BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229D11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 10,072,853 - 10,213,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382567
Upstream geneLOC633030, LOC100042238, Osr1
Downstream geneNt5c1b, Rdh14, LOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229D11.bB6Ng01-229D11.g
ACCGA042427GA042428
length1,1341,123
definitionB6Ng01-229D11.b B6Ng01-229D11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,072,853 - 10,073,997)(10,212,078 - 10,213,208)
sequence
gaattcttctccttctaagcttggagaaataacatattggggtctatgtc
acagactgtcaccactgtcaatgtctctgtctgtgtttctgcattgccta
tatattttaaagttgggagaagcttgtttttctacttggggtttctccat
gaaaatgatggttgcatttgactctttcatcatggggcctttctaagcta
tagaataacataggtgcttcataaagattaatgcacatatacatggctca
cctgaagacaacattcataacttacaattattgataatctggtgctattt
acactcagaatctgctttgtatgttttgagtgagtaaattaataagtcaa
tgaatgagcaagtgagtaaatgaatatgcagacaaatgagtaatgtctaa
cctagggagcagcaagtaaatgaggcaggcagatgctcctgagactgagg
gttcaggcaggagtagtttctgtgatcaaaaacacagaaggctctgacta
ctgagttcattggaatataatcccaagcatgtccctccatctgagacatt
tacgtgccaatattctggaattctgagactcacacttgcattctagaaat
tctgtgtataaatggaagatatctatgcatcattagagcctacaatcatt
ttcattgataacagtacttaattaagctgttgttaatcagatccaaatat
tactcatgtgactgtacagcatatattaatgttgactcaatagccaggta
gcaatagaaatggaaagtagaaatcacatgtgctttaaagtccatgaata
tctgctccaatggctttatttgaccctttactagcagggtgatcacacac
gagtgacttagactcattagctaccttgaaaggatctccatgcagtctaa
ttttcagggattattttacagactaatggcatggcacaaggagccatgga
caccatgcttggggaaagaagaggatccagaaggaggctttatctcagca
gccttctggattatgtcattacaacacatgggtttgatatatttagggta
atggaccagtggcggaaatctggagttatgggacaggacctgttctaaaa
tattctaacattccttaaaatgctatggcactgg

gaattcagagatctaccctgattttgcctcttggattttgattcttattt
tttaattgattattctcatactaataaaatttatattatctttctatatc
tattcttgtgcatctcatgttagtatatattacaggtccaatggtgcaaa
aatactagattttaaaagtaagctgactaaagaaagatcacatatatgta
tatgtgtattaatagtgtttgttatattgagtgtcttattaaattttcta
gagtaatatcccttactccaatacttgttattataagcagtgagattact
atatagtatgactctatcaatacaattattaaaggcatcaagtacacatg
aatctttgaagtcatgaccactctttgtgtgtatgacaagaggtgacccc
ataaaatccacagagagtatgaaaataattgaaacaataaagtcagtgta
caatcttgaactgaattgcttcaatcaagaagaaatatgaacatagtcct
tattacaagttggagcatctgctggctatatgccccggagaggaactgct
ggatcctctggtagtactatgtccaattttctgaggaaccaccagactga
tttccagagtggttgtaccagcttgcaatctcatcagcaatggaggagta
ttcctctttctccacatcctctccagcatctgctgtcacctgagtttttg
atcttagccatattgactggtatgagatagactctcagggttgttttgat
ttgcatttccctgatttctaaggatgttgaacatttctttaggtgcttct
cagccatttaagttcctcagttgagaattctctgtttagctctgttcccc
atttttgatagggttatttggttattttctcccctctagcattcttcttc
ccctagtctgcatagttataatttgttcggattcttttcttctttatatt
tctacctgcctgttaactaaatttctttcttcagtattttttcttatact
aacatttctagatcatatctactgattgcagaccttagaaactgtagttt
cacaaatatctggtgtaatgcctattagctgagtgaaattacatgttttt
ttaataaaggaacacaggatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_10072853_10073997
seq2: B6Ng01-229D11.b_47_1180

seq1  GAATTCTTCTCCTTCTAAGCTTGGAGAAATAACATATTGGGGTCTATGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCCTTCTAAGCTTGGAGAAATAACATATTGGGGTCTATGTC  50

seq1  ACAGACTGTCACCACTGTCAATGTCTCTGTCTGTGTTTCTGCATTGCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGTCACCACTGTCAATGTCTCTGTCTGTGTTTCTGCATTGCCTA  100

seq1  TATATTTTAAAGTTGGGAGAAGCTTGTTTTTCTACTTGGGGTTTCTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTAAAGTTGGGAGAAGCTTGTTTTTCTACTTGGGGTTTCTCCAT  150

seq1  GAAAATGATGGTTGCATTTGACTCTTTCATCATGGGGCCTTTCTAAGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGATGGTTGCATTTGACTCTTTCATCATGGGGCCTTTCTAAGCTA  200

seq1  TAGAATAACATAGGTGCTTCATAAAGATTAATGCACATATACATGGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAACATAGGTGCTTCATAAAGATTAATGCACATATACATGGCTCA  250

seq1  CCTGAAGACAACATTCATAACTTACAATTATTGATAATCTGGTGCTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGACAACATTCATAACTTACAATTATTGATAATCTGGTGCTATTT  300

seq1  ACACTCAGAATCTGCTTTGTATGTTTTGAGTGAGTAAATTAATAAGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAGAATCTGCTTTGTATGTTTTGAGTGAGTAAATTAATAAGTCAA  350

seq1  TGAATGAGCAAGTGAGTAAATGAATATGCAGACAAATGAGTAATGTCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAGCAAGTGAGTAAATGAATATGCAGACAAATGAGTAATGTCTAA  400

seq1  CCTAGGGAGCAGCAAGTAAATGAGGCAGGCAGATGCTCCTGAGACTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGAGCAGCAAGTAAATGAGGCAGGCAGATGCTCCTGAGACTGAGG  450

seq1  GTTCAGGCAGGAGTAGTTTCTGTGATCAAAAACACAGAAGGCTCTGACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGCAGGAGTAGTTTCTGTGATCAAAAACACAGAAGGCTCTGACTA  500

seq1  CTGAGTTCATTGGAATATAATCCCAAGCATGTCCCTCCATCTGAGACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCATTGGAATATAATCCCAAGCATGTCCCTCCATCTGAGACATT  550

seq1  TACGTGCCAATATTCTGGAATTCTGAGACTCACACTTGCATTCTAGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGCCAATATTCTGGAATTCTGAGACTCACACTTGCATTCTAGAAAT  600

seq1  TCTGTGTATAAATGGAAGATATCTATGCATCATTAGAGCCTACAATCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTATAAATGGAAGATATCTATGCATCATTAGAGCCTACAATCATT  650

seq1  TTCATTGATAACAGTACTTAATTAAGCTGTTGTTAATCAGATCCAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGATAACAGTACTTAATTAAGCTGTTGTTAATCAGATCCAAATAT  700

seq1  TACTCATGTGACTGTACAGCATATATTAATGTTGACTCAATAGCCAGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATGTGACTGTACAGCATATATTAATGTTGACTCAATAGCCAGGTA  750

seq1  GCAATAGAAATGGAAAGTAGAAATCACATGTGCTTTAAAGTCCATGAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGAAATGGAAAGTAGAAATCACATGTGCTTTAAAGTCCATGAATA  800

seq1  TCTGCTCCAATGGCTTTATTTGACCCTTTACTAGCAGGGTGATCACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCCAATGGCTTTATTTGACCCTTTACTAGCAGGGTGATCACACAC  850

seq1  GAGTGACTTAGACTCATTAGCTACCTTGAAAGGATCTCCATGCAGTCTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGACTTAGACTCATTAGCTACCTTGAAAGGATCTCCATGCAGTCTAA  900

seq1  TTTTCA-GGATTATTTTACAGACTAATGGCATGGCACAAAGAGCCATGGA  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTTCAGGGATTATTTTACAGACTAATGGCATGGCACAAGGAGCCATGGA  950

seq1  CACCATGCTT-GGGAAAGAAGA-GATCCAGAAGGAGCTTTAATCTCAGCA  997
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||
seq2  CACCATGCTTGGGGAAAGAAGAGGATCCAGAAGGAGGCTTTATCTCAGCA  1000

seq1  GCCTTCTGGATTATGTCATTACAACACCATTGGTTTGATAATTATTTA-G  1046
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||| |
seq2  GCCTTCTGGATTATGTCATTACAACA-CATGGGTTTGATA--TATTTAGG  1047

seq1  GTAATGAACCAGTGGTTTGAAAATTCTTGAGTTATGGAACAGGAACCTGT  1096
      |||||| ||||||||   | ||| ||| ||||||||| ||||| ||||||
seq2  GTAATGGACCAGTGG--CGGAAA-TCTGGAGTTATGGGACAGG-ACCTGT  1093

seq1  TTCCTAAAAATTAATTCTAAACATCCCTTAGAAATGCTAATGGCACTGG  1145
      |  ||||||    ||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||
seq2  T--CTAAAA---TATTCT-AACATTCCTTA-AAATGCT-ATGGCACTGG  1134


seq1: chr12_10212078_10213208
seq2: B6Ng01-229D11.g_66_1187 (reverse)

seq1  ATATACTGTGTTTCCTTTAATTAAAAAAAACATGTATTTTCAACTCAGCT  50
      |||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  ATATCCTGTG-TTCCTTTA--TTAAAAAAACATGTAATTTC-ACTCAGCT  46

seq1  AAATTAGGGCATTACACAAGATATTTGTGAAACTACAAGTTTTCTAAGGT  100
      ||  || |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  AA--TA-GGCATTACACCAGATATTTGTGAAACTACA--GTTTCTAAGGT  91

seq1  CTGCAATTCAGTAGATATGGATCTAGGAATGTAGTTATA--GAAATATAC  148
      |||||| ||||||||||| ||||||| |||||   ||||   ||| ||||
seq2  CTGCAA-TCAGTAGATAT-GATCTAGAAATGTTAGTATAAGAAAAAATAC  139

seq1  TGAAGAAAGAAATTTAGTTAACAGGCAGGTAGAAATATAAAGAAGAAAAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAGAAATTTAGTTAACAGGCAGGTAGAAATATAAAGAAGAAAAG  189

seq1  AATCCGAACAAA-TATAACTATGCAGACTAGGGGAAGAAGAATGCTAGAG  247
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCGAACAAATTATAACTATGCAGACTAGGGGAAGAAGAATGCTAGAG  239

seq1  GGGAGAAAATAACCAAATAACCCTATCAAAAATGGGGAACAGAGCTAAAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAAATAACCAAATAACCCTATCAAAAATGGGGAACAGAGCTAAAC  289

seq1  AGAGAATTCTCAACTGAGGAAACTTAAATGGCTGAGAAGCACCTAAAGAA  347
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATTCTCAACTGAGG-AACTTAAATGGCTGAGAAGCACCTAAAGAA  338

seq1  ATGTTCAACATCCTTAGAAATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAACATCCTTAGAAATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGA  388

seq1  GAGTCTATCTCATACCAGTCAATATGGCTAAGATCAAAAACTCAGGTGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTATCTCATACCAGTCAATATGGCTAAGATCAAAAACTCAGGTGAC  438

seq1  AGCAGATGCTGGAGAGGATGTGGAGAAAGAGGAATACTCCTCCATTGCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATGCTGGAGAGGATGTGGAGAAAGAGGAATACTCCTCCATTGCTG  488

seq1  ATGAGATTGCAAGCTGGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGTGGTTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTGCAAGCTGGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGTGGTTCC  538

seq1  TCAGAAAATTGGACATAGTACTACCAGAGGATCCAGCAGTTCCTCTCCGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAATTGGACATAGTACTACCAGAGGATCCAGCAGTTCCTCTCCGG  588

seq1  GGCATATAGCCAGCAGATGCTCCAACTTGTAATAAGGACTATGTTCATAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATAGCCAGCAGATGCTCCAACTTGTAATAAGGACTATGTTCATAT  638

seq1  TTCTTCTTGATTGAAGCAATTCAGTTCAAGATTGTACACTGACTTTATTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTGATTGAAGCAATTCAGTTCAAGATTGTACACTGACTTTATTG  688

seq1  TTTCAATTATTTTCATACTCTCTGTGGATTTTATGGGGTCACCTCTTGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATTATTTTCATACTCTCTGTGGATTTTATGGGGTCACCTCTTGTC  738

seq1  ATACACACAAAGAGTGGTCATGACTTCAAAGATTCATGTGTACTTGATGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACAAAGAGTGGTCATGACTTCAAAGATTCATGTGTACTTGATGC  788

seq1  CTTTAATAATTGTATTGATAGAGTCATACTATATAGTAATCTCACTGCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATAATTGTATTGATAGAGTCATACTATATAGTAATCTCACTGCTT  838

seq1  ATAATAACAAGTATTGGAGTAAGGGATATTACTCTAGAAAATTTAATAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAACAAGTATTGGAGTAAGGGATATTACTCTAGAAAATTTAATAAG  888

seq1  ACACTCAATATAACAAACACTATTAATACACATATACATATATGTGATCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAATATAACAAACACTATTAATACACATATACATATATGTGATCT  938

seq1  TTCTTTAGTCAGCTTACTTTTAAAATCTAGTATTTTTGCACCATTGGACC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAGTCAGCTTACTTTTAAAATCTAGTATTTTTGCACCATTGGACC  988

seq1  TGTAATATATACTAACATGAGATGCACAAGAATAGATATAGAAAGATAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATATATACTAACATGAGATGCACAAGAATAGATATAGAAAGATAAT  1038

seq1  ATAAATTTTATTAGTATGAGAATAATCAATTAAAAAATAAGAATCAAAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTTATTAGTATGAGAATAATCAATTAAAAAATAAGAATCAAAAT  1088

seq1  CCAAGAGGCAAAATCAGGGTAGATCTCTGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGGCAAAATCAGGGTAGATCTCTGAATTC  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |