BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231A05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 11,398,892 - 11,557,847
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVsnl1, EG209550
Upstream geneRdh14, LOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6
Downstream geneLOC217390, LOC628327, LOC627110, LOC100043209, D12Ertd553e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231A05.bB6Ng01-231A05.g
ACCGA043727GA043728
length1,145176
definitionB6Ng01-231A05.b B6Ng01-231A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,398,892 - 11,400,051)(11,557,673 - 11,557,847)
sequence
gaattcctaagcaaattctgtgggaaaagggtctggatatggcaggatat
aaatgggaaaaatgagtctcacccttgaagggttcacacataccttaaac
acaaagcatgatgaaatgatggtcatgacagaacgttgtagtgacagagg
acagacaaagagatagaatcccaccaggcagtcaactttatctgtggcta
attcccaggtaataactccactatacctgtgcaaatacacaaattatccc
tgctacctttgtagaaccctttctccttagagagaagccagcaacttgca
aaacagataagtaccaccattagtcaactgtgtcctaccactgcatgcca
tggagggatcagagcagccagagcaggacacagggaacccaagctctctc
tgaatcctccctcttcctcctggtatctctgatataggttctagattctt
gtactggggactggtacacaccatacacttagggaagaccaaagcctgtg
agagctgcctctacaagcttcttgtgcaaaccttctggttttagactaga
ggatttgacacttgggaaagtgagagattctcttagatcacagaggcagc
tgggggctgaactgtgatgagaagcctgggatactgagccagctggtgtc
tgacccctgacccttgtggtatgctgtccctaagccaaaagctcaaaggc
tataatagccaagcatgtttatctctgtgcaaagaggttcaaccgaccca
tgttgtcattctgctagggccctgcaaacaagtgattgtgggctgctact
ttctaaaggatgttaagagggttgggaactaagagtcatagttgcccaga
tcattgtatagtggtttccttttgaataaagacagtcacttgagatcttg
ataatttctactccattttttccttcctccaagagccaagtcttcataag
ctgtatgtctcaggggatagtgagggtgttgatggcaggctggcatttca
gtgctgtctgggaccaagcagcttcggggagagagtcctttctcacagta
tttcttcttgatgccaatcgccctcaaaccaaaacctcagggatacagct
gagttctggcccacagcttgaaatagcagagtggggacctcaggg
cttcacaccattggatgcctccttacagattttaaaccatctagcagaca
catgcagggagggggggtgggaatatgtttaaaaatgacaagtaaaagat
gttttataaactccagatggagtttggtctttactcaaataaagcatgca
aagacatccactacaccagggtggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_11398892_11400051
seq2: B6Ng01-231A05.b_45_1189

seq1  GAATTCCTAAGCAAATTCTGTGGGAAAAGGGTCTGGATATGGCAGGATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGCAAATTCTGTGGGAAAAGGGTCTGGATATGGCAGGATAT  50

seq1  AAATGGGAAAAATGAGTCTCACCCTTGAAGGGTTCACACATACCTTAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGAAAAATGAGTCTCACCCTTGAAGGGTTCACACATACCTTAAAC  100

seq1  ACAAAGCATGATGAAATGATGGTCATGACAGAACGTTGTAGTGACAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCATGATGAAATGATGGTCATGACAGAACGTTGTAGTGACAGAGG  150

seq1  ACAGACAAAGAGATAGAATCCCACCAGGCAGTCAACTTTATCTGTGGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAAAGAGATAGAATCCCACCAGGCAGTCAACTTTATCTGTGGCTA  200

seq1  ATTCCCAGGTAATAACTCCACTATACCTGTGCAAATACACAAATTATCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGGTAATAACTCCACTATACCTGTGCAAATACACAAATTATCCC  250

seq1  TGCTACCTTTGTAGAACCCTTTCTCCTTAGAGAGAAGCCAGCAACTTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTTTGTAGAACCCTTTCTCCTTAGAGAGAAGCCAGCAACTTGCA  300

seq1  AAACAGATAAGTACCACCATTAGTCAACTGTGTCCTACCACTGCATGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATAAGTACCACCATTAGTCAACTGTGTCCTACCACTGCATGCCA  350

seq1  TGGAGGGATCAGAGCAGCCAGAGCAGGACACAGGGAACCCAAGCTCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGATCAGAGCAGCCAGAGCAGGACACAGGGAACCCAAGCTCTCTC  400

seq1  TGAATCCTCCCTCTTCCTCCTGGTATCTCTGATATAGGTTCTAGATTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCTCCCTCTTCCTCCTGGTATCTCTGATATAGGTTCTAGATTCTT  450

seq1  GTACTGGGGACTGGTACACACCATACACTTAGGGAAGACCAAAGCCTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGGGACTGGTACACACCATACACTTAGGGAAGACCAAAGCCTGTG  500

seq1  AGAGCTGCCTCTACAAGCTTCTTGTGCAAACCTTCTGGTTTTAGACTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCCTCTACAAGCTTCTTGTGCAAACCTTCTGGTTTTAGACTAGA  550

seq1  GGATTTGACACTTGGGAAAGTGAGAGATTCTCTTAGATCACAGAGGCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGACACTTGGGAAAGTGAGAGATTCTCTTAGATCACAGAGGCAGC  600

seq1  TGGGGGCTGAACTGTGATGAGAAGCCTGGGATACTGAGCCAGCTGGTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGCTGAACTGTGATGAGAAGCCTGGGATACTGAGCCAGCTGGTGTC  650

seq1  TGACCCCTGACCCTTGTGGTATGCTGTCCCTAAGCCAAAAGCTCAAAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCCTGACCCTTGTGGTATGCTGTCCCTAAGCCAAAAGCTCAAAGGC  700

seq1  TATAATAGCCAAGCATGTTTATCTCTGTGCAAAGAGGTTCAACCGACCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAGCCAAGCATGTTTATCTCTGTGCAAAGAGGTTCAACCGACCCA  750

seq1  TGTTGTCATTCTGCTAGGGCCCTGCAAACAAGTGATTGTGGGCTGCTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCATTCTGCTAGGGCCCTGCAAACAAGTGATTGTGGGCTGCTACT  800

seq1  TTCTAAAGGATGTTAAGAGGGTTGGGAACTAAGAGTCATAGTTGCCCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGGATGTTAAGAGGGTTGGGAACTAAGAGTCATAGTTGCCCAGA  850

seq1  TCATTGTATAGTGGTTTCCTTTTGAATAAAGACAGTCACTTGAGATCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTATAGTGGTTTCCTTTTGAATAAAGACAGTCACTTGAGATCTTG  900

seq1  ATAATTTCTACTCCATTTTTTCCTTCCTCCAAGAGCCAAGTCTTCATAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTCTACTCCATTTTTTCCTTCCTCCAAGAGCCAAGTCTTCATAAG  950

seq1  CTGTATGTCTCAGGGGATAGTGAGGGTGTTGATGGCAGGCTGGCATTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGTCTCAGGGGATAGTGAGGGTGTTGATGGCAGGCTGGCATTTCA  1000

seq1  GTGCTGTCTGGGAACCAAAGCAGCTTCGGGGAAGAGAAGTCCTTTCTCAC  1050
      |||||||||||||  | |||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  GTGCTGTCTGGGA--CCAAGCAGCTTCGGGG-AGAG-AGTCCTTTCTCAC  1046

seq1  AGTA-TTCT--CTGATGCC-ATCG-CCTCAAACCCAAAACCTCAAGGGAT  1095
      |||| ||||   ||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||| 
seq2  AGTATTTCTTCTTGATGCCAATCGCCCTCAAA-CCAAAACCTC-AGGGA-  1093

seq1  TACAGCTGAGGTTCTGGCCCACAAGCTTGAAATAG-GCAGTGGGACTCAA  1144
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||||      
seq2  TACAGCTGA-GTTCTGGCCCAC-AGCTTGAAATAGCAGAGTGGG------  1135

seq1  GGCTCCATCCTCAGGG  1160
              ||||||||
seq2  ------GACCTCAGGG  1145

seq1: chr12_11557673_11557847
seq2: B6Ng01-231A05.g_73_248 (reverse)

seq1  ATCCACCCTGGTGT-CTGGATGTCTTTACATGCTTTATCTGAGTAAAGAC  49
      ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  ATCCACCCTGGTGTAGTGGATGTCTTTGCATGCTTTATTTGAGTAAAGAC  50

seq1  CAAACTCCATCTGGAGTTTATAAAACATCTTTTACTTGTCATTTTTAAAC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCCATCTGGAGTTTATAAAACATCTTTTACTTGTCATTTTTAAAC  100

seq1  ATATTCCCACCCCCCCTCCCTGCATGTGTCTGCTAGATGGTTTAAAATCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCCACCCCCCCTCCCTGCATGTGTCTGCTAGATGGTTTAAAATCT  150

seq1  GTAAGGAGGCATCCAATGGTGTGAAG  175
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAGGCATCCAATGGTGTGAAG  176