BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220N21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 68,047,370 - 68,191,583
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMdga2
Upstream geneLOC100040700, EG238217
Downstream geneLOC100040745, LOC100040681
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220N21.bB6Ng01-220N21.g
ACCGA036317GA036318
length1,1191,176
definitionB6Ng01-220N21.b B6Ng01-220N21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,190,469 - 68,191,583)(68,047,370 - 68,048,535)
sequence
gaattcttcaatggcacagtagcattgattctcctgtgtcaacagctggt
gtattatgtgacagttgcacatttaaaggaactcctttttctagatttca
cggttcttaaattcttctacaatctcatgacctctattccacttcttgct
ttccttcatggattctccaattaaaaatgttattctctgtagagtggtct
ataaggttgaattacctgcttagagtaagcgccacattttactactgaag
gatgccaaaaagtgtctacttctatgtgactacactttagtctactatgt
gactaccctttagacaaggttttatatatataaaaaggaatttagaaaaa
ttttaggtaaggctatgtaagatttcaataaacttgttaatttaaagtaa
aaagctagctgttaacatcttgtaaataggttcttattagctctgcatta
tcttgtttgaaatttttccctttataaatttctcagtgacttattaaaat
aatattaacatattctggttattatatttttaacattacaaattgttgga
attttgactgtgtaagtaaatactaaatagagtgtagtgaactcatattc
agtgacaaagtgtttgggactcccattacttccagcaatgtaaaaatcac
agggaactcctcttacagaagggacagaaagcagagctagtcaatggctt
tctttgtgttgtattgatatttatattacgtttgtatatgaaatacacag
ggatgcagatgtggttcataaatacaaaactatatgctgaagaagcaaca
ttaattatgtatttaataatacattttcatatctcattgggtaatttcta
tttacctatgtccttgtaaattaaatgattagattaagttggttatcttg
ttcttcatcatcaccctttatattctcattgaacttgagagggaagacat
gttcttaccctccagagagccacattatttacttggttcattggatagtt
agagatatgggcacacacatagctttgctgtggtgctgaccgtgaccctg
tctttgcattgctgaatactgcagctgttattctaggaggataggaactt
gagaccctattatgaggaa

gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtgagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaggcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaattggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatccagaagaagccccaactggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaaactggaaagaacccagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatctacacaagg
gaaggaatttagatacaagtcacaataccctatttcaaaaatctctatca
tgtaaataacaggttactgaaccatagtgttttattgattatgggtgaat
catattagttaaagctattgaaaattaaccattttgctcaatcgataatc
attaatacttctgcaaaacttaactcttacacatctaccacacaactaag
tatagctgctgttcattttactctgtagcttttcttcccaagtgaaatgc
cattatgtaaacaaccaatgcaattcagactcttgctttatgtttgcaat
ggctatcaaattataaatactgcatcttctattttgagtaaagaatgtga
ggacatggatttattgtatggaagtattgctatgctattactgatacaat
tatgatatttaaaaattaatgcacaagttactttgaaacactgatatccc
cagtgcggtgaaaggaaaacactaagccattttcatttaagattattaaa
ccctaaatgcattattcaaagatccaaaacaccccagctacttatttaga
attactaatcttcttttattcatctaaataaaagccactgacttttattt
caggcataatttgccatcactcaacagaattaatatatttttcctcataa
aatattacatcaccgattttaatcatggcagcttaaggtacagttttaaa
atttctaaacggataatctcaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_68190469_68191583
seq2: B6Ng01-220N21.b_49_1167 (reverse)

seq1  TTCCTCA------------AAGTTCCTATTCCTCTTAGAATAACAAGCTT  38
      |||||||            ||||||||| ||||| ||||||||| |||| 
seq2  TTCCTCATAATAGGGTCTCAAGTTCCTA-TCCTCCTAGAATAAC-AGCT-  47

seq1  GCCAGGTATCAGCAATGGCAAAGACAGGGTCCACGGTCAGCCACACAGCA  88
        |||   |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||| 
seq2  -GCAGTATTCAGCAAT-GCAAAGACAGGGT-CACGGTCAGCACCACAGC-  93

seq1  AAAGCTATGTGTGTGCCCATATCTCTAACTATTCCAATGAACCAAGTAAA  138
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTATGTGTGTGCCCATATCTCTAACTA-TCCAATGAACCAAGTAAA  142

seq1  TAATGTGGCTCTCTGGAGGGTAAGAACATGTCTTCCCTCTCAAGTTCAAT  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGGCTCTCTGGAGGGTAAGAACATGTCTTCCCTCTCAAGTTCAAT  192

seq1  GAGAATATAAAGGGTGATGATGAAGAACAAGATAACCAACTTAATCTAAT  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATATAAAGGGTGATGATGAAGAACAAGATAACCAACTTAATCTAAT  242

seq1  CATTTAATTTACAAGGACATAGGTAAATAGAAATTACCCAATGAGATATG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATTTACAAGGACATAGGTAAATAGAAATTACCCAATGAGATATG  292

seq1  AAAATGTATTATTAAATACATAATTAATGTTGCTTCTTCAGCATATAGTT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATTATTAAATACATAATTAATGTTGCTTCTTCAGCATATAGTT  342

seq1  TTGTATTTATGAACCACATCTGCATCCCTGTGTATTTCATATACAAACGT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTATGAACCACATCTGCATCCCTGTGTATTTCATATACAAACGT  392

seq1  AATATAAATATCAATACAACACAAAGAAAGCCATTGACTAGCTCTGCTTT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAATATCAATACAACACAAAGAAAGCCATTGACTAGCTCTGCTTT  442

seq1  CTGTCCCTTCTGTAAGAGGAGTTCCCTGTGATTTTTACATTGCTGGAAGT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTTCTGTAAGAGGAGTTCCCTGTGATTTTTACATTGCTGGAAGT  492

seq1  AATGGGAGTCCCAAACACTTTGTCACTGAATATGAGTTCACTACACTCTA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAGTCCCAAACACTTTGTCACTGAATATGAGTTCACTACACTCTA  542

seq1  TTTAGTATTTACTTACACAGTCAAAATTCCAACAATTTGTAATGTTAAAA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTATTTACTTACACAGTCAAAATTCCAACAATTTGTAATGTTAAAA  592

seq1  ATATAATAACCAGAATATGTTAATATTATTTTAATAAGTCACTGAGAAAT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATAACCAGAATATGTTAATATTATTTTAATAAGTCACTGAGAAAT  642

seq1  TTATAAAGGGAAAAATTTCAAACAAGATAATGCAGAGCTAATAAGAACCT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGGGAAAAATTTCAAACAAGATAATGCAGAGCTAATAAGAACCT  692

seq1  ATTTACAAGATGTTAACAGCTAGCTTTTTACTTTAAATTAACAAGTTTAT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAAGATGTTAACAGCTAGCTTTTTACTTTAAATTAACAAGTTTAT  742

seq1  TGAAATCTTACATAGCCTTACCTAAAATTTTTCTAAATTCCTTTTTATAT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTTACATAGCCTTACCTAAAATTTTTCTAAATTCCTTTTTATAT  792

seq1  ATATAAAACCTTGTCTAAAGGGTAGTCACATAGTAGACTAAAGTGTAGTC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAACCTTGTCTAAAGGGTAGTCACATAGTAGACTAAAGTGTAGTC  842

seq1  ACATAGAAGTAGACACTTTTTGGCATCCTTCAGTAGTAAAATGTGGCGCT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAAGTAGACACTTTTTGGCATCCTTCAGTAGTAAAATGTGGCGCT  892

seq1  TACTCTAAGCAGGTAATTCAACCTTATAGACCACTCTACAGAGAATAACA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTAAGCAGGTAATTCAACCTTATAGACCACTCTACAGAGAATAACA  942

seq1  TTTTTAATTGGAGAATCCATGAAGGAAAGCAAGAAGTGGAATAGAGGTCA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATTGGAGAATCCATGAAGGAAAGCAAGAAGTGGAATAGAGGTCA  992

seq1  TGAGATTGTAGAAGAATTTAAGAACCGTGAAATCTAGAAAAAGGAGTTCC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTGTAGAAGAATTTAAGAACCGTGAAATCTAGAAAAAGGAGTTCC  1042

seq1  TTTAAATGTGCAACTGTCACATAATACACCAGCTGTTGACACAGGAGAAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGTGCAACTGTCACATAATACACCAGCTGTTGACACAGGAGAAT  1092

seq1  CAATGCTACTGTGCCATTGAAGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTACTGTGCCATTGAAGAATTC  1119


seq1: chr12_68047370_68048535
seq2: B6Ng01-220N21.g_66_1241

seq1  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50

seq1  TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGAT  100

seq1  TCCACCTCACACCAGTGAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCACACCAGTGAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150

seq1  AGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  200

seq1  GGATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA  250

seq1  GAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGC  300

seq1  ATATATCCAGAAGAAGCCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCCAGAAGAAGCCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTAT  350

seq1  GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAACTGGAAAGAACCCAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAACTGGAAAGAACCCAGAT  400

seq1  GCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAAGG  450

seq1  GAAGGAATTTAGATACAAGTCACAATACCCTATTTCAAAAATCTCTATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAATTTAGATACAAGTCACAATACCCTATTTCAAAAATCTCTATCA  500

seq1  TGTAAATAACAGGTTACTGAACCATAGTGTTTTATTGATTATGGGTGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATAACAGGTTACTGAACCATAGTGTTTTATTGATTATGGGTGAAT  550

seq1  CATATTAGTTAAAGCTATTGAAAATTAACCATTTTGCTCAATCGATAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTAGTTAAAGCTATTGAAAATTAACCATTTTGCTCAATCGATAATC  600

seq1  ATTAATACTTCTGCAAAACTTAACTCTTACACATCTACCACACAACTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATACTTCTGCAAAACTTAACTCTTACACATCTACCACACAACTAAG  650

seq1  TATAGCTGCTGTTCATTTTACTCTGTAGCTTTTCTTCCCAAGTGAAATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTGCTGTTCATTTTACTCTGTAGCTTTTCTTCCCAAGTGAAATGC  700

seq1  CATTATGTAAACAACCAATGCAATTCAGACTCTTGCTTTATGTTTGCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGTAAACAACCAATGCAATTCAGACTCTTGCTTTATGTTTGCAAT  750

seq1  GGCTATCAAATTATAAATACTGCATCTTCTATTTTGAGTAAAGAATGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCAAATTATAAATACTGCATCTTCTATTTTGAGTAAAGAATGTGA  800

seq1  GGACATGGATTTATTGTATGGAAGTATTGCTATGCTATTACTGATACAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGATTTATTGTATGGAAGTATTGCTATGCTATTACTGATACAAT  850

seq1  TATGATATTTAAAAATTAATGCACAAGTTACTTTGAAACACTGATATCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATTTAAAAATTAATGCACAAGTTACTTTGAAACACTGATATCCC  900

seq1  CAGTGCGGTG-AAGGAAAACACTAAGCCATTTTCATTTAAGATTATTAAA  949
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCGGTGAAAGGAAAACACTAAGCCATTTTCATTTAAGATTATTAAA  950

seq1  -CCTAAATGCATTATTCAAAGATCCAAAACACCCAAGCTACTTATTTAGA  998
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCCTAAATGCATTATTCAAAGATCCAAAACACCCCAGCTACTTATTTAGA  1000

seq1  ATTACTAATC-TCTTTTATTCATCTAAATAAAAG-CACTGACTCT--ATT  1044
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |   ||
seq2  ATTACTAATCTTCTTTTATTCATCTAAATAAAAGCCACTGACTTTTATTT  1050

seq1  CAGGCATAAATTGCATTCAATTCAAAACAGAATTTAATATATTTT--CTC  1092
      ||||||||| ||||  |||   |  ||||||| ||||||||||||  |||
seq2  CAGGCATAATTTGCCATCA---CTCAACAGAA-TTAATATATTTTTCCTC  1096

seq1  ATAAAATATTAACATCACAATAATTAATCAT-GCAACCTTAGGTACA-TT  1140
      |||||||||| |||||||     |||||||| ||| | | ||||||| ||
seq2  ATAAAATATT-ACATCACCGATTTTAATCATGGCAGCTTAAGGTACAGTT  1145

seq1  TTAATA-TTCTAA--GGAGAA--TCAGGGGG  1166
      |||| | ||||||  ||| ||  ||||||||
seq2  TTAAAATTTCTAAACGGATAATCTCAGGGGG  1176


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |