BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232C02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 81,238,622 - 81,355,862
singlet/doubletdoublet
Overlap geneActn1
Upstream geneArg2, Vti1b, Rdh11, Rdh12, Zfyve26, Rad51l1, LOC100041968, LOC435309, LOC100041674, LOC666754, Zfp36l1
Downstream geneWdr22, Exdl2, 2310002D06Rik, Galntl1, LOC100041715, Erh, Slc39a9, 3830431G21Rik, Gm1568, 4933426M11Rik, Sfrs5, Slc10a1, Smoc1, Slc8a3, LOC100042143
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232C02.bB6Ng01-232C02.g
ACCGA044543GA044544
length1,0631,121
definitionB6Ng01-232C02.b B6Ng01-232C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,354,791 - 81,355,862)(81,238,622 - 81,239,753)
sequence
gaattctaggtcagcttgggaccctgtctcatagcccccctcaccgcccc
cccccaaaaaaaaccccaccaaatcaacaaaaacctaaccagaaagaaag
tacttaaaacttgtgtcatcatatcatagtgcaagaaacacacggagagt
agatgtccttttttaaaaaattattttatttatatgagtacaccatagct
gtcttcagacacaccagaacagggcatcagatcctattacagttggttgt
gagccaccatgtggttgcagggaattgaactcaggacctctggaagagca
gtcagtactctcaacccctgagccatctctccagcctgagaatgtccttt
aagggccatctagcccaggaatttgccctgccctcacacctcccagcaac
tttccctaagcttacctcaccctagaactcaatggagctccttcctcttc
aatccctgctccacatgggtaggctaggagcaggtgccccttactggttc
agcaatggacaaagcctgaagaaggggggcagggaagagttgggctgtca
ggccactgatgccatcaagtgtcagctcaggcaggtgtgagaaggcctgg
cttgtggcccgacaaccagagtttccaaggtgagggacattagaggtggc
ttttcggggtgaagaggttgacaggctcccgaagggtactcacaaggaat
ctctcttctctgaggatggctttgggagttgctctctaaaaagacctggc
actgggtacctggctgatggccacagactggaaaatgggcataagagctt
gtcatacaagatgtactttttatgggtctagagctgagacggggcagccc
cagcctgagatacgacctggccctggatgttctgctgtgtggctcctgga
aagaattcagtcctaatgtcgttgaatgtcaagatgacctaatgccattg
aatcattgagaggactactggaaccagttacagggtgttactgaaacctg
gtgctctgtcttgtgggtacgacacatagtttagtgagaaactagggggg
gtggtgggttgct
gaattccagccctgccatccaagggccttgacacttctggggcccaaacc
cttcctcacgtcttgtccaaaggcttggagcctgagaaggagactgggga
aggagttctgttcccagccaataaccctgggcagctcagtcagagccacc
agcagagggacgttcaatcaccaggcacacatgaagacactctttatgcc
tagagccttgtagtctctacctcacagagctcaattccaaggacagaagt
tcatgctgaaccagggaacaggacagtgggagttcccaacaggcaacaac
aagatgctgagctcagcatctttcacaccagcagttctgggtaccagccc
acatgaggtgaccctcacctcagagaaaaggattagtcatatcaaggaag
ctaagacatgagtggccctgccaacactcaactccagtgcagttgaaggc
cataagacctagaatgcctacctgggctgtccacttggcagtccctagac
aagacagtgtacattatccgtgtatcctgtttaagacgtgtccctgcctg
ggatctgggatttcattcattcattcattcactcaatgcaagccactcta
ctgggcaacaaggatttaaagattgagcataacaaatatgagtccctgtg
ctctaaagggcttaaaatagagcaaggatggactgtaattctagtagaac
actcacacggtatgtgagaaacctgggtttgacccttaggactgcaaaaa
caaatagctaagtattactgtggcttgaggaccaggccagcaatggccac
atacgatcagcaaggctggggtggtacccaatctgtgggcagctagagag
tggagattctcaggtgcatctcacatccttcatctgtctctgtccatctc
caccaaagcagacttcctgacaaagcaggctaatagcatgagcctaccac
ccctacctgcacagtgagtatctgggaagtaggtagaattgtccagtcag
gagacagaagaagagataacctctaatactcaccaggcactacggtattc
accccagagaaattgtggtgctgggctgagactgatggcaggattttctc
aggtcgaacactgtcacattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_81354791_81355862
seq2: B6Ng01-232C02.b_47_1109 (reverse)

seq1  AGCCACCCACCA-CCCCCCTAGTTTCTCCACCTAAACTATGGTTGTCGTA  49
      ||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||  |||||| 
seq2  AGCAACCCACCACCCCCCCTAGTTTCTC--ACTAAACTATG--TGTCGT-  45

seq1  ACCCACAAGACAGAGCACCCAGGGTTTTCAGTTAACACCCTGTAACTGGT  99
      ||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAAGACAGAGCA-CCAGG--TTTCAG-TAACACCCTGTAACTGGT  91

seq1  TCCAGTAGTCCTCTCAATGATTCAATGGCATTAGGTCATCTTGACAATTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCAGTAGTCCTCTCAATGATTCAATGGCATTAGGTCATCTTGAC-ATTC  140

seq1  AACGACATTAGGACTGAATTCTTTCCAGGAGCCACACAGCAGAACATCCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGACATTAGGACTGAATTCTTTCCAGGAGCCACACAGCAGAACATCCA  190

seq1  GGGCCAGGTCGTATCTCAGGCTGGGGCTGCCCCGTCTCAGCTCTAGACCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAGGTCGTATCTCAGGCTGGGGCTGCCCCGTCTCAGCTCTAGACCC  240

seq1  ATAAAAAGTACATCTTGTATGACAAGCTCTTATGCCCATTTTCCAGTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGTACATCTTGTATGACAAGCTCTTATGCCCATTTTCCAGTCTG  290

seq1  TGGCCATCAGCCAGGTACCCAGTGCCAGGTCTTTTTAGAGAGCAACTCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATCAGCCAGGTACCCAGTGCCAGGTCTTTTTAGAGAGCAACTCCC  340

seq1  AAAGCCATCCTCAGAGAAGAGAGATTCCTTGTGAGTACCCTTCGGGAGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCATCCTCAGAGAAGAGAGATTCCTTGTGAGTACCCTTCGGGAGCC  390

seq1  TGTCAACCTCTTCACCCCGAAAAGCCACCTCTAATGTCCCTCACCTTGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACCTCTTCACCCCGAAAAGCCACCTCTAATGTCCCTCACCTTGGA  440

seq1  AACTCTGGTTGTCGGGCCACAAGCCAGGCCTTCTCACACCTGCCTGAGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGTTGTCGGGCCACAAGCCAGGCCTTCTCACACCTGCCTGAGCT  490

seq1  GACACTTGATGGCATCAGTGGCCTGACAGCCCAACTCTTCCCTGCCCCCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTGATGGCATCAGTGGCCTGACAGCCCAACTCTTCCCTGCCCCCC  540

seq1  TTCTTCAGGCTTTGTCCATTGCTGAACCAGTAAGGGGCACCTGCTCCTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAGGCTTTGTCCATTGCTGAACCAGTAAGGGGCACCTGCTCCTAG  590

seq1  CCTACCCATGTGGAGCAGGGATTGAAGAGGAAGGAGCTCCATTGAGTTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCCATGTGGAGCAGGGATTGAAGAGGAAGGAGCTCCATTGAGTTCT  640

seq1  AGGGTGAGGTAAGCTTAGGGAAAGTTGCTGGGAGGTGTGAGGGCAGGGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGAGGTAAGCTTAGGGAAAGTTGCTGGGAGGTGTGAGGGCAGGGCA  690

seq1  AATTCCTGGGCTAGATGGCCCTTAAAGGACATTCTCAGGCTGGAGAGATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTGGGCTAGATGGCCCTTAAAGGACATTCTCAGGCTGGAGAGATG  740

seq1  GCTCAGGGGTTGAGAGTACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGGGTTGAGAGTACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAT  790

seq1  TCCCTGCAACCACATGGTGGCTCACAACCAACTGTAATAGGATCTGATGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCAACCACATGGTGGCTCACAACCAACTGTAATAGGATCTGATGC  840

seq1  CCTGTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTATGGTGTACTCATATAAATAAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTATGGTGTACTCATATAAATAAAA  890

seq1  TAATTTTTTAAAAAAGGACATCTACTCTCCGTGTGTTTCTTGCACTATGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTTAAAAAAGGACATCTACTCTCCGTGTGTTTCTTGCACTATGA  940

seq1  TATGATGACACAAGTTTTAAGTACTTTCTTTCTGGTTAGGTTTTTGTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGACACAAGTTTTAAGTACTTTCTTTCTGGTTAGGTTTTTGTTGA  990

seq1  TTTGGTGGGGTTTTTTTTGGGGGGGGGCGGTGAGGGGGGCTATGAGACAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGGGGTTTTTTTTGGGGGGGGGCGGTGAGGGGGGCTATGAGACAG  1040

seq1  GGTCCCAAGCTGACCTAGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAAGCTGACCTAGAATTC  1063

seq1: chr12_81238622_81239753
seq2: B6Ng01-232C02.g_68_1188

seq1  GAATTCCAGCCCTGCCATCCAAGGGCCTTGACACTTCTGGGGCCCAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCCTGCCATCCAAGGGCCTTGACACTTCTGGGGCCCAAACC  50

seq1  CTTCCTCACGTCTTGTCCAAAGGCTTGGAGCCTGAGAAGGAGACTGGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCACGTCTTGTCCAAAGGCTTGGAGCCTGAGAAGGAGACTGGGGA  100

seq1  AGGAGTTCTGTTCCCAGCCAATAACCCTGGGCAGCTCAGTCAGAGCCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTCTGTTCCCAGCCAATAACCCTGGGCAGCTCAGTCAGAGCCACC  150

seq1  AGCAGAGGGACGTTCAATCACCAGGCACACATGAAGACACTCTTTATGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGGACGTTCAATCACCAGGCACACATGAAGACACTCTTTATGCC  200

seq1  TAGAGCCTTGTAGTCTCTACCTCACAGAGCTCAATTCCAAGGACAGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCTTGTAGTCTCTACCTCACAGAGCTCAATTCCAAGGACAGAAGT  250

seq1  TCATGCTGAACCAGGGAACAGGACAGTGGGAGTTCCCAACAGGCAACAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTGAACCAGGGAACAGGACAGTGGGAGTTCCCAACAGGCAACAAC  300

seq1  AAGATGCTGAGCTCAGCATCTTTCACACCAGCAGTTCTGGGTACCAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTGAGCTCAGCATCTTTCACACCAGCAGTTCTGGGTACCAGCCC  350

seq1  ACATGAGGTGACCCTCACCTCAGAGAAAAGGATTAGTCATATCAAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGGTGACCCTCACCTCAGAGAAAAGGATTAGTCATATCAAGGAAG  400

seq1  CTAAGACATGAGTGGCCCTGCCAACACTCAACTCCAGTGCAGTTGAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACATGAGTGGCCCTGCCAACACTCAACTCCAGTGCAGTTGAAGGC  450

seq1  CATAAGACCTAGAATGCCTACCTGGGCTGTCCACTTGGCAGTCCCTAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGACCTAGAATGCCTACCTGGGCTGTCCACTTGGCAGTCCCTAGAC  500

seq1  AAGACAGTGTACATTATCCGTGTATCCTGTTTAAGACGTGTCCCTGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGTGTACATTATCCGTGTATCCTGTTTAAGACGTGTCCCTGCCTG  550

seq1  GGATCTGGGATTTCATTCATTCATTCATTCACTCAATGCAAGCCACTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGGGATTTCATTCATTCATTCATTCACTCAATGCAAGCCACTCTA  600

seq1  CTGGGCAACAAGGATTTAAAGATTGAGCATAACAAATATGAGTCCCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAACAAGGATTTAAAGATTGAGCATAACAAATATGAGTCCCTGTG  650

seq1  CTCTAAAGGGCTTAAAATAGAGCAAGGATGGACTGTAATTCTAGTAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGGGCTTAAAATAGAGCAAGGATGGACTGTAATTCTAGTAGAAC  700

seq1  ACTCACACGGTATGTGAGAAACCTGGGTTTGACCCTTAGGACTGCAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACGGTATGTGAGAAACCTGGGTTTGACCCTTAGGACTGCAAAAA  750

seq1  CAAATAGCTAAGTATTACTGTGGCTTGAGGACCAGGCCAGCAATGGCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGCTAAGTATTACTGTGGCTTGAGGACCAGGCCAGCAATGGCCAC  800

seq1  ATACGATCAGCAAGGCTGGGGTGGTACCCAATCTGTGGGCAGCTAGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGATCAGCAAGGCTGGGGTGGTACCCAATCTGTGGGCAGCTAGAGAG  850

seq1  TGGAGATTCTCAGGTGCATCTCACATCCTTCATCTGTCTCTGTCCATCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATTCTCAGGTGCATCTCACATCCTTCATCTGTCTCTGTCCATCTC  900

seq1  CACCAAAGCAGACTTCCTGACAAAGCAGGCTAATAGCATGAGCCTACCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAAGCAGACTTCCTGACAAAGCAGGCTAATAGCATGAGCCTACCAC  950

seq1  CCCTACCTGCACAGGTGAGTATCTGGAAGGTAGGTAGAATTGTCCAGTCA  1000
      ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| 
seq2  CCCTACCTGCACA-GTGAGTATCTGGGAAGTAGGTAGAATTGTCCAGTC-  998

seq1  AGAAGACAGAAGGAAAGGAGATAACCCTCT-ATACTCACCAGGGCACTAC  1049
      || |||||||||   | ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||
seq2  AGGAGACAGAAG---AAGAGATAA-CCTCTAATACTCACCA-GGCACTAC  1043

seq1  GGTA-TCACCCCAGGAGACATTGTGGGGTGCTGGGCTGAG-CTGAATGGC  1097
      |||| |||||||| |||| |||||  |||||||||||||| ||| |||||
seq2  GGTATTCACCCCA-GAGAAATTGT--GGTGCTGGGCTGAGACTG-ATGGC  1089

seq1  AGGGGTTTTCTCAGGGTCGAACACTGTCACCATTC  1132
      | || |||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  A-GGATTTTCTCA-GGTCGAACACTGTCA-CATTC  1121