BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229B18
Chromosome12 (Build37)
Map Location 6,518,371 - 6,632,939
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042118
Upstream geneLOC435292, LOC100042095, LOC672098, LOC100043137, LOC238049
Downstream geneLOC668380
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229B18.bB6Ng01-229B18.g
ACCGA042346GA042347
length1,1441,099
definitionB6Ng01-229B18.b B6Ng01-229B18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,518,371 - 6,519,512)(6,631,829 - 6,632,939)
sequence
gaattccagtgacagggaatgggagtagtattgagcacatgcaataatta
aatatatgttgtagggtattataacaagatcaggataaggagaaagggtt
caaggagaggtaacaggatgcaagccttttaaagtcttagtttagtggtc
aggattgaaccctttgtgaagataacatctgaacaaagacttgaagggta
aaagggtttcaaccttttatacacatggagaataaaggctcaggcaataa
cacatgaatatacacatgtgtagtgttaagtgatgtaacaggtttctata
ctgatgtgctgtcccacttctccaacactttgaaagatgagttaaattaa
caggtttgaaatggtagagcctgtcatgattgatattaagcccctcaagg
atggatctacagccagtgacagcaatgaggcttaacccaggtgagtgata
cagagttgaaggggccaaaactcaaaacctgtcatagttattaacacatc
cagctgaagagcagatgtttctatgtgaaaatatgttcagactttcctgt
tctcatcttcccttgtcaagagacctttgaagtttgtaaggtcatggagg
ggaaggggttggagcctatactaacaggccttgaacctaagttagctctt
tctaccaacagggcatctgacttgggtcaggaggggtgagttctactttg
gcaaacaataatgccaaccttcctcatgataacttagtcatggtcagaga
tcttgcctggatccacactgcttggacagtagaatttgggataatttaaa
atacctcccaagtgctcactagatttttttttccaattccttttgctgtg
gctgcaccaatagaaatggtgctctatcctctagtagagttgttggtcct
cagcacccaatgaaatccatgcaacctgatctaatgtccagtcatgactg
ggactcctgttttttgtcttcagcactggaactgttctcagaaataggga
cagtttgtttgaaatacatgtcatgaattttctgtaagacgaaaggagac
atgcatgcatatcttcattacagtttatccaccttgattgctccaggatt
ctgactcacaaacgttccctctaacctgagaaccagctgataat

gaattcttaattcaagaaccatagtttgccaactcttgtcagttgcatgg
gagatgggtgcacagtgggtgccaacggggtaggaaagaagaagggagac
acatgagctcactcatctacctgcgtaactataaggtttatgttgagagg
ccaagtacttagtgacactgtagataacaccattgcagatgatccttgat
ttctttgtttaattcaaaacaatgtgaaattccatctgatcctggagccc
tcacacataagagactcatgaataagccatctttctctctaaaacacaca
tgatttttttttttaccatccagtccagaaagattatacaggtataaatt
gacctctctacaaatggttagcagacaaagagtcagcaatatggaaacta
acaacctgaggagctgtcagaaagacaatgtgccactggagttatgaatt
cattaattaaataccactgtatcaaatggactatgagttattaatttgaa
aactattactggcttttaagttaaaatcataaggaaggcaattaaaaaga
aacttctctgtgtgagtgttaagagaacggtgtatctgtttatgtacatc
aggcctttaattgcggattgaattgccccttaaaagtaatgatcaaacta
cctgttttgttgcacaatctggatgctatatttagaagaaaatctacagc
tttaccccacatgcagtaatccgggcaatgtgtattaagcctcttttctg
cataagtatgtagagattttttttgtttactaagaaaaatcaggagtgtg
aactgatattgcttgtacttctctcctgtgaacccgtgcctagagtgtgg
ttgctatagttttgaatgcagatggtactgtaaggggccattagctaaag
actgtggtactactggaatggtaatgccttcagagctgggatgataccaa
gcaggaaattaaaagcactgaggcatactgtttaagagagttcagactct
ggtctttggattttccttttgatctgccataatacaaagttttctcaaac
tatactctagcctagatagtgtactctcacagtacagaagtaataagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_6518371_6519512
seq2: B6Ng01-229B18.b_43_1186

seq1  GAATTCCAGTGACAGGGAATGGGAGTAGTATTGAGCACATGCAATAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGACAGGGAATGGGAGTAGTATTGAGCACATGCAATAATTA  50

seq1  AATATATGTTGTAGGGTATTATAACAAGATCAGGATAAGGAGAAAGGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATGTTGTAGGGTATTATAACAAGATCAGGATAAGGAGAAAGGGTT  100

seq1  CAAGGAGAGGTAACAGGATGCAAGCCTTTTAAAGTCTTAGTTTAGTGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGAGGTAACAGGATGCAAGCCTTTTAAAGTCTTAGTTTAGTGGTC  150

seq1  AGGATTGAACCCTTTGTGAAGATAACATCTGAACAAAGACTTGAAGGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGAACCCTTTGTGAAGATAACATCTGAACAAAGACTTGAAGGGTA  200

seq1  AAAGGGTTTCAACCTTTTATACACATGGAGAATAAAGGCTCAGGCAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTTTCAACCTTTTATACACATGGAGAATAAAGGCTCAGGCAATAA  250

seq1  CACATGAATATACACATGTGTAGTGTTAAGTGATGTAACAGGTTTCTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAATATACACATGTGTAGTGTTAAGTGATGTAACAGGTTTCTATA  300

seq1  CTGATGTGCTGTCCCACTTCTCCAACACTTTGAAAGATGAGTTAAATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTGCTGTCCCACTTCTCCAACACTTTGAAAGATGAGTTAAATTAA  350

seq1  CAGGTTTGAAATGGTAGAGCCTGTCATGATTGATATTAAGCCCCTCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTGAAATGGTAGAGCCTGTCATGATTGATATTAAGCCCCTCAAGG  400

seq1  ATGGATCTACAGCCAGTGACAGCAATGAGGCTTAACCCAGGTGAGTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCTACAGCCAGTGACAGCAATGAGGCTTAACCCAGGTGAGTGATA  450

seq1  CAGAGTTGAAGGGGCCAAAACTCAAAACCTGTCATAGTTATTAACACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTGAAGGGGCCAAAACTCAAAACCTGTCATAGTTATTAACACATC  500

seq1  CAGCTGAAGAGCAGATGTTTCTATGTGAAAATATGTTCAGACTTTCCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGAAGAGCAGATGTTTCTATGTGAAAATATGTTCAGACTTTCCTGT  550

seq1  TCTCATCTTCCCTTGTCAAGAGACCTTTGAAGTTTGTAAGGTCATGGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCTTCCCTTGTCAAGAGACCTTTGAAGTTTGTAAGGTCATGGAGG  600

seq1  GGAAGGGGTTGGAGCCTATACTAACAGGCCTTGAACCTAAGTTAGCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGGTTGGAGCCTATACTAACAGGCCTTGAACCTAAGTTAGCTCTT  650

seq1  TCTACCAACAGGGCATCTGACTTGGGTCAGGAGGGGTGAGTTCTACTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCAACAGGGCATCTGACTTGGGTCAGGAGGGGTGAGTTCTACTTTG  700

seq1  GCAAACAATAATGCCAACCTTCCTCATGATAACTTAGTCATGGTCAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAATAATGCCAACCTTCCTCATGATAACTTAGTCATGGTCAGAGA  750

seq1  TCTTGCCTGGATCCACACTGCTTGGACAGTAGAATTTGGGATAATTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTGGATCCACACTGCTTGGACAGTAGAATTTGGGATAATTTAAA  800

seq1  ATACCTCCCAAGTGCTCACTAGA-TTTTTTTTCCAATTCCTTTTGCTGTG  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCCCAAGTGCTCACTAGATTTTTTTTTCCAATTCCTTTTGCTGTG  850

seq1  GCTGCACCAATAGAAATGGTGCTCTATCCTCTAGTAGAGTTGTTGGTCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACCAATAGAAATGGTGCTCTATCCTCTAGTAGAGTTGTTGGTCCT  900

seq1  CAGCACCCAATGAAATCCATGCAACCTGATCTAATGTCCAGTCATGACTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCCAATGAAATCCATGCAACCTGATCTAATGTCCAGTCATGACTG  950

seq1  GGACTCCTGTTTTTTGTCTTCAGCACTGGAACTGTTCTCAG-AATAGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGACTCCTGTTTTTTGTCTTCAGCACTGGAACTGTTCTCAGAAATAGGGA  1000

seq1  CAG-TTGTTTGAAATACATGTCATGAAATTTTCTGTAAGACGAAAGGAGA  1047
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGTTTGAAATACATGTCATG-AATTTTCTGTAAGACGAAAGGAGA  1049

seq1  CATGCATGCATATTCTTCATAACAG-TTAT-CACCTTGATTGCTCCAAGG  1095
      |||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||
seq2  CATGCATGCATA-TCTTCATTACAGTTTATCCACCTTGATTGCTCC-AGG  1097

seq1  ATTCTGACTCACAAAACCGTGTCCTCTAAACTGAGA--CAGCTGATAAT  1142
      |||||||||||||||  |||  ||||||| ||||||  |||||||||||
seq2  ATTCTGACTCACAAA--CGTTCCCTCTAACCTGAGAACCAGCTGATAAT  1144


seq1: chr12_6631829_6632939
seq2: B6Ng01-229B18.g_63_1161 (reverse)

seq1  GTCTTATTAC-TCTGTACCTGTGAGAGTACACTATCTAGGCTAGAGTATA  49
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATTACTTCTGTA-CTGTGAGAGTACACTATCTAGGCTAGAGTATA  49

seq1  GGTTTGAGAAAACCTTTTGTATTATGGCCAAGATCAAAAGGGAAAAATCC  99
       ||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||  |||||||
seq2  -GTTTGAGAAAAC--TTTGTATTATGGC--AGATCAAAAGG--AAAATCC  92

seq1  AAAGACCAGAGTCTTGAACTCTCCTTAAACAGTATGCCCTCAGTGCTTTT  149
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAGACCAGAGTC-TGAACTCT-CTTAAACAGTATG-CCTCAGTGCTTTT  139

seq1  AATTTCCTGCTTGGTTATCATCCCAGCTCCTGAAGGCATTACCATTCCAG  199
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTGCTTGG-TATCATCCCAGCT-CTGAAGGCATTACCATTCCAG  187

seq1  TAGTACCACAGTCTTTAGCTAATGGCCCCTTACAGTACCATCTGCATTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACCACAGTCTTTAGCTAATGGCCCCTTACAGTACCATCTGCATTCA  237

seq1  AAACTATAGCAACCACACTCTAGGCACGGGTTCACAGGAGAGAAGTACAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATAGCAACCACACTCTAGGCACGGGTTCACAGGAGAGAAGTACAA  287

seq1  GCAATATCAGTTCACACTCCTGATTTTTCTTAGTAAACAAAAAAAATCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATCAGTTCACACTCCTGATTTTTCTTAGTAAACAAAAAAAATCTC  337

seq1  TACATACTTATGCAGAAAAGAGGCTTAATACACATTGCCCGGATTACTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACTTATGCAGAAAAGAGGCTTAATACACATTGCCCGGATTACTGC  387

seq1  ATGTGGGGTAAAGCTGTAGATTTTCTTCTAAATATAGCATCCAGATTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGGTAAAGCTGTAGATTTTCTTCTAAATATAGCATCCAGATTGTG  437

seq1  CAACAAAACAGGTAGTTTGATCATTACTTTTAAGGGGCAATTCAATCCGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAACAGGTAGTTTGATCATTACTTTTAAGGGGCAATTCAATCCGC  487

seq1  AATTAAAGGCCTGATGTACATAAACAGATACACCGTTCTCTTAACACTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAGGCCTGATGTACATAAACAGATACACCGTTCTCTTAACACTCA  537

seq1  CACAGAGAAGTTTCTTTTTAATTGCCTTCCTTATGATTTTAACTTAAAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAAGTTTCTTTTTAATTGCCTTCCTTATGATTTTAACTTAAAAG  587

seq1  CCAGTAATAGTTTTCAAATTAATAACTCATAGTCCATTTGATACAGTGGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAATAGTTTTCAAATTAATAACTCATAGTCCATTTGATACAGTGGT  637

seq1  ATTTAATTAATGAATTCATAACTCCAGTGGCACATTGTCTTTCTGACAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATTAATGAATTCATAACTCCAGTGGCACATTGTCTTTCTGACAGC  687

seq1  TCCTCAGGTTGTTAGTTTCCATATTGCTGACTCTTTGTCTGCTAACCATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGTTGTTAGTTTCCATATTGCTGACTCTTTGTCTGCTAACCATT  737

seq1  TGTAGAGAGGTCAATTTATACCTGTATAATCTTTCTGGACTGGATGGTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGAGGTCAATTTATACCTGTATAATCTTTCTGGACTGGATGGTAA  787

seq1  AAAAAAAAATCATGTGTGTTTTAGAGAGAAAGATGGCTTATTCATGAGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATCATGTGTGTTTTAGAGAGAAAGATGGCTTATTCATGAGTC  837

seq1  TCTTATGTGTGAGGGCTCCAGGATCAGATGGAATTTCACATTGTTTTGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGTGTGAGGGCTCCAGGATCAGATGGAATTTCACATTGTTTTGAA  887

seq1  TTAAACAAAGAAATCAAGGATCATCTGCAATGGTGTTATCTACAGTGTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAAAGAAATCAAGGATCATCTGCAATGGTGTTATCTACAGTGTCA  937

seq1  CTAAGTACTTGGCCTCTCAACATAAACCTTATAGTTACGCAGGTAGATGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTACTTGGCCTCTCAACATAAACCTTATAGTTACGCAGGTAGATGA  987

seq1  GTGAGCTCATGTGTCTCCCTTCTTCTTTCCTACCCCGTTGGCACCCACTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTCATGTGTCTCCCTTCTTCTTTCCTACCCCGTTGGCACCCACTG  1037

seq1  TGCACCCATCTCCCATGCAACTGACAAGAGTTGGCAAACTATGGTTCTTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCATCTCCCATGCAACTGACAAGAGTTGGCAAACTATGGTTCTTG  1087

seq1  AATTAAGAATTC  1111
      ||||||||||||
seq2  AATTAAGAATTC  1099


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |