BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226E22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 18,726,055 - 18,831,121
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668558
Upstream geneHpcal1, EG668525, LOC673341, EG245297, LOC100042573, LOC668539, LOC100043324, LOC636282, EG632781, LOC668541, LOC673160, 5730507C01Rik, EG668553
Downstream geneLOC100042641, LOC668568, LOC668570, EG668413, LOC671401, EG546524, EG668584, EG544848, EG627871, LOC100042698, LOC629055, EG668588, LOC100042706, EG668594
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226E22.bB6Ng01-226E22.g
ACCGA040282GA040283
length1,1641,113
definitionB6Ng01-226E22.b B6Ng01-226E22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,829,946 - 18,831,121)(18,726,055 - 18,727,179)
sequence
gaattcttcatgtgttttccccatcaaaacatgtctgtttcattctcttt
taaagggcacccatcagtcatttaacaggaaaaaagatgtctcagtctgt
ggcttcccaggcgattcaccttcaacagtgtgtgtgcacagaatctttta
agatctgaaaacatgccccagagattcccacaggcacctgagagcagggg
ctgtcctgacagagcattacagaggtgacatcagaattctcagcatcctt
tactcacagatgttgtctggcagggaagcagtcataggcagcctgcttgt
tctgtcaggaaagaaagacagacacaatgtgtttccccaggctagctcac
tgggtaagacacaatgtgttaagctgggcagttgtggcacaggcctttag
tcccagcacttgggaggcagaggcagaggcaggctgatttcttagtttga
ggtcagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccaggactatacaga
gaaaccctgtctccaaaaaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacac
aatgtgtttccccaggctagctcactgttggagcatcatgctctcaggat
ggtctccactcttttgggggacaactctccactcagtccccaggattaat
aaagacacctaaggcagatggaatgaaaggagatagaataaactccagac
tgttccctgggcctctgataccttcaccctatgtatcttaatcagtcttc
cagttgagggttccctggacacccgttccacactccactcgattgtgtat
cggctgggagagcccagaggccaagagcacaagttggataccggctttcc
tcactgaccttgtgatcagaccctttttcagggtttcatggaaaagcacg
gtcccttatctgatacagaagaagcccagaaattgaggttacatgctgtt
ctcaagagcatgttgtcctgactgcctctaccaccacacaaggacatcaa
tcaacactacatctactaggattgagactctaagaggagccccctcgatc
agttctcaagacatagcgacacccagactcacgacagacgagccttgtgc
aaaccacatgagctttattcgggaagcaagccttggacgactcatattcc
cacgcaggttagag

gaattcatcaggtatcctgaaggtcagccctagtggataaaaggttggtt
ggcttctgttaagtgcagaagatcatgtgataatctgggttcaaggcatt
ctttttggtttttgttttctcgagacagagtctcactatgtagccctggc
tgacctagaactcactatggtgatcaagctgacctcaaactcacagagat
ctacctgcctctgcctctcatgtgcagggattcaaggcatgtaccttgca
tggattatgcatggatttcaaaatgttctttcatttcatttcttgaagtg
gtttggtgactttccatgagcagacaacctgagtttgatcctgtgaccta
aatcatgggaagatagagcaaccaattcctgcaagctgccctctgatctc
atgttagggcaaatgcacactcccttatatgtatgctccagccccccctt
cccaaacactaattgtgtaatgataaataaagaaggaactggggatggag
agaaggctcagtggttaaaagcaatgactgctcttccaggggtcctgagt
tcaatttccagcaaccacatggtggcttgaaaccatctgtaatggggtct
gatgccctcttctagtgtgtctgaagacagctacattgtactcatataca
tacaatagatacacctttaaaaagaaataaagcaggaactgaatgaggaa
atgcctgagtcaatagactatggttcaatctctgggtacaagcaaggttg
gaggagaagtgaggcagcacagtcaggcattctgggccatgaaggatctc
ttagagcatattgaagaatttagtgtttattcgtagactgtagggagacc
ctggaagatattgagccacttaaaactacatttgctttttagaaggatca
ctatgggaaagagtctggcacccagtaaacagggtgattggaaagttcat
taacccaggagatggggaagatttattataaataacacttgcagatgaga
tagacctaaatgataggcacagtgggaaatgagggctcagacacagtgcc
cgcagataattaaactgaatatcatccatgacacatggatcgttgcaact
gatgtcatagttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_18829946_18831121
seq2: B6Ng01-226E22.b_45_1208 (reverse)

seq1  CTCTACCCCTGCGTGGG-ATATGAGTCGTCCCCAGAGCTCTGGCTTTCCC  49
      |||||  |||||||||| |||||||||||||    |   || ||||  ||
seq2  CTCTA-ACCTGCGTGGGAATATGAGTCGTCC----AAGGCTTGCTT--CC  43

seq1  CGAATAAAGCCTCATGTGGTTTGCAACAAGCTCGGTCTGTCGTGAGTTCT  99
      ||||||||| |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||   
seq2  CGAATAAAG-CTCATGTGGTTTGCACAAGGCTC-GTCTGTCGTGAGT--C  89

seq1  TGGGTGTCCGCTATTGTCCTGAGGACTGATCGA-GGGGCTCCTCTTAGAG  148
      ||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGGGTGT-CGCTA-TGTCTTGAGAACTGATCGAGGGGGCTCCTCTTAGAG  137

seq1  TCTTCCAATCTTAGTGGTGTTGGTGTTG-TTGGTGTCCTTGTTGTTGGTG  197
      |||  ||||| |||| |   | |||||| ||| |||||||||   |||||
seq2  TCT--CAATCCTAGTAGATGTAGTGTTGATTGATGTCCTTGT--GTGGTG  183

seq1  GTAGAGGCAGTCAGGACAACATGCTCTTGAGAACAGCATGTAACCTCAA-  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAGAGGCAGTCAGGACAACATGCTCTTGAGAACAGCATGTAACCTCAAT  233

seq1  TTCTGGGCTTCTTCTGTATCAGATAAGGGACCGTGC-TTTCCATGAAACC  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCTGGGCTTCTTCTGTATCAGATAAGGGACCGTGCTTTTCCATGAAACC  283

seq1  CTGAAAAAGGGTCTGATCACAAGGTCAGTGAGGAAAGCCGGTATCCAACT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAAGGGTCTGATCACAAGGTCAGTGAGGAAAGCCGGTATCCAACT  333

seq1  TGTGCTCTTGGCCTCTGGGCTCTCCCAGCCGATACACAATCGAGTGGAGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCTTGGCCTCTGGGCTCTCCCAGCCGATACACAATCGAGTGGAGT  383

seq1  GTGGAACGGGTGTCCAGGGAACCCTCAACTGGAAGACTGATTAAGATACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAACGGGTGTCCAGGGAACCCTCAACTGGAAGACTGATTAAGATACA  433

seq1  TAGGGTGAAGGTATCAGAGGCCCAGGGAACAGTCTGGAGTTTATTCTATC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGAAGGTATCAGAGGCCCAGGGAACAGTCTGGAGTTTATTCTATC  483

seq1  TCCTTTCATTCCATCTGCCTTAGGTGTCTTTATTAATCCTGGGGACTGAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCATTCCATCTGCCTTAGGTGTCTTTATTAATCCTGGGGACTGAG  533

seq1  TGGAGAGTTGTCCCCCAAAAGAGTGGAGACCATCCTGAGAGCATGATGCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGTTGTCCCCCAAAAGAGTGGAGACCATCCTGAGAGCATGATGCT  583

seq1  CCAACAGTGAGCTAGCCTGGGGAAACACATTGTGTCTTTTTTTTTTTTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGTGAGCTAGCCTGGGGAAACACATTGTGTCTTTTTTTTTTTTTT  633

seq1  TTTTTTTTTGGTTTTTTGGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTGGTTTTTTGGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGT  683

seq1  CCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGACCTCAAACTAAGAAATCAGCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGACCTCAAACTAAGAAATCAGCC  733

seq1  TGCCTCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCCTGTGCCACAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCCTGTGCCACAA  783

seq1  CTGCCCAGCTTAACACATTGTGTCTTACCCAGTGAGCTAGCCTGGGGAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCAGCTTAACACATTGTGTCTTACCCAGTGAGCTAGCCTGGGGAAA  833

seq1  CACATTGTGTCTGTCTTTCTTTCCTGACAGAACAAGCAGGCTGCCTATGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGTGTCTGTCTTTCTTTCCTGACAGAACAAGCAGGCTGCCTATGA  883

seq1  CTGCTTCCCTGCCAGACAACATCTGTGAGTAAAGGATGCTGAGAATTCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCCTGCCAGACAACATCTGTGAGTAAAGGATGCTGAGAATTCTG  933

seq1  ATGTCACCTCTGTAATGCTCTGTCAGGACAGCCCCTGCTCTCAGGTGCCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACCTCTGTAATGCTCTGTCAGGACAGCCCCTGCTCTCAGGTGCCT  983

seq1  GTGGGAATCTCTGGGGCATGTTTTCAGATCTTAAAAGATTCTGTGCACAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAATCTCTGGGGCATGTTTTCAGATCTTAAAAGATTCTGTGCACAC  1033

seq1  ACACTGTTGAAGGTGAATCGCCTGGGAAGCCACAGACTGAGACATCTTTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTTGAAGGTGAATCGCCTGGGAAGCCACAGACTGAGACATCTTTT  1083

seq1  TTCCTGTTAAATGACTGATGGGTGCCCTTTAAAAGAGAATGAAACAGACA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTAAATGACTGATGGGTGCCCTTTAAAAGAGAATGAAACAGACA  1133

