BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228N04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 59,860,247 - 60,036,461
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040183
Upstream geneSstr1, Clec14a
Downstream geneSec23a, Sip1, Trappc6b, Pnn, EG544872, Mia2, Mgea6, Fbxo33, LOC665628, LOC238199, LOC665639, LOC665644
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228N04.bB6Ng01-228N04.g
ACCGA042138GA042139
length948897
definitionB6Ng01-228N04.b B6Ng01-228N04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,860,247 - 59,861,031)(60,035,573 - 60,036,461)
sequence
gaattccaggacagccagggatacacagagaaaccctgtctcaaaaacaa
aacaaaaaaaaaggaacacacacagagttcatgaaactcaagtcatgtaa
ataagtgtgggtgtgggtatttcctatctcactttctagaatgccttgat
acaactttacaaccattatcacgtgatcattaaaaacaatgaaaaaagct
gggcggtggtggcacatgcctttaatcccagcacttgagaggcagaggca
ggtggatttctgagtttgaggccagcctggtctacaaagtgagttccagg
acaatacagagaaaccttgtcttgaaaaaaaaaccaaaaaacaaaaaata
aaacaatacaatgaaaaaaaaccctgagctttcatacttttctcaatagg
aagacaggcaaatggccttttcaaatagacatatgtttcccacaagcacc
gaagctctgtgagtctgtgctctttactctatactacctagcacttatgt
cagatattctattacatagaccataaacaaatataaactaaacaaatcta
gaattagccagaatcccctccctgatggcttgcttttgtaggtgctgtac
ctgccacagagggagtaaggcatccctgctcttgtgcattgcatgctaca
aaaccaacctgccaggtgagatgcacccattggtgcaatactagtgtaac
taactgctttctcattagatgtgatgtctgcatcacagcaggaaatccat
acctagtagtgtaaacccagttgaaagcccatggaatttattattgatgt
cttgttaaacagcgatgctgccaacccacctttctcaatctttctgtgta
tacccatatgtctatgctgctgtcagcccttgatcagagaagcttccctt
ttcagtgagcagaagcaaattcggagactcataactgtctgaaatgtc

gaattctgttggtgttatttacaggatcagaaacgagtcaaaggcagcca
tatcaccaaaagcccagcccagcatgagtgacagcttacataagctcgaa
agctggaacctggagctcatggcacagtttgcagtcagtttggcaggttg
aagagcctcacttccaggcagtttggctggtcttagtctcttctaggtag
ctcatctggtctaagccccttctaggcagttcagcttgtctgggagtgtc
tcttacaagtcctagctgctcatatatggttgaaggtcacccagactgca
atagttcctgccccacacccctgatgactgttgttccctctgcatagctg
tgttttagaggtttgctaggccaccactgttcctcagatggcttctgatt
tattaggtagaggttagggcagcaggaaaaagaaatatacatggcaaagt
caagacaagaatgagtctgtctgatgtttcaggcttgtctactgtagggg
acacgtctccatatcttcttcaggatggtgcccatttcctcttggggtct
ctaagtggtagttataagctgttttgtgtggggagctcaaatgagaagga
aactgcagagaagaaaacagagtcacgaagtggaggagtgactggtatca
gggatctgagctctggctacacccaccccttccacacttttcctgtttct
gttgtataaacaaatgtagcccactggctatctttcttgtcaaggaaaga
tgaagcaatgtgcgctcaagtgacagaaaggacagtgtttacaggaaagt
gcagaaacaccaagacagggagcttggtgcaactggggaggttgcagctt
aaggaggtcgtcctcttctctggccttctaaaggatggaagggagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_59860247_59861031
seq2: B6Ng01-228N04.b_48_832

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAACAA  50

seq1  AACAAAAAAAAAGGAACACACACAGAGTTCATGAAACTCAAGTCATGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAAAAAGGAACACACACAGAGTTCATGAAACTCAAGTCATGTAA  100

seq1  ATAAGTGTGGGTGTGGGTATTTCCTATCTCACTTTCTAGAATGCCTTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGTGGGTGTGGGTATTTCCTATCTCACTTTCTAGAATGCCTTGAT  150

seq1  ACAACTTTACAACCATTATCACGTGATCATTAAAAACAATGAAAAAAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTTACAACCATTATCACGTGATCATTAAAAACAATGAAAAAAGCT  200

seq1  GGGCGGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGAGGCA  250

seq1  GGTGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGG  300

seq1  ACAATACAGAGAAACCTTGTCTTGAAAAAAAAACCAAAAAACAAAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACAGAGAAACCTTGTCTTGAAAAAAAAACCAAAAAACAAAAAATA  350

seq1  AAACAATACAATGAAAAAAAACCCTGAGCTTTCATACTTTTCTCAATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATACAATGAAAAAAAACCCTGAGCTTTCATACTTTTCTCAATAGG  400

seq1  AAGACAGGCAAATGGCCTTTTCAAATAGACATATGTTTCCCACAAGCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGCAAATGGCCTTTTCAAATAGACATATGTTTCCCACAAGCACC  450

seq1  GAAGCTCTGTGAGTCTGTGCTCTTTACTCTATACTACCTAGCACTTATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCTGTGAGTCTGTGCTCTTTACTCTATACTACCTAGCACTTATGT  500

seq1  CAGATATTCTATTACATAGACCATAAACAAATATAAACTAAACAAATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTCTATTACATAGACCATAAACAAATATAAACTAAACAAATCTA  550

seq1  GAATTAGCCAGAATCCCCTCCCTGATGGCTTGCTTTTGTAGGTGCTGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGCCAGAATCCCCTCCCTGATGGCTTGCTTTTGTAGGTGCTGTAC  600

seq1  CTGCCACAGAGGGAGTAAGGCATCCCTGCTCTTGTGCATTGCATGCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACAGAGGGAGTAAGGCATCCCTGCTCTTGTGCATTGCATGCTACA  650

seq1  AAACCAACCTGCCAGGTGAGATGCACCCATTGGTGCAATACTAGTGTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACCTGCCAGGTGAGATGCACCCATTGGTGCAATACTAGTGTAAC  700

seq1  TAACTGCTTTCTCATTAGATGTGATGTCTGCATCACAGCAGGAAATCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCTTTCTCATTAGATGTGATGTCTGCATCACAGCAGGAAATCCAT  750

seq1  ACCTAGTAGTGTAAACCCAGTTGAAAGCCCATGGA  785
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGTAGTGTAAACCCAGTTGAAAGCCCATGGA  785


seq1: chr12_60035573_60036461
seq2: B6Ng01-228N04.g_72_968 (reverse)

seq1  TTCTCCC-TCCATCC-TTAGAA-GCCAGTGAAGAGGACGACCT-CTTTAG  46
      ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||
seq2  TTCTCCCTTCCATCCTTTAGAAGGCCAGAGAAGAGGACGACCTCCTTAAG  50

seq1  CTGCAACCTCCCCAGTTGCACC-AGCTCCCTGTCTTGCTG-TTCTGCACT  94
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
seq2  CTGCAACCTCCCCAGTTGCACCAAGCTCCCTGTCTTGGTGTTTCTGCACT  100

seq1  TTCCTGTAAACACTGTCCTTTCTGTCACTTGAGCGCACATTGCTTCATCT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTAAACACTGTCCTTTCTGTCACTTGAGCGCACATTGCTTCATCT  150

seq1  TTCCTTGACAAGAAAGATAGCCAGTGGGCTACATTTGTTTATACAACAG-  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCCTTGACAAGAAAGATAGCCAGTGGGCTACATTTGTTTATACAACAGA  200

seq1  AACAGGAAAAGTGTGGAA-GGGTGGGTGTAGCCAGAGCTCAGATCCCTGA  242
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAAAAGTGTGGAAGGGGTGGGTGTAGCCAGAGCTCAGATCCCTGA  250

seq1  TACCAGTCACTCCTCCACTTCGTGACTCTGTTTTCTTCTCTGCAGTTTCC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTCACTCCTCCACTTCGTGACTCTGTTTTCTTCTCTGCAGTTTCC  300

seq1  TTCTCATTTGAGCTCCCCACACAAAACAGCTTATAACTACCACTTAGAGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATTTGAGCTCCCCACACAAAACAGCTTATAACTACCACTTAGAGA  350

seq1  CCCCAAGAGGAAATGGGCACCATCCTGAAGAAGATATGGAGACGTGTCCC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGAGGAAATGGGCACCATCCTGAAGAAGATATGGAGACGTGTCCC  400

seq1  CTACAGTAGACAAGCCTGAAACATCAGACAGACTCATTCTTGTCTTGACT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTAGACAAGCCTGAAACATCAGACAGACTCATTCTTGTCTTGACT  450

seq1  TTGCCATGTATATTTCTTTTTCCTGCTGCCCTAACCTCTACCTAATAAAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATGTATATTTCTTTTTCCTGCTGCCCTAACCTCTACCTAATAAAT  500

seq1  CAGAAGCCATCTGAGGAACAGTGGTGGCCTAGCAAACCTCTAAAACACAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCATCTGAGGAACAGTGGTGGCCTAGCAAACCTCTAAAACACAG  550

seq1  CTATGCAGAGGGAACAACAGTCATCAGGGGTGTGGGGCAGGAACTATTGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCAGAGGGAACAACAGTCATCAGGGGTGTGGGGCAGGAACTATTGC  600

seq1  AGTCTGGGTGACCTTCAACCATATATGAGCAGCTAGGACTTGTAAGAGAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGGTGACCTTCAACCATATATGAGCAGCTAGGACTTGTAAGAGAC  650

seq1  ACTCCCAGACAAGCTGAACTGCCTAGAAGGGGCTTAGACCAGATGAGCTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGACAAGCTGAACTGCCTAGAAGGGGCTTAGACCAGATGAGCTA  700

seq1  CCTAGAAGAGACTAAGACCAGCCAAACTGCCTGGAAGTGAGGCTCTTCAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAGAGACTAAGACCAGCCAAACTGCCTGGAAGTGAGGCTCTTCAA  750

seq1  CCTGCCAAACTGACTGCAAACTGTGCCATGAGCTCCAGGTTCCAGCTTTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAAACTGACTGCAAACTGTGCCATGAGCTCCAGGTTCCAGCTTTC  800

seq1  GAGCTTATGTAAGCTGTCACTCATGCTGGGCTGGGCTTTTGGTGATATGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATGTAAGCTGTCACTCATGCTGGGCTGGGCTTTTGGTGATATGG  850

seq1  CTGCCTTTGACTCGTTTCTGATCCTGTAAATAACACCAACAGAATTC  889
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTGACTCGTTTCTGATCCTGTAAATAACACCAACAGAATTC  897


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |