BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235P13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 49,274,186 - 49,378,051
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039190, EG664891
Downstream geneGm1818, GA_x5J8B7W54VK-284379-285078, Olfr1399-ps1, EG665036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235P13.bB6Ng01-235P13.g
ACCGA047311GA047312
length1,1331,089
definitionB6Ng01-235P13.b B6Ng01-235P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,376,900 - 49,378,051)(49,274,186 - 49,275,289)
sequence
gaattcattgctgccacctcaaataacattgcaatggttccatttattac
catcattctgcttttaattcttatttttatgctaagagcttagcttgttc
aactaataataaaggttaaatttatgtaaacaaacctctaaaactgtagt
gattgatatgtctaatctaagcatttgaatgttgaggcaatggcattgct
actagcagaggaggcttgctataaaagagaagattaaccaaacaatctga
ttatataaccaagaatgatatgtagtaaaggatatataaactagttttga
aaagattttcatgcaaattaaaagttttgtttttcccaatcatggcataa
tgtttcctataagtgagggacaacaattgaatccatgtattctcttataa
aatgaataattatcccactctttgctcctatgagctagtaaaataaatgc
tcaccctttgacctgaacagaaatgataaaaaaatgaacatttagtcatt
taataaagtcaaaagtgttgatcacaggctatttgaaacagtcttatctg
aaaaatgtaacaagcaatgtaattgccatgcagattcctcaaattgaaga
ttatagaaagcagctggcaccaattggaaatcagagctgttggctctttg
gataacagtacttttctcaagacatcgagaatctatctactgctgactaa
gaagttcattatcccttgacttccttcgtttctcccctatatatttgtca
tagttaaggttttactgctgtgaacagacaccatgaccaaggcaactctt
ataaaaaacaacatttaattggggctagcttacaggttcagaggttcagt
ccattatcatcaaggtgggagcatggcagcatccaggctgtcatggcaca
ggcagagccgagagttctacatcttcattcaaaggctgctagtggaagac
tgacttccagcaactggggagagagtctaagcccacacccacagtgacat
tcctaccaggtcaccacctatcacagcacactcgaatggtgccactccct
tgtcagaatatacaaactattcacaattatagcacattgaagaaattaac
gttgagaaattcgtactgtacattttattagta
gaattctcttaatttatttatatggtatttttttaactattctatatatg
ttcaatgcattttgttctgtttatctttgacttaagtctttttttttttt
tttgaggataacaaagatttatgagaaagtcgtgtgaatagcaaaacaca
caggttcttgtaaattaaaggtaaacatttgatttattctttttatattc
ataagtgtgctacaaaaatctccttcctgaacaaatcatcttggattact
cagaaactttgagaatactatttgcatagattatttgtctggtagtgaga
aaatgcctgactaaaaaaaaacttatggaagaaagactcacagtttctgg
tggtttgaatgaaaaatatccataggcctcagtatttgaactcttgatcc
tcagttattttgctatttggggaagtttaaaaagtaccatgctggaggat
atacctcaccagtaacaagctatgagaattgaaagcaacatgccacttcc
agtgcccacgttttgtatcatgtgctaatattgaattctcactcacataa
tcaaatatggcaacacaaacggaacggaagaaacattcccactactccag
ccaaacttctattatagttccagggaaatgttaatgatccccaaaaaaca
gacaggatcagatctcatgcaactcccagcagggtatttgttctatctga
gttgccccaaccccagcatacctccatcatgcaggactttttggtggtgg
tagagccttgaatgttgagagcaaccctgtttaaatgttaactgccttgt
cagccataagtgcttacttacaaagctttggccttagtggaaaagtacta
gcttggttgagatttcagtgggaaaaaattgaggccactgtaggaaagtg
ctaccctccagttaagaacaaaatagctatagatcttgtgacaggtgcct
agcaacccattctgttctttttctctgctgactttttacctagcatatct
gctttggggacagtgtgttccccagaacaagcaattctgtgtcacctttc
ccccttcatatctgctcatggaataacctgcctggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_49376900_49378051
seq2: B6Ng01-235P13.b_49_1181 (reverse)

seq1  TACTAATAAAAATGGTTACAGTACGAATTTCTTTCAACGTTTAATTTTCC  50
      ||||||| ||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||||  |
seq2  TACTAAT-AAAATG--TACAGTACGAATTTC--TCAACG-TTAATTT--C  42

seq1  TTCAAATGTGCTAATATTGTG-ATAGTTTGTATATTCTTGGACCAGGGAG  99
      ||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||
seq2  TTC-AATGTGCTATAATTGTGAATAGTTTGTATATTCT--GACAAGGGAG  89

seq1  TGGCACCATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGT-GTGACCTGGTAG  148
      ||||||||||     | |||    || ||  |||||| ||||||||||||
seq2  TGGCACCATT----CGAGTG----TGCTGTGATAGGTGGTGACCTGGTAG  131

seq1  GAATGTCACTGTGGGTGTGGGCTTAAGACTCTCTCCCCAGTTGCCTGGAA  198
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAATGTCACTGTGGGTGTGGGCTT-AGACTCTCTCCCCAGTTG-CTGGAA  179

seq1  GTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGAATGAAGATGTAGAACTCTCGGCTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGAATGAAGATGTAGAACTCTCGGCTC  229

seq1  TGCCTGTGCCATGACAGCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACCTTGATGATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGCCATGACAGCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACCTTGATGATA  279

seq1  ATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCTAGCCCCAATTAAATGTTGTTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCTAGCCCCAATTAAATGTTGTTTT  329

seq1  TTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCTTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCTTA  379

seq1  ACTATGACAAATATATAGGGGAGAAACGAAGGAAGTCAAGGGATAATGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGACAAATATATAGGGGAGAAACGAAGGAAGTCAAGGGATAATGAA  429

seq1  CTTCTTAGTCAGCAGTAGATAGATTCTCGATGTCTTGAGAAAAGTACTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGTCAGCAGTAGATAGATTCTCGATGTCTTGAGAAAAGTACTGT  479

seq1  TATCCAAAGAGCCAACAGCTCTGATTTCCAATTGGTGCCAGCTGCTTTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAAGAGCCAACAGCTCTGATTTCCAATTGGTGCCAGCTGCTTTCT  529

seq1  ATAATCTTCAATTTGAGGAATCTGCATGGCAATTACATTGCTTGTTACAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTCAATTTGAGGAATCTGCATGGCAATTACATTGCTTGTTACAT  579

seq1  TTTTCAGATAAGACTGTTTCAAATAGCCTGTGATCAACACTTTTGACTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGATAAGACTGTTTCAAATAGCCTGTGATCAACACTTTTGACTTT  629

seq1  ATTAAATGACTAAATGTTCATTTTTTTATCATTTCTGTTCAGGTCAAAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGACTAAATGTTCATTTTTTTATCATTTCTGTTCAGGTCAAAGG  679

seq1  GTGAGCATTTATTTTACTAGCTCATAGGAGCAAAGAGTGGGATAATTATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATTTATTTTACTAGCTCATAGGAGCAAAGAGTGGGATAATTATT  729

seq1  CATTTTATAAGAGAATACATGGATTCAATTGTTGTCCCTCACTTATAGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATAAGAGAATACATGGATTCAATTGTTGTCCCTCACTTATAGGA  779

seq1  AACATTATGCCATGATTGGGAAAAACAAAACTTTTAATTTGCATGAAAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTATGCCATGATTGGGAAAAACAAAACTTTTAATTTGCATGAAAAT  829

seq1  CTTTTCAAAACTAGTTTATATATCCTTTACTACATATCATTCTTGGTTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAAAACTAGTTTATATATCCTTTACTACATATCATTCTTGGTTAT  879

seq1  ATAATCAGATTGTTTGGTTAATCTTCTCTTTTATAGCAAGCCTCCTCTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCAGATTGTTTGGTTAATCTTCTCTTTTATAGCAAGCCTCCTCTGC  929

seq1  TAGTAGCAATGCCATTGCCTCAACATTCAAATGCTTAGATTAGACATATC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCAATGCCATTGCCTCAACATTCAAATGCTTAGATTAGACATATC  979

seq1  AATCACTACAGTTTTAGAGGTTTGTTTACATAAATTTAACCTTTATTATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTACAGTTTTAGAGGTTTGTTTACATAAATTTAACCTTTATTATT  1029

seq1  AGTTGAACAAGCTAAGCTCTTAGCATAAAAATAAGAATTAAAAGCAGAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAACAAGCTAAGCTCTTAGCATAAAAATAAGAATTAAAAGCAGAAT  1079

seq1  GATGGTAATAAATGGAACCATTGCAATGTTATTTGAGGTGGCAGCAATGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTAATAAATGGAACCATTGCAATGTTATTTGAGGTGGCAGCAATGA  1129

seq1  ATTC  1152
      ||||
seq2  ATTC  1133

seq1: chr12_49274186_49275289
seq2: B6Ng01-235P13.g_67_1155

seq1  GAATTCTCTTAATTTATTTATATGGTATTTTTTTAACTATTCTATATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAATTTATTTATATGGTATTTTTTTAACTATTCTATATATG  50

seq1  TTCAATGCATTTTGTTCTGTTTATCTTTGACTTAAGTCTTTTTTTTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGCATTTTGTTCTGTTTATCTTTGACTTAAGTCTTTTTTTTTTTT  100

seq1  TTTGAGGATAACAAAGATTTATGAGAAAGTCGTGTGAATAGCAAAACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGATAACAAAGATTTATGAGAAAGTCGTGTGAATAGCAAAACACA  150

seq1  CAGGTTCTTGTAAATTAAAGGTAAACATTTGATTTATTCTTTTTATATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCTTGTAAATTAAAGGTAAACATTTGATTTATTCTTTTTATATTC  200

seq1  ATAAGTGTGCTACAAAAATCTCCTTCCTGAACAAATCATCTTGGATTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGTGCTACAAAAATCTCCTTCCTGAACAAATCATCTTGGATTACT  250

seq1  CAGAAACTTTGAGAATACTATTTGCATAGATTATTTGTCTGGTAGTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTTTGAGAATACTATTTGCATAGATTATTTGTCTGGTAGTGAGA  300

seq1  AAATGCCTGACTAAAAAAAAACTTATGGAAGAAAGACTCACAGTTTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTGACTAAAAAAAAACTTATGGAAGAAAGACTCACAGTTTCTGG  350

seq1  TGGTTTGAATGAAAAATATCCATAGGCCTCAGTATTTGAACTCTTGATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGAATGAAAAATATCCATAGGCCTCAGTATTTGAACTCTTGATCC  400

seq1  TCAGTTATTTTGCTATTTGGGGAAGTTTAAAAAGTACCATGCTGGAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTATTTTGCTATTTGGGGAAGTTTAAAAAGTACCATGCTGGAGGAT  450

seq1  ATACCTCACCAGTAACAAGCTATGAGAATTGAAAGCAACATGCCACTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCACCAGTAACAAGCTATGAGAATTGAAAGCAACATGCCACTTCC  500

seq1  AGTGCCCACGTTTTGTATCATGTGCTAATATTGAATTCTCACTCACATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCACGTTTTGTATCATGTGCTAATATTGAATTCTCACTCACATAA  550

seq1  TCAAATATGGCAACACAAACGGAACGGAAGAAACATTCCCACTACTCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATGGCAACACAAACGGAACGGAAGAAACATTCCCACTACTCCAG  600

seq1  CCAAACTTCTATTATAGTTCCAGGGAAATGTTAATGATCCCCAAAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTTCTATTATAGTTCCAGGGAAATGTTAATGATCCCCAAAAAACA  650

seq1  GACAGGATCAGATCTCATGCAACTCCCAGCAGGGTATTTGTTCTATCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGATCAGATCTCATGCAACTCCCAGCAGGGTATTTGTTCTATCTGA  700

seq1  GTTGCCCCAACCCCAGCATACCTCCATCATGCAGGACTTTTTGGTGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCCCAACCCCAGCATACCTCCATCATGCAGGACTTTTTGGTGGTGG  750

seq1  TAGAGCCTTGAATGTTGAGAGCAACCCTGTTTAAATGTTAACTGCCTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCTTGAATGTTGAGAGCAACCCTGTTTAAATGTTAACTGCCTTGT  800

seq1  CAGCCATAAGTGCTTACTTACAAAGCTTTGGCCTTAGTGGAAAAGTACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATAAGTGCTTACTTACAAAGCTTTGGCCTTAGTGGAAAAGTACTA  850

seq1  GCTTGGTTGAGATTTCAGTGGGAAAAAATTGAGGCCACTGTAGGAAAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTTGAGATTTCAGTGGGAAAAAATTGAGGCCACTGTAGGAAAGTG  900

seq1  CTACCCTCCAGTTAAGAAC-AAATAGCTATAGATCTTGTGGACAGGTGCC  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTACCCTCCAGTTAAGAACAAAATAGCTATAGATCTTGT-GACAGGTGCC  949

seq1  TAGCAACCCATTCTGTTCTTTTTCTCCTGCTGAACTTTTTACCTAGCCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |
seq2  TAGCAACCCATTCTGTTCTTTTTCT-CTGCTG-ACTTTTTACCTAGC--A  995

seq1  TATCCTGCTTTGGGGAACAAGTGTGTTCCCCAGAAACAAAGCAATTCTGT  1049
      ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  TAT-CTGCTTTGGGGA--CAGTGTGTTCCCCAGAA--CAAGCAATTCTGT  1040

seq1  GTCACC-CTCCCCCTCCCAATATCCTGCTTCAATGGGAATAAACCTGCCT  1098
      ||||||  ||||||| |  |||| |||| |||   ||||| |||||||||
seq2  GTCACCTTTCCCCCTTC--ATAT-CTGC-TCA--TGGAAT-AACCTGCCT  1083

seq1  GGAAAA  1104
      ||||||
seq2  GGAAAA  1089