seq1  TGTTTTGATGGGGAAAACACATGAAGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGATGGGGAAAACACATGAAGAATTC  1164


seq1: chr12_18726055_18727179
seq2: B6Ng01-226E22.g_66_1178

seq1  GAATTCATCAGGTATCCTGAAGGTCAGCCCTAGTGGATAAAAGGTTGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGGTATCCTGAAGGTCAGCCCTAGTGGATAAAAGGTTGGTT  50

seq1  GGCTTCTGTTAAGTGCAGAAGATCATGTGATAATCTGGGTTCAAGGCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGTTAAGTGCAGAAGATCATGTGATAATCTGGGTTCAAGGCATT  100

seq1  CTTTTTGGTTTTTGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGCCCTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGGTTTTTGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGCCCTGGC  150

seq1  TGACCTAGAACTCACTATGGTGATCAAGCTGACCTCAAACTCACAGAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTAGAACTCACTATGGTGATCAAGCTGACCTCAAACTCACAGAGAT  200

seq1  CTACCTGCCTCTGCCTCTCATGTGCAGGGATTCAAGGCATGTACCTTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGCCTCTGCCTCTCATGTGCAGGGATTCAAGGCATGTACCTTGCA  250

seq1  TGGATTATGCATGGATTTCAAAATGTTCTTTCATTTCATTTCTTGAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTATGCATGGATTTCAAAATGTTCTTTCATTTCATTTCTTGAAGTG  300

seq1  GTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGACAACCTGAGTTTGATCCTGTGACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGACAACCTGAGTTTGATCCTGTGACCTA  350

seq1  AATCATGGGAAGATAGAGCAACCAATTCCTGCAAGCTGCCCTCTGATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGGGAAGATAGAGCAACCAATTCCTGCAAGCTGCCCTCTGATCTC  400

seq1  ATGTTAGGGCAAATGCACACTCCCTTATATGTATGCTCCAGCCCCCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGGGCAAATGCACACTCCCTTATATGTATGCTCCAGCCCCCCCTT  450

seq1  CCCAAACACTAATTGTGTAATGATAAATAAAGAAGGAACTGGGGATGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACACTAATTGTGTAATGATAAATAAAGAAGGAACTGGGGATGGAG  500

seq1  AGAAGGCTCAGTGGTTAAAAGCAATGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCTCAGTGGTTAAAAGCAATGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGT  550

seq1  TCAATTTCCAGCAACCACATGGTGGCTTGAAACCATCTGTAATGGGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTCCAGCAACCACATGGTGGCTTGAAACCATCTGTAATGGGGTCT  600

seq1  GATGCCCTCTTCTAGTGTGTCTGAAGACAGCTACATTGTACTCATATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCTCTTCTAGTGTGTCTGAAGACAGCTACATTGTACTCATATACA  650

seq1  TACAATAGATACACCTTTAAAAAGAAATAAAGCAGGAACTGAATGAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAGATACACCTTTAAAAAGAAATAAAGCAGGAACTGAATGAGGAA  700

seq1  ATGCCTGAGTCAATAGACTATGGTTCAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGAGTCAATAGACTATGGTTCAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTG  750

seq1  GAGGAGAAGTGAGGCAGCACAGTCAGGCATTCTGGGCCATGAAGGATCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAAGTGAGGCAGCACAGTCAGGCATTCTGGGCCATGAAGGATCTC  800

seq1  TTAGAGCATATTGAAGAATTTAGTGTTTATTCGTAGACTGTAGGGAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCATATTGAAGAATTTAGTGTTTATTCGTAGACTGTAGGGAGACC  850

seq1  CTGGAAGATATTGAGCCACTTAAAACTACATTTGCTTTTTAGAAGGATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGATATTGAGCCACTTAAAACTACATTTGCTTTTTAGAAGGATCA  900

seq1  CTATGGGAAAGAGTCTGGCACCCAGTAAACAGGGTGATTGGAAAGTTCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGAAAGAGTCTGGCACCCAGTAAACAGGGTGATTGGAAAGTTCAT  950

seq1  TAA-CCAAGAGAT-GGGAAGATTTATTATAAAATAACACTTGCAGATGAG  998
      ||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TAACCCAGGAGATGGGGAAGATTTATTAT-AAATAACACTTGCAGATGA-  998

seq1  GATAGACCTAAATGGATAAGGGCACAGTGGGAAATGAGGGCTCAGGACCA  1048
      ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  GATAGACCTAAAT-GATA--GGCACAGTGGGAAATGAGGGCTCAG--ACA  1043

seq1  CAGTGCCCGCAGATAA-TAAACTGAAATATCCAATCCAATGACACATGGA  1097
      |||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||| ||||||||||||
seq2  CAGTGCCCGCAGATAATTAAACTG-AATATC--ATCC-ATGACACATGGA  1089

seq1  TTCGTTGCCAACTGATTGTCATTAGTTG  1125
       |||||| ||||||| ||||| ||||||
seq2  -TCGTTG-CAACTGA-TGTCA-TAGTTG  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |