BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234P23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 55,063,656 - 55,232,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas3
Upstream geneAkap6
Downstream geneEgln3, EG665239, EG665251, LOC665256, LOC621363, 1110002B05Rik, Eapp, LOC673582, LOC100039735, LOC100039764, Snx6, Cfl2, Baz1a, LOC100039804, 2700097O09Rik, LOC665144, EG665137, Srp54, 1700047I17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234P23.bB6Ng01-234P23.g
ACCGA046592GA046593
length1,1351,111
definitionB6Ng01-234P23.b B6Ng01-234P23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,063,656 - 55,064,802)(55,231,090 - 55,232,193)
sequence
gaattcagtggaacaactggtcacctttcagctttatttgtgcaagaagt
gggttgcccgggcatccctgtgactgtgaaccacatagataccactatat
cccatagtctaaaaattaattcttataataatgtcttttgtccaaaaaaa
aaaccctgcattatgttttattaaaaacaatgtttttatccgatgtgatt
ttttaatatgcactaaaattgatagttaaaaatattgttttcacattact
taggtgttaaaattacatggcagtgttcctttattttcaaaaaaccagac
ctaatcctgttaattcaaagtgaataacaaatagtactaagactttttcc
caagttgttacgttcattcaacctgcctgtgttttgttcttcatcataat
tatttccaagtcaaatctgcactgatttccttatggacctgcgtacctcc
gactaacttaaagaattgagctggggtaattcacacaattcctcgggggt
catgttcactgttttttttcaaggacatttttattacaaagctgatgaaa
tttgcatattaattcatttctttcaattttttaagattaaatcttgtcaa
catgtatcagtgcaaggctctgacagtgctgatgaaatgggtcagtcaag
cttgaacatttagaggaatgcagccatctgcagccccctcgccccttgtg
gcgtcctgtgctaccactgcaacttgattaaaaaaagttttattcagtgc
aggatattaaaacattatctaagaaatgatatgtgttagtccctctatcc
atctacccggaaagtgtactcgacaacaaaataaatccagaaagatcctg
tcgggctaggagttagtgttgtgtccatcctcattaaaccacaacccaaa
ggggcccaagctttcagttgggtagaaacaacttggtacaaagaactcga
gtttaacatttcctctcctggtttagttcactagaaaagatgacatcaca
ttgactctgggcagaactgggagtgggtacaggggtggtgacgtaactcc
tctcctggtacctcagggagtgggccttgcctcctgcatgacactagaac
aattctatgaactgctcatgtctcaggccctcgca
gaattcttgttcatctggtattttcctgtgaactacatacagttctggtg
accattggtgtttgcttttttttcaactttgctggtctgtaaaagctttg
aattggacagccaggttccagataagctagattgttggcacatggtctgt
tcttctctatgccaaggtagagacctggaatgggaattttcttcccagtt
gtacatgttatacactgtagggtccaagaaacaggtatacaaaatgctgt
ggttttcttttctcccctgtttactgaaactcctgtgcagtagttatttt
ttctgttgctgtgacagaacgcccgtcaaaagcaactaaaagaggatggt
taattaatttgagggtgcagaacatcatggtaggcaaccaccacagcaca
aagcatactccgccaagaagagggagaagaatgcttgtgggtagcctgac
ttttccttttcattccatttggaaccagctcatggaatagtgatacctgc
attcgggattgatcttcttacctctactaaacctttctggaaacactctc
ataggcatagctagaggtgtgtttccatgacagttttaaaccccgttgac
aagattaagcctcatgttcatcttgattttatgttggcctagggacctat
gtcttgtcagctagtctctagctcttcacaaaagtgttgtgtttatgttg
ttaacttgttatcactgagggagaagtggggcatcattagaacttctagt
cttccttctcgatatcctggttcctttgtgaaagtttaataacaaaccaa
ggactatcaatatctatctggatggctatctatctatctacctatctatt
atatgtctacatctcttgtttgcttgcttacttgtttttttttttttttt
ttccctgtcttgcttttttgagacaaacttatcatatagttctggctggt
cttgaactcaccatcttctttgctagcaatagaattatagacgtgttgcc
agcattttcgatagggtcagccttacaaagtatttctaaccataaacgac
cccttctctagatttggctggatccagagcactttctgattatcacattc
tctttagattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_55063656_55064802
seq2: B6Ng01-234P23.b_48_1182

seq1  GAATTCAGTGGAACAACTGGTCACCTTTCAGCTTTATTTGTGCAAGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGGAACAACTGGTCACCTTTCAGCTTTATTTGTGCAAGAAGT  50

seq1  GGGTTGCCCGGGCATCCCTGTGACTGTGAACCACATAGATACCACTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCCCGGGCATCCCTGTGACTGTGAACCACATAGATACCACTATAT  100

seq1  CCCATAGTCTAAAAATTAATTCTTATAATAATGTCTTTTGTCCAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGTCTAAAAATTAATTCTTATAATAATGTCTTTTGTCCAAAAAAA  150

seq1  AAACCCTGCATTATGTTTTATTAAAAACAATGTTTTTATCCGATGTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTGCATTATGTTTTATTAAAAACAATGTTTTTATCCGATGTGATT  200

seq1  TTTTAATATGCACTAAAATTGATAGTTAAAAATATTGTTTTCACATTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATATGCACTAAAATTGATAGTTAAAAATATTGTTTTCACATTACT  250

seq1  TAGGTGTTAAAATTACATGGCAGTGTTCCTTTATTTTCAAAAAACCAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTTAAAATTACATGGCAGTGTTCCTTTATTTTCAAAAAACCAGAC  300

seq1  CTAATCCTGTTAATTCAAAGTGAATAACAAATAGTACTAAGACTTTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCCTGTTAATTCAAAGTGAATAACAAATAGTACTAAGACTTTTTCC  350

seq1  CAAGTTGTTACGTTCATTCAACCTGCCTGTGTTTTGTTCTTCATCATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTTACGTTCATTCAACCTGCCTGTGTTTTGTTCTTCATCATAAT  400

seq1  TATTTCCAAGTCAAATCTGCACTGATTTCCTTATGGACCTGCGTACCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCAAGTCAAATCTGCACTGATTTCCTTATGGACCTGCGTACCTCC  450

seq1  GACTAACTTAAAGAATTGAGCTGGGGTAATTCACACAATTCCTCGGGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACTTAAAGAATTGAGCTGGGGTAATTCACACAATTCCTCGGGGGT  500

seq1  CATGTTCACTGTTTTTTTTCAAGGACATTTTTATTACAAAGCTGATGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCACTGTTTTTTTTCAAGGACATTTTTATTACAAAGCTGATGAAA  550

seq1  TTTGCATATTAATTCATTTCTTTCAATTTTTTAAGATTAAATCTTGTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATATTAATTCATTTCTTTCAATTTTTTAAGATTAAATCTTGTCAA  600

seq1  CATGTATCAGTGCAAGGCTCTGACAGTGCTGATGAAATGGGTCAGTCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATCAGTGCAAGGCTCTGACAGTGCTGATGAAATGGGTCAGTCAAG  650

seq1  CTTGAACATTTAGAGGAATGCAGCCATCTGCAGCCCCCTCGCCCCTTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACATTTAGAGGAATGCAGCCATCTGCAGCCCCCTCGCCCCTTGTG  700

seq1  GCGTCCTGTGCTACCACTGCAACTTGATTAAAAAAAGTTTTATTCAGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCCTGTGCTACCACTGCAACTTGATTAAAAAAAGTTTTATTCAGTGC  750

seq1  AGGATATTAAAACATTATCTAAGAAATGATATGTGTTAGTCCCTCTATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATTAAAACATTATCTAAGAAATGATATGTGTTAGTCCCTCTATCC  800

seq1  ATCTACCCGGAAAGTGTACTCGACAACAAAATAAATCCAGAAAGATCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACCCGGAAAGTGTACTCGACAACAAAATAAATCCAGAAAGATCCTG  850

seq1  TCGGGCTAGGAGTTAGTGTTGTGTCCATCCTCATTAAACCACAACCCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGCTAGGAGTTAGTGTTGTGTCCATCCTCATTAAACCACAACCCAAA  900

seq1  GGGGCCCAAGCTTTCAGTTGGGTAGAAACAACTTGGTACAAAGAACTCGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCAAGCTTTCAGTTGGGTAGAAACAACTTGGTACAAAGAACTCGA  950

seq1  GTTTAACATTTCCTCTCCTGGTTTAGTTTCACTAAGAAAAAGATGACATC  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||
seq2  GTTTAACATTTCCTCTCCTGGTTTAG-TTCACTA--GAAAAGATGACATC  997

seq1  ACATTTGAACTCTGGGCAGAAACTGGGAGTGGGTACAGGGGT-GTGACGT  1049
      |||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACATT--GACTCTGGGCAG-AACTGGGAGTGGGTACAGGGGTGGTGACGT  1044

seq1  AACTTCCTTCCTTCCTGGTACCCCAGGAAGTGGGCCTGCCCTTCCTGCCA  1099
      ||| ||||    |||||||||| |||| |||||||||  || ||||| ||
seq2  AAC-TCCT---CTCCTGGTACCTCAGGGAGTGGGCCTTGCC-TCCTG-CA  1088

seq1  TGACACTAAGAAC-ATTCTAATGTACTGCTCATGTCTCAAGCCCTCGCA  1147
      ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGACACT-AGAACAATTCT-ATGAACTGCTCATGTCTCAGGCCCTCGCA  1135

seq1: chr12_55231090_55232193
seq2: B6Ng01-234P23.g_66_1176 (reverse)

seq1  GAATCTAAAAGAG-ATGTGATAATCAGAAGTGGTTCTGGGAATCAG-CAA  48
      |||||| |||||| |||||||||||||||   | ||| |||  ||| |||
seq2  GAATCT-AAAGAGAATGTGATAATCAGAAAGTGCTCT-GGATCCAGCCAA  48

seq1  ATCTAGAG-AGGGGTCGTTTAT-GTTAG-AATAC-CTGTAAGCTGGACCC  94
      |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||  ||||||   |||||
seq2  ATCTAGAGAAGGGGTCGTTTATGGTTAGAAATACTTTGTAAGGCTGACCC  98

seq1  TATCGAAAATGCTGGC-ACACGTCTATAATTCTATTGCTAGCAAAGAAGA  143
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGAAAATGCTGGCAACACGTCTATAATTCTATTGCTAGCAAAGAAGA  148

seq1  TGGTGAGTTCAAGACCAGCCAGAACTATATGATAAGTTTGTCTCAAAAAA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGTTCAAGACCAGCCAGAACTATATGATAAGTTTGTCTCAAAAAA  198

seq1  GCAAGACAGG--AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTAAGCAAGCAAACAAGA  241
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTAAGCAAGCAAACAAGA  248

seq1  GATGTAGACATATAATAGATAGGTAGATAGATAGATAGCCATCCAGATAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGACATATAATAGATAGGTAGATAGATAGATAGCCATCCAGATAG  298

seq1  ATATTGATAGTCCTTGGTTTGTTATTAAACTTTCACAAAGGAACCAGGAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGATAGTCCTTGGTTTGTTATTAAACTTTCACAAAGGAACCAGGAT  348

seq1  ATCGAGAAGGAAGACTAGAAGTTCTAATGATGCCCCACTTCTCCCTCAGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAGAAGGAAGACTAGAAGTTCTAATGATGCCCCACTTCTCCCTCAGT  398

seq1  GATAACAAGTTAACAACATAAACACAACACTTTTGTGAAGAGCTAGAGAC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACAAGTTAACAACATAAACACAACACTTTTGTGAAGAGCTAGAGAC  448

seq1  TAGCTGACAAGACATAGGTCCCTAGGCCAACATAAAATCAAGATGAACAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGACAAGACATAGGTCCCTAGGCCAACATAAAATCAAGATGAACAT  498

seq1  GAGGCTTAATCTTGTCAACGGGGTTTAAAACTGTCATGGAAACACACCTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTAATCTTGTCAACGGGGTTTAAAACTGTCATGGAAACACACCTC  548

seq1  TAGCTATGCCTATGAGAGTGTTTCCAGAAAGGTTTAGTAGAGGTAAGAAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATGCCTATGAGAGTGTTTCCAGAAAGGTTTAGTAGAGGTAAGAAG  598

seq1  ATCAATCCCGAATGCAGGTATCACTATTCCATGAGCTGGTTCCAAATGGA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCCCGAATGCAGGTATCACTATTCCATGAGCTGGTTCCAAATGGA  648

seq1  ATGAAAAGGAAAAGTCAGGCTACCCACAAGCATTCTTCTCCCTCTTCTTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAGGAAAAGTCAGGCTACCCACAAGCATTCTTCTCCCTCTTCTTG  698

seq1  GCGGAGTATGCTTTGTGCTGTGGTGGTTGCCTACCATGATGTTCTGCACC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAGTATGCTTTGTGCTGTGGTGGTTGCCTACCATGATGTTCTGCACC  748

seq1  CTCAAATTAATTAACCATCCTCTTTTAGTTGCTTTTGACGGGCGTTCTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATTAATTAACCATCCTCTTTTAGTTGCTTTTGACGGGCGTTCTGT  798

seq1  CACAGCAACAGAAAAAATAACTACTGCACAGGAGTTTCAGTAAACAGGGG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAACAGAAAAAATAACTACTGCACAGGAGTTTCAGTAAACAGGGG  848

seq1  AGAAAAGAAAACCACAGCATTTTGTATACCTGTTTCTTGGACCCTACAGT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAAAACCACAGCATTTTGTATACCTGTTTCTTGGACCCTACAGT  898

seq1  GTATAACATGTACAACTGGGAAGAAAATTCCCATTCCAGGTCTCTACCTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAACATGTACAACTGGGAAGAAAATTCCCATTCCAGGTCTCTACCTT  948

seq1  GGCATAGAGAAGAACAGACCATGTGCCAACAATCTAGCTTATCTGGAACC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAGAGAAGAACAGACCATGTGCCAACAATCTAGCTTATCTGGAACC  998

seq1  TGGCTGTCCAATTCAAAGCTTTTACAGACCAGCAAAGTTGAAAAAAAAGC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTCCAATTCAAAGCTTTTACAGACCAGCAAAGTTGAAAAAAAAGC  1048

seq1  AAACACCAATGGTCACCAGAACTGTATGTAGTTCACAGGAAAATACCAGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCAATGGTCACCAGAACTGTATGTAGTTCACAGGAAAATACCAGA  1098

seq1  TGAACAAGAATTC  1104
      |||||||||||||
seq2  TGAACAAGAATTC  1111