BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227B09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 15,557,935 - 15,660,586
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMap1lc3-ps7, LOC668492, LOC100042426
Downstream geneLOC217409, Trib2, LOC100043268, EG432636, LOC100043273, Lpin1, Ntsr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227B09.bB6Ng01-227B09.g
ACCGA040847GA040848
length1,1451,128
definitionB6Ng01-227B09.b B6Ng01-227B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,557,935 - 15,559,087)(15,659,457 - 15,660,586)
sequence
gaattcaaggaagttatatgggagagctaaaggaagaagaaaattatgga
attatatataacttcaaaaataaaaaatataatattcaaaggaacaaaaa
attatcttttctggaagtctgcaaatccgccctctggatgcagccactgc
cagtgccctgtgtgttgtttgtgaaagaactggggtggagaatatggaat
agtaacaacatcatgaaattagaaatgtaagtggcctataattcagaact
cacaaccttctatccaaagtcctcccttacccctgccaactacacctctt
tactctctgagagactacaccctttactctctctcctcgggagtcatatg
caagctttcatcagctcatatagccagaacctggcttgcattgactgtta
atggtgttcttggctctctttcttaggggctgcaattcttgggagggagg
tcttgtggctcttgttcattttcctccaccacacgttctctcttcttact
tctctatgccaatgagacagtcagccacttggaactttctacaaatgagt
attgcgtccatgtgtgccgcacaagccctgcttctaatatgcatatgcat
tggcaacctctccagctcctttcaggaagtgaaaaacagatgtttcagtt
gaactaatcactgtgcttctgtacttgtgctaaagatccaaagaacttct
atccagtgggttggagataaggaagcacacaaggtgtgcctagcagagag
gaccaatagcctttgataaggtaagaatcattttgtcatgaatgctgtat
ataatgtgatgtccatgaaccgggaactgaaattctatgttgcctgataa
ttgaggcagctctatcatgctctattcttccaagactcctacacactaaa
tctcccccaaggattgaaacttagaatctgttatggtttggatctcagat
gtccccacaggctcatgatgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtttctc
agtagtgaatcattctgaaaggtagtgacttcttaggcaatgggttgctg
ctggcacagttagttcactaaggacaggcagagccagtctcctgcatgga
caccatctccacatggcactgacaccatcaacttggacttccatc

gaattccacttggaactgagtagcaaacacacacaacggatgtggatctt
gctcctacagccagccaaggtgtgacaacagacattgcacaacactcttt
gatgcaatgttcttgtttgagggggcaggaggtggttgggaactgcctgc
aagccatttcagtcactgggacatgagctcaccatttccagacaagaagc
ttctgaaaccatttagtctgccttgacagtgaggtgttagagaagaggct
ggccgaggagcagctgcagagttgacggatgtttcccaatgggagccgtc
actccaccgtgtacgaaagtgcttgcaccatcctgttgcagtacgaaacc
catgcccttcgtccagctggcaagctctagcccatgcaaacaaatgtgtt
taaagatagactgctcattttatgatgggtgtatgttgaaacaggactcc
ctggctttccatgaagcctaaaggcacagtctgaaattttaatcacacat
gaagatatttaaaggggcaaatacagacaactctttatctgtttatatga
cctaaggacattgcatttactacctaaaaactacatttgtagaccttttt
gctcttgagtttaagttcctcaaaaaatggcaaaggaatgcaattatttt
ctgcattccttgcacggatcatgaacacaggttcaaaatgcagccacggt
atactagttggaattaatctgagctcatgcaatcatagagaataaggcat
catggaaataaatcctttgtatagtatctattctataaggaaggaatcag
aagtcagagtttcataaacatttagtggaagaaaaggtaagaggataaaa
agtatctttgatttttagttttaagtgtgaaacttctgcacaaatactag
gttattaccttgtcctaagtgagacatttcccttacttcctgcacttgat
ctgccaaacaacatggctctaacttctgaaagattcaattctatacaagc
aggactttctttcctttttcactaaaaaaatattatgcattctacaagaa
acacatgttctagcaaaacaaatgaccaaggatagtctggagtgtagtcc
ttaccatctatgaacctaagccaagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_15557935_15559087
seq2: B6Ng01-227B09.b_44_1188

seq1  GAATTCAAGGAAGTTATATGGGAGAGCTAAAGGAAGAAGAAAATTATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAAGTTATATGGGAGAGCTAAAGGAAGAAGAAAATTATGGA  50

seq1  ATTATATATAACTTCAAAAATAAAAAATATAATATTCAAAGGAACAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATAACTTCAAAAATAAAAAATATAATATTCAAAGGAACAAAAA  100

seq1  ATTATCTTTTCTGGAAGTCTGCAAATCCGCCCTCTGGATGCAGCCACTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTTTTCTGGAAGTCTGCAAATCCGCCCTCTGGATGCAGCCACTGC  150

seq1  CAGTGCCCTGTGTGTTGTTTGTGAAAGAACTGGGGTGGAGAATATGGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCTGTGTGTTGTTTGTGAAAGAACTGGGGTGGAGAATATGGAAT  200

seq1  AGTAACAACATCATGAAATTAGAAATGTAAGTGGCCTATAATTCAGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACAACATCATGAAATTAGAAATGTAAGTGGCCTATAATTCAGAACT  250

seq1  CACAACCTTCTATCCAAAGTCCTCCCTTACCCCTGCCAACTACACCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCTTCTATCCAAAGTCCTCCCTTACCCCTGCCAACTACACCTCTT  300

seq1  TACTCTCTGAGAGACTACACCCTTTACTCTCTCTCCTCGGGAGTCATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTCTGAGAGACTACACCCTTTACTCTCTCTCCTCGGGAGTCATATG  350

seq1  CAAGCTTTCATCAGCTCATATAGCCAGAACCTGGCTTGCATTGACTGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTTCATCAGCTCATATAGCCAGAACCTGGCTTGCATTGACTGTTA  400

seq1  ATGGTGTTCTTGGCTCTCTTTCTTAGGGGCTGCAATTCTTGGGAGGGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTCTTGGCTCTCTTTCTTAGGGGCTGCAATTCTTGGGAGGGAGG  450

seq1  TCTTGTGGCTCTTGTTCATTTTCCTCCACCACACGTTCTCTCTTCTTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGGCTCTTGTTCATTTTCCTCCACCACACGTTCTCTCTTCTTACT  500

seq1  TCTCTATGCCAATGAGACAGTCAGCCACTTGGAACTTTCTACAAATGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATGCCAATGAGACAGTCAGCCACTTGGAACTTTCTACAAATGAGT  550

seq1  ATTGCGTCCATGTGTGCCGCACAAGCCCTGCTTCTAATATGCATATGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCGTCCATGTGTGCCGCACAAGCCCTGCTTCTAATATGCATATGCAT  600

seq1  TGGCAACCTCTCCAGCTCCTTTCAGGAAGTGAAAAACAGATGTTTCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACCTCTCCAGCTCCTTTCAGGAAGTGAAAAACAGATGTTTCAGTT  650

seq1  GAACTAATCACTGTGCTTCTGTACTTGTGCTAAAGATCCAAAGAACTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAATCACTGTGCTTCTGTACTTGTGCTAAAGATCCAAAGAACTTCT  700

seq1  ATCCAGTGGGTTGGAGATAAGGAAGCACACAAGGTGTGCCTAGCAGAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTGGGTTGGAGATAAGGAAGCACACAAGGTGTGCCTAGCAGAGAG  750

seq1  GACCAATAGCCTTTGATAAGGTAAGAATCATTTTGTCATGAATGCTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATAGCCTTTGATAAGGTAAGAATCATTTTGTCATGAATGCTGTAT  800

seq1  ATAATGTGATGTCCATGAACCGGGAACTGAAATTCTATGTTGCCTGATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGATGTCCATGAACCGGGAACTGAAATTCTATGTTGCCTGATAA  850

seq1  TTGAGGCAGCTCTATCATGCTCTATTCTTCCAAGACTCCTACACACTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCAGCTCTATCATGCTCTATTCTTCCAAGACTCCTACACACTAAA  900

seq1  TCTCCCCCAAGGATTGAAACTTAGAATCTGTTATGGTTTGGATCTCAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCCAAGGATTGAAACTTAGAATCTGTTATGGTTTGGATCTCAGAT  950

seq1  GTCCCCCACAGGCTCATGATGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCT  1000
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GT-CCCCACAGGCTCATGATGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCT  999

seq1  CAGTTAGTGAAATCATTCTGAAAGGTAGTGAACTCTTAAGCAATGGGTGC  1050
      ||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||  
seq2  CAG-TAGTG-AATCATTCTGAAAGGTAGTGACTTCTTAGGCAATGGGTTG  1047

seq1  TTGCTGGCACAAGTAAGTCACTAAGGACAGGCAAGAGGCCAG-CTCCTGC  1099
       ||||||||||  ||  ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||
seq2  CTGCTGGCACAGTTAGTTCACTAAGGACAGGC-AGA-GCCAGTCTCCTGC  1095

seq1  ATGGGAACACCATCTCCCACATGCCACTGACACCATCAACTGAGCTTTTC  1149
      ||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |   |||
seq2  ATGG--ACACCATCT-CCACATGGCACTGACACCATCAACT-TGGACTTC  1141

seq1  CATC  1153
      ||||
seq2  CATC  1145


seq1: chr12_15659457_15660586
seq2: B6Ng01-227B09.g_66_1193 (reverse)

seq1  TTTCTT-GCTTAGGGTCATAGATGTGTAGGACTACACT-CAGACTATCCT  48
      |||||| ||||||| |||||||||   ||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTCTTGGCTTAGGTTCATAGATGGTAAGGACTACACTCCAGACTATCCT  50

seq1  GTGTTCATTTTGTTTTGCTTAGACATGTGTTTCTTTGTAGGAATGCATAT  98
       || ||| |||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| 
seq2  -TGGTCA-TTTGTTTTGCTAGAACATGTGTTTC-TTGTA-GAATGCATAA  96

seq1  ATTTTTTTTAGTGAAAAAGGAAAGAAAGTCCTGCTTGTATAGAATTGAAT  148
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTTAGTGAAAAAGGAAAGAAAGTCCTGCTTGTATAGAATTGAAT  146

seq1  CTTTCAGAAGTTAGAGCCATGTTTGTTTGGCAGATCAAGTGCAGGAAGTA  198
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGAAGTTAGAGCCATG-TTGTTTGGCAGATCAAGTGCAGGAAGTA  195

seq1  AGGGAAATGTCTCACTTAGGACAAGGTAATAACCTAGTATTTGTGCAGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATGTCTCACTTAGGACAAGGTAATAACCTAGTATTTGTGCAGAA  245

seq1  GTTTCACACTTAAAACTAAAAATC-AAGATACTTTTTATCCTCTTACCTT  297
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACACTTAAAACTAAAAATCAAAGATACTTTTTATCCTCTTACCTT  295

seq1  TTCTTCCACTAAATGTTTATGAAACTCTGACTTCTGATTCCTTCCTTATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCACTAAATGTTTATGAAACTCTGACTTCTGATTCCTTCCTTATA  345

seq1  GAATAGATACTATACAAAGGATTTATTTCCATGATGCCTTATTCTCTATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGATACTATACAAAGGATTTATTTCCATGATGCCTTATTCTCTATG  395

seq1  ATTGCATGAGCTCAGATTAATTCCAACTAGTATACCGTGGCTGCATTTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATGAGCTCAGATTAATTCCAACTAGTATACCGTGGCTGCATTTTG  445

seq1  AACCTGTGTTCATGATCCGTGCAAGGAATGCAGAAAATAATTGCATTCCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTGTTCATGATCCGTGCAAGGAATGCAGAAAATAATTGCATTCCT  495

seq1  TTGCCATTTTTTGAGGAACTTAAACTCAAGAGCAAAAAGGTCTACAAATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATTTTTTGAGGAACTTAAACTCAAGAGCAAAAAGGTCTACAAATG  545

seq1  TAGTTTTTAGGTAGTAAATGCAATGTCCTTAGGTCATATAAACAGATAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTTAGGTAGTAAATGCAATGTCCTTAGGTCATATAAACAGATAAA  595

seq1  GAGTTGTCTGTATTTGCCCCTTTAAATATCTTCATGTGTGATTAAAATTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTCTGTATTTGCCCCTTTAAATATCTTCATGTGTGATTAAAATTT  645

seq1  CAGACTGTGCCTTTAGGCTTCATGGAAAGCCAGGGAGTCCTGTTTCAACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGTGCCTTTAGGCTTCATGGAAAGCCAGGGAGTCCTGTTTCAACA  695

seq1  TACACCCATCATAAAATGAGCAGTCTATCTTTAAACACATTTGTTTGCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCATCATAAAATGAGCAGTCTATCTTTAAACACATTTGTTTGCAT  745

seq1  GGGCTAGAGCTTGCCAGCTGGACGAAGGGCATGGGTTTCGTACTGCAACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAGAGCTTGCCAGCTGGACGAAGGGCATGGGTTTCGTACTGCAACA  795

seq1  GGATGGTGCAAGCACTTTCGTACACGGTGGAGTGACGGCTCCCATTGGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTGCAAGCACTTTCGTACACGGTGGAGTGACGGCTCCCATTGGGA  845

seq1  AACATCCGTCAACTCTGCAGCTGCTCCTCGGCCAGCCTCTTCTCTAACAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCGTCAACTCTGCAGCTGCTCCTCGGCCAGCCTCTTCTCTAACAC  895

seq1  CTCACTGTCAAGGCAGACTAAATGGTTTCAGAAGCTTCTTGTCTGGAAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTCAAGGCAGACTAAATGGTTTCAGAAGCTTCTTGTCTGGAAAT  945

seq1  GGTGAGCTCATGTCCCAGTGACTGAAATGGCTTGCAGGCAGTTCCCAACC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCTCATGTCCCAGTGACTGAAATGGCTTGCAGGCAGTTCCCAACC  995

seq1  ACCTCCTGCCCCCTCAAACAAGAACATTGCATCAAAGAGTGTTGTGCAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTGCCCCCTCAAACAAGAACATTGCATCAAAGAGTGTTGTGCAAT  1045

seq1  GTCTGTTGTCACACCTTGGCTGGCTGTAGGAGCAAGATCCACATCCGTTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTGTCACACCTTGGCTGGCTGTAGGAGCAAGATCCACATCCGTTG  1095

seq1  TGTGTGTTTGCTACTCAGTTCCAAGTGGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGCTACTCAGTTCCAAGTGGAATTC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |