BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228J02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 10,559,657 - 10,687,725
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOsr1, LOC382567, Nt5c1b, Rdh14
Downstream geneLOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228J02.bB6Ng01-228J02.g
ACCGA041948GA041949
length506755
definitionB6Ng01-228J02.b B6Ng01-228J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,687,214 - 10,687,725)(10,559,657 - 10,560,411)
sequence
taaaagtaggtgtctatatgaaccacagcaaggaagttacacagagcagt
aatcaactcatatgttcacagttttatgccatgaagagaaaataaaacaa
aacaactttagtatgatggtcctgaattttctacaatagaatttattgct
cagatgtgccctttccatttaaacagtggaaatatagtatagtgtctgga
gaaattgatcagctgttaagagcacttgcttctcttgccaaagacccaag
tatgactccaaccaatcacatagtggctcaccactacctataactccagt
tctgtggactctgatgccctctactcgatttctaggacaccaggcataca
catggtacacataaatgcagacagactctcatactcataaaataaaacca
aataaatctttgaaaatcattaaatatttagaagtggacctattataata
gagtaattttctacctctgctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtg
gaattccttatttccagtattaaagacaccaatccgaggtctagggaagg
gcactgacatgcttatatgcatctgagctccagcctgaagacaatagcac
gtggctaactcgggctgtgtccacatcaccacatcgcttggagttctaag
agacacacttatttgctacctgcagattcaatccttatcggcttcaactt
ttcctaatatttaacacaatttcaatgtgtttgggtttgtgtcacaataa
aaggaggtttgatggctttggcagacagtgaatagatgattttcagtcca
gtttcatcttcctgggcacatagtacaatcacatctctcagctctagact
agagaagattgtggtgtgttctgaataaagtccttttctcatacaataaa
cctcatgtggaactgtttggcctggtgtggcctggtgtggtgtggtgtga
gcatcacttttctgacatatttaggagattatcctttttctgtggggacc
aaggagatcatggtaactgtcccacaatagaggatgattctgcgatgatg
tcatggaacagaatctgtggcagccagattaaactaatacacaccaacaa
caggagcacatattacttttaaccactgagatttgtggtattatttgtta
taactgttttgtgataattgttcttattgaaatggtgacccttaatagaa
ctgtttactaagctgatctgcccagtgcttagggtggggatgaagatggg
ggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_10687214_10687725
seq2: B6Ng01-228J02.b_42_553 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACAGCAGAGGTAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACAGCAGAGGTAGAAAA  50

seq1  TTACTCTATTATAATAGGTCCACTTCTAAATATTTAATGATTTTCAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTATTATAATAGGTCCACTTCTAAATATTTAATGATTTTCAAAGA  100

seq1  TTTATTTGGTTTTATTTTATGAGTATGAGAGTCTGTCTGCATTTATGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGGTTTTATTTTATGAGTATGAGAGTCTGTCTGCATTTATGTGT  150

seq1  ACCATGTGTATGCCTGGTGTCCTAGAAATCGAGTAGAGGGCATCAGAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGTATGCCTGGTGTCCTAGAAATCGAGTAGAGGGCATCAGAGTC  200

seq1  CACAGAACTGGAGTTATAGGTAGTGGTGAGCCACTATGTGATTGGTTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAACTGGAGTTATAGGTAGTGGTGAGCCACTATGTGATTGGTTGGA  250

seq1  GTCATACTTGGGTCTTTGGCAAGAGAAGCAAGTGCTCTTAACAGCTGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATACTTGGGTCTTTGGCAAGAGAAGCAAGTGCTCTTAACAGCTGATC  300

seq1  AATTTCTCCAGACACTATACTATATTTCCACTGTTTAAATGGAAAGGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTCCAGACACTATACTATATTTCCACTGTTTAAATGGAAAGGGCA  350

seq1  CATCTGAGCAATAAATTCTATTGTAGAAAATTCAGGACCATCATACTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAGCAATAAATTCTATTGTAGAAAATTCAGGACCATCATACTAAA  400

seq1  GTTGTTTTGTTTTATTTTCTCTTCATGGCATAAAACTGTGAACATATGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTTGTTTTATTTTCTCTTCATGGCATAAAACTGTGAACATATGAG  450

seq1  TTGATTACTGCTCTGTGTAACTTCCTTGCTGTGGTTCATATAGACACCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTACTGCTCTGTGTAACTTCCTTGCTGTGGTTCATATAGACACCTA  500

seq1  CTTTTAGAATTC  512
      ||||||||||||
seq2  CTTTTAGAATTC  512

seq1: chr12_10559657_10560411
seq2: B6Ng01-228J02.g_69_823

seq1  GAATTCCTTATTTCCAGTATTAAAGACACCAATCCGAGGTCTAGGGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATTTCCAGTATTAAAGACACCAATCCGAGGTCTAGGGAAGG  50

seq1  GCACTGACATGCTTATATGCATCTGAGCTCCAGCCTGAAGACAATAGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGACATGCTTATATGCATCTGAGCTCCAGCCTGAAGACAATAGCAC  100

seq1  GTGGCTAACTCGGGCTGTGTCCACATCACCACATCGCTTGGAGTTCTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTAACTCGGGCTGTGTCCACATCACCACATCGCTTGGAGTTCTAAG  150

seq1  AGACACACTTATTTGCTACCTGCAGATTCAATCCTTATCGGCTTCAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACTTATTTGCTACCTGCAGATTCAATCCTTATCGGCTTCAACTT  200

seq1  TTCCTAATATTTAACACAATTTCAATGTGTTTGGGTTTGTGTCACAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATATTTAACACAATTTCAATGTGTTTGGGTTTGTGTCACAATAA  250

seq1  AAGGAGGTTTGATGGCTTTGGCAGACAGTGAATAGATGATTTTCAGTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGTTTGATGGCTTTGGCAGACAGTGAATAGATGATTTTCAGTCCA  300

seq1  GTTTCATCTTCCTGGGCACATAGTACAATCACATCTCTCAGCTCTAGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATCTTCCTGGGCACATAGTACAATCACATCTCTCAGCTCTAGACT  350

seq1  AGAGAAGATTGTGGTGTGTTCTGAATAAAGTCCTTTTCTCATACAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGATTGTGGTGTGTTCTGAATAAAGTCCTTTTCTCATACAATAAA  400

seq1  CCTCATGTGGAACTGTTTGGCCTGGTGTGGCCTGGTGTGGTGTGGTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGTGGAACTGTTTGGCCTGGTGTGGCCTGGTGTGGTGTGGTGTGA  450

seq1  GCATCACTTTTCTGACATATTTAGGAGATTATCCTTTTTCTGTGGGGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCACTTTTCTGACATATTTAGGAGATTATCCTTTTTCTGTGGGGACC  500

seq1  AAGGAGATCATGGTAACTGTCCCACAATAGAGGATGATTCTGCGATGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATCATGGTAACTGTCCCACAATAGAGGATGATTCTGCGATGATG  550

seq1  TCATGGAACAGAATCTGTGGCAGCCAGATTAAACTAATACACACCAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAACAGAATCTGTGGCAGCCAGATTAAACTAATACACACCAACAA  600

seq1  CAGGAGCACATATTACTTTTAACCACTGAGATTTGTGGTATTATTTGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCACATATTACTTTTAACCACTGAGATTTGTGGTATTATTTGTTA  650

seq1  TAACTGTTTTGTGATAATTGTTCTTATTGAAATGGTGA-CCTTAATAGAA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAACTGTTTTGTGATAATTGTTCTTATTGAAATGGTGACCCTTAATAGAA  700

seq1  CTGTTTACTTAAGCTGATCTGCCCAGTGCTTAGGGTGGGGATGAAGATGG  749
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAC-TAAGCTGATCTGCCCAGTGCTTAGGGTGGGGATGAAGATGG  749

seq1  GGGATG  755
      ||||||
seq2  GGGATG  755