BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229C17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,119,662 - 27,260,391
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726, Rnf144
Downstream geneSox11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229C17.bB6Ng01-229C17.g
ACCGA042392GA042393
length6411,145
definitionB6Ng01-229C17.b B6Ng01-229C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,119,662 - 27,120,298)(27,259,248 - 27,260,391)
sequence
gaattcactgtagatggagcaaagatgaacatgcatgtactcattcttta
agcatttaaactattttaaattatttacaaatatttgtatttgggggtat
agttttgggtgttggatcatttgaggatgtgtcagacttccacaggagac
attcaggattgtcattgactattccccttgaccactgtgagaaggcctaa
aacactttagtccccagtctccacgctttccccttcctcttcttgccagt
gatgaggggttatagcatccttctctggtacccactaaagcatctgacct
actaatgtagtcaggcctctgcctctttgctgaacaacacaggaacagag
atgcagagtcaccctactccaagactgagagtgctgccctggaccacgag
tctctgttatacaactccccgaactccctctctccataggattctgactc
ccaaggctccctgtggtcttcaccggccacctcccttcacagacatctgg
tctaatatactaccttggcttcttcctccattcaccctctcctcgggctc
tagattcccccccttcctgctcagcctttctagactgcattctacacagt
caccattcaccccccatagactgtgtctacacaggcaaatt
gaattccaatagctgactccctgagggaaatacacatatgtctcatgaca
ttggagaaaacactcgatgctgttcaccataaagaaaatgcaaatttaat
tccccagtgataagcttctccaaggatgactagactaaacaagggacaat
ggggaccaaagttctcagatgttgctggaggaactaaagacagtgagatt
ggtgtagaaacaccttggcccctaatacaaatcactgaatgatccataaa
ttaaagcctgggttgcatccaaagactgttaaaacaagtatccccttgac
aacccattcaaatgtccgtagtagcattactgggatcagtcaaaatgtgt
aaataattcacacactcatcaaattacatggatggacaaaacaggatgtc
cacacaaagtaaagacacccagtactaaaatgaacaaaaatccaagagac
tctacagtagtagtaatgtttagaaatgttgcacacaccagtcatagact
ctgtttgtaagaaaccaccagcacacacaaatctatggagaccgaaatta
gattaatggtgaggtccactaggactgacagtggtagataatttgtgggc
tattgttggacatatggatttctctttgaagtgacaggatgtttccaaac
tggttgagatgatgcatgcaagaatagcctgggaagcacagtgcgtatca
cactgtctctagtatttggtttgttgttgtttgtttgctttttttcagga
aggtctcactgtgtagccctagatgccatggcattctttttgtacaccag
ggtgggcatgaattcacctacagcatcctgcttctgccacctgagtgcta
ggattaaaggcatgtgccaccataccgggcactggatagcccacttacat
ggactgatcatgtagtggctagagtgtatcgattttgaagattgattaaa
agttatttgcagctcagatcccactgcctacccactaaattagcaaatga
gatgggtatttttgccaaagggcttatcatatggattgccagaggtggtt
aagtcttctggagatcctgtctcgtccaaagatatcagcatatttgctgt
gaatggtgggaagaagtatcactactgaaccctcaatgttcctcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27119662_27120298
seq2: B6Ng01-229C17.b_45_684

seq1  GAATTCACTGTAGATGGAGCAAAGATGAACATGCATGTACTCATTCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTAGATGGAGCAAAGATGAACATGCATGTACTCATTCTTTA  50

seq1  AGCATTTAAACTATTTTAAATTATTTACAAATATTTGTATTTGGGGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTAAACTATTTTAAATTATTTACAAATATTTGTATTTGGGGGTAT  100

seq1  AGTTTTGGGTGTTGGATCATTTGAGGATGTGTCAGACTTCCACAGGAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGGGTGTTGGATCATTTGAGGATGTGTCAGACTTCCACAGGAGAC  150

