BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228E11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 101,837,434 - 102,033,804
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRps6ka5, LOC100040123, 9030617O03Rik
Upstream gene2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1, Ttc7b
Downstream geneEG667148, Gpr68, 0610010D24Rik, LOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps, 4932415G16Rik, Mtac2d1, Fbln5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228E11.bB6Ng01-228E11.g
ACCGA041729GA041730
length1,042823
definitionB6Ng01-228E11.b B6Ng01-228E11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,032,790 - 102,033,804)(101,837,434 - 101,838,256)
sequence
gaattcaattaggagcacacagacttatcaaaatcataaccgtgggggag
ggttaggaaggtaactcagatggtaatatgcttgccttgcaagcatgaga
acctggggctgattcctaaaacccatacaaaaaatgttggataggtgcgt
gcttgtcatcccagcataggaaaaatagattccctgaggctcacctgcca
gccacccgaagttcagtaacaaatcttgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaag
aggacagtgcctgaagaatgatatttgagattgtcttctggcattctcct
tcagatatacatatccatacccatgtatatatatatacatatatgtatac
acacacacacgtgaacgtgaacacacatacaataacagaaagatcaagtt
tgtgaacaatattctcacctaaagggaaaggcacctcaccaaggcacaca
cccatcagcacacttggttcaaatgtcataagatcaacaggtgacaaacc
tgtgaccctaagcctaggcttaacctcagcaacagtctaagtgctaagtc
caagtgctaagcaaatggtccgtaacaccgttcactgcagaaactgcctg
tggccagggccaggctcctctttcccagacatctctcaaactgagctcat
tattctttaactgtcctttatctggccacctggagtcactcggcatttgt
tcttggctctcttgttctgccttggccctgctaagtcctgtgactgcagg
aagccctacaaagcaaaggctcaaccatacatccacacacatccacacat
acttcacaaacacacacacacacacacacacacacagtgggaagaggaca
tataagggggaccagtgaccccagcccaagtcccgtcttttggttcctga
catgaggttaagtttaagtggggggaggaggtggtgcatgactaagcatt
cctaaccagtcctgtccaggcttccagcactaagttgtgtgttctgtctg
caaggcagaaatagtttttgcacctaatcaaaaattcccttt
gaattccagaagattttgagccaccatgtaggtactgagcatccaaccca
gttcctatacaagagcagcaagcaagacatatctcttcagcttcatttga
tattacttttaaagatgccatcaagacatttctaaaacatcaaatgctaa
gtcaagttttagaaactcaaaaattatgatgaatttaaaggtattgcttc
tcttaatttttgtttagaaaactaaccttgtaggaaaatttagtaaaact
ttcatttcctcttataggtggctctgcttcacatatttaaaattatgctg
atttccttctcagtgtgacacaataaaaatcattttttttctgttttttg
ttttgtttttcgagacagggtttctctgtttaatttgataaaaagtccaa
actagagcaggtaagatggcttagtaaacaagggagtttaatacttagat
tcctttaagttgtcctctcatctctacatgtgcattgtggcatatgtgtc
catacatgcatacacaatgaatagatgcagacaaacttcaaattaaaagt
cttaaaaatctggattttcttctctaaaacactatctgtaactgtgactt
taagagtatatgaagtatacgtactggttagtgccagaaagatgtgacgg
tcactagcagtaacggtttacttttcaaatctttttgctgtaaatagaac
ttttccttctctttttcttccttccagccccttccagctacctattcaaa
ccccactctcaagctgacagctaccttttcttttgctgttattggtatgt
atgtatgtatgtatgtatgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_102032790_102033804
seq2: B6Ng01-228E11.b_48_1070 (reverse)

seq1  GTGC-AAAACT-GTTCTGCCTTGCAGAACAGAACACAC-ACCTAGTGCTG  47
      |||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
seq2  GTGCAAAAACTATTTCTGCCTTGCAG-ACAGAACACACAACTTAGTGCTG  49

seq1  GGAGCCCGGACGGGACTTGGTTAGGAATGCTTAGTCATGCA-CACCTCCT  96
      | |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAGCCTGGACAGGAC-TGGTTAGGAATGCTTAGTCATGCACCACCTCCT  98

seq1  -CCCCCACTTAAACTTAACCTCATGTCAGG-ACCCAAAGAC-GGACTTGG  143
       ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||
seq2  CCCCCCACTTAAACTTAACCTCATGTCAGGAACCAAAAGACGGGACTTGG  148

seq1  GCTGGGGTCACTGGT-CCCCTTATATGTTCCTCTT-CCACTGTGTGTGTG  191
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTCACTGGTCCCCCTTATATG-TCCTCTTCCCACTGTGTGTGTG  197

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTG-AGTATGTGTGGATGTGTGTGGATGTAT  240
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGAAGTATGTGTGGATGTGTGTGGATGTAT  247

seq1  GGTTGAGCC-TTGCTTTGTAGGGCTTCCTGCAGTCACAGGACTTAGCAGG  289
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGCCTTTGCTTTGTAGGGCTTCCTGCAGTCACAGGACTTAGCAGG  297

seq1  GCCAAGGCAGAACAAGAGAGCCAAGAACAAATGCCGAGTGACTCCAGGTG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCAGAACAAGAGAGCCAAGAACAAATGCCGAGTGACTCCAGGTG  347

seq1  GCCAGATAAAGGACAGTTAAAGAATAATGAGCTCAGTTTGAGAGATGTCT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATAAAGGACAGTTAAAGAATAATGAGCTCAGTTTGAGAGATGTCT  397

seq1  GGGAAAGAGGGGCCTGGCCCTGGCCACAGGCAGTTTCTGCAGTGAACGGT  439
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGAGGAGCCTGGCCCTGGCCACAGGCAGTTTCTGCAGTGAACGGT  447

seq1  GTTACGGACCATTTGCTTAGCACTTGGACTTAGCACTTAGACTGTTGCTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACGGACCATTTGCTTAGCACTTGGACTTAGCACTTAGACTGTTGCTG  497

seq1  AGGTTAAGCCTAGGCTTAGGGTCACAGGTTTGTCACCTGTTGATCTTATG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAGCCTAGGCTTAGGGTCACAGGTTTGTCACCTGTTGATCTTATG  547

seq1  ACATTTGAACCAAGTGTGCTGATGGGTGTGTGCCTTGGTGAGGTGCCTTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGAACCAAGTGTGCTGATGGGTGTGTGCCTTGGTGAGGTGCCTTT  597

seq1  CCCTTTAGGTGAGAATATTGTTCACAAACTTGATCTTTCTGTTATTGTAT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAGGTGAGAATATTGTTCACAAACTTGATCTTTCTGTTATTGTAT  647

seq1  GTGTGTTCACGTTCACGTGTGTGTGTGTATACATATATGTATATATATAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTCACGTTCACGTGTGTGTGTGTATACATATATGTATATATATAT  697

seq1  ACATGGGTATGGATATGTATATCTGAAGGAGAATGCCAGAAGACAATCTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGTATGGATATGTATATCTGAAGGAGAATGCCAGAAGACAATCTC  747

seq1  AAATATCATTCTTCAGGCACTGTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCATTCTTCAGGCACTGTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACA  797

seq1  AGATTTGTTACTGAACTTCGGGTGGCTGGCAGGTGAGCCTCAGGGAATCT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGTTACTGAACTTCGGGTGGCTGGCAGGTGAGCCTCAGGGAATCT  847

seq1  ATTTTTCCTATGCTGGGATGACAAGCACGCACCTATCCAACATTTTTTGT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCTATGCTGGGATGACAAGCACGCACCTATCCAACATTTTTTGT  897

seq1  ATGGGTTTTAGGAATCAGCCCCAGGTTCTCATGCTTGCAAGGCAAGCATA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTTTAGGAATCAGCCCCAGGTTCTCATGCTTGCAAGGCAAGCATA  947

seq1  TTACCATCTGAGTTACCTTCCTAACCCTCCCCCACGGTTATGATTTTGAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATCTGAGTTACCTTCCTAACCCTCCCCCACGGTTATGATTTTGAT  997

seq1  AAGTCTGTGTGCTCCTAATTGAATTC  1015
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTGTGCTCCTAATTGAATTC  1023

seq1: chr12_101837434_101838256
seq2: B6Ng01-228E11.g_69_891

seq1  GAATTCCAGAAGATTTTGAGCCACCATGTAGGTACTGAGCATCCAACCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAGATTTTGAGCCACCATGTAGGTACTGAGCATCCAACCCA  50

seq1  GTTCCTATACAAGAGCAGCAAGCAAGACATATCTCTTCAGCTTCATTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTATACAAGAGCAGCAAGCAAGACATATCTCTTCAGCTTCATTTGA  100

seq1  TATTACTTTTAAAGATGCCATCAAGACATTTCTAAAACATCAAATGCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTTTTAAAGATGCCATCAAGACATTTCTAAAACATCAAATGCTAA  150

seq1  GTCAAGTTTTAGAAACTCAAAAATTATGATGAATTTAAAGGTATTGCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTTTTAGAAACTCAAAAATTATGATGAATTTAAAGGTATTGCTTC  200

seq1  TCTTAATTTTTGTTTAGAAAACTAACCTTGTAGGAAAATTTAGTAAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATTTTTGTTTAGAAAACTAACCTTGTAGGAAAATTTAGTAAAACT  250

seq1  TTCATTTCCTCTTATAGGTGGCTCTGCTTCACATATTTAAAATTATGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTCCTCTTATAGGTGGCTCTGCTTCACATATTTAAAATTATGCTG  300

seq1  ATTTCCTTCTCAGTGTGACACAATAAAAATCATTTTTTTTCTGTTTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTCTCAGTGTGACACAATAAAAATCATTTTTTTTCTGTTTTTTG  350

seq1  TTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTTTAATTTGATAAAAAGTCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTTTAATTTGATAAAAAGTCCAA  400

seq1  ACTAGAGCAGGTAAGATGGCTTAGTAAACAAGGGAGTTTAATACTTAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGCAGGTAAGATGGCTTAGTAAACAAGGGAGTTTAATACTTAGAT  450

seq1  TCCTTTAAGTTGTCCTCTCATCTCTACATGTGCATTGTGGCATATGTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAAGTTGTCCTCTCATCTCTACATGTGCATTGTGGCATATGTGTC  500

seq1  CATACATGCATACACAATGAATAGATGCAGACAAACTTCAAATTAAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGCATACACAATGAATAGATGCAGACAAACTTCAAATTAAAAGT  550

seq1  CTTAAAAATCTGGATTTTCTTCTCTAAAACACTATCTGTAACTGTGACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAATCTGGATTTTCTTCTCTAAAACACTATCTGTAACTGTGACTT  600

seq1  TAAGAGTATATGAAGTATACGTACTGGTTAGTGCCAGAAAGATGTGACGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTATATGAAGTATACGTACTGGTTAGTGCCAGAAAGATGTGACGG  650

seq1  TCACTAGCAGTAACGGTTTACTTTTCAAATCTTTTTGCTGTAAATAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAGCAGTAACGGTTTACTTTTCAAATCTTTTTGCTGTAAATAGAAC  700

seq1  TTTTCCTTCTCTTTTTCTTCCTTCCAGCCCCTTCCAGCTACCTATTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTCTCTTTTTCTTCCTTCCAGCCCCTTCCAGCTACCTATTCAAA  750

seq1  CCCCACTCTCAAGCTGACAGCTACCTTTTCTTTTGCTGTTATTGGTATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTCTCAAGCTGACAGCTACCTTTTCTTTTGCTGTTATTGGTATGT  800

seq1  ATGTATGTATGTATGTATGTATG  823
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGTATGTATG  823