BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231L13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 99,653,467 - 99,789,100
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnk10
Upstream geneLOC382626, LOC100039743, LOC667732, LOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc, Gpr65
Downstream geneSpata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5, LOC100039845, Ttc8, EG667779, Ches1, LOC100039892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231L13.bB6Ng01-231L13.g
ACCGA044242GA044243
length1,1591,175
definitionB6Ng01-231L13.b B6Ng01-231L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,787,946 - 99,789,100)(99,653,467 - 99,654,616)
sequence
gaattcacatatacatttgctcattaaaagcacatttatttactggttgg
caggttctatacagaagtctgagaagcaagaacagccacattttgtattt
tttttttcatgttgtatcaagagaaatgctctagcatcctaagttaattc
taaagtcaatttttgcaatttagcaattttgaaataagtatgtattgaat
ctgaaataagaatcaatctacctctttgtctgtctgtttatacatttata
tgtttaattttgcagtgataaggattgaatttagggtctctacaatgaca
aaagctatcttggagttatagtcacagccgtaaaaatattattctatcaa
tgatattgatttaattagacatttttaatttttatgaggctcataggata
atgatacattttataactgattgtgtgttgaattggtagcaaatatttgc
ataatactaaacttttgatgaacataacgtcttgaattagaatttactat
ttgtcaagcgtctaattttaggggccaaggtagatcaaggggcaccagga
ctcaggggcctggatgtccagatccaggggagaagaagcagaaggtagat
gaacagctcctgctgtgtagactacaacagcgggactgagtcacatttcc
cagtgtcctccatctctgtatgggctctctttttctggcctgctacacaa
gctgaggtgagtcatgtagtgcgattctgtcagatgccagaagagagcag
gggggatgagagacaacagcaagggctacggtgtgtaggatggagagtaa
taacaagatcaaggccagcgggtgcacctagaagcacctggggctaacac
agcgtcagtaatatcactttatcaagtattccaccattgcccatttcaaa
gccgttattacttctagtaataaaataccctgcgtctgagtaattattag
gcaccattactacactagccttgcttcaagcatgaaactggttggtgact
cgtctaacattacacagcaaggtggttagggtcagatgcagctttggtgt
acaggcatcaacatctttgtcttatttcaatgtgctgcttctggtgaccc
cacatctcataatacacatggaaccttggtgtccaggtggtatgtatctc
aagtctagc
gaattcactgccctcctccttctgaattattgtcttaaacaacacaaaac
cctctgagataatttgctccgcctccactgtacactcttagcatgatgtc
tgacttgtgtttttcaaacttttaatgtgcgtgagatgcacctggagagc
cagggaagaggaaaccttctggtcctgggttgggccctaggatttagggt
ttctaatgcacaccctcatgatgctgcaatgacgcttgttccataatcca
actttaggggccaagaaccttgtcctctccagccttggcaccccactgtt
ggaggtacttcattcaagccacttgtgcctgacgttatcaagccaggtaa
agaaaatgtaagctgctggcgaagagcttaccccaaaccagtaaatacca
tgaaagcaaaccaaagccctctgtatcctgagcatttggccaaaaagagg
ggaggggaagagagaacctgagagtcatggaaggaaaaacacacccaaat
tcattataaaaattcactctgaagtaggggagggggcatgttctttagtg
aagcctgaagaaaagcatctccaaccctccccccccaaaaaacagacagc
aaataaaactaaaacagagctgtttatttccttaactacgttctcccgaa
atccaaaaccttgagggcaagcagatgaatttttccagaaactgggatca
tgttgcccctgtctctacctaccaaaggcattgagcagctaaggacgaat
gaggctacttcttcgttccatgacactgagaggtgtctgtacaaatgggc
aggctaaataaatcaaatgtccaaggctgtgtgagcccagaaaattaact
gcctggtgagatcagcttccttcctgaatgaatgaagcccttacacctag
cttttcctgactcctgtggtcaaaagaatgcgcccacctctccagtttcc
gtttaacatgaaaatggattagcatttcgtaggttgtggcacatcaacat
tggggagaccctttcggaatcataagaggtgaaggtcaggaggctttatc
ttaaacccaagctccctatttagaaaagggaacaacttttcttcagacca
gaatgggaagaagtccatttatgaggaattccagaggcccatataggcta
gcatgagtcagcttagcccaagtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_99787946_99789100
seq2: B6Ng01-231L13.b_49_1207 (reverse)

seq1  GCTAGATTTTGAGGATACATA-CAACTGGACACAACG--TCCATGTGTAT  47
      ||||||  |||| |||||||| || |||||||| | |  |||||||||||
seq2  GCTAGA-CTTGA-GATACATACCACCTGGACACCAAGGTTCCATGTGTAT  48

seq1  TATGAGATGTGGGGTCA-CAG-AGCAGCACATTG-AATAAGACAAAGATG  94
      ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATGAGATGTGGGGTCACCAGAAGCAGCACATTGAAATAAGACAAAGATG  98

seq1  TTGATGCCTGTACACCAAAGCTTGCATCCTGACCCT-ACCA-CTTGCTGT  142
      ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||
seq2  TTGATGCCTGTACACCAAAGC-TGCAT-CTGACCCTAACCACCTTGCTGT  146

seq1  GTAATGTTAGACGAGTCACCAACCAGTTTCATGCTTGAAGCAAGGCTAGT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTTAGACGAGTCACCAACCAGTTTCATGCTTGAAGCAAGGCTAGT  196

seq1  GTAGTAATGGTGCCTAATAAATACTCAGACGCAGGGTATTTTATTACTAG  242
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAATGGTGCCTAATAATTACTCAGACGCAGGGTATTTTATTACTAG  246

seq1  AAGTAATAACGGCTTTGAAATGGGCAATGGTGGAATACTTGATAAAGTGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATAACGGCTTTGAAATGGGCAATGGTGGAATACTTGATAAAGTGA  296

seq1  TATTACTGACGCTGTGTTAGCCCCAGGTGCTTCTAGGTGCACCCGCTGGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTGACGCTGTGTTAGCCCCAGGTGCTTCTAGGTGCACCCGCTGGC  346

seq1  CTTGATCTTGTTATTACTCTCCATCCTACACACCGTAGCCCTTGCTGTTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTTGTTATTACTCTCCATCCTACACACCGTAGCCCTTGCTGTTG  396

seq1  TCTCTCATCCCCCCTGCTCTCTTCTGGCATCTGACAGAATCGCACTACAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCATCCCCCCTGCTCTCTTCTGGCATCTGACAGAATCGCACTACAT  446

seq1  GACTCACCTCAGCTTGTGTAGCAGGCCAGAAAAAGAGAGCCCATACAGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCACCTCAGCTTGTGTAGCAGGCCAGAAAAAGAGAGCCCATACAGAG  496

seq1  ATGGAGGACACTGGGAAATGTGACTCAGTCCCGCTGTTGTAGTCTACACA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGACACTGGGAAATGTGACTCAGTCCCGCTGTTGTAGTCTACACA  546

seq1  GCAGGAGCTGTTCATCTACCTTCTGCTTCTTCTCCCCTGGATCTGGACAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGCTGTTCATCTACCTTCTGCTTCTTCTCCCCTGGATCTGGACAT  596

seq1  CCAGGCCCCTGAGTCCTGGTGCCCCTTGATCTACCTTGGCCCCTAAAATT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCCCTGAGTCCTGGTGCCCCTTGATCTACCTTGGCCCCTAAAATT  646

seq1  AGACGCTTGACAAATAGTAAATTCTAATTCAAGACGTTATGTTCATCAAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCTTGACAAATAGTAAATTCTAATTCAAGACGTTATGTTCATCAAA  696

seq1  AGTTTAGTATTATGCAAATATTTGCTACCAATTCAACACACAATCAGTTA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTATTATGCAAATATTTGCTACCAATTCAACACACAATCAGTTA  746

seq1  TAAAATGTATCATTATCCTATGAGCCTCATAAAAATTAAAAATGTCTAAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTATCATTATCCTATGAGCCTCATAAAAATTAAAAATGTCTAAT  796

seq1  TAAATCAATATCATTGATAGAATAATATTTTTACGGCTGTGACTATAACT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAATATCATTGATAGAATAATATTTTTACGGCTGTGACTATAACT  846

seq1  CCAAGATAGCTTTTGTCATTGTAGAGACCCTAAATTCAATCCTTATCACT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATAGCTTTTGTCATTGTAGAGACCCTAAATTCAATCCTTATCACT  896

seq1  GCAAAATTAAACATATAAATGTATAAACAGACAGACAAAGAGGTAGATTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTAAACATATAAATGTATAAACAGACAGACAAAGAGGTAGATTG  946

seq1  ATTCTTATTTCAGATTCAATACATACTTATTTCAAAATTGCTAAATTGCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTATTTCAGATTCAATACATACTTATTTCAAAATTGCTAAATTGCA  996

seq1  AAAATTGACTTTAGAATTAACTTAGGATGCTAGAGCATTTCTCTTGATAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGACTTTAGAATTAACTTAGGATGCTAGAGCATTTCTCTTGATAC  1046

seq1  AACATGAAAAAAAAAATACAAAATGTGGCTGTTCTTGCTTCTCAGACTTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAAAAAAAAAATACAAAATGTGGCTGTTCTTGCTTCTCAGACTTC  1096

seq1  TGTATAGAACCTGCCAACCAGTAAATAAATGTGCTTTTAATGAGCAAATG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGAACCTGCCAACCAGTAAATAAATGTGCTTTTAATGAGCAAATG  1146

seq1  TATATGTGAATTC  1155
      |||||||||||||
seq2  TATATGTGAATTC  1159

seq1: chr12_99653467_99654616
seq2: B6Ng01-231L13.g_72_1246

seq1  GAATTCACTGCCCTCCTCCTTCTGAATTATTGTCTTAAACAACACAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCCCTCCTCCTTCTGAATTATTGTCTTAAACAACACAAAAC  50

seq1  CCTCTGAGATAATTTGCTCCGCCTCCACTGTACACTCTTAGCATGATGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAGATAATTTGCTCCGCCTCCACTGTACACTCTTAGCATGATGTC  100

seq1  TGACTTGTGTTTTTCAAACTTTTAATGTGCGTGAGATGCACCTGGAGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGTGTTTTTCAAACTTTTAATGTGCGTGAGATGCACCTGGAGAGC  150

seq1  CAGGGAAGAGGAAACCTTCTGGTCCTGGGTTGGGCCCTAGGATTTAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGAGGAAACCTTCTGGTCCTGGGTTGGGCCCTAGGATTTAGGGT  200

seq1  TTCTAATGCACACCCTCATGATGCTGCAATGACGCTTGTTCCATAATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGCACACCCTCATGATGCTGCAATGACGCTTGTTCCATAATCCA  250

seq1  ACTTTAGGGGCCAAGAACCTTGTCCTCTCCAGCCTTGGCACCCCACTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGGGGCCAAGAACCTTGTCCTCTCCAGCCTTGGCACCCCACTGTT  300

seq1  GGAGGTACTTCATTCAAGCCACTTGTGCCTGACGTTATCAAGCCAGGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTACTTCATTCAAGCCACTTGTGCCTGACGTTATCAAGCCAGGTAA  350

seq1  AGAAAATGTAAGCTGCTGGCGAAGAGCTTACCCCAAACCAGTAAATACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGTAAGCTGCTGGCGAAGAGCTTACCCCAAACCAGTAAATACCA  400

seq1  TGAAAGCAAACCAAAGCCCTCTGTATCCTGAGCATTTGGCCAAAAAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCAAACCAAAGCCCTCTGTATCCTGAGCATTTGGCCAAAAAGAGG  450

seq1  GGAGGGGAAGAGAGAACCTGAGAGTCATGGAAGGAAAAACACACCCAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGAAGAGAGAACCTGAGAGTCATGGAAGGAAAAACACACCCAAAT  500

seq1  TCATTATAAAAATTCACTCTGAAGTAGGGGAGGGGGCATGTTCTTTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATAAAAATTCACTCTGAAGTAGGGGAGGGGGCATGTTCTTTAGTG  550

seq1  AAGCCTGAAGAAAAGCATCTCCAACCCTCCCCCCCCAAAAAACAGACAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGAAGAAAAGCATCTCCAACCCTCCCCCCCCAAAAAACAGACAGC  600

seq1  AAATAAAACTAAAACAGAGCTGTTTATTTCCTTAACTACGTTCTCCCGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAACTAAAACAGAGCTGTTTATTTCCTTAACTACGTTCTCCCGAA  650

seq1  ATCCAAAACCTTGAGGGCAAGCAGATGAATTTTTCCAGAAACTGGGATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAAACCTTGAGGGCAAGCAGATGAATTTTTCCAGAAACTGGGATCA  700

seq1  TGTTGCCCCTGTCTCTACCTACCAAAGGCATTGAGCAGCTAAGGACGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCCCTGTCTCTACCTACCAAAGGCATTGAGCAGCTAAGGACGAAT  750

seq1  GAGGCTACTTCTTCGTTCCATGACACTGAGAGGTGTCTGTACAAATGGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTACTTCTTCGTTCCATGACACTGAGAGGTGTCTGTACAAATGGGC  800

seq1  AGGCTAAATAAATCAAATGTCCAAGGCTGTGTGAGCCCAG-AAATTAACT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGCTAAATAAATCAAATGTCCAAGGCTGTGTGAGCCCAGAAAATTAACT  850

seq1  GCCTGGTGAGATCAGCTTCCTTCCTGAATGAATGAAGCCCTTACACCTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTGAGATCAGCTTCCTTCCTGAATGAATGAAGCCCTTACACCTAG  900

seq1  CTTTTCCTGACT-CTGTGGTCAAA--GATGCGCCCACCTCTCCAGTTTCC  946
      |||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTGACTCCTGTGGTCAAAAGAATGCGCCCACCTCTCCAGTTTCC  950

seq1  GTTT-ACATG-AAATGGATAAGCA-TTCGTAGG-TGT-GCACATC-ACAT  990
      |||| ||||| |||||||| |||| |||||||| ||| ||||||| ||||
seq2  GTTTAACATGAAAATGGATTAGCATTTCGTAGGTTGTGGCACATCAACAT  1000

seq1  T-GGGAGACCC--TCGGATCCAT-AGA-GTGAAGCTCA-GAG--CTTATC  1032
      | |||||||||  |||||  ||| ||| |||||| ||| |||   |||||
seq2  TGGGGAGACCCTTTCGGAATCATAAGAGGTGAAGGTCAGGAGGCTTTATC  1050

seq1  -TAAACCC-AGCTCCCTA-TTAGAA----GGACAAC--TTCTCCAGGCCA  1073
       ||||||| ||||||||| ||||||    | |||||  |||| ||| |||
seq2  TTAAACCCAAGCTCCCTATTTAGAAAAGGGAACAACTTTTCTTCAGACCA  1100

seq1  GAAT-GGAAG-AGTCC-TTTATGGAAGGATTTCAGAGGCCCCATATAGTC  1120
      |||| ||||| ||||| ||||| || | ||| |||||| ||||||||| |
seq2  GAATGGGAAGAAGTCCATTTAT-GAGGAATTCCAGAGG-CCCATATAGGC  1148

seq1  TAAACATGTGGGTTCAGCTTAGCCC-AGTCA  1150
      | | |||| |   |||||||||||| |||||
seq2  T-AGCATGAG---TCAGCTTAGCCCAAGTCA  1175