seq1  ATTCAGGATTGTCATTGACTATTCCCCTTGACCACTGTGAGAAGGCCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGATTGTCATTGACTATTCCCCTTGACCACTGTGAGAAGGCCTAA  200

seq1  AACACTTTAGTCCCCAGTCTCCACGCTTTCCCCTTCCTCTTCTTGCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTTAGTCCCCAGTCTCCACGCTTTCCCCTTCCTCTTCTTGCCAGT  250

seq1  GATGAGGGGTTATAGCATCCTTCTCTGGTACCCACTAAAGCATCTGACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGGGTTATAGCATCCTTCTCTGGTACCCACTAAAGCATCTGACCT  300

seq1  ACTAATGTAGTCAGGCCTCTGCCTCTTTGCTGAACAACACAGGAACAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGTAGTCAGGCCTCTGCCTCTTTGCTGAACAACACAGGAACAGAG  350

seq1  ATGCAGAGTCACCCTACTCCAAGACTGAGAGTGCTGCCCTGGACCACGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGTCACCCTACTCCAAGACTGAGAGTGCTGCCCTGGACCACGAG  400

seq1  TCTCTGTTATACAACTCCCCGAACTCCCTCTCTCCATAGGATTCTGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTATACAACTCCCCGAACTCCCTCTCTCCATAGGATTCTGACTC  450

seq1  CCAAGGCTCCCTGTGGTCTTCACCGGCCACCTCCCTTCACAGACATCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCTCCCTGTGGTCTTCACCGGCCACCTCCCTTCACAGACATCTGG  500

seq1  TCTAATATACTACCTTGGCTTCTTCCTCCATTCACCCTCTCCTCGGGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATATACTACCTTGGCTTCTTCCTCCATTCACCCTCTCCTCGGGCTC  550

seq1  TAGATTCCCCCCCTTCCTGCTCAGCCTTTCTAGACTGCA-TCTACACAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGATTCCCCCCCTTCCTGCTCAGCCTTTCTAGACTGCATTCTACACAGT  600

seq1  CACCATTCA-CCCCCATAGACTGTGTCTACACA-GCAAAT  637
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACCATTCACCCCCCATAGACTGTGTCTACACAGGCAAAT  640

seq1: chr12_27259248_27260391
seq2: B6Ng01-229C17.g_66_1210 (reverse)

seq1  CGAGGAACATTGAGGG-TCAGTAGTGGTTTCCTCTCTCCA-CATTCACAG  48
      |||||||||||||||| |||||||| | | | |||  ||| |||||||| 
seq2  CGAGGAACATTGAGGGTTCAGTAGT-GATACTTCTTCCCACCATTCACA-  48

seq1  GCCAATATGGCTGATAATCTTTGAAGGAGGACAGGATCT-CAGGAGACTT  97
      || ||||| |||||| ||||||| | || |||||||||| ||| ||||||
seq2  GCAAATAT-GCTGAT-ATCTTTGGACGA-GACAGGATCTCCAGAAGACTT  95

seq1  AACCACCTCTGGCCAT-CATATGATAAG-CCTTTGGC-AAAATACCCATC  144
      ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  AACCACCTCTGGCAATCCATATGATAAGCCCTTTGGCAAAAATACCCATC  145

seq1  TCATTTGCTAA-TTAGTGGGTAGGCAGTGGGATCTGAGCTGCAAATAACT  193
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGCTAATTTAGTGGGTAGGCAGTGGGATCTGAGCTGCAAATAACT  195

seq1  TTTAAATCAATCTTCAAAATCGATACACTCTAGCCACTACATGATCAGTT  243
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTT-AATCAATCTTCAAAATCGATACACTCTAGCCACTACATGATCAGTC  244

seq1  CATGTAAGTGGGCTATCCAGTGCCCGGTATGGTGGCACATGCCTTTAATC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAGTGGGCTATCCAGTGCCCGGTATGGTGGCACATGCCTTTAATC  294

seq1  CTAGCACTCAGGTGGCAGAAGCAGGATGCTGTAGGTGAATTCATGCCCAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACTCAGGTGGCAGAAGCAGGATGCTGTAGGTGAATTCATGCCCAC  344

seq1  CCTGGTGTACAAAAAGAATGCCATGGCATCTAGGGCTACACAGTGAGACC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGTACAAAAAGAATGCCATGGCATCTAGGGCTACACAGTGAGACC  394

seq1  TTCCTGAAAAAAAGCAAACAAACAACAACAAACCAAATACTAGAGACAGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAAAAAAAGCAAACAAACAACAACAAACCAAATACTAGAGACAGT  444

seq1  GTGATACGCACTGTGCTTCCCAGGCTATTCTTGCATGCATCATCTCAACC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACGCACTGTGCTTCCCAGGCTATTCTTGCATGCATCATCTCAACC  494

seq1  AGTTTGGAAACATCCTGTCACTTCAAAGAGAAATCCATATGTCCAACAAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGAAACATCCTGTCACTTCAAAGAGAAATCCATATGTCCAACAAT  544

seq1  AGCCCACAAATTATCTACCACTGTCAGTCCTAGTGGACCTCACCATTAAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACAAATTATCTACCACTGTCAGTCCTAGTGGACCTCACCATTAAT  594

seq1  CTAATTTCGGTCTCCATAGATTTGTGTGTGCTGGTGGTTTCTTACAAACA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTCGGTCTCCATAGATTTGTGTGTGCTGGTGGTTTCTTACAAACA  644

seq1  GAGTCTATGACTGGTGTGTGCAACATTTCTAAACATTACTACTACTGTAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTATGACTGGTGTGTGCAACATTTCTAAACATTACTACTACTGTAG  694

seq1  AGTCTCTTGGATTTTTGTTCATTTTAGTACTGGGTGTCTTTACTTTGTGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTGGATTTTTGTTCATTTTAGTACTGGGTGTCTTTACTTTGTGT  744

seq1  GGACATCCTGTTTTGTCCATCCATGTAATTTGATGAGTGTGTGAATTATT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCCTGTTTTGTCCATCCATGTAATTTGATGAGTGTGTGAATTATT  794

seq1  TACACATTTTGACTGATCCCAGTAATGCTACTACGGACATTTGAATGGGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTTTGACTGATCCCAGTAATGCTACTACGGACATTTGAATGGGT  844

seq1  TGTCAAGGGGATACTTGTTTTAACAGTCTTTGGATGCAACCCAGGCTTTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGGGGATACTTGTTTTAACAGTCTTTGGATGCAACCCAGGCTTTA  894

seq1  ATTTATGGATCATTCAGTGATTTGTATTAGGGGCCAAGGTGTTTCTACAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGGATCATTCAGTGATTTGTATTAGGGGCCAAGGTGTTTCTACAC  944

seq1  CAATCTCACTGTCTTTAGTTCCTCCAGCAACATCTGAGAACTTTGGTCCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCACTGTCTTTAGTTCCTCCAGCAACATCTGAGAACTTTGGTCCC  994

seq1  CATTGTCCCTTGTTTAGTCTAGTCATCCTTGGAGAAGCTTATCACTGGGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCCCTTGTTTAGTCTAGTCATCCTTGGAGAAGCTTATCACTGGGG  1044

seq1  AATTAAATTTGCATTTTCTTTATGGTGAACAGCATCGAGTGTTTTCTCCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATTTGCATTTTCTTTATGGTGAACAGCATCGAGTGTTTTCTCCA  1094

seq1  ATGTCATGAGACATATGTGTATTTCCCTCAGGGAGTCAGCTATTGGAATT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATGAGACATATGTGTATTTCCCTCAGGGAGTCAGCTATTGGAATT  1144

seq1  C  1144
      |
seq2  C  1145