAGTGCTGTAGTACATTATAAATGATT  50

seq1  TTTTGGATGCAATAATACAGAGTTGTGTTTCTCCCTGTATATGAAGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGATGCAATAATACAGAGTTGTGTTTCTCCCTGTATATGAAGAGGC  100

seq1  TGTTGAATGTTTAGGTAGATTCTAGACAGTGGGAAGTGCAGAAATTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAATGTTTAGGTAGATTCTAGACAGTGGGAAGTGCAGAAATTTAGA  150

seq1  AACATGTTTATTCCACACATACGTTTTAGCTGTCTCTCAGATGAGTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTTTATTCCACACATACGTTTTAGCTGTCTCTCAGATGAGTACTA  200

seq1  AGTGCGATTATTAAAAGTATGAGTACATTTTTAAGCCTTGTGAAAATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCGATTATTAAAAGTATGAGTACATTTTTAAGCCTTGTGAAAATTGA  250

seq1  ATCTTCATTAATGATCCTTGCATGCCTCAATATGAAGTCAGTGAAACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCATTAATGATCCTTGCATGCCTCAATATGAAGTCAGTGAAACATG  300

seq1  TCATTGTAGAAAAAAATGGCTTTGAATATTTTAGTCAAATTTCTGGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTAGAAAAAAATGGCTTTGAATATTTTAGTCAAATTTCTGGCAAA  350

seq1  ACAATTGGGTGTGTTATCTAACTTCACATGAAGAGGTTAAGTCCGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGGGTGTGTTATCTAACTTCACATGAAGAGGTTAAGTCCGATGAT  400

seq1  TTTAATATTATTGCATATATTTTAAGCATAAGTAGAAACCCATGAATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTATTGCATATATTTTAAGCATAAGTAGAAACCCATGAATCTA  450

seq1  TACTAAAGAGCATGTTTATCCTACTAATGAATGCACAAGAATTTCCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAGAGCATGTTTATCCTACTAATGAATGCACAAGAATTTCCACTG  500

seq1  TTAATGTGGTCATTGTTTATTTTAAATCTGCAAAGTTTAACAGTTAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTGGTCATTGTTTATTTTAAATCTGCAAAGTTTAACAGTTAAACA  550

seq1  TTATAAATCCCTTTTATTTTCAAAAAAAAAAAAGGTACAAGTGAATGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATCCCTTTTATTTTCAAAAAAAAAAAAGGTACAAGTGAATGTTT  600

seq1  TCTTATGTGGTTGGTAAACTTCCCCTATTATAGCAACTTATGAGGAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGTGGTTGGTAAACTTCCCCTATTATAGCAACTTATGAGGAAATA  650

seq1  GAAGAATTTTCATTTTAAAATATTTTATCATGCTATAGGATTAATATTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATTTTCATTTTAAAATATTTTATCATGCTATAGGATTAATATTGA  700

seq1  AATATCTATAGAATTACAAAAAAGTGGCACTTCTCCTACTTTACCTCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTATAGAATTACAAAAAAGTGGCACTTCTCCTACTTTACCTCTAT  750

seq1  GAATCTAATTTGAGACAATAGGACCAAAATTATGAAGCCAAATTGGCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTAATTTGAGACAATAGGACCAAAATTATGAAGCCAAATTGGCAGC  800

seq1  TTGGTAGAACATTCCAAACAATGTACAGATGACCTTAAAAAGATATTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGAACATTCCAAACAATGTACAGATGACCTTAAAAAGATATTTTG  850

seq1  ATTTGGGAGCTCTCTATTATGGTAGTATTATTTATTTTAAAAATAGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGAGCTCTCTATTATGGTAGTATTATTTATTTTAAAAATAGCAGC  900

seq1  TTTCTATATATCTAGAGTTCTCTTTGGAATAAATATTAAAGAATAATGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATATATCTAGAGTTCTCTTTGGAATAAATATTAAAGAATAATGTA  950

seq1  TATATTGCAAGGATAGGGAAAAGACGCCACTGCTAAATTTTCAACATGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGCAAGGATAGGGAAAAGACGCCACTGCTAAATTTTCAACATGTG  1000

seq1  TATTTACTATCATGTTGTTTGGATATTAGCCCAAAAGCTCAGACTACCCA  1050
      |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  TATTTACTATCATG-TGTTTGGATA-TAGCCC-AAAGCTCAGACTACCCA  1047

seq1  CAATATAACCCAAAAACCATATGGACCTTAAGAAGAAGGAAGACTTCTAT  1100
      |||||||||||||||  ||||||||| |||      ||  ||||||||||
seq2  CAATATAACCCAAAA--CATATGGACTTTA-----GAGAGAGACTTCTAT  1090

seq1  AAGGGTGTAACACCCACCCACA-CACTCCCGCCTCCATGCCCTAACATTC  1149
      |   |||||||| ||||||||| |||||| || || ||||    ||||  
seq2  A---GTGTAACA-CCACCCACACCACTCCGGCTTCAATGC---TACAT--  1131

seq1  CCCTATA-CTGGTGCATTGA  1168
      ||||||| ||||||||||||
seq2  CCCTATACCTGGTGCATTGA  1151


seq1: chr12_95202425_95202948
seq2: B6Ng01-219H15.g_66_589 (reverse)

seq1  TTCTCTCCTCTCCCCCCTCTCCCTGCTCTCTCTTGCCCTGTTCGAATTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCCTCTCCCCCCTCTCCCTGCTCTCTCTTGCCCTGTTCGAATTAC  50

seq1  TCTGAAATCTTGATATTTCATGTAAGTTTCAGGTCTTTGAGTTTTATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATCTTGATATTTCATGTAAGTTTCAGGTCTTTGAGTTTTATGTT  100

seq1  CTACTATCCCATTTATAATAAGCTACTCAGTGTTTATATTTGGCCCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATCCCATTTATAATAAGCTACTCAGTGTTTATATTTGGCCCATCC  150

seq1  TTACAACCCAAGACAGGAGTCTCATGTTCAAGTTTACCAAAGAGTAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAACCCAAGACAGGAGTCTCATGTTCAAGTTTACCAAAGAGTAATTA  200

seq1  AATATAAAGTCTTAATTATATCTGCACAATTATTTTACAGAAGTTTATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAGTCTTAATTATATCTGCACAATTATTTTACAGAAGTTTATAG  250

seq1  GCAGGTTGAAAAATAAGATGCTGTAAATCTTGGGTTAAACTTATCCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTGAAAAATAAGATGCTGTAAATCTTGGGTTAAACTTATCCCTTC  300

seq1  TTTTAATGCACTCATTAGAGATGCTTAGATACTTACTTATATCTAAGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGCACTCATTAGAGATGCTTAGATACTTACTTATATCTAAGACT  350

seq1  TTTGCTGTAGTATACATAGACTTTAATCTAATACTGTGATGGTTTGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGTAGTATACATAGACTTTAATCTAATACTGTGATGGTTTGTATA  400

seq1  TCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATA  450

seq1  GGTGTGACCTGGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGACCTGGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTAAGAT  500

seq1  CCTCACTCTAGTTGCCTGGAATTC  524
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTCTAGTTGCCTGGAATTC  524


